MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thioalkalivibrio sp. K90mix chromosome

Total Repeats: 304

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013889	ACCGC	2	10	23913	23922	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
2	NC_013889	TCGTT	2	10	29233	29242	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013889	CGAAA	2	10	29265	29274	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013889	GCCCC	2	10	31648	31657	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
5	NC_013889	CTGTG	2	10	56297	56306	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013889	TACAG	2	10	63604	63613	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013889	GGGCG	2	10	69966	69975	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
8	NC_013889	TTTGA	2	10	72999	73008	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013889	GCAGG	2	10	77703	77712	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013889	GCGAC	2	10	94606	94615	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013889	GGGCC	2	10	101383	101392	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
12	NC_013889	AAGAC	2	10	101805	101814	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_013889	GCACA	2	10	107888	107897	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_013889	TGCGG	2	10	111678	111687	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013889	CCCTT	2	10	122375	122384	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_013889	GCCGG	2	10	122425	122434	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
17	NC_013889	CCCAA	2	10	140323	140332	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_013889	CGATC	2	10	155180	155189	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_013889	CGGCC	2	10	165010	165019	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_013889	GGCCC	2	10	187409	187418	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_013889	GGCCT	2	10	187680	187689	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_013889	CGGTG	2	10	209932	209941	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_013889	TCGCT	2	10	210175	210184	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_013889	CGCTG	2	10	212575	212584	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_013889	CAGGG	2	10	212598	212607	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013889	GGGGC	2	10	237673	237682	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013889	GCCGG	2	10	241479	241488	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
28	NC_013889	TTGCG	2	10	258551	258560	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013889	CCAAC	2	10	259351	259360	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
30	NC_013889	CAGCA	2	10	268585	268594	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_013889	GGGAA	2	10	268653	268662	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013889	GGCAG	2	10	270250	270259	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013889	TCGCT	2	10	274331	274340	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013889	TTTTG	2	10	283349	283358	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013889	CTCGG	2	10	304055	304064	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_013889	AGCGC	2	10	322585	322594	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_013889	CATCC	2	10	329097	329106	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
38	NC_013889	CCGCC	2	10	345144	345153	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
39	NC_013889	CCAGC	2	10	365508	365517	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
40	NC_013889	CCGGC	2	10	408958	408967	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_013889	GCAGC	2	10	410435	410444	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013889	TCGTG	2	10	424290	424299	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
43	NC_013889	ATCCC	2	10	428224	428233	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
44	NC_013889	TTCCA	2	10	429987	429996	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_013889	ATCCG	2	10	439747	439756	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_013889	GGCGC	2	10	444901	444910	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
47	NC_013889	CGGGC	2	10	448665	448674	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
48	NC_013889	GCGCG	2	10	452765	452774	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_013889	CTGGC	2	10	452813	452822	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_013889	ATCGT	2	10	458483	458492	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013889	CGGCT	2	10	465273	465282	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_013889	CCCGG	2	10	499438	499447	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_013889	CGGCG	2	10	503138	503147	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_013889	GAGCG	2	10	503619	503628	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013889	GCGCT	2	10	534344	534353	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013889	GCCTG	2	10	542433	542442	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013889	GAATG	2	10	559803	559812	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013889	CGGGC	2	10	559838	559847	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
59	NC_013889	GAATA	2	10	568242	568251	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013889	AAAAT	2	10	571680	571689	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013889	CCGTT	2	10	571765	571774	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_013889	TCCCT	2	10	574984	574993	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_013889	AGGAG	2	10	575131	575140	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013889	CTGTC	2	10	582273	582282	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_013889	CGCGG	2	10	602140	602149	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_013889	TCCGC	2	10	609240	609249	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_013889	CTTCG	2	10	615396	615405	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013889	GCCCC	2	10	616712	616721	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
69	NC_013889	GTTCA	2	10	618740	618749	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_013889	GCTCC	2	10	629070	629079	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_013889	CGGGC	2	10	631120	631129	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
72	NC_013889	GCAAG	2	10	641223	641232	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_013889	CCGGT	2	10	662619	662628	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013889	TGGAG	2	10	671939	671948	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013889	ACTCC	2	10	673530	673539	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
76	NC_013889	ACCGG	2	10	684783	684792	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_013889	TTCGG	2	10	695294	695303	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013889	GGGTG	2	10	703718	703727	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013889	CAAAA	2	10	760501	760510	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013889	ATGGA	2	10	778251	778260	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013889	TCGCT	2	10	795643	795652	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_013889	GAGCG	2	10	796036	796045	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_013889	CAGGG	2	10	811989	811998	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013889	CAAGG	2	10	813784	813793	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013889	GCATG	2	10	871576	871585	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013889	CCGAA	2	10	871990	871999	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_013889	CTTTT	2	10	872010	872019	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013889	CGCTC	2	10	883288	883297	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_013889	AGTGC	2	10	902155	902164	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013889	TTCCA	2	10	943228	943237	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013889	GGGGC	2	10	943298	943307	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013889	ACCCC	2	10	963348	963357	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
93	NC_013889	CGCGG	2	10	970256	970265	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013889	CGGAA	2	10	977704	977713	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013889	CGGTA	2	10	981987	981996	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_013889	GGGAT	2	10	1021478	1021487	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013889	GTCCG	2	10	1030720	1030729	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_013889	GGGTC	2	10	1035265	1035274	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
99	NC_013889	TGGAA	2	10	1041043	1041052	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013889	CGGGC	2	10	1057479	1057488	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_013889	CATTG	2	10	1069217	1069226	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
102	NC_013889	CGCCC	2	10	1090642	1090651	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
103	NC_013889	CAAGG	2	10	1098451	1098460	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_013889	GCCCG	2	10	1098464	1098473	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
105	NC_013889	ACGTT	2	10	1100247	1100256	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013889	CCGGT	2	10	1100476	1100485	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_013889	CCGGG	2	10	1104329	1104338	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013889	CGCTG	2	10	1111030	1111039	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_013889	GCCGC	2	10	1130255	1130264	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
110	NC_013889	GAGGT	2	10	1140184	1140193	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013889	GGGCT	2	10	1164547	1164556	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_013889	GGGCT	2	10	1164681	1164690	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013889	GGGCT	2	10	1164815	1164824	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013889	GGGCT	2	10	1167582	1167591	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_013889	GGGCT	2	10	1169526	1169535	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013889	CAAGA	2	10	1169726	1169735	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_013889	CATCG	2	10	1170707	1170716	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_013889	GAGCA	2	10	1178132	1178141	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_013889	CTGCG	2	10	1178983	1178992	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_013889	TGGCT	2	10	1181068	1181077	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_013889	GTGCG	2	10	1184982	1184991	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
122	NC_013889	CGATG	2	10	1190191	1190200	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_013889	ACGGC	2	10	1190213	1190222	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
124	NC_013889	TGTTC	2	10	1193500	1193509	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013889	GCTGG	2	10	1193864	1193873	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_013889	ACTGA	2	10	1196849	1196858	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013889	TGGAA	2	10	1199525	1199534	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013889	AGGTA	2	10	1213783	1213792	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013889	CGGAT	2	10	1222158	1222167	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013889	CCCGG	2	10	1226161	1226170	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
131	NC_013889	GGAGG	2	10	1259859	1259868	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013889	GGCCC	2	10	1294759	1294768	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
133	NC_013889	ATCCA	2	10	1303909	1303918	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_013889	CCGGG	2	10	1306742	1306751	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
135	NC_013889	CGGCC	2	10	1313807	1313816	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_013889	CGCCT	2	10	1321582	1321591	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
137	NC_013889	AACGA	2	10	1331766	1331775	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013889	AAATG	2	10	1351958	1351967	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013889	CGTGC	2	10	1352130	1352139	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_013889	TTCCA	2	10	1354192	1354201	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
141	NC_013889	CTTGT	2	10	1359459	1359468	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_013889	TACCG	2	10	1360807	1360816	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013889	GAATC	2	10	1414706	1414715	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013889	GGCAA	2	10	1418415	1418424	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013889	AATAA	2	10	1447642	1447651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013889	ACGCC	2	10	1449301	1449310	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_013889	GCCGA	2	10	1459251	1459260	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
148	NC_013889	TTCCA	2	10	1483693	1483702	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
149	NC_013889	ACCCG	2	10	1484248	1484257	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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154	NC_013889	ACCGC	2	10	1500209	1500218	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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160	NC_013889	ATCGA	2	10	1535857	1535866	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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167	NC_013889	CCCCG	2	10	1632787	1632796	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
168	NC_013889	CCCCG	2	10	1632874	1632883	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
169	NC_013889	GGCGC	2	10	1633262	1633271	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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178	NC_013889	GGCCC	2	10	1640160	1640169	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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264	NC_013889	GGCCC	2	10	2188632	2188641	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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268	NC_013889	GAAGG	2	10	2283709	2283718	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
269	NC_013889	TCGGA	2	10	2287998	2288007	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_013889	TTCCA	2	10	2297450	2297459	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
272	NC_013889	GTGCG	2	10	2328815	2328824	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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274	NC_013889	CCCAT	2	10	2338607	2338616	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
275	NC_013889	GCCCC	2	10	2373324	2373333	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
276	NC_013889	GGAAA	2	10	2379599	2379608	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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279	NC_013889	GGCCG	2	10	2404202	2404211	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
280	NC_013889	CCCTG	2	10	2410110	2410119	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
281	NC_013889	GCCGG	2	10	2425724	2425733	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
282	NC_013889	CAGAA	2	10	2425790	2425799	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
283	NC_013889	AGCGA	2	10	2441438	2441447	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
284	NC_013889	GCGCG	2	10	2441761	2441770	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
285	NC_013889	CCGGG	2	10	2458897	2458906	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
286	NC_013889	ACGGC	2	10	2484016	2484025	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
287	NC_013889	AGCGA	2	10	2491227	2491236	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
288	NC_013889	GGCGC	2	10	2491350	2491359	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
289	NC_013889	CGGTG	2	10	2493637	2493646	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
290	NC_013889	ATAGC	2	10	2500366	2500375	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
291	NC_013889	GAAAA	2	10	2508296	2508305	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
292	NC_013889	TTCGC	2	10	2534998	2535007	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_013889	GCCCC	2	10	2538456	2538465	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
294	NC_013889	CCACC	2	10	2558713	2558722	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
295	NC_013889	CTCGC	2	10	2577800	2577809	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
296	NC_013889	TCAGC	2	10	2578629	2578638	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
297	NC_013889	ACGCG	2	10	2578827	2578836	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
298	NC_013889	GTTCA	2	10	2594660	2594669	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
299	NC_013889	AGCGA	2	10	2596073	2596082	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
300	NC_013889	TCAAG	2	10	2604609	2604618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
301	NC_013889	GCGTC	2	10	2613633	2613642	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
302	NC_013889	CCTGA	2	10	2628269	2628278	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
303	NC_013889	CAAAA	2	10	2725363	2725372	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
304	NC_013889	GCCGA	2	10	2731260	2731269	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.