MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 plasmid pNHAL01

Total Repeats: 57

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013958	GAAAA	2	10	12	21	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013958	GTTCA	2	10	1936	1945	20 %	40 %	20 %	20 %	291615454
3	NC_013958	CCCCT	2	10	2792	2801	0 %	20 %	0 %	80 %	291615454
4	NC_013958	CACCC	2	10	4209	4218	20 %	0 %	0 %	80 %	291615455
5	NC_013958	CCCCT	2	10	6409	6418	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
6	NC_013958	AGGCG	2	10	7391	7400	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013958	GCCGC	2	10	8501	8510	0 %	0 %	40 %	60 %	291615459
8	NC_013958	GAAGG	2	10	11718	11727	40 %	0 %	60 %	0 %	291615466
9	NC_013958	CTATT	2	10	12862	12871	20 %	60 %	0 %	20 %	291615467
10	NC_013958	TATGA	2	10	13638	13647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013958	ATGGA	2	10	13951	13960	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013958	TCAGC	2	10	14044	14053	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013958	GCATC	2	10	15504	15513	20 %	20 %	20 %	40 %	291615472
14	NC_013958	AGCGT	2	10	15736	15745	20 %	20 %	40 %	20 %	291615472
15	NC_013958	TTTAG	2	10	16718	16727	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013958	TCCAT	2	10	19968	19977	20 %	40 %	0 %	40 %	291615479
17	NC_013958	AGAGG	2	10	20042	20051	40 %	0 %	60 %	0 %	291615479
18	NC_013958	GCCTT	2	10	20476	20485	0 %	40 %	20 %	40 %	291615480
19	NC_013958	CAAAC	2	10	20698	20707	60 %	0 %	0 %	40 %	291615480
20	NC_013958	TACTG	2	10	21705	21714	20 %	40 %	20 %	20 %	291615482
21	NC_013958	TCTTA	2	10	22540	22549	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013958	GGCGA	2	10	22979	22988	20 %	0 %	60 %	20 %	291615484
23	NC_013958	GAAAC	2	10	23749	23758	60 %	0 %	20 %	20 %	291615485
24	NC_013958	GGCAC	2	10	24097	24106	20 %	0 %	40 %	40 %	291615485
25	NC_013958	GCGCC	2	10	24167	24176	0 %	0 %	40 %	60 %	291615485
26	NC_013958	TGAAC	2	10	24552	24561	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013958	TAATT	2	10	32027	32036	40 %	60 %	0 %	0 %	291615495
28	NC_013958	CAAAA	2	10	32560	32569	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013958	AGGGG	2	10	33455	33464	20 %	0 %	80 %	0 %	291615497
30	NC_013958	CTACG	2	10	33600	33609	20 %	20 %	20 %	40 %	291615497
31	NC_013958	AGGGC	2	10	34548	34557	20 %	0 %	60 %	20 %	291615499
32	NC_013958	CTTGG	2	10	34783	34792	0 %	40 %	40 %	20 %	291615499
33	NC_013958	TTTTC	2	10	35157	35166	0 %	80 %	0 %	20 %	291615499
34	NC_013958	CTTTA	2	10	35411	35420	20 %	60 %	0 %	20 %	291615500
35	NC_013958	CAAAT	2	10	37615	37624	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013958	AGGGG	2	10	39218	39227	20 %	0 %	80 %	0 %	291615504
37	NC_013958	GCGCT	2	10	41430	41439	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013958	CGCTT	2	10	42121	42130	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013958	CAACA	2	10	43682	43691	60 %	0 %	0 %	40 %	291615509
40	NC_013958	CGATA	2	10	43919	43928	40 %	20 %	20 %	20 %	291615510
41	NC_013958	ATTCA	2	10	44343	44352	40 %	40 %	0 %	20 %	291615510
42	NC_013958	ATGAC	2	10	44547	44556	40 %	20 %	20 %	20 %	291615510
43	NC_013958	ATTGG	2	10	47537	47546	20 %	40 %	40 %	0 %	291615513
44	NC_013958	CCCGC	2	10	48927	48936	0 %	0 %	20 %	80 %	291615513
45	NC_013958	AAAAT	2	10	49034	49043	80 %	20 %	0 %	0 %	291615513
46	NC_013958	TAAAA	2	10	51589	51598	80 %	20 %	0 %	0 %	291615514
47	NC_013958	CCTGA	2	10	53784	53793	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_013958	ACGCT	2	10	54927	54936	20 %	20 %	20 %	40 %	291615519
49	NC_013958	GCGCT	2	10	55079	55088	0 %	20 %	40 %	40 %	291615519
50	NC_013958	TGGCC	2	10	55285	55294	0 %	20 %	40 %	40 %	291615519
51	NC_013958	ACTGG	2	10	55768	55777	20 %	20 %	40 %	20 %	291615519
52	NC_013958	CGCGC	2	10	57193	57202	0 %	0 %	40 %	60 %	291615519
53	NC_013958	GGATG	2	10	57571	57580	20 %	20 %	60 %	0 %	291615519
54	NC_013958	ATTCA	2	10	58781	58790	40 %	40 %	0 %	20 %	291615520
55	NC_013958	AGCGA	2	10	59391	59400	40 %	0 %	40 %	20 %	291615521
56	NC_013958	GCTGA	2	10	60906	60915	20 %	20 %	40 %	20 %	291615521
57	NC_013958	CTTGT	2	10	63742	63751	0 %	60 %	20 %	20 %	291615521

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.