MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 chromosome

Total Repeats: 52203

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013960	AGA	2	6	42	47	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013960	TCC	2	6	61	66	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_013960	AAT	2	6	114	119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013960	CAA	2	6	588	593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490171
5	NC_013960	CAA	2	6	606	611	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490171
6	NC_013960	TTG	2	6	614	619	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490171
7	NC_013960	GAT	2	6	819	824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490171
8	NC_013960	ATT	2	6	982	987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490171
9	NC_013960	GGA	2	6	1026	1031	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490171
10	NC_013960	CGG	2	6	1213	1218	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490171
11	NC_013960	CGT	2	6	1243	1248	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490171
12	NC_013960	CTA	2	6	1288	1293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490171
13	NC_013960	GCG	2	6	1383	1388	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490171
14	NC_013960	CGG	2	6	1479	1484	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490171
15	NC_013960	CAC	2	6	1494	1499	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490171
16	NC_013960	GTT	2	6	1641	1646	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013960	CCA	2	6	1682	1687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_013960	ATA	2	6	1720	1725	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013960	ATA	2	6	1809	1814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013960	AGA	2	6	1913	1918	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490172
21	NC_013960	GTA	2	6	1950	1955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490172
22	NC_013960	ACG	2	6	1958	1963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490172
23	NC_013960	TTC	2	6	1990	1995	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490172
24	NC_013960	ACT	2	6	2055	2060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490172
25	NC_013960	AGG	2	6	2081	2086	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490172
26	NC_013960	ACA	2	6	2159	2164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490172
27	NC_013960	CTG	2	6	2224	2229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490172
28	NC_013960	GAG	2	6	2256	2261	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490172
29	NC_013960	ATT	2	6	2300	2305	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490172
30	NC_013960	CTA	2	6	2345	2350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490172
31	NC_013960	TTA	2	6	2361	2366	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490172
32	NC_013960	GAA	2	6	2379	2384	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490172
33	NC_013960	CTT	2	6	2428	2433	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490172
34	NC_013960	ATC	2	6	2475	2480	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490172
35	NC_013960	CTA	2	6	2593	2598	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490172
36	NC_013960	TTG	2	6	2662	2667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490172
37	NC_013960	TAA	2	6	2852	2857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490172
38	NC_013960	TAG	2	6	2927	2932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490172
39	NC_013960	GCA	2	6	2962	2967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490172
40	NC_013960	TCC	2	6	3406	3411	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490173
41	NC_013960	TGG	2	6	3505	3510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490173
42	NC_013960	ATC	2	6	3515	3520	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490173
43	NC_013960	AGC	2	6	3530	3535	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490173
44	NC_013960	CCA	2	6	3693	3698	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490173
45	NC_013960	GCA	2	6	3790	3795	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490173
46	NC_013960	TTA	2	6	3925	3930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490173
47	NC_013960	AAC	2	6	3944	3949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490173
48	NC_013960	ATC	2	6	3995	4000	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490173
49	NC_013960	TAC	2	6	4050	4055	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490173
50	NC_013960	TAA	2	6	4141	4146	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490173
51	NC_013960	AAC	2	6	4149	4154	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013960	AAT	2	6	4164	4169	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490174
53	NC_013960	GAT	2	6	4264	4269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490174
54	NC_013960	CAT	2	6	4282	4287	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490174
55	NC_013960	GTG	2	6	4300	4305	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490174
56	NC_013960	CCA	2	6	4419	4424	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490174
57	NC_013960	GAA	2	6	4426	4431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490174
58	NC_013960	TCT	2	6	4552	4557	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490174
59	NC_013960	GAC	2	6	4665	4670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490174
60	NC_013960	TTA	2	6	4780	4785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490174
61	NC_013960	CTC	2	6	4871	4876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490174
62	NC_013960	CGT	3	9	4917	4925	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490174
63	NC_013960	TAA	2	6	4980	4985	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490174
64	NC_013960	ACG	2	6	5098	5103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490174
65	NC_013960	GAT	2	6	5107	5112	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490174
66	NC_013960	TTC	2	6	5166	5171	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490174
67	NC_013960	TTG	2	6	5251	5256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490174
68	NC_013960	GCA	2	6	5285	5290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490174
69	NC_013960	TGC	2	6	5301	5306	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490174
70	NC_013960	AGC	2	6	5319	5324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490174
71	NC_013960	GTG	2	6	5597	5602	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490174
72	NC_013960	GAA	2	6	5611	5616	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490174
73	NC_013960	ATC	2	6	5639	5644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490174
74	NC_013960	ATT	2	6	5650	5655	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490174
75	NC_013960	ATT	2	6	5927	5932	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490174
76	NC_013960	GCT	2	6	6058	6063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490174
77	NC_013960	GCA	2	6	6088	6093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490174
78	NC_013960	CAA	2	6	6307	6312	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	292490174
79	NC_013960	GAA	2	6	6352	6357	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490174
80	NC_013960	ACC	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490174
81	NC_013960	CGA	2	6	6532	6537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490174
82	NC_013960	ATT	2	6	6604	6609	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013960	TGG	2	6	6746	6751	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490175
84	NC_013960	ATG	2	6	6832	6837	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490175
85	NC_013960	TCC	2	6	6879	6884	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490175
86	NC_013960	TGG	2	6	6982	6987	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490175
87	NC_013960	GCT	2	6	6988	6993	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490175
88	NC_013960	CAC	2	6	7008	7013	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490175
89	NC_013960	GGC	2	6	7038	7043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490175
90	NC_013960	TCA	2	6	7069	7074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490175
91	NC_013960	GGT	2	6	7077	7082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490175
92	NC_013960	GCT	2	6	7286	7291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490175
93	NC_013960	GAG	2	6	7337	7342	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490175
94	NC_013960	AAT	2	6	7350	7355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490175
95	NC_013960	CGG	2	6	7370	7375	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490175
96	NC_013960	CAC	2	6	7481	7486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490175
97	NC_013960	GTA	2	6	7564	7569	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490175
98	NC_013960	AAG	2	6	7573	7578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490175
99	NC_013960	TCT	2	6	7678	7683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490175
100	NC_013960	GCA	2	6	7828	7833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490175
101	NC_013960	GAT	2	6	8082	8087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013960	TGC	2	6	8269	8274	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490176
103	NC_013960	TGA	2	6	8277	8282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490176
104	NC_013960	CGT	2	6	8300	8305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490176
105	NC_013960	TTC	2	6	8589	8594	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490176
106	NC_013960	ACC	2	6	8610	8615	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490176
107	NC_013960	GGA	2	6	8617	8622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490176
108	NC_013960	AGA	2	6	8680	8685	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490176
109	NC_013960	TGA	2	6	8755	8760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490176
110	NC_013960	CGT	2	6	8927	8932	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490176
111	NC_013960	CCT	2	6	8950	8955	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	292490176
112	NC_013960	TAC	2	6	8995	9000	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490176
113	NC_013960	TAT	2	6	9025	9030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490176
114	NC_013960	GAC	2	6	9058	9063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490176
115	NC_013960	CGG	2	6	9083	9088	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490176
116	NC_013960	TGA	2	6	9163	9168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490176
117	NC_013960	GCT	2	6	9172	9177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490176
118	NC_013960	GGC	2	6	9232	9237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490176
119	NC_013960	GAA	2	6	9446	9451	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490176
120	NC_013960	AGA	2	6	9484	9489	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490176
121	NC_013960	CAC	2	6	9587	9592	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490177
122	NC_013960	GCA	2	6	9618	9623	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490177
123	NC_013960	ACC	2	6	9681	9686	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490177
124	NC_013960	AGC	2	6	9788	9793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490177
125	NC_013960	GCC	2	6	9963	9968	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490177
126	NC_013960	GGA	2	6	10053	10058	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490177
127	NC_013960	GGA	2	6	10115	10120	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490177
128	NC_013960	CAG	2	6	10171	10176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490178
129	NC_013960	CAT	2	6	10198	10203	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490178
130	NC_013960	AAG	2	6	10221	10226	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	292490178
131	NC_013960	GTG	2	6	10632	10637	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490178
132	NC_013960	ATT	2	6	10707	10712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490178
133	NC_013960	TAA	2	6	10835	10840	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013960	ATT	2	6	10842	10847	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_013960	TTG	2	6	12258	12263	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013960	GGT	2	6	12284	12289	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013960	TGG	2	6	12632	12637	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490180
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158	NC_013960	TAA	2	6	13458	13463	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490180
159	NC_013960	TAA	2	6	13578	13583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490180
160	NC_013960	CCA	2	6	13625	13630	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490180
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253	NC_013960	TGT	2	6	22054	22059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490188
254	NC_013960	CAC	2	6	22139	22144	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490188
255	NC_013960	GAT	2	6	22246	22251	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490188
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257	NC_013960	GAC	2	6	22383	22388	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490188
258	NC_013960	TCG	2	6	22399	22404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490188
259	NC_013960	ACC	2	6	22424	22429	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490188
260	NC_013960	CTT	2	6	22436	22441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490188
261	NC_013960	CGG	2	6	22692	22697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490188
262	NC_013960	GGC	2	6	22854	22859	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490188
263	NC_013960	GTG	2	6	22924	22929	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490188
264	NC_013960	GCT	2	6	22957	22962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490188
265	NC_013960	TGC	2	6	23045	23050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490188
266	NC_013960	CAT	2	6	23235	23240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	292490188
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269	NC_013960	GTT	2	6	23372	23377	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490188
270	NC_013960	TCT	2	6	23392	23397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
271	NC_013960	AGA	2	6	23427	23432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
272	NC_013960	GCT	2	6	23538	23543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490189
273	NC_013960	AAT	2	6	23577	23582	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	292490189
274	NC_013960	GCT	2	6	23718	23723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490189
275	NC_013960	GGA	2	6	23790	23795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	292490189
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279	NC_013960	GTG	2	6	24044	24049	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490189
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281	NC_013960	TGG	2	6	24262	24267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490189
282	NC_013960	GTG	2	6	24290	24295	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	292490189
283	NC_013960	GCG	2	6	24344	24349	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	292490189
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285	NC_013960	ATG	2	6	24443	24448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490189
286	NC_013960	GCC	2	6	24456	24461	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	292490189
287	NC_013960	GCA	2	6	24559	24564	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	292490189
288	NC_013960	CGT	2	6	24573	24578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490189
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317	NC_013960	TCG	2	6	25835	25840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	292490190
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325	NC_013960	GTA	2	6	26286	26291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490190
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329	NC_013960	TAT	2	6	26479	26484	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	292490191
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332	NC_013960	TTC	2	6	26595	26600	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	292490191
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346	NC_013960	ATA	2	6	27986	27991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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348	NC_013960	AAT	2	6	28217	28222	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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366	NC_013960	GAG	2	6	30156	30161	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
367	NC_013960	TGC	2	6	30183	30188	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
368	NC_013960	GTT	2	6	30195	30200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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370	NC_013960	TGA	2	6	30433	30438	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
371	NC_013960	TGT	2	6	30700	30705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	292490193
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378	NC_013960	ACC	2	6	31413	31418	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	292490194
379	NC_013960	GAT	2	6	31458	31463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	292490194
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