MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Meiothermus ruber DSM 1279 chromosome

Total Repeats: 99

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013946	CCCGCC	2	12	11440	11451	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
2	NC_013946	GCCCAA	2	12	23882	23893	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
3	NC_013946	GGCCAG	2	12	65446	65457	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013946	CTTTTT	2	12	71769	71780	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013946	CCTGCT	2	12	100994	101005	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_013946	GAAAAG	2	12	147654	147665	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013946	CCTCCA	2	12	163330	163341	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_013946	AAGCGG	2	12	279537	279548	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013946	GGCTCG	2	12	375522	375533	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013946	CTGGGG	2	12	375536	375547	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_013946	GAGCTG	2	12	375556	375567	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_013946	TGGGGT	2	12	375606	375617	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013946	GGATTG	2	12	419214	419225	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013946	CCGGAA	2	12	461621	461632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013946	AGGCCA	2	12	482835	482846	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013946	CGGGCC	2	12	483224	483235	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_013946	ACTTCA	2	12	483322	483333	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013946	CTGGAG	2	12	533800	533811	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_013946	GGGAGG	2	12	533855	533866	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013946	CGCCTC	2	12	537063	537074	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_013946	TTTTCC	2	12	541387	541398	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013946	CGGTGG	2	12	542861	542872	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013946	AGGCCC	2	12	544581	544592	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013946	CTCCAG	2	12	558339	558350	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
25	NC_013946	AAAAAC	2	12	559046	559057	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_013946	CCAGAA	2	12	577676	577687	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_013946	TAAAAA	2	12	577828	577839	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013946	CCTGGC	2	12	581981	581992	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_013946	AGGCCG	2	12	582753	582764	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013946	TTTCTG	2	12	588106	588117	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_013946	AAAAAG	2	12	590704	590715	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013946	TGGGCC	2	12	681604	681615	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013946	GCAGGC	2	12	746855	746866	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013946	GGGCCC	2	12	773382	773393	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013946	GTTGGC	2	12	787000	787011	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013946	GTTTGG	2	12	789023	789034	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013946	GGAGGC	2	12	802833	802844	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013946	GGGCTG	2	12	810681	810692	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013946	AGATTT	2	12	810732	810743	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013946	CTACCG	2	12	891155	891166	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
41	NC_013946	TGCAAA	2	12	961612	961623	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013946	CATTAT	2	12	961949	961960	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_013946	GCCTCG	2	12	999490	999501	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_013946	GAGCAA	2	12	1142635	1142646	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_013946	TTTGTG	2	12	1144157	1144168	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013946	ACCTCG	2	12	1145172	1145183	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
47	NC_013946	TCGAGG	2	12	1146195	1146206	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013946	TGGAGG	2	12	1249585	1249596	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013946	CAAGAA	2	12	1250552	1250563	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_013946	CGGGCA	2	12	1259166	1259177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_013946	TTGCTC	2	12	1377019	1377030	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013946	ACCCGA	2	12	1404086	1404097	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013946	TTTTGC	2	12	1415593	1415604	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013946	CTGGCC	2	12	1458818	1458829	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_013946	ATAATG	2	12	1497550	1497561	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013946	ACCAGC	2	12	1519551	1519562	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_013946	GGGGTT	2	12	1636259	1636270	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013946	GGCCTG	2	12	1791772	1791783	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013946	CCCTGG	2	12	1791979	1791990	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013946	CGGCCT	2	12	1817633	1817644	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013946	CCGGGA	2	12	1859261	1859272	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013946	GGCCAG	2	12	1864609	1864620	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013946	AGATGC	2	12	1868033	1868044	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_013946	CCGCTT	2	12	1953395	1953406	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013946	TTACTT	2	12	2062652	2062663	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_013946	AGGTGG	2	12	2067389	2067400	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013946	AAGCGG	2	12	2071836	2071847	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013946	GTGGGC	2	12	2110897	2110908	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013946	CCTCGG	2	12	2111451	2111462	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013946	GGGCCA	2	12	2111649	2111660	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_013946	GTTGTA	2	12	2137972	2137983	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013946	CGGATT	2	12	2305423	2305434	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_013946	GCTGTT	2	12	2312061	2312072	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013946	GAAAAA	2	12	2329187	2329198	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013946	GCCTGG	2	12	2329258	2329269	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013946	GAACAT	2	12	2329653	2329664	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_013946	CGGGAC	2	12	2329877	2329888	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013946	CGCGGG	2	12	2329913	2329924	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013946	GCGCTG	2	12	2391354	2391365	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013946	TTCAGA	2	12	2433261	2433272	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_013946	CCTGCA	2	12	2462689	2462700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_013946	GTTGGG	2	12	2480766	2480777	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013946	AGCCCC	2	12	2525782	2525793	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_013946	AAACGG	2	12	2582944	2582955	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_013946	GGCTCT	2	12	2647881	2647892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013946	GGGGCT	2	12	2657796	2657807	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_013946	CAGTTT	2	12	2767235	2767246	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_013946	CACCCC	2	12	2770489	2770500	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
89	NC_013946	GTCACA	2	12	2816032	2816043	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_013946	CTGGTG	2	12	2817692	2817703	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_013946	TGGGGG	2	12	2848679	2848690	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013946	CTACCG	2	12	2863195	2863206	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_013946	GGGGGT	2	12	2866998	2867009	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013946	ATCCAG	2	12	2898710	2898721	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_013946	GGGCCT	2	12	2901435	2901446	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_013946	CCGCAT	2	12	2945130	2945141	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_013946	GCCGCA	2	12	3009509	3009520	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_013946	AGGGTC	2	12	3051860	3051871	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_013946	CTGTGG	2	12	3053330	3053341	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.