MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Nitrosococcus halophilus Nc4 plasmid pNHAL01

Total Repeats: 144

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013958	AATC	2	8	637	644	50 %	25 %	0 %	25 %	291615454
2	NC_013958	CCGG	2	8	1345	1352	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
3	NC_013958	TCAA	2	8	1529	1536	50 %	25 %	0 %	25 %	291615454
4	NC_013958	TTGA	2	8	1738	1745	25 %	50 %	25 %	0 %	291615454
5	NC_013958	CCGG	2	8	1896	1903	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
6	NC_013958	CTTC	2	8	2217	2224	0 %	50 %	0 %	50 %	291615454
7	NC_013958	CCGG	2	8	2846	2853	0 %	0 %	50 %	50 %	291615454
8	NC_013958	TGGG	2	8	3167	3174	0 %	25 %	75 %	0 %	291615454
9	NC_013958	CCAG	2	8	3189	3196	25 %	0 %	25 %	50 %	291615454
10	NC_013958	GGTG	2	8	3633	3640	0 %	25 %	75 %	0 %	291615455
11	NC_013958	CCAT	2	8	3791	3798	25 %	25 %	0 %	50 %	291615455
12	NC_013958	CGGT	2	8	5005	5012	0 %	25 %	50 %	25 %	291615456
13	NC_013958	CGGT	2	8	7114	7121	0 %	25 %	50 %	25 %	291615458
14	NC_013958	ATAA	2	8	7710	7717	75 %	25 %	0 %	0 %	291615459
15	NC_013958	GACC	2	8	7760	7767	25 %	0 %	25 %	50 %	291615459
16	NC_013958	AAAT	2	8	8203	8210	75 %	25 %	0 %	0 %	291615459
17	NC_013958	TGAG	2	8	8802	8809	25 %	25 %	50 %	0 %	291615460
18	NC_013958	GCCA	2	8	9660	9667	25 %	0 %	25 %	50 %	291615462
19	NC_013958	AAAG	2	8	11384	11391	75 %	0 %	25 %	0 %	291615465
20	NC_013958	AGGG	2	8	11678	11685	25 %	0 %	75 %	0 %	291615466
21	NC_013958	CTGC	2	8	12296	12303	0 %	25 %	25 %	50 %	291615467
22	NC_013958	CGCT	2	8	12639	12646	0 %	25 %	25 %	50 %	291615467
23	NC_013958	AGGG	2	8	12681	12688	25 %	0 %	75 %	0 %	291615467
24	NC_013958	ATCA	2	8	13532	13539	50 %	25 %	0 %	25 %	291615468
25	NC_013958	AGTC	2	8	13889	13896	25 %	25 %	25 %	25 %	291615469
26	NC_013958	TGGC	2	8	14725	14732	0 %	25 %	50 %	25 %	291615471
27	NC_013958	GGAA	2	8	14741	14748	50 %	0 %	50 %	0 %	291615471
28	NC_013958	CGAG	2	8	14781	14788	25 %	0 %	50 %	25 %	291615471
29	NC_013958	AGCT	2	8	14972	14979	25 %	25 %	25 %	25 %	291615471
30	NC_013958	GAAA	2	8	15402	15409	75 %	0 %	25 %	0 %	291615472
31	NC_013958	GCGG	2	8	15822	15829	0 %	0 %	75 %	25 %	291615472
32	NC_013958	GCTT	2	8	16057	16064	0 %	50 %	25 %	25 %	291615473
33	NC_013958	TCGG	2	8	16092	16099	0 %	25 %	50 %	25 %	291615473
34	NC_013958	TTGT	2	8	16105	16112	0 %	75 %	25 %	0 %	291615473
35	NC_013958	GCGG	2	8	16942	16949	0 %	0 %	75 %	25 %	291615475
36	NC_013958	GATT	2	8	18081	18088	25 %	50 %	25 %	0 %	291615477
37	NC_013958	ATTT	2	8	18130	18137	25 %	75 %	0 %	0 %	291615477
38	NC_013958	CCAT	2	8	18218	18225	25 %	25 %	0 %	50 %	291615477
39	NC_013958	GGGC	2	8	18791	18798	0 %	0 %	75 %	25 %	291615478
40	NC_013958	CAGG	2	8	19051	19058	25 %	0 %	50 %	25 %	291615478
41	NC_013958	ATCT	2	8	19061	19068	25 %	50 %	0 %	25 %	291615478
42	NC_013958	TCGT	2	8	19132	19139	0 %	50 %	25 %	25 %	291615478
43	NC_013958	CATT	2	8	19262	19269	25 %	50 %	0 %	25 %	291615479
44	NC_013958	TCTT	2	8	19995	20002	0 %	75 %	0 %	25 %	291615479
45	NC_013958	TCGG	2	8	20847	20854	0 %	25 %	50 %	25 %	291615480
46	NC_013958	CTCA	2	8	21185	21192	25 %	25 %	0 %	50 %	291615481
47	NC_013958	CAGC	2	8	21208	21215	25 %	0 %	25 %	50 %	291615481
48	NC_013958	ATAC	2	8	21379	21386	50 %	25 %	0 %	25 %	291615481
49	NC_013958	TTCC	2	8	22373	22380	0 %	50 %	0 %	50 %	291615483
50	NC_013958	GCTC	2	8	22405	22412	0 %	25 %	25 %	50 %	291615483
51	NC_013958	TTGC	2	8	22523	22530	0 %	50 %	25 %	25 %	291615483
52	NC_013958	CCGA	2	8	23003	23010	25 %	0 %	25 %	50 %	291615484
53	NC_013958	GACC	2	8	23092	23099	25 %	0 %	25 %	50 %	291615484
54	NC_013958	AGCG	2	8	23360	23367	25 %	0 %	50 %	25 %	291615484
55	NC_013958	GAAC	2	8	23627	23634	50 %	0 %	25 %	25 %	291615485
56	NC_013958	AGGA	2	8	23738	23745	50 %	0 %	50 %	0 %	291615485
57	NC_013958	GCTG	2	8	25226	25233	0 %	25 %	50 %	25 %	291615487
58	NC_013958	ACCA	2	8	26049	26056	50 %	0 %	0 %	50 %	291615488
59	NC_013958	CGCC	2	8	26459	26466	0 %	0 %	25 %	75 %	291615489
60	NC_013958	CGAT	2	8	26903	26910	25 %	25 %	25 %	25 %	291615489
61	NC_013958	CGGT	2	8	26938	26945	0 %	25 %	50 %	25 %	291615489
62	NC_013958	TCTT	2	8	28436	28443	0 %	75 %	0 %	25 %	291615491
63	NC_013958	AGTA	2	8	29007	29014	50 %	25 %	25 %	0 %	291615491
64	NC_013958	GGAA	2	8	29475	29482	50 %	0 %	50 %	0 %	291615492
65	NC_013958	TCGT	2	8	29703	29710	0 %	50 %	25 %	25 %	291615493
66	NC_013958	CAAG	2	8	30581	30588	50 %	0 %	25 %	25 %	291615494
67	NC_013958	TCCT	2	8	30708	30715	0 %	50 %	0 %	50 %	291615494
68	NC_013958	TTTC	2	8	32346	32353	0 %	75 %	0 %	25 %	291615496
69	NC_013958	TGGA	2	8	32395	32402	25 %	25 %	50 %	0 %	291615496
70	NC_013958	GGCA	2	8	32831	32838	25 %	0 %	50 %	25 %	291615497
71	NC_013958	ATCT	2	8	33109	33116	25 %	50 %	0 %	25 %	291615497
72	NC_013958	CTGG	2	8	33153	33160	0 %	25 %	50 %	25 %	291615497
73	NC_013958	GAAG	2	8	33162	33169	50 %	0 %	50 %	0 %	291615497
74	NC_013958	GCGG	2	8	33552	33559	0 %	0 %	75 %	25 %	291615497
75	NC_013958	CTGG	2	8	34381	34388	0 %	25 %	50 %	25 %	291615499
76	NC_013958	TGGA	2	8	34420	34427	25 %	25 %	50 %	0 %	291615499
77	NC_013958	TTCC	2	8	34614	34621	0 %	50 %	0 %	50 %	291615499
78	NC_013958	TAGC	2	8	35377	35384	25 %	25 %	25 %	25 %	291615500
79	NC_013958	CAAG	2	8	35969	35976	50 %	0 %	25 %	25 %	291615500
80	NC_013958	TAAA	2	8	35989	35996	75 %	25 %	0 %	0 %	291615500
81	NC_013958	TCAA	2	8	36261	36268	50 %	25 %	0 %	25 %	291615501
82	NC_013958	TCAA	2	8	36791	36798	50 %	25 %	0 %	25 %	291615502
83	NC_013958	GAGC	2	8	38079	38086	25 %	0 %	50 %	25 %	291615503
84	NC_013958	GGCA	2	8	38716	38723	25 %	0 %	50 %	25 %	291615504
85	NC_013958	GCAG	2	8	39137	39144	25 %	0 %	50 %	25 %	291615504
86	NC_013958	CTTA	2	8	40299	40306	25 %	50 %	0 %	25 %	291615505
87	NC_013958	ACGC	2	8	40553	40560	25 %	0 %	25 %	50 %	291615505
88	NC_013958	GGTG	3	12	40631	40642	0 %	25 %	75 %	0 %	291615505
89	NC_013958	GTTT	2	8	40854	40861	0 %	75 %	25 %	0 %	291615505
90	NC_013958	TGCT	2	8	41926	41933	0 %	50 %	25 %	25 %	291615507
91	NC_013958	TCAC	2	8	42460	42467	25 %	25 %	0 %	50 %	291615508
92	NC_013958	TTAT	2	8	42773	42780	25 %	75 %	0 %	0 %	291615508
93	NC_013958	GGTT	2	8	43094	43101	0 %	50 %	50 %	0 %	291615509
94	NC_013958	TGGG	2	8	44391	44398	0 %	25 %	75 %	0 %	291615510
95	NC_013958	CTGG	2	8	45208	45215	0 %	25 %	50 %	25 %	291615511
96	NC_013958	AAAC	2	8	45500	45507	75 %	0 %	0 %	25 %	291615511
97	NC_013958	TGCG	2	8	45600	45607	0 %	25 %	50 %	25 %	291615511
98	NC_013958	CTTT	2	8	45650	45657	0 %	75 %	0 %	25 %	291615511
99	NC_013958	GCTG	2	8	46476	46483	0 %	25 %	50 %	25 %	291615512
100	NC_013958	TCGC	2	8	46991	46998	0 %	25 %	25 %	50 %	291615512
101	NC_013958	TCGA	2	8	47704	47711	25 %	25 %	25 %	25 %	291615513
102	NC_013958	GAAC	2	8	47901	47908	50 %	0 %	25 %	25 %	291615513
103	NC_013958	ATGG	2	8	48895	48902	25 %	25 %	50 %	0 %	291615513
104	NC_013958	ATCT	2	8	51350	51357	25 %	50 %	0 %	25 %	291615514
105	NC_013958	CTGC	2	8	51721	51728	0 %	25 %	25 %	50 %	291615514
106	NC_013958	GGTA	2	8	52196	52203	25 %	25 %	50 %	0 %	291615515
107	NC_013958	GGGA	2	8	53074	53081	25 %	0 %	75 %	0 %	291615516
108	NC_013958	GCCT	2	8	53184	53191	0 %	25 %	25 %	50 %	291615516
109	NC_013958	CGGG	2	8	53892	53899	0 %	0 %	75 %	25 %	291615517
110	NC_013958	TATC	2	8	53967	53974	25 %	50 %	0 %	25 %	291615517
111	NC_013958	GACA	2	8	54101	54108	50 %	0 %	25 %	25 %	291615518
112	NC_013958	CCAG	2	8	54198	54205	25 %	0 %	25 %	50 %	291615518
113	NC_013958	CCGG	2	8	54821	54828	0 %	0 %	50 %	50 %	291615519
114	NC_013958	GACC	2	8	55300	55307	25 %	0 %	25 %	50 %	291615519
115	NC_013958	CATC	2	8	55655	55662	25 %	25 %	0 %	50 %	291615519
116	NC_013958	GCTG	2	8	55977	55984	0 %	25 %	50 %	25 %	291615519
117	NC_013958	TGGC	2	8	56018	56025	0 %	25 %	50 %	25 %	291615519
118	NC_013958	CGCC	2	8	56089	56096	0 %	0 %	25 %	75 %	291615519
119	NC_013958	ATTG	2	8	56635	56642	25 %	50 %	25 %	0 %	291615519
120	NC_013958	CTGG	2	8	56659	56666	0 %	25 %	50 %	25 %	291615519
121	NC_013958	CCCG	2	8	56684	56691	0 %	0 %	25 %	75 %	291615519
122	NC_013958	CTGG	2	8	56930	56937	0 %	25 %	50 %	25 %	291615519
123	NC_013958	GGTT	2	8	58821	58828	0 %	50 %	50 %	0 %	291615520
124	NC_013958	TCCA	2	8	59569	59576	25 %	25 %	0 %	50 %	291615521
125	NC_013958	GCCA	2	8	59680	59687	25 %	0 %	25 %	50 %	291615521
126	NC_013958	GACT	2	8	60648	60655	25 %	25 %	25 %	25 %	291615521
127	NC_013958	CTGG	2	8	61250	61257	0 %	25 %	50 %	25 %	291615521
128	NC_013958	AAGA	2	8	61258	61265	75 %	0 %	25 %	0 %	291615521
129	NC_013958	AAGT	2	8	61617	61624	50 %	25 %	25 %	0 %	291615521
130	NC_013958	GCGG	2	8	61659	61666	0 %	0 %	75 %	25 %	291615521
131	NC_013958	GTCG	2	8	61817	61824	0 %	25 %	50 %	25 %	291615521
132	NC_013958	TCCA	2	8	62014	62021	25 %	25 %	0 %	50 %	291615521
133	NC_013958	GCCC	2	8	62518	62525	0 %	0 %	25 %	75 %	291615521
134	NC_013958	TTAT	2	8	63082	63089	25 %	75 %	0 %	0 %	291615521
135	NC_013958	CATC	2	8	63284	63291	25 %	25 %	0 %	50 %	291615521
136	NC_013958	CAGC	2	8	63383	63390	25 %	0 %	25 %	50 %	291615521
137	NC_013958	GCTG	2	8	63663	63670	0 %	25 %	50 %	25 %	291615521
138	NC_013958	GAAT	2	8	64274	64281	50 %	25 %	25 %	0 %	291615521
139	NC_013958	GGCT	2	8	64471	64478	0 %	25 %	50 %	25 %	291615521
140	NC_013958	ACAT	2	8	64521	64528	50 %	25 %	0 %	25 %	291615521
141	NC_013958	ACGA	2	8	64593	64600	50 %	0 %	25 %	25 %	291615521
142	NC_013958	GCCA	2	8	64854	64861	25 %	0 %	25 %	50 %	291615521
143	NC_013958	CACG	2	8	64969	64976	25 %	0 %	25 %	50 %	291615521
144	NC_013958	CCCA	2	8	65237	65244	25 %	0 %	0 %	75 %	291615521

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.