MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 490

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013960	ATTAA	2	10	1734	1743	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013960	TTTTA	2	10	3016	3025	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013960	ATAGC	2	10	20983	20992	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013960	GTTAA	2	10	38337	38346	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013960	TAGGG	2	10	44529	44538	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013960	TAATT	2	10	49864	49873	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013960	TTTGG	2	10	52052	52061	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013960	CATTT	2	10	60804	60813	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013960	GTTTA	2	10	65670	65679	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013960	CCTTG	2	10	75489	75498	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013960	GGTTG	2	10	75534	75543	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013960	CCCCA	2	10	77622	77631	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
13	NC_013960	CTACG	2	10	78497	78506	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_013960	TTAGG	2	10	90775	90784	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013960	TGTGA	2	10	95884	95893	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013960	GCGGG	2	10	132919	132928	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013960	ATTAA	2	10	134901	134910	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013960	CTTTG	2	10	135015	135024	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_013960	CGCGA	2	10	136320	136329	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_013960	TTATG	2	10	148053	148062	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013960	TTTTA	2	10	149682	149691	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013960	TTAAA	2	10	149736	149745	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013960	CGTTG	2	10	150905	150914	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013960	TTTTG	2	10	169612	169621	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013960	GTTTT	2	10	173779	173788	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013960	CACCT	2	10	174004	174013	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_013960	TTTGG	2	10	174078	174087	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013960	GCTCG	2	10	181525	181534	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_013960	CATTG	2	10	183408	183417	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013960	TTATT	2	10	184685	184694	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013960	ACCCC	2	10	198354	198363	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_013960	TCCGC	2	10	200452	200461	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_013960	CTTCC	2	10	202066	202075	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_013960	TTAAG	2	10	206379	206388	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013960	GCTGC	2	10	209144	209153	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_013960	CTCTG	2	10	211592	211601	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_013960	CGGCG	2	10	211780	211789	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013960	CCATA	2	10	212399	212408	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013960	AAAGG	2	10	246627	246636	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013960	GAAAA	2	10	246648	246657	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013960	AGCTC	2	10	253254	253263	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013960	GGCTT	2	10	254058	254067	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013960	AAGTA	2	10	254728	254737	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013960	AGGGC	2	10	256031	256040	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_013960	AAAAT	2	10	256182	256191	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013960	TATTT	2	10	257622	257631	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013960	GAGTT	2	10	259943	259952	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013960	CTTAT	2	10	274946	274955	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013960	GTGCA	2	10	276012	276021	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013960	TGTTC	2	10	283198	283207	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013960	CCCCA	2	10	285041	285050	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
52	NC_013960	TTCAC	2	10	286047	286056	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_013960	TTTAA	2	10	288036	288045	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013960	TGGGC	2	10	296327	296336	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013960	GGGCT	2	10	305968	305977	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_013960	GGTTG	2	10	338010	338019	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013960	CTTAA	2	10	338037	338046	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013960	AAGCA	2	10	339487	339496	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013960	TTTCG	2	10	349248	349257	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013960	ACTGG	2	10	366017	366026	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013960	GATTG	2	10	367542	367551	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013960	CGCTG	2	10	401347	401356	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
63	NC_013960	CGCCT	2	10	410811	410820	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_013960	AAGAC	2	10	411876	411885	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013960	TAGGG	2	10	417290	417299	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013960	GTACA	2	10	423262	423271	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013960	TTAAT	2	10	423417	423426	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013960	GCAGT	2	10	444013	444022	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013960	GATGG	2	10	445238	445247	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013960	GAATT	2	10	450635	450644	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013960	TTTGG	2	10	476501	476510	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013960	GTAGC	2	10	487275	487284	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_013960	ATAGA	2	10	490300	490309	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013960	TAAAT	2	10	490831	490840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013960	CAGGG	2	10	492037	492046	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013960	GCTAA	2	10	519354	519363	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013960	TTCTT	2	10	520895	520904	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013960	AAGCA	2	10	525461	525470	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013960	CCTGC	2	10	527959	527968	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_013960	GGGGC	2	10	531364	531373	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013960	TTTGT	2	10	536499	536508	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013960	CCCCT	2	10	538000	538009	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
83	NC_013960	TAAAC	2	10	568624	568633	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013960	TCTTA	2	10	577961	577970	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013960	GAGCG	2	10	612797	612806	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013960	TCGCT	2	10	614198	614207	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_013960	GCATA	2	10	633135	633144	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013960	TGGGG	2	10	638380	638389	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013960	GCTTC	2	10	638718	638727	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_013960	AAAAC	2	10	640537	640546	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_013960	TCTAG	2	10	643672	643681	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013960	TTAGC	2	10	656008	656017	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_013960	GCTGG	2	10	660027	660036	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
94	NC_013960	TCAAT	2	10	664750	664759	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013960	GGCTT	2	10	671691	671700	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_013960	ATTTC	2	10	742376	742385	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013960	TTTCC	2	10	748458	748467	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_013960	CTTGA	2	10	748590	748599	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_013960	CAAGA	2	10	752760	752769	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013960	TTTTG	2	10	760098	760107	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013960	TTTAG	2	10	783758	783767	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013960	TTTTG	2	10	799511	799520	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013960	TAAGA	2	10	800855	800864	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013960	ATGGC	2	10	811010	811019	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013960	AATAC	2	10	811757	811766	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013960	ATATT	2	10	813222	813231	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013960	GGCAT	2	10	814171	814180	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_013960	CGAAG	2	10	827243	827252	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013960	CTTTC	2	10	874439	874448	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_013960	AGGAA	2	10	931216	931225	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013960	CTGCT	2	10	931308	931317	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_013960	TCAAT	2	10	946955	946964	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013960	TTACT	2	10	967269	967278	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013960	GAAAA	2	10	967347	967356	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013960	GGCCT	2	10	968030	968039	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_013960	AAGTT	2	10	975475	975484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013960	TAAAT	2	10	1007586	1007595	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013960	TCACA	2	10	1016490	1016499	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_013960	CTTTT	2	10	1017661	1017670	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013960	AGAAA	2	10	1020232	1020241	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013960	AGGAT	2	10	1029531	1029540	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013960	GGGAA	2	10	1030191	1030200	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013960	CCAAG	2	10	1031308	1031317	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_013960	GAAAG	2	10	1058057	1058066	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013960	AATTT	2	10	1072438	1072447	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013960	TATGA	2	10	1077243	1077252	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013960	CTATA	2	10	1088464	1088473	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_013960	TTTTA	2	10	1089880	1089889	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013960	TCGTG	2	10	1098986	1098995	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013960	AATTA	2	10	1104450	1104459	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013960	TCGGA	2	10	1109978	1109987	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013960	TTTTC	2	10	1122982	1122991	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013960	TGGGC	2	10	1130422	1130431	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
134	NC_013960	CCAGC	2	10	1134647	1134656	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_013960	CAGCT	2	10	1134738	1134747	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_013960	TCGAC	2	10	1135756	1135765	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
137	NC_013960	GATGC	2	10	1135821	1135830	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013960	ACGGG	2	10	1151002	1151011	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_013960	GTGCC	2	10	1155433	1155442	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_013960	AATGA	2	10	1159000	1159009	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013960	GTTTT	2	10	1169214	1169223	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013960	ACGCT	2	10	1204316	1204325	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013960	ATTTT	2	10	1222714	1222723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013960	TAAAC	2	10	1229958	1229967	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013960	TATTG	2	10	1231078	1231087	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013960	TTTAT	2	10	1231088	1231097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013960	CATAG	2	10	1234717	1234726	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_013960	CTGCC	2	10	1234744	1234753	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
149	NC_013960	AGTGT	2	10	1260970	1260979	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013960	GGCTT	2	10	1261434	1261443	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
151	NC_013960	CCTTG	2	10	1261563	1261572	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_013960	GATCG	2	10	1264156	1264165	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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155	NC_013960	AGTAG	2	10	1275349	1275358	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013960	AGTAG	2	10	1283784	1283793	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
157	NC_013960	AAAAC	2	10	1307270	1307279	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
158	NC_013960	ATTCA	2	10	1341997	1342006	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_013960	TGCAA	2	10	1342387	1342396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
160	NC_013960	GGGGA	2	10	1360917	1360926	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
161	NC_013960	GAAGG	2	10	1378384	1378393	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
162	NC_013960	AGTCT	2	10	1383800	1383809	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_013960	TTATT	2	10	1397178	1397187	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_013960	TTAAA	2	10	1404657	1404666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013960	AGTAA	2	10	1411399	1411408	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
166	NC_013960	TAAAA	2	10	1426673	1426682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_013960	AAAAT	2	10	1436257	1436266	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_013960	CTCCC	2	10	1437730	1437739	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
169	NC_013960	CTATT	2	10	1451216	1451225	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
170	NC_013960	ATTTT	2	10	1451534	1451543	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_013960	TTGTT	2	10	1464891	1464900	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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179	NC_013960	GCGTT	2	10	1511189	1511198	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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193	NC_013960	CTTAT	2	10	1642815	1642824	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
194	NC_013960	AGCTC	2	10	1652156	1652165	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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196	NC_013960	ATTTG	2	10	1673293	1673302	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
197	NC_013960	TTTGA	2	10	1685962	1685971	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_013960	CGGAT	2	10	1695462	1695471	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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209	NC_013960	AAATC	2	10	1765832	1765841	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
210	NC_013960	AAATC	2	10	1768544	1768553	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
211	NC_013960	CATGC	2	10	1781815	1781824	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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222	NC_013960	ATTCA	2	10	1912416	1912425	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
223	NC_013960	GAGCG	2	10	1912555	1912564	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
224	NC_013960	CTCTT	2	10	1913934	1913943	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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273	NC_013960	AGCCA	2	10	2330356	2330365	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
274	NC_013960	TCCGG	2	10	2331180	2331189	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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276	NC_013960	GTTAT	2	10	2338292	2338301	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
277	NC_013960	GTTTA	2	10	2338425	2338434	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
278	NC_013960	TGTCG	2	10	2346248	2346257	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
279	NC_013960	AAAGT	2	10	2357522	2357531	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
280	NC_013960	ATAAA	2	10	2361756	2361765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_013960	GAATA	2	10	2361777	2361786	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
282	NC_013960	TCCTC	2	10	2368515	2368524	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
283	NC_013960	GCCGC	2	10	2373516	2373525	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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285	NC_013960	CGCGG	2	10	2381283	2381292	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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403	NC_013960	CGAGG	2	10	3349604	3349613	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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420	NC_013960	GATAG	2	10	3424892	3424901	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_013960	AAACA	2	10	3818308	3818317	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
463	NC_013960	TAAAA	2	10	3821422	3821431	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
464	NC_013960	TTTAC	2	10	3826553	3826562	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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483	NC_013960	TAAGC	2	10	3984929	3984938	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
484	NC_013960	ACTCC	2	10	3985020	3985029	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
485	NC_013960	CCTGG	2	10	3986609	3986618	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
486	NC_013960	TTCTA	2	10	3987795	3987804	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
487	NC_013960	TCTCT	2	10	3987810	3987819	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
488	NC_013960	TCCCA	2	10	4022158	4022167	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
489	NC_013960	GTTTT	2	10	4071340	4071349	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.