MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 plasmid pNHAL01

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013958	AATC	2	8	637	644	50 %	25 %	0 %	25 %	291615454
2	NC_013958	CCGG	2	8	1345	1352	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
3	NC_013958	TCAA	2	8	1529	1536	50 %	25 %	0 %	25 %	291615454
4	NC_013958	TTGA	2	8	1738	1745	25 %	50 %	25 %	0 %	291615454
5	NC_013958	CCGG	2	8	1896	1903	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
6	NC_013958	CTTC	2	8	2217	2224	0 %	50 %	0 %	50 %	291615454
7	NC_013958	CCGG	2	8	2846	2853	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
8	NC_013958	TGGG	2	8	3167	3174	0 %	25 %	75 %	0 %	291615454
9	NC_013958	CCAG	2	8	3189	3196	25 %	0 %	25 %	50 %	291615454
10	NC_013958	GGTG	2	8	3633	3640	0 %	25 %	75 %	0 %	291615455
11	NC_013958	CCAT	2	8	3791	3798	25 %	25 %	0 %	50 %	291615455
12	NC_013958	CGGT	2	8	5005	5012	0 %	25 %	50 %	25 %	291615456
13	NC_013958	CCTC	2	8	6427	6434	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
14	NC_013958	CGGT	2	8	7114	7121	0 %	25 %	50 %	25 %	291615458
15	NC_013958	TCCC	2	8	7305	7312	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_013958	TGCC	2	8	7401	7408	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_013958	ATAA	2	8	7710	7717	75 %	25 %	0 %	0 %	291615459
18	NC_013958	GACC	2	8	7760	7767	25 %	0 %	25 %	50 %	291615459
19	NC_013958	AAAT	2	8	8203	8210	75 %	25 %	0 %	0 %	291615459
20	NC_013958	TGAG	2	8	8802	8809	25 %	25 %	50 %	0 %	291615460
21	NC_013958	GCCA	2	8	9660	9667	25 %	0 %	25 %	50 %	291615462
22	NC_013958	TTAA	2	8	11070	11077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013958	AAAG	2	8	11384	11391	75 %	0 %	25 %	0 %	291615465
24	NC_013958	AGGG	2	8	11678	11685	25 %	0 %	75 %	0 %	291615466
25	NC_013958	AATT	2	8	11881	11888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013958	TATG	2	8	12059	12066	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013958	CTGC	2	8	12296	12303	0 %	25 %	25 %	50 %	291615467
28	NC_013958	CGCT	2	8	12639	12646	0 %	25 %	25 %	50 %	291615467
29	NC_013958	AGGG	2	8	12681	12688	25 %	0 %	75 %	0 %	291615467
30	NC_013958	AATT	2	8	13220	13227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013958	ATCA	2	8	13532	13539	50 %	25 %	0 %	25 %	291615468
32	NC_013958	TAGT	2	8	13669	13676	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013958	AAGG	2	8	13705	13712	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013958	AGTC	2	8	13889	13896	25 %	25 %	25 %	25 %	291615469
35	NC_013958	AGGT	2	8	14145	14152	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013958	GGCG	2	8	14197	14204	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
37	NC_013958	TGGC	2	8	14725	14732	0 %	25 %	50 %	25 %	291615471
38	NC_013958	GGAA	2	8	14741	14748	50 %	0 %	50 %	0 %	291615471
39	NC_013958	CGAG	2	8	14781	14788	25 %	0 %	50 %	25 %	291615471
40	NC_013958	AGCT	2	8	14972	14979	25 %	25 %	25 %	25 %	291615471
41	NC_013958	TTGT	2	8	15277	15284	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013958	GAAA	2	8	15402	15409	75 %	0 %	25 %	0 %	291615472
43	NC_013958	GCGG	2	8	15822	15829	0 %	0 %	75 %	25 %	291615472
44	NC_013958	GCTT	2	8	16057	16064	0 %	50 %	25 %	25 %	291615473
45	NC_013958	TCGG	2	8	16092	16099	0 %	25 %	50 %	25 %	291615473
46	NC_013958	TTGT	2	8	16105	16112	0 %	75 %	25 %	0 %	291615473
47	NC_013958	CTTC	2	8	16444	16451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_013958	GCGG	2	8	16942	16949	0 %	0 %	75 %	25 %	291615475
49	NC_013958	GATT	2	8	18081	18088	25 %	50 %	25 %	0 %	291615477
50	NC_013958	ATTT	2	8	18130	18137	25 %	75 %	0 %	0 %	291615477
51	NC_013958	CCAT	2	8	18218	18225	25 %	25 %	0 %	50 %	291615477
52	NC_013958	GGGC	2	8	18791	18798	0 %	0 %	75 %	25 %	291615478
53	NC_013958	CAGG	2	8	19051	19058	25 %	0 %	50 %	25 %	291615478
54	NC_013958	ATCT	2	8	19061	19068	25 %	50 %	0 %	25 %	291615478
55	NC_013958	TCGT	2	8	19132	19139	0 %	50 %	25 %	25 %	291615478
56	NC_013958	GGGC	2	8	19154	19161	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
57	NC_013958	CATT	2	8	19262	19269	25 %	50 %	0 %	25 %	291615479
58	NC_013958	TCTT	2	8	19995	20002	0 %	75 %	0 %	25 %	291615479
59	NC_013958	TCGG	2	8	20847	20854	0 %	25 %	50 %	25 %	291615480
60	NC_013958	CTCA	2	8	21185	21192	25 %	25 %	0 %	50 %	291615481
61	NC_013958	CAGC	2	8	21208	21215	25 %	0 %	25 %	50 %	291615481
62	NC_013958	ATAC	2	8	21379	21386	50 %	25 %	0 %	25 %	291615481
63	NC_013958	AAGG	2	8	21666	21673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013958	AAGA	2	8	22009	22016	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013958	TTCC	2	8	22373	22380	0 %	50 %	0 %	50 %	291615483
66	NC_013958	GCTC	2	8	22405	22412	0 %	25 %	25 %	50 %	291615483
67	NC_013958	TTGC	2	8	22523	22530	0 %	50 %	25 %	25 %	291615483
68	NC_013958	CCGA	2	8	23003	23010	25 %	0 %	25 %	50 %	291615484
69	NC_013958	GACC	2	8	23092	23099	25 %	0 %	25 %	50 %	291615484
70	NC_013958	AGCG	2	8	23360	23367	25 %	0 %	50 %	25 %	291615484
71	NC_013958	AGCC	2	8	23424	23431	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_013958	GAAC	2	8	23627	23634	50 %	0 %	25 %	25 %	291615485
73	NC_013958	AGGA	2	8	23738	23745	50 %	0 %	50 %	0 %	291615485
74	NC_013958	GAGC	2	8	24261	24268	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_013958	GGCG	2	8	24276	24283	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
76	NC_013958	AGTA	2	8	24757	24764	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013958	GCTG	2	8	25226	25233	0 %	25 %	50 %	25 %	291615487
78	NC_013958	AAAT	2	8	25553	25560	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013958	AACT	2	8	25563	25570	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
80	NC_013958	ACCA	2	8	26049	26056	50 %	0 %	0 %	50 %	291615488
81	NC_013958	CCGC	2	8	26215	26222	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
82	NC_013958	CGCC	2	8	26459	26466	0 %	0 %	25 %	75 %	291615489
83	NC_013958	CGAT	2	8	26903	26910	25 %	25 %	25 %	25 %	291615489
84	NC_013958	CGGT	2	8	26938	26945	0 %	25 %	50 %	25 %	291615489
85	NC_013958	AACT	2	8	28337	28344	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_013958	TCTT	2	8	28436	28443	0 %	75 %	0 %	25 %	291615491
87	NC_013958	AGTA	2	8	29007	29014	50 %	25 %	25 %	0 %	291615491
88	NC_013958	GGAA	2	8	29475	29482	50 %	0 %	50 %	0 %	291615492
89	NC_013958	TCGT	2	8	29703	29710	0 %	50 %	25 %	25 %	291615493
90	NC_013958	CAAG	2	8	30581	30588	50 %	0 %	25 %	25 %	291615494
91	NC_013958	TCCT	2	8	30708	30715	0 %	50 %	0 %	50 %	291615494
92	NC_013958	TTTC	2	8	32346	32353	0 %	75 %	0 %	25 %	291615496
93	NC_013958	TGGA	2	8	32395	32402	25 %	25 %	50 %	0 %	291615496
94	NC_013958	GGCA	2	8	32831	32838	25 %	0 %	50 %	25 %	291615497
95	NC_013958	ATCT	2	8	33109	33116	25 %	50 %	0 %	25 %	291615497
96	NC_013958	CTGG	2	8	33153	33160	0 %	25 %	50 %	25 %	291615497
97	NC_013958	GAAG	2	8	33162	33169	50 %	0 %	50 %	0 %	291615497
98	NC_013958	GCGG	2	8	33552	33559	0 %	0 %	75 %	25 %	291615497
99	NC_013958	CTGG	2	8	34381	34388	0 %	25 %	50 %	25 %	291615499
100	NC_013958	TGGA	2	8	34420	34427	25 %	25 %	50 %	0 %	291615499
101	NC_013958	TTCC	2	8	34614	34621	0 %	50 %	0 %	50 %	291615499
102	NC_013958	TAGC	2	8	35377	35384	25 %	25 %	25 %	25 %	291615500
103	NC_013958	CAAG	2	8	35969	35976	50 %	0 %	25 %	25 %	291615500
104	NC_013958	TAAA	2	8	35989	35996	75 %	25 %	0 %	0 %	291615500
105	NC_013958	TCAA	2	8	36069	36076	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_013958	TCAA	2	8	36261	36268	50 %	25 %	0 %	25 %	291615501
107	NC_013958	AAAG	2	8	36554	36561	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013958	CTTC	2	8	36662	36669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_013958	TCAA	2	8	36791	36798	50 %	25 %	0 %	25 %	291615502
110	NC_013958	CTTA	2	8	36895	36902	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_013958	TACG	2	8	37186	37193	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_013958	AGAA	2	8	37254	37261	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013958	GGCC	2	8	37885	37892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
114	NC_013958	GGCC	2	8	37913	37920	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_013958	GAGC	2	8	37944	37951	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_013958	GAGC	2	8	38079	38086	25 %	0 %	50 %	25 %	291615503
117	NC_013958	GACA	2	8	38236	38243	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_013958	GAGG	2	8	38252	38259	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013958	ATAA	2	8	38359	38366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013958	GGCA	2	8	38716	38723	25 %	0 %	50 %	25 %	291615504
121	NC_013958	GCAG	2	8	39137	39144	25 %	0 %	50 %	25 %	291615504
122	NC_013958	CCTG	2	8	39709	39716	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_013958	ATGC	2	8	39807	39814	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_013958	CTTA	2	8	40299	40306	25 %	50 %	0 %	25 %	291615505
125	NC_013958	ACGC	2	8	40553	40560	25 %	0 %	25 %	50 %	291615505
126	NC_013958	GGTG	3	12	40631	40642	0 %	25 %	75 %	0 %	291615505
127	NC_013958	GTTT	2	8	40854	40861	0 %	75 %	25 %	0 %	291615505
128	NC_013958	TGCT	2	8	41926	41933	0 %	50 %	25 %	25 %	291615507
129	NC_013958	TCAC	2	8	42460	42467	25 %	25 %	0 %	50 %	291615508
130	NC_013958	TTAT	2	8	42773	42780	25 %	75 %	0 %	0 %	291615508
131	NC_013958	GGTT	2	8	43094	43101	0 %	50 %	50 %	0 %	291615509
132	NC_013958	TGGG	2	8	44391	44398	0 %	25 %	75 %	0 %	291615510
133	NC_013958	CTGG	2	8	45208	45215	0 %	25 %	50 %	25 %	291615511
134	NC_013958	AAAC	2	8	45500	45507	75 %	0 %	0 %	25 %	291615511
135	NC_013958	TGCG	2	8	45600	45607	0 %	25 %	50 %	25 %	291615511
136	NC_013958	CTTT	2	8	45650	45657	0 %	75 %	0 %	25 %	291615511
137	NC_013958	GCTG	2	8	46476	46483	0 %	25 %	50 %	25 %	291615512
138	NC_013958	TCGC	2	8	46991	46998	0 %	25 %	25 %	50 %	291615512
139	NC_013958	ACTC	2	8	47295	47302	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_013958	TCGA	2	8	47704	47711	25 %	25 %	25 %	25 %	291615513
141	NC_013958	GAAC	2	8	47901	47908	50 %	0 %	25 %	25 %	291615513
142	NC_013958	ATGG	2	8	48895	48902	25 %	25 %	50 %	0 %	291615513
143	NC_013958	ATCT	2	8	51350	51357	25 %	50 %	0 %	25 %	291615514
144	NC_013958	CTGC	2	8	51721	51728	0 %	25 %	25 %	50 %	291615514
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.