MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Thioalkalivibrio sp. K90mix chromosome

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013889	GGTTGT	2	12	63615	63626	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013889	GTTTTT	2	12	77691	77702	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013889	CGCGCA	2	12	105051	105062	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_013889	CGCTCG	2	12	114045	114056	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
5	NC_013889	CGGGGC	2	12	123799	123810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013889	GGTTCA	2	12	144786	144797	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013889	CGCTCG	2	12	184200	184211	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
8	NC_013889	TGCCGG	2	12	187626	187637	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013889	CGAGCG	2	12	235709	235720	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013889	CCCGCT	2	12	236994	237005	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_013889	GAAGCC	2	12	269888	269899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013889	CGAGCG	2	12	322272	322283	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013889	CGCTCG	2	12	361340	361351	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013889	CGAGCG	2	12	381018	381029	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_013889	ATCTCC	2	12	423122	423133	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_013889	TGAAAT	2	12	427180	427191	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013889	CGCTCG	2	12	435868	435879	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013889	CCCGCA	2	12	503576	503587	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_013889	CTCCAC	2	12	612907	612918	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_013889	TGGCGG	2	12	640486	640497	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_013889	GCGAAC	2	12	663030	663041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013889	GGACCC	2	12	718467	718478	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_013889	GCTCGC	2	12	728943	728954	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013889	ACCGAA	2	12	790908	790919	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013889	GCGTCC	2	12	797985	797996	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
26	NC_013889	ATGCAG	2	12	804631	804642	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013889	CGGGGC	2	12	927390	927401	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013889	CGTACC	2	12	928275	928286	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_013889	CAGGGA	2	12	985903	985914	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_013889	CAGGCG	2	12	993740	993751	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_013889	CGGTGA	2	12	1029585	1029596	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_013889	TGCCGT	2	12	1090415	1090426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013889	GGCGCG	2	12	1100618	1100629	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_013889	CGAGCG	2	12	1130122	1130133	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013889	AGGGCG	2	12	1169318	1169329	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013889	ATGGCG	2	12	1184370	1184381	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_013889	CGGGTT	2	12	1192689	1192700	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013889	GTTGCT	2	12	1193579	1193590	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013889	CGTCTT	2	12	1198417	1198428	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013889	GGTTGT	2	12	1311440	1311451	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013889	TCGATG	2	12	1352752	1352763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013889	AGACTG	2	12	1528712	1528723	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_013889	TATATT	2	12	1528837	1528848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013889	CGCTCG	2	12	1565294	1565305	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013889	CGAGCG	2	12	1616981	1616992	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013889	AACGCG	2	12	1634940	1634951	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013889	CCGCAA	2	12	1640469	1640480	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_013889	GCTCCG	2	12	1653107	1653118	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
49	NC_013889	GCTCCG	2	12	1654570	1654581	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_013889	GCTCCG	2	12	1656033	1656044	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
51	NC_013889	GCAGCC	2	12	1709396	1709407	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
52	NC_013889	ATCCGG	2	12	1717807	1717818	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_013889	CTTCGT	2	12	1770411	1770422	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_013889	GGGCAT	2	12	1773503	1773514	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013889	GGCCCG	2	12	1778243	1778254	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
56	NC_013889	CGAACC	2	12	1782577	1782588	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_013889	TTTTGT	2	12	1797291	1797302	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013889	CGCTCG	2	12	1798877	1798888	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
59	NC_013889	CACTCC	2	12	1812102	1812113	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_013889	TATGCG	2	12	1822451	1822462	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_013889	GATCGA	2	12	1830606	1830617	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013889	AGCTCC	2	12	1830761	1830772	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_013889	CGAGCG	2	12	1940381	1940392	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013889	CGCTCG	2	12	1953600	1953611	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013889	CATCCG	2	12	1972004	1972015	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_013889	CGGATG	2	12	1972038	1972049	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_013889	TCCCCG	2	12	2004033	2004044	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_013889	GCCAGG	2	12	2019434	2019445	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013889	GACACC	2	12	2027477	2027488	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013889	CCGGCG	2	12	2051489	2051500	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013889	CGAAAA	2	12	2058282	2058293	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_013889	CCAGCA	2	12	2058571	2058582	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_013889	CCCCGG	2	12	2097277	2097288	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_013889	CCGTCA	2	12	2097942	2097953	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_013889	AACGCG	2	12	2114822	2114833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013889	CGCTCG	2	12	2177495	2177506	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_013889	GGCCGG	2	12	2198665	2198676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013889	CGGGCA	2	12	2205679	2205690	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013889	CGAGGC	2	12	2206049	2206060	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013889	CGCTCG	2	12	2250154	2250165	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_013889	CCCGCA	2	12	2329009	2329020	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_013889	GCCCGA	2	12	2439740	2439751	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
83	NC_013889	CGAGCG	2	12	2533955	2533966	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013889	CCCAGA	2	12	2566329	2566340	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_013889	GACCGC	2	12	2577186	2577197	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_013889	TCGGCG	2	12	2578282	2578293	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013889	CGCTCG	2	12	2610055	2610066	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_013889	CCGGGT	2	12	2619730	2619741	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013889	GGAAGC	2	12	2619787	2619798	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_013889	GAAGTA	2	12	2629164	2629175	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013889	CGCACC	2	12	2672123	2672134	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_013889	GTCCCC	2	12	2674523	2674534	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_013889	CGCTCG	2	12	2705511	2705522	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_013889	CGCTCG	2	12	2727713	2727724	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_013889	CGCGCT	2	12	2737353	2737364	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_013889	GTGGCG	2	12	2740915	2740926	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.