MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermoanaerobacter italicus Ab9 chromosome

Total Repeats: 446

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013921	ATTAA	2	10	321	330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013921	AATTA	2	10	341	350	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013921	TTATT	2	10	1930	1939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013921	TATAT	2	10	9258	9267	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013921	ATAAA	2	10	9385	9394	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013921	TGAAT	2	10	27412	27421	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013921	TTTAA	2	10	29309	29318	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013921	ATTGT	2	10	36943	36952	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013921	TCGTG	2	10	47486	47495	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013921	GGGAG	2	10	48670	48679	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013921	AAGAG	2	10	48788	48797	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013921	AGAGG	2	10	50020	50029	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013921	AGGGG	2	10	50119	50128	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013921	ATTTT	2	10	51532	51541	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013921	ATTCA	2	10	53154	53163	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013921	TAAGA	2	10	53241	53250	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013921	CTTAC	2	10	89268	89277	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
18	NC_013921	TCGTG	2	10	91572	91581	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_013921	GTAAG	2	10	92194	92203	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013921	GGGAG	2	10	92755	92764	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013921	AGAGG	2	10	94023	94032	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013921	AGGGG	2	10	94122	94131	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013921	TTTAA	2	10	96530	96539	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013921	TTTAG	2	10	99563	99572	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013921	AATAA	2	10	101550	101559	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013921	ATAAA	2	10	109735	109744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013921	AACTT	2	10	112662	112671	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013921	TAAAT	2	10	118578	118587	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013921	AATAA	2	10	123546	123555	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013921	TATAA	2	10	127381	127390	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013921	AAATA	2	10	131433	131442	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013921	CTTTT	2	10	150965	150974	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013921	CCCAA	2	10	156332	156341	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
34	NC_013921	ATTAT	2	10	183310	183319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013921	AAAAT	2	10	185722	185731	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013921	TAAAT	2	10	187509	187518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013921	GCTAT	2	10	200001	200010	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_013921	TAATA	2	10	213983	213992	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013921	AAATA	2	10	219506	219515	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013921	TAAAA	2	10	228824	228833	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013921	AATTT	2	10	260929	260938	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013921	AAAAC	2	10	266414	266423	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013921	AGATA	2	10	279347	279356	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013921	TGATT	2	10	288133	288142	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013921	TGTAA	2	10	288270	288279	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013921	TTTTA	2	10	290837	290846	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013921	ATCAT	2	10	303998	304007	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013921	TCCTC	2	10	306614	306623	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_013921	GCTAT	2	10	307556	307565	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013921	AAAAC	2	10	308382	308391	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013921	AGATA	2	10	308596	308605	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013921	GATAG	2	10	308774	308783	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013921	ATTTT	2	10	309960	309969	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013921	GTGCA	2	10	310406	310415	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013921	TTAAC	2	10	316324	316333	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
56	NC_013921	AGTAA	2	10	316397	316406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013921	ATATA	2	10	330141	330150	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013921	TGGGA	2	10	342220	342229	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013921	TTATA	2	10	356413	356422	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013921	AATAA	2	10	356599	356608	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013921	TAAAA	2	10	358355	358364	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013921	TTATT	2	10	384241	384250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013921	TATTT	2	10	413957	413966	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013921	AAGAA	2	10	415624	415633	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013921	TCAAT	2	10	415800	415809	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013921	TTTAT	2	10	416853	416862	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013921	GCATT	2	10	417857	417866	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013921	TCTAA	2	10	420672	420681	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013921	CTCTT	2	10	420973	420982	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_013921	AGGGT	2	10	427889	427898	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013921	GTAAA	2	10	440657	440666	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013921	TTACA	2	10	460740	460749	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_013921	AAAGA	2	10	475044	475053	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013921	GGTAA	2	10	485357	485366	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013921	TCCCG	2	10	495389	495398	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
76	NC_013921	ATATA	2	10	511968	511977	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013921	TTAAT	2	10	514352	514361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013921	AAAAG	2	10	514380	514389	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013921	ATTTT	2	10	535270	535279	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013921	ATATT	2	10	553428	553437	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013921	AGGAG	2	10	553524	553533	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013921	TAGCG	2	10	557494	557503	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_013921	TTATT	2	10	560047	560056	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013921	ATATA	2	10	561031	561040	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013921	AAAAT	2	10	567138	567147	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013921	TAATA	2	10	568400	568409	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013921	GATAA	2	10	579004	579013	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013921	TTACA	2	10	580046	580055	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013921	AGTTT	2	10	587777	587786	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013921	TTTTA	2	10	591442	591451	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013921	TGAGG	2	10	591498	591507	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013921	ATTTT	2	10	592297	592306	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013921	TTTTA	2	10	595519	595528	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013921	AAAAG	2	10	595575	595584	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013921	AATAA	2	10	606703	606712	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013921	GATAA	2	10	613860	613869	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013921	CTTAA	2	10	614079	614088	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013921	AAAAG	2	10	615591	615600	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013921	CAAAA	2	10	625905	625914	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013921	AAATC	2	10	629437	629446	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_013921	AATTA	2	10	637473	637482	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013921	AAAGG	2	10	642045	642054	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013921	ATGAA	2	10	647913	647922	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013921	ATTAA	2	10	649920	649929	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013921	TTATT	2	10	652382	652391	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013921	CCTTT	2	10	663024	663033	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_013921	TTTGT	2	10	663392	663401	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013921	ATATT	2	10	693317	693326	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013921	TCCTC	2	10	695112	695121	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
110	NC_013921	ATTGG	2	10	696375	696384	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013921	ATGAT	2	10	696549	696558	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013921	AAAAG	2	10	697294	697303	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013921	TTTAT	2	10	702523	702532	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013921	ATTTA	2	10	702546	702555	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013921	GTTTA	2	10	704280	704289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013921	ATATT	2	10	704367	704376	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013921	TGGAA	2	10	704781	704790	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013921	AAATA	2	10	714449	714458	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013921	TAAAA	2	10	714506	714515	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013921	TAAGT	2	10	727203	727212	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013921	ATTAA	2	10	729260	729269	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013921	TAAAA	2	10	729437	729446	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013921	AAAGA	2	10	735098	735107	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013921	TTGTT	2	10	751951	751960	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013921	AAAGG	2	10	753467	753476	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013921	CCATT	2	10	761509	761518	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_013921	CTTTT	2	10	761962	761971	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_013921	ATGTT	2	10	762718	762727	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013921	ACCTG	2	10	762888	762897	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_013921	AATAT	2	10	771697	771706	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013921	TTTTA	2	10	774758	774767	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013921	AACAT	2	10	774768	774777	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013921	AGTTT	2	10	794639	794648	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013921	GAAAC	2	10	804276	804285	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013921	AAGCT	2	10	805923	805932	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013921	ATAAA	2	10	809606	809615	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013921	AATAA	2	10	813211	813220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013921	ATAAA	2	10	814381	814390	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013921	GAAGG	2	10	819294	819303	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013921	ATATA	2	10	821992	822001	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013921	TGGAT	2	10	823213	823222	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013921	TAATA	2	10	824694	824703	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013921	AAGCG	2	10	825809	825818	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013921	AATTA	2	10	831316	831325	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013921	AATAA	2	10	845265	845274	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013921	ACTAA	2	10	852317	852326	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_013921	AACAT	2	10	852484	852493	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_013921	GTATG	2	10	860861	860870	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013921	CCATT	2	10	872881	872890	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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431	NC_013921	TAAAA	2	10	2394193	2394202	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
432	NC_013921	TAATT	2	10	2396025	2396034	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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446	NC_013921	TTAAA	2	10	2439173	2439182	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.