MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermocrinis albus DSM 14484 chromosome

Total Repeats: 186

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013894	TTAG	2	8	23117	23124	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013894	GGAA	2	8	77457	77464	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013894	CAGA	2	8	77506	77513	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_013894	AAGA	2	8	78873	78880	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013894	ACCG	2	8	100643	100650	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_013894	CAGC	2	8	110627	110634	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
7	NC_013894	AATT	2	8	110665	110672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013894	TAAT	2	8	110978	110985	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013894	GTTT	2	8	125009	125016	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013894	AACC	2	8	125041	125048	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_013894	AAGG	2	8	164133	164140	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013894	GAAG	2	8	178274	178281	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013894	TGCG	4	16	178682	178697	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
14	NC_013894	AGAT	2	8	179004	179011	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013894	CTTT	2	8	179034	179041	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_013894	CAAT	2	8	179429	179436	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_013894	AAAC	2	8	179465	179472	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_013894	GCTT	2	8	179836	179843	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013894	CATA	2	8	179966	179973	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_013894	AAGA	2	8	180029	180036	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013894	TTTC	2	8	182562	182569	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_013894	TTAT	2	8	204991	204998	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013894	GGCA	2	8	205235	205242	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_013894	CTTC	2	8	205294	205301	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_013894	CTGT	2	8	205332	205339	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
26	NC_013894	TGCC	2	8	205510	205517	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_013894	TCCT	2	8	205751	205758	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_013894	ACCC	2	8	210626	210633	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
29	NC_013894	GGTG	2	8	210677	210684	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013894	CACC	2	8	226005	226012	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
31	NC_013894	TAAT	2	8	234725	234732	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013894	AAGG	2	8	248050	248057	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013894	AAGG	2	8	248481	248488	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013894	GAAA	2	8	248785	248792	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013894	AACA	2	8	249613	249620	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_013894	GCTC	2	8	249745	249752	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_013894	GAAA	2	8	250068	250075	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013894	CAGC	2	8	297980	297987	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_013894	AATT	2	8	298018	298025	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013894	CTCC	2	8	312247	312254	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
41	NC_013894	CCCT	2	8	312255	312262	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
42	NC_013894	TTTG	2	8	312270	312277	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013894	GAGG	2	8	314045	314052	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013894	AAGA	2	8	314138	314145	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013894	CCTT	2	8	320210	320217	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
46	NC_013894	GAAA	2	8	328140	328147	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013894	CCGC	2	8	345173	345180	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_013894	GTAA	2	8	389348	389355	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013894	GCTG	2	8	389663	389670	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
50	NC_013894	GAAA	2	8	390322	390329	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013894	TCTG	2	8	391480	391487	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_013894	TCTG	2	8	391747	391754	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_013894	GAAC	2	8	399127	399134	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_013894	GAAG	2	8	405219	405226	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013894	ATTT	2	8	412903	412910	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013894	AAGT	2	8	414659	414666	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013894	GGCT	2	8	417954	417961	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_013894	CATA	2	8	418024	418031	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_013894	CCTT	2	8	434279	434286	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_013894	TTTC	2	8	437182	437189	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_013894	GGAG	2	8	439220	439227	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013894	TAGG	2	8	487648	487655	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013894	CGGA	2	8	491465	491472	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_013894	GACC	2	8	534742	534749	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013894	GGAG	2	8	556062	556069	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013894	TATT	2	8	576755	576762	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013894	GTAA	2	8	607467	607474	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013894	CAGC	2	8	616420	616427	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
69	NC_013894	CAGC	2	8	638027	638034	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013894	TAAT	2	8	638083	638090	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013894	AAAT	2	8	641854	641861	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013894	AAAT	2	8	641950	641957	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013894	GATA	2	8	642013	642020	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013894	AAGA	2	8	652263	652270	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013894	AGGA	2	8	655664	655671	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013894	GTGG	2	8	675813	675820	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013894	AGTA	2	8	683207	683214	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013894	ACAA	2	8	688487	688494	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_013894	GAGG	2	8	696621	696628	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013894	ATTA	2	8	726526	726533	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013894	GCTG	2	8	726582	726589	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
82	NC_013894	ATCT	2	8	730696	730703	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
83	NC_013894	AGTT	2	8	753735	753742	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013894	AGAA	2	8	779585	779592	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013894	CAAG	2	8	786368	786375	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_013894	ATTA	2	8	789560	789567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013894	TTCC	2	8	801977	801984	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_013894	TGCT	2	8	803023	803030	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013894	AATA	2	8	807477	807484	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013894	CGGG	2	8	812980	812987	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
91	NC_013894	GCTG	2	8	813176	813183	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_013894	AATT	2	8	813246	813253	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013894	AAGT	2	8	827072	827079	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013894	ATAC	2	8	827243	827250	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_013894	TCTT	2	8	851728	851735	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
96	NC_013894	GGAC	2	8	851979	851986	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
97	NC_013894	CCCT	2	8	852215	852222	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
98	NC_013894	CGGC	2	8	853382	853389	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_013894	TGCC	2	8	853775	853782	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
100	NC_013894	GACT	2	8	854331	854338	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_013894	GGAA	2	8	854425	854432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013894	GGAG	2	8	854858	854865	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013894	TCGC	2	8	855110	855117	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_013894	GACT	2	8	855774	855781	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_013894	GCCT	2	8	856531	856538	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_013894	GGCC	2	8	856892	856899	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_013894	TCCT	2	8	857248	857255	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_013894	TGCC	2	8	857441	857448	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_013894	AACT	2	8	922429	922436	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
110	NC_013894	TAAT	2	8	940243	940250	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013894	TCAT	2	8	988330	988337	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
112	NC_013894	ATTA	2	8	989480	989487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013894	AGGA	3	12	1032441	1032452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013894	TTCA	2	8	1041955	1041962	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_013894	CTAT	2	8	1068708	1068715	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
116	NC_013894	TTTC	2	8	1069138	1069145	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_013894	CATA	2	8	1071204	1071211	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_013894	TTAA	2	8	1072383	1072390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013894	AAGA	2	8	1072468	1072475	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013894	CCTT	2	8	1072581	1072588	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_013894	GATG	2	8	1072601	1072608	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013894	GGGA	2	8	1077435	1077442	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013894	GGGA	2	8	1101834	1101841	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013894	GCCC	2	8	1116694	1116701	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
125	NC_013894	AATT	2	8	1116730	1116737	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013894	CCCG	2	8	1116881	1116888	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
127	NC_013894	GCTG	2	8	1180126	1180133	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
128	NC_013894	ATTA	2	8	1185245	1185252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013894	TTGG	2	8	1194808	1194815	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013894	CTAT	2	8	1194828	1194835	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_013894	CAAG	2	8	1195092	1195099	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_013894	ACAG	2	8	1195184	1195191	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
133	NC_013894	GGAT	2	8	1195304	1195311	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013894	GCAG	2	8	1228298	1228305	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
135	NC_013894	AGGA	2	8	1228435	1228442	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013894	TAAA	2	8	1230532	1230539	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013894	CCAT	2	8	1266521	1266528	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_013894	GAAA	2	8	1277756	1277763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013894	TTTG	2	8	1278867	1278874	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013894	TAGG	2	8	1281523	1281530	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013894	CGGG	2	8	1284544	1284551	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
142	NC_013894	GGGC	2	8	1284727	1284734	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
143	NC_013894	CCCG	2	8	1288272	1288279	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
144	NC_013894	ATCC	2	8	1296179	1296186	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
145	NC_013894	AGGG	2	8	1296606	1296613	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013894	TAAA	2	8	1297286	1297293	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013894	TAGG	2	8	1300495	1300502	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013894	CCTT	2	8	1300525	1300532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
149	NC_013894	CGAA	2	8	1313964	1313971	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
150	NC_013894	CGGG	2	8	1320098	1320105	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
151	NC_013894	GCTG	2	8	1320287	1320294	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
152	NC_013894	ATGA	2	8	1325051	1325058	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013894	GATG	2	8	1352341	1352348	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_013894	CCTT	2	8	1467324	1467331	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
162	NC_013894	CCCA	2	8	1467399	1467406	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
163	NC_013894	ACCT	2	8	1467435	1467442	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
164	NC_013894	GTTG	2	8	1467959	1467966	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013894	AAGG	2	8	1468029	1468036	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_013894	TTTA	2	8	1479885	1479892	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_013894	GAGC	2	8	1488976	1488983	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
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172	NC_013894	AAAT	2	8	1489569	1489576	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_013894	GGCG	2	8	1490918	1490925	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
174	NC_013894	CCTC	2	8	1491232	1491239	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
175	NC_013894	ATCC	2	8	1495677	1495684	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
176	NC_013894	AATA	2	8	1496249	1496256	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_013894	ATTG	2	8	1496778	1496785	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
178	NC_013894	TGCC	2	8	1497861	1497868	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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182	NC_013894	GAAG	2	8	1498660	1498667	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
183	NC_013894	TTGC	2	8	1498728	1498735	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
184	NC_013894	TCCT	2	8	1499538	1499545	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
185	NC_013894	TCTG	2	8	1499612	1499619	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
186	NC_013894	AGGA	2	8	1499800	1499807	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.