MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Sideroxydans lithotrophicus ES-1 chromosome

Total Repeats: 211

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013959	AGAAA	2	10	5432	5441	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013959	CGTGC	2	10	24403	24412	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
3	NC_013959	AATTA	2	10	24473	24482	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013959	TTCGC	2	10	26954	26963	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_013959	TCAAA	2	10	26982	26991	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013959	TCAGG	2	10	67152	67161	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013959	GATCC	2	10	79591	79600	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013959	CTTTT	2	10	119234	119243	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013959	TTCTG	2	10	129431	129440	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013959	CACAA	2	10	131925	131934	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013959	AGAAA	2	10	155994	156003	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013959	CAAGA	2	10	156041	156050	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_013959	CTTAA	2	10	164554	164563	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013959	CCCAA	2	10	173640	173649	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_013959	AACCT	2	10	189375	189384	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_013959	CAAAA	2	10	208375	208384	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013959	CTTTT	2	10	222829	222838	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_013959	GGGCG	2	10	233138	233147	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
19	NC_013959	GCTGA	2	10	266978	266987	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013959	CAAAA	2	10	267050	267059	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013959	AAATC	2	10	267319	267328	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013959	GACAC	2	10	297112	297121	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_013959	CAGGG	2	10	297136	297145	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013959	TTTCG	2	10	334150	334159	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013959	TCTTG	2	10	348992	349001	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013959	GTTTT	2	10	349278	349287	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013959	GAAAA	2	10	354439	354448	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013959	TCGTG	2	10	358449	358458	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013959	CAATG	2	10	360891	360900	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013959	CAGAC	2	10	374403	374412	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_013959	GCGGT	2	10	397108	397117	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013959	TCCTG	2	10	414916	414925	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_013959	CATGC	2	10	415374	415383	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013959	AAGGG	2	10	415738	415747	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013959	CAAGA	2	10	434983	434992	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013959	CCAAG	2	10	447753	447762	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_013959	AGCAC	2	10	464483	464492	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013959	CTTTC	2	10	503340	503349	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013959	AGGCG	2	10	512449	512458	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013959	AGTGC	2	10	514069	514078	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013959	TGCCT	2	10	520512	520521	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013959	AGCGA	2	10	523427	523436	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013959	GGTGC	2	10	523458	523467	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013959	CAAGA	2	10	537165	537174	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_013959	TAAAT	2	10	548672	548681	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013959	AGCCA	2	10	582207	582216	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_013959	GAATG	2	10	665038	665047	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013959	TCAAT	2	10	665067	665076	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013959	AATGC	2	10	670035	670044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013959	GCATC	2	10	673240	673249	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_013959	CATCC	2	10	709573	709582	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
52	NC_013959	TGCAT	2	10	720473	720482	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_013959	CTTTA	2	10	721135	721144	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013959	TAGCT	2	10	724810	724819	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013959	CGTTT	2	10	737105	737114	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_013959	CGCAG	2	10	738110	738119	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013959	GTGTT	2	10	752873	752882	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013959	AGCGA	2	10	754299	754308	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013959	TACTT	2	10	789004	789013	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013959	GGAAT	2	10	792931	792940	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013959	GAATT	2	10	800615	800624	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013959	GAGGG	2	10	822170	822179	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013959	TTTCC	2	10	844322	844331	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_013959	TTCTG	2	10	861351	861360	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013959	TTTCA	2	10	864102	864111	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013959	TTCGG	2	10	867077	867086	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013959	TCCGT	2	10	889344	889353	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013959	AGCGG	2	10	907755	907764	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013959	ACTGC	2	10	928664	928673	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_013959	TGAAA	2	10	928710	928719	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013959	AGAGG	2	10	935245	935254	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013959	AAGGG	2	10	939646	939655	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013959	GTGGC	2	10	1017767	1017776	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013959	AATTC	2	10	1044864	1044873	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_013959	TTATT	2	10	1088266	1088275	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013959	GCAAA	2	10	1092346	1092355	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013959	GGTGC	2	10	1125489	1125498	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013959	GAAAT	2	10	1142648	1142657	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013959	TCCTG	2	10	1148858	1148867	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_013959	GCCGG	2	10	1152814	1152823	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
81	NC_013959	TGCGA	2	10	1154529	1154538	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013959	ACCAC	2	10	1154566	1154575	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
83	NC_013959	AAGAA	2	10	1154579	1154588	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013959	AGATG	2	10	1168781	1168790	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013959	CGGCC	2	10	1174310	1174319	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_013959	TTCAA	2	10	1180688	1180697	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013959	TTTTG	2	10	1194353	1194362	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013959	GGGCA	2	10	1194363	1194372	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013959	TGCAA	2	10	1201607	1201616	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013959	TGCAA	2	10	1201637	1201646	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_013959	CTGAG	2	10	1236908	1236917	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013959	CATTC	2	10	1244114	1244123	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013959	CTGCT	2	10	1280015	1280024	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013959	GCTGA	2	10	1314084	1314093	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013959	GTTGA	2	10	1329554	1329563	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013959	GATCA	2	10	1337169	1337178	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013959	TGCAT	2	10	1344547	1344556	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013959	GCGTA	2	10	1390082	1390091	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_013959	TAAAA	2	10	1438041	1438050	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013959	TAGCT	2	10	1453100	1453109	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_013959	ACACG	2	10	1479734	1479743	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_013959	TCCGT	2	10	1487773	1487782	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
103	NC_013959	GTAGC	2	10	1506239	1506248	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013959	CAGTT	2	10	1519089	1519098	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013959	ACCCG	2	10	1530708	1530717	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
106	NC_013959	AACAA	2	10	1532939	1532948	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013959	GGGAC	2	10	1539384	1539393	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
108	NC_013959	CAGTT	2	10	1546145	1546154	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013959	GCATG	2	10	1548146	1548155	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013959	AAAGA	2	10	1548193	1548202	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013959	GAATT	2	10	1562786	1562795	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013959	AATCG	2	10	1564116	1564125	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013959	AAATC	2	10	1578881	1578890	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013959	TTTGA	2	10	1622300	1622309	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013959	CATAT	2	10	1624068	1624077	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013959	CGTTT	2	10	1642780	1642789	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_013959	ATTGG	2	10	1648910	1648919	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013959	TATCG	2	10	1661971	1661980	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_013959	TCGCG	2	10	1664282	1664291	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_013959	CCAGG	2	10	1687576	1687585	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_013959	TGGAA	2	10	1719391	1719400	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013959	CTTTT	2	10	1733661	1733670	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_013959	CGGGG	2	10	1739385	1739394	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
124	NC_013959	TGCAA	2	10	1744451	1744460	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013959	GCACG	2	10	1747018	1747027	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
126	NC_013959	CGGAT	2	10	1772201	1772210	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013959	TGTTT	2	10	1795953	1795962	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013959	CTTCA	2	10	1810806	1810815	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_013959	CTCCG	2	10	1818209	1818218	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
130	NC_013959	CCCTG	2	10	1822925	1822934	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_013959	TGTTT	2	10	1891256	1891265	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013959	CGCTG	2	10	1909560	1909569	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_013959	TAGTA	2	10	1911874	1911883	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013959	GCATT	2	10	1924844	1924853	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013959	CACGA	2	10	1927287	1927296	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_013959	GAACG	2	10	1941664	1941673	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013959	TGCAA	2	10	1955376	1955385	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013959	CGGGT	2	10	1972476	1972485	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_013959	CGCTG	2	10	1972663	1972672	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_013959	TGCGG	2	10	1972694	1972703	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_013959	CCAGC	2	10	1979525	1979534	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_013959	TCCAG	2	10	2002998	2003007	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013959	CATGG	2	10	2004116	2004125	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013959	CGCTT	2	10	2007778	2007787	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_013959	GCATG	2	10	2021421	2021430	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_013959	CCGGT	2	10	2023177	2023186	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
147	NC_013959	CGAAT	2	10	2058761	2058770	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
148	NC_013959	AACTA	2	10	2059951	2059960	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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162	NC_013959	CATTG	2	10	2203141	2203150	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
163	NC_013959	TGCTT	2	10	2216202	2216211	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_013959	TTTAA	2	10	2216792	2216801	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013959	CGCAC	2	10	2217019	2217028	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
166	NC_013959	TGCCC	2	10	2228374	2228383	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
167	NC_013959	GGGCA	2	10	2253250	2253259	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
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172	NC_013959	CCGGC	2	10	2323804	2323813	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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174	NC_013959	CATGC	2	10	2331187	2331196	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
175	NC_013959	ATACC	2	10	2343248	2343257	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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178	NC_013959	GCTCC	2	10	2374088	2374097	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
179	NC_013959	TGGTC	2	10	2406099	2406108	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_013959	GTTCA	2	10	2406160	2406169	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
181	NC_013959	GCGCA	2	10	2430682	2430691	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
182	NC_013959	GCGCT	2	10	2435241	2435250	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
183	NC_013959	CTCGT	2	10	2456274	2456283	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
184	NC_013959	CAAAA	2	10	2465995	2466004	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_013959	AGCTT	2	10	2472933	2472942	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
186	NC_013959	AAAAC	2	10	2480242	2480251	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_013959	TCAGT	2	10	2499186	2499195	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
188	NC_013959	TGACA	2	10	2500573	2500582	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
189	NC_013959	TCAAA	2	10	2584267	2584276	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
190	NC_013959	GCCGC	2	10	2617277	2617286	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
191	NC_013959	CAGTA	2	10	2659913	2659922	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_013959	GCAAT	2	10	2670832	2670841	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
193	NC_013959	TCTTT	2	10	2676135	2676144	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
194	NC_013959	CCGGC	2	10	2688287	2688296	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
195	NC_013959	CTCAA	2	10	2695030	2695039	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
196	NC_013959	GGCTT	2	10	2695988	2695997	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
197	NC_013959	TTCAT	2	10	2697008	2697017	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
198	NC_013959	GGCGC	2	10	2731734	2731743	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
199	NC_013959	CGCTG	2	10	2733253	2733262	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
200	NC_013959	ATTCC	2	10	2761363	2761372	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
201	NC_013959	TGGGG	2	10	2769047	2769056	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
202	NC_013959	ACTGA	2	10	2813244	2813253	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
203	NC_013959	CCTTC	2	10	2815943	2815952	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
204	NC_013959	GATTT	2	10	2817190	2817199	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
205	NC_013959	TTTTG	2	10	2849307	2849316	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
206	NC_013959	ATTGC	2	10	2878367	2878376	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
207	NC_013959	TGCAT	2	10	2937076	2937085	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
208	NC_013959	GTTTC	2	10	2937181	2937190	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
209	NC_013959	ATTAT	2	10	2961603	2961612	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
210	NC_013959	TGTTA	2	10	2963491	2963500	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
211	NC_013959	TTTCA	2	10	2972319	2972328	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.