MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O55:H7 str. CB9615 plasmid pO55

Total Repeats: 50

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013942	TGTAC	2	10	500	509	20 %	40 %	20 %	20 %	291285841
2	NC_013942	GGAAG	2	10	1176	1185	40 %	0 %	60 %	0 %	291285843
3	NC_013942	CCGCT	2	10	4669	4678	0 %	20 %	20 %	60 %	291285848
4	NC_013942	TGGCA	2	10	5258	5267	20 %	20 %	40 %	20 %	291285850
5	NC_013942	TTTAT	2	10	5698	5707	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013942	CAGGG	2	10	7254	7263	20 %	0 %	60 %	20 %	291285853
7	NC_013942	ACCTG	2	10	10338	10347	20 %	20 %	20 %	40 %	291285859
8	NC_013942	CTGGT	2	10	10613	10622	0 %	40 %	40 %	20 %	291285860
9	NC_013942	GAACG	2	10	11064	11073	40 %	0 %	40 %	20 %	291285860
10	NC_013942	TCGGG	2	10	12801	12810	0 %	20 %	60 %	20 %	291285863
11	NC_013942	TCTGT	2	10	13646	13655	0 %	60 %	20 %	20 %	291285866
12	NC_013942	CGTTC	2	10	17501	17510	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013942	CGGCA	2	10	17786	17795	20 %	0 %	40 %	40 %	291285872
14	NC_013942	ATGCT	2	10	20002	20011	20 %	40 %	20 %	20 %	291285874
15	NC_013942	CCCGG	2	10	23505	23514	0 %	0 %	40 %	60 %	291285877
16	NC_013942	GAGGT	2	10	24006	24015	20 %	20 %	60 %	0 %	291285878
17	NC_013942	GAGGT	2	10	26461	26470	20 %	20 %	60 %	0 %	291285882
18	NC_013942	AGTGG	2	10	27421	27430	20 %	20 %	60 %	0 %	291285883
19	NC_013942	TCGTT	2	10	28423	28432	0 %	60 %	20 %	20 %	291285884
20	NC_013942	GTTCA	2	10	29504	29513	20 %	40 %	20 %	20 %	291285886
21	NC_013942	CCTGT	2	10	30979	30988	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_013942	GCCCC	2	10	31134	31143	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
23	NC_013942	CTGAA	2	10	31587	31596	40 %	20 %	20 %	20 %	291285891
24	NC_013942	TATTG	2	10	33549	33558	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013942	TCTTT	2	10	34190	34199	0 %	80 %	0 %	20 %	291285896
26	NC_013942	TCAGT	2	10	37147	37156	20 %	40 %	20 %	20 %	291285901
27	NC_013942	AGAAA	2	10	37693	37702	80 %	0 %	20 %	0 %	291285901
28	NC_013942	CGGCC	2	10	39447	39456	0 %	0 %	40 %	60 %	291285905
29	NC_013942	GGCTG	2	10	45749	45758	0 %	20 %	60 %	20 %	291285910
30	NC_013942	CGGGC	2	10	47002	47011	0 %	0 %	60 %	40 %	291285911
31	NC_013942	GTTCG	2	10	47641	47650	0 %	40 %	40 %	20 %	291285912
32	NC_013942	AAGGT	2	10	47990	47999	40 %	20 %	40 %	0 %	291285912
33	NC_013942	GTACA	2	10	48010	48019	40 %	20 %	20 %	20 %	291285912
34	NC_013942	CAAAA	2	10	48485	48494	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_013942	ATTTT	2	10	48849	48858	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013942	TAAAA	2	10	49287	49296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013942	ACGTA	2	10	55147	55156	40 %	20 %	20 %	20 %	291285925
38	NC_013942	CTTCT	2	10	55602	55611	0 %	60 %	0 %	40 %	291285926
39	NC_013942	ACATA	2	10	56230	56239	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013942	CAGCT	2	10	56345	56354	20 %	20 %	20 %	40 %	291285927
41	NC_013942	ATTTT	2	10	58625	58634	20 %	80 %	0 %	0 %	291285933
42	NC_013942	TGGCA	2	10	59150	59159	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013942	AAAGA	2	10	59509	59518	80 %	0 %	20 %	0 %	291285935
44	NC_013942	CAGTA	2	10	59798	59807	40 %	20 %	20 %	20 %	291285935
45	NC_013942	ACCGG	2	10	63140	63149	20 %	0 %	40 %	40 %	291285939
46	NC_013942	CGCGG	2	10	63273	63282	0 %	0 %	60 %	40 %	291285940
47	NC_013942	ACGGG	2	10	63325	63334	20 %	0 %	60 %	20 %	291285940
48	NC_013942	GCTGG	2	10	63971	63980	0 %	20 %	60 %	20 %	291285942
49	NC_013942	ATGGA	2	10	64599	64608	40 %	20 %	40 %	0 %	291285944
50	NC_013942	CCGCC	2	10	65642	65651	0 %	0 %	20 %	80 %	291285946

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.