MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Dehalococcoides sp. GT chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013890	ATTTC	2	10	5800	5809	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_013890	TAAAA	2	10	18489	18498	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013890	GGCCT	2	10	18590	18599	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013890	GGGCT	2	10	19873	19882	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013890	TATCT	2	10	41525	41534	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013890	GTGAA	2	10	48101	48110	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013890	TCCCG	2	10	50409	50418	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_013890	GCTTT	2	10	50497	50506	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013890	TAAAA	2	10	53211	53220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013890	TGTTT	2	10	57899	57908	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013890	TTCTA	2	10	64554	64563	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013890	CTTCC	2	10	72657	72666	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
13	NC_013890	CCCTG	2	10	79447	79456	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_013890	GTTCA	2	10	79574	79583	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013890	AACAA	2	10	104016	104025	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013890	AATTC	2	10	113540	113549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013890	TGACC	2	10	113634	113643	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_013890	GTAAA	2	10	135263	135272	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013890	AAATG	2	10	135457	135466	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013890	CTGAA	2	10	199965	199974	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013890	CAGGG	2	10	200093	200102	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013890	GAGGG	2	10	202681	202690	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013890	TTTTA	2	10	220953	220962	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013890	AGGTG	2	10	221003	221012	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013890	TAAGC	2	10	226217	226226	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013890	ATTAG	2	10	280218	280227	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013890	AGTCA	2	10	312282	312291	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013890	TGTTT	2	10	327392	327401	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013890	ATAAA	2	10	341821	341830	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013890	TTGAC	2	10	359218	359227	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013890	GGGCA	2	10	366241	366250	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013890	TACAA	2	10	369246	369255	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013890	ATAGC	2	10	387875	387884	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013890	GGGTA	2	10	394304	394313	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013890	ATTTA	2	10	485270	485279	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013890	AAATA	2	10	501254	501263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013890	ATATT	2	10	544244	544253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013890	CCCGA	2	10	545951	545960	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_013890	TATCT	2	10	582429	582438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013890	GGCAG	2	10	582835	582844	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013890	TTTAA	2	10	596633	596642	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013890	TAGAA	2	10	605021	605030	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013890	ACTAA	2	10	605923	605932	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013890	CTTTA	2	10	608527	608536	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_013890	GCTAA	2	10	610795	610804	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_013890	ATTGG	2	10	615209	615218	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013890	CTAAA	2	10	618017	618026	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013890	TATAG	2	10	620039	620048	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013890	CTTTT	2	10	622610	622619	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_013890	AGTAT	2	10	626725	626734	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013890	TATAA	2	10	631114	631123	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013890	TAAAT	2	10	652808	652817	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013890	TTATA	2	10	695968	695977	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013890	TTTTA	2	10	699610	699619	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013890	TTGCC	2	10	704725	704734	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013890	ATATT	2	10	728813	728822	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013890	TATAA	2	10	732174	732183	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013890	TTTCA	2	10	744947	744956	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013890	CAAAC	2	10	766476	766485	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013890	CTTTA	2	10	767181	767190	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013890	CCTGT	2	10	775160	775169	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_013890	ACAGA	2	10	812652	812661	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_013890	TAAAC	2	10	815203	815212	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013890	TGACG	2	10	820802	820811	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013890	ATATT	2	10	828641	828650	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013890	GGGAC	2	10	838247	838256	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013890	GCCCC	2	10	838326	838335	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
68	NC_013890	AAACC	2	10	852809	852818	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_013890	ACCCC	2	10	867846	867855	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
70	NC_013890	TTAAG	2	10	882526	882535	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013890	TGACC	2	10	884573	884582	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_013890	AACGC	2	10	910627	910636	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013890	GCCAT	2	10	936982	936991	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013890	ATAAA	2	10	945820	945829	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013890	TATAA	2	10	965867	965876	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013890	TCCGG	2	10	970227	970236	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_013890	CTGCC	2	10	970360	970369	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
78	NC_013890	TAGCA	2	10	986810	986819	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013890	AATAC	2	10	992910	992919	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013890	AGAAT	2	10	992991	993000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013890	AAAAG	2	10	993001	993010	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013890	TTATA	2	10	995793	995802	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013890	TACTA	2	10	1003446	1003455	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013890	CAGGT	2	10	1006045	1006054	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013890	AGACT	2	10	1009046	1009055	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013890	GAATT	2	10	1012992	1013001	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013890	TGAAA	2	10	1057284	1057293	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013890	AATCT	2	10	1105725	1105734	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013890	ATTAT	2	10	1127443	1127452	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013890	ATATT	2	10	1127487	1127496	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013890	ACAAG	2	10	1138030	1138039	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013890	AAATA	2	10	1155793	1155802	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013890	GGTAG	2	10	1176380	1176389	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013890	CCTAC	2	10	1176428	1176437	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
95	NC_013890	TAATA	2	10	1176880	1176889	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013890	AACTC	2	10	1189864	1189873	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_013890	AACCC	2	10	1194637	1194646	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
98	NC_013890	AAGTT	2	10	1200235	1200244	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013890	TTCAA	2	10	1206852	1206861	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013890	ATATT	2	10	1213198	1213207	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013890	GTTTT	2	10	1225428	1225437	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013890	GAATT	2	10	1230421	1230430	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013890	CTTAA	2	10	1234237	1234246	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013890	AGCTA	2	10	1253368	1253377	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013890	AGCCG	2	10	1260184	1260193	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_013890	CTTTC	2	10	1285606	1285615	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_013890	TAAAG	2	10	1285745	1285754	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013890	CCTCA	2	10	1291299	1291308	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
109	NC_013890	AACTG	2	10	1299016	1299025	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013890	GCCAT	2	10	1314561	1314570	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_013890	CTATA	2	10	1318983	1318992	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_013890	TATTT	2	10	1337611	1337620	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.