MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 chromosome

Total Repeats: 1078

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013887	CTTATG	2	12	1563	1574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	289191499
2	NC_013887	CTGTTG	2	12	1731	1742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	289191499
3	NC_013887	TCATTA	2	12	2751	2762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191500
4	NC_013887	AGGAGA	2	12	5279	5290	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
5	NC_013887	AGATAG	2	12	5951	5962	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	289191502
6	NC_013887	TGCCAT	2	12	7302	7313	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	289191505
7	NC_013887	TCTGCC	2	12	8137	8148	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	289191506
8	NC_013887	ATATTA	2	12	9335	9346	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013887	CTATCC	2	12	9441	9452	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	289191507
10	NC_013887	TTCCTT	2	12	9773	9784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289191507
11	NC_013887	AAAATA	2	12	11235	11246	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013887	TTTAAA	2	12	18072	18083	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013887	GATTAA	2	12	20474	20485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	289191520
14	NC_013887	GGTATT	2	12	24855	24866	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191525
15	NC_013887	AATAAG	2	12	27969	27980	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	289191529
16	NC_013887	TGAAGA	2	12	32748	32759	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	289191536
17	NC_013887	TTTTTC	2	12	34283	34294	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191538
18	NC_013887	CTCATT	2	12	34820	34831	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191538
19	NC_013887	GGGTTG	2	12	35350	35361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	289191538
20	NC_013887	TTTTTA	2	12	36258	36269	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191538
21	NC_013887	TATTGA	2	12	39093	39104	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191543
22	NC_013887	AATAAA	2	12	42459	42470	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013887	TTATTT	2	12	42766	42777	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013887	GAACTT	2	12	47985	47996	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191550
25	NC_013887	ATTAAA	2	12	48063	48074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191550
26	NC_013887	ATGTTG	2	12	48460	48471	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191550
27	NC_013887	GGGAAT	2	12	50217	50228	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	289191552
28	NC_013887	ATTTTT	2	12	52439	52450	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191554
29	NC_013887	ATCAAA	2	12	53663	53674	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191555
30	NC_013887	AAATAA	2	12	55213	55224	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191558
31	NC_013887	CAATTT	2	12	55928	55939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191560
32	NC_013887	TTGAAT	2	12	63459	63470	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191566
33	NC_013887	GAGGGT	2	12	63570	63581	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013887	GCTATA	2	12	64811	64822	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191567
35	NC_013887	TCCAAT	2	12	64900	64911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191567
36	NC_013887	TTTATT	2	12	65208	65219	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191568
37	NC_013887	TAAAAA	2	12	68829	68840	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013887	ATCTTT	2	12	69780	69791	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191574
39	NC_013887	TATTCT	2	12	71401	71412	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191577
40	NC_013887	TGAGGA	2	12	75904	75915	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	289191585
41	NC_013887	TTCAAT	2	12	83132	83143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191594
42	NC_013887	AGAAGG	2	12	84600	84611	50 %	0 %	50 %	0 %	289191596
43	NC_013887	TAAAAT	2	12	84860	84871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191596
44	NC_013887	AGGTTT	2	12	85849	85860	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191596
45	NC_013887	GCTTTA	2	12	86522	86533	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	289191597
46	NC_013887	CAACAT	2	12	90730	90741	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191603
47	NC_013887	ATTTAA	2	12	93569	93580	50 %	50 %	0 %	0 %	289191606
48	NC_013887	CAAAAT	2	12	94826	94837	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191608
49	NC_013887	TAAAAA	2	12	104668	104679	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013887	CTTTAA	2	12	107395	107406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191615
51	NC_013887	ATTGCC	2	12	107751	107762	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	289191615
52	NC_013887	TTCATC	2	12	108329	108340	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191615
53	NC_013887	CTAAAC	2	12	108358	108369	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191615
54	NC_013887	GAGTTA	2	12	113820	113831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191620
55	NC_013887	AGCTGT	2	12	114233	114244	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	289191620
56	NC_013887	TGTTGA	2	12	114299	114310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191620
57	NC_013887	GGAAGA	2	12	114349	114360	50 %	0 %	50 %	0 %	289191620
58	NC_013887	TAAAAT	2	12	114572	114583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191621
59	NC_013887	AAAAAT	2	12	118670	118681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191626
60	NC_013887	TTATGG	2	12	118958	118969	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191627
61	NC_013887	AAAAGA	2	12	120539	120550	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	289191627
62	NC_013887	AAATAA	2	12	121552	121563	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191627
63	NC_013887	TATGAG	2	12	121692	121703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191627
64	NC_013887	ATTGAA	2	12	122660	122671	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	289191628
65	NC_013887	AAAAAT	2	12	127455	127466	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191633
66	NC_013887	ATTTTT	2	12	127820	127831	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191633
67	NC_013887	TCAATT	2	12	130103	130114	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191636
68	NC_013887	AATATT	2	12	133268	133279	50 %	50 %	0 %	0 %	289191640
69	NC_013887	AACTCC	2	12	133985	133996	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191641
70	NC_013887	ATGAGC	2	12	134177	134188	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289191641
71	NC_013887	GATTTA	2	12	136614	136625	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191643
72	NC_013887	AAAACT	2	12	138222	138233	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191645
73	NC_013887	TAACTT	2	12	144018	144029	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191650
74	NC_013887	ATAATT	2	12	147463	147474	50 %	50 %	0 %	0 %	289191652
75	NC_013887	ATATCT	2	12	153455	153466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191656
76	NC_013887	GTTACA	2	12	154166	154177	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191657
77	NC_013887	ATTTTA	2	12	156613	156624	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013887	TTTGGA	2	12	156936	156947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191661
79	NC_013887	TTCTTT	2	12	158349	158360	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191663
80	NC_013887	TCAACA	2	12	162370	162381	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191666
81	NC_013887	AACATA	2	12	162873	162884	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191666
82	NC_013887	AAAGAA	2	12	163017	163028	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013887	TAAAAA	2	12	165372	165383	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191670
84	NC_013887	TTTAAG	2	12	168861	168872	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191671
85	NC_013887	GTTAAA	2	12	169193	169204	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013887	ATTAAT	2	12	170569	170580	50 %	50 %	0 %	0 %	289191673
87	NC_013887	TTAAAA	2	12	170693	170704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191673
88	NC_013887	TTTTGA	2	12	173057	173068	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	289191674
89	NC_013887	AGCTGA	2	12	173441	173452	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289191675
90	NC_013887	TTTGGA	2	12	174408	174419	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191676
91	NC_013887	TTTGTT	2	12	174536	174547	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	289191677
92	NC_013887	ATAAAA	2	12	175562	175573	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191677
93	NC_013887	TAAATA	2	12	176151	176162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191677
94	NC_013887	ACAAGA	2	12	176328	176339	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_013887	AGAAAA	2	12	176795	176806	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	289191678
96	NC_013887	TTTTCT	2	12	180015	180026	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_013887	ATAACC	2	12	182792	182803	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191687
98	NC_013887	GATGCC	2	12	183257	183268	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	289191687
99	NC_013887	TACACA	2	12	184004	184015	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191688
100	NC_013887	AAATCT	2	12	185288	185299	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	289191689
101	NC_013887	AGGAGA	2	12	187201	187212	50 %	0 %	50 %	0 %	289191692
102	NC_013887	ATGTCC	2	12	189062	189073	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_013887	ACTTCT	2	12	190276	190287	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191694
104	NC_013887	TCCCGG	2	12	190475	190486	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	289191694
105	NC_013887	TTTATC	2	12	191049	191060	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_013887	TATAAT	2	12	192203	192214	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013887	GATATT	2	12	192631	192642	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191695
108	NC_013887	CTGGAA	2	12	193078	193089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289191696
109	NC_013887	ATTTTT	2	12	193445	193456	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191696
110	NC_013887	TTTCTT	2	12	195148	195159	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191698
111	NC_013887	CTCAAC	2	12	197607	197618	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191700
112	NC_013887	CAACCT	2	12	198362	198373	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191700
113	NC_013887	CTCTAA	2	12	199809	199820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191701
114	NC_013887	ATTTCT	2	12	200410	200421	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191701
115	NC_013887	TATCTA	2	12	200489	200500	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191701
116	NC_013887	AAATCT	2	12	203028	203039	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	289191704
117	NC_013887	GATAAA	2	12	205777	205788	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	289191707
118	NC_013887	ATTAAA	2	12	208049	208060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191709
119	NC_013887	TCTTAC	2	12	213729	213740	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191716
120	NC_013887	CCAGAG	2	12	215907	215918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191718
121	NC_013887	AACGGA	2	12	216234	216245	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	289191718
122	NC_013887	CTTTAT	2	12	220211	220222	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191722
123	NC_013887	ATCCCT	2	12	227834	227845	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	289191728
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125	NC_013887	TAATCT	2	12	234172	234183	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_013887	CATAAA	2	12	234527	234538	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_013887	TTTTAT	2	12	237210	237221	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013887	GTTAAA	2	12	238265	238276	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	289191738
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