MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 plasmid pNHAL01

Total Repeats: 42

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013958	CCTC	2	8	6427	6434	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
2	NC_013958	TCCC	2	8	7305	7312	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
3	NC_013958	TGCC	2	8	7401	7408	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_013958	TTAA	2	8	11070	11077	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013958	AATT	2	8	11881	11888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013958	TATG	2	8	12059	12066	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013958	AATT	2	8	13220	13227	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013958	TAGT	2	8	13669	13676	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013958	AAGG	2	8	13705	13712	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013958	AGGT	2	8	14145	14152	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013958	GGCG	2	8	14197	14204	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
12	NC_013958	TTGT	2	8	15277	15284	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013958	CTTC	2	8	16444	16451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013958	GGGC	2	8	19154	19161	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
15	NC_013958	AAGG	2	8	21666	21673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013958	AAGA	2	8	22009	22016	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013958	AGCC	2	8	23424	23431	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013958	GAGC	2	8	24261	24268	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013958	GGCG	2	8	24276	24283	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
20	NC_013958	AGTA	2	8	24757	24764	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013958	AAAT	2	8	25553	25560	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013958	AACT	2	8	25563	25570	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_013958	CCGC	2	8	26215	26222	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
24	NC_013958	AACT	2	8	28337	28344	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_013958	TCAA	2	8	36069	36076	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
26	NC_013958	AAAG	2	8	36554	36561	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013958	CTTC	2	8	36662	36669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_013958	CTTA	2	8	36895	36902	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_013958	TACG	2	8	37186	37193	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_013958	AGAA	2	8	37254	37261	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013958	GGCC	2	8	37885	37892	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_013958	GGCC	2	8	37913	37920	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
33	NC_013958	GAGC	2	8	37944	37951	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_013958	GACA	2	8	38236	38243	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
35	NC_013958	GAGG	2	8	38252	38259	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013958	ATAA	2	8	38359	38366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013958	CCTG	2	8	39709	39716	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_013958	ATGC	2	8	39807	39814	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
39	NC_013958	ACTC	2	8	47295	47302	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013958	GCTC	2	8	52300	52307	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
41	NC_013958	AGGG	2	8	53696	53703	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013958	AGTC	2	8	58562	58569	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.