MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 chromosome

Total Repeats: 877

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013887	CTTATG	2	12	1563	1574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	289191499
2	NC_013887	CTGTTG	2	12	1731	1742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	289191499
3	NC_013887	TCATTA	2	12	2751	2762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191500
4	NC_013887	AGGAGA	2	12	5279	5290	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
5	NC_013887	AGATAG	2	12	5951	5962	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	289191502
6	NC_013887	TGCCAT	2	12	7302	7313	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	289191505
7	NC_013887	TCTGCC	2	12	8137	8148	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	289191506
8	NC_013887	CTATCC	2	12	9441	9452	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	289191507
9	NC_013887	TTCCTT	2	12	9773	9784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289191507
10	NC_013887	GATTAA	2	12	20474	20485	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	289191520
11	NC_013887	GGTATT	2	12	24855	24866	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191525
12	NC_013887	AATAAG	2	12	27969	27980	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	289191529
13	NC_013887	TGAAGA	2	12	32748	32759	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	289191536
14	NC_013887	TTTTTC	2	12	34283	34294	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191538
15	NC_013887	CTCATT	2	12	34820	34831	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191538
16	NC_013887	GGGTTG	2	12	35350	35361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	289191538
17	NC_013887	TTTTTA	2	12	36258	36269	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191538
18	NC_013887	TATTGA	2	12	39093	39104	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191543
19	NC_013887	GAACTT	2	12	47985	47996	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191550
20	NC_013887	ATTAAA	2	12	48063	48074	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191550
21	NC_013887	ATGTTG	2	12	48460	48471	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191550
22	NC_013887	GGGAAT	2	12	50217	50228	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	289191552
23	NC_013887	ATTTTT	2	12	52439	52450	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191554
24	NC_013887	ATCAAA	2	12	53663	53674	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191555
25	NC_013887	AAATAA	2	12	55213	55224	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191558
26	NC_013887	CAATTT	2	12	55928	55939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191560
27	NC_013887	TTGAAT	2	12	63459	63470	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191566
28	NC_013887	GCTATA	2	12	64811	64822	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191567
29	NC_013887	TCCAAT	2	12	64900	64911	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191567
30	NC_013887	TTTATT	2	12	65208	65219	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191568
31	NC_013887	ATCTTT	2	12	69780	69791	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191574
32	NC_013887	TATTCT	2	12	71401	71412	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191577
33	NC_013887	TGAGGA	2	12	75904	75915	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	289191585
34	NC_013887	TTCAAT	2	12	83132	83143	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191594
35	NC_013887	AGAAGG	2	12	84600	84611	50 %	0 %	50 %	0 %	289191596
36	NC_013887	TAAAAT	2	12	84860	84871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191596
37	NC_013887	AGGTTT	2	12	85849	85860	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191596
38	NC_013887	GCTTTA	2	12	86522	86533	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	289191597
39	NC_013887	CAACAT	2	12	90730	90741	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191603
40	NC_013887	ATTTAA	2	12	93569	93580	50 %	50 %	0 %	0 %	289191606
41	NC_013887	CAAAAT	2	12	94826	94837	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191608
42	NC_013887	CTTTAA	2	12	107395	107406	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191615
43	NC_013887	ATTGCC	2	12	107751	107762	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	289191615
44	NC_013887	TTCATC	2	12	108329	108340	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191615
45	NC_013887	CTAAAC	2	12	108358	108369	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191615
46	NC_013887	GAGTTA	2	12	113820	113831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191620
47	NC_013887	AGCTGT	2	12	114233	114244	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	289191620
48	NC_013887	TGTTGA	2	12	114299	114310	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191620
49	NC_013887	GGAAGA	2	12	114349	114360	50 %	0 %	50 %	0 %	289191620
50	NC_013887	TAAAAT	2	12	114572	114583	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191621
51	NC_013887	AAAAAT	2	12	118670	118681	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191626
52	NC_013887	TTATGG	2	12	118958	118969	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191627
53	NC_013887	AAAAGA	2	12	120539	120550	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	289191627
54	NC_013887	AAATAA	2	12	121552	121563	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191627
55	NC_013887	TATGAG	2	12	121692	121703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191627
56	NC_013887	ATTGAA	2	12	122660	122671	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	289191628
57	NC_013887	AAAAAT	2	12	127455	127466	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191633
58	NC_013887	ATTTTT	2	12	127820	127831	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191633
59	NC_013887	TCAATT	2	12	130103	130114	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191636
60	NC_013887	AATATT	2	12	133268	133279	50 %	50 %	0 %	0 %	289191640
61	NC_013887	AACTCC	2	12	133985	133996	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191641
62	NC_013887	ATGAGC	2	12	134177	134188	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289191641
63	NC_013887	GATTTA	2	12	136614	136625	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191643
64	NC_013887	AAAACT	2	12	138222	138233	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191645
65	NC_013887	TAACTT	2	12	144018	144029	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191650
66	NC_013887	ATAATT	2	12	147463	147474	50 %	50 %	0 %	0 %	289191652
67	NC_013887	ATATCT	2	12	153455	153466	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191656
68	NC_013887	GTTACA	2	12	154166	154177	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191657
69	NC_013887	TTTGGA	2	12	156936	156947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191661
70	NC_013887	TTCTTT	2	12	158349	158360	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191663
71	NC_013887	TCAACA	2	12	162370	162381	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191666
72	NC_013887	AACATA	2	12	162873	162884	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191666
73	NC_013887	TAAAAA	2	12	165372	165383	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191670
74	NC_013887	TTTAAG	2	12	168861	168872	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191671
75	NC_013887	ATTAAT	2	12	170569	170580	50 %	50 %	0 %	0 %	289191673
76	NC_013887	TTAAAA	2	12	170693	170704	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191673
77	NC_013887	TTTTGA	2	12	173057	173068	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	289191674
78	NC_013887	AGCTGA	2	12	173441	173452	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289191675
79	NC_013887	TTTGGA	2	12	174408	174419	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	289191676
80	NC_013887	TTTGTT	2	12	174536	174547	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	289191677
81	NC_013887	ATAAAA	2	12	175562	175573	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	289191677
82	NC_013887	TAAATA	2	12	176151	176162	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191677
83	NC_013887	AGAAAA	2	12	176795	176806	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	289191678
84	NC_013887	ATAACC	2	12	182792	182803	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191687
85	NC_013887	GATGCC	2	12	183257	183268	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	289191687
86	NC_013887	TACACA	2	12	184004	184015	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	289191688
87	NC_013887	AAATCT	2	12	185288	185299	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	289191689
88	NC_013887	AGGAGA	2	12	187201	187212	50 %	0 %	50 %	0 %	289191692
89	NC_013887	ACTTCT	2	12	190276	190287	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191694
90	NC_013887	TCCCGG	2	12	190475	190486	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	289191694
91	NC_013887	GATATT	2	12	192631	192642	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289191695
92	NC_013887	CTGGAA	2	12	193078	193089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289191696
93	NC_013887	ATTTTT	2	12	193445	193456	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191696
94	NC_013887	TTTCTT	2	12	195148	195159	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191698
95	NC_013887	CTCAAC	2	12	197607	197618	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191700
96	NC_013887	CAACCT	2	12	198362	198373	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191700
97	NC_013887	CTCTAA	2	12	199809	199820	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191701
98	NC_013887	ATTTCT	2	12	200410	200421	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191701
99	NC_013887	TATCTA	2	12	200489	200500	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191701
100	NC_013887	AAATCT	2	12	203028	203039	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	289191704
101	NC_013887	GATAAA	2	12	205777	205788	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	289191707
102	NC_013887	ATTAAA	2	12	208049	208060	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191709
103	NC_013887	TCTTAC	2	12	213729	213740	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289191716
104	NC_013887	CCAGAG	2	12	215907	215918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191718
105	NC_013887	AACGGA	2	12	216234	216245	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	289191718
106	NC_013887	CTTTAT	2	12	220211	220222	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191722
107	NC_013887	ATCCCT	2	12	227834	227845	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	289191728
108	NC_013887	ATTCAC	2	12	231101	231112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191732
109	NC_013887	GTTAAA	2	12	238265	238276	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	289191738
110	NC_013887	CAATTT	2	12	241287	241298	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191739
111	NC_013887	CTTTTT	2	12	241303	241314	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191739
112	NC_013887	ATTTAA	2	12	242359	242370	50 %	50 %	0 %	0 %	289191742
113	NC_013887	CTATAG	2	12	243406	243417	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191743
114	NC_013887	TTTTCT	2	12	244259	244270	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191744
115	NC_013887	ACATTT	2	12	244535	244546	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191744
116	NC_013887	ATAAAC	2	12	245419	245430	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	289191745
117	NC_013887	TCCTGC	2	12	246676	246687	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	289191745
118	NC_013887	TTGTTA	2	12	247029	247040	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	289191745
119	NC_013887	TAGCAT	2	12	248655	248666	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191745
120	NC_013887	TTATAT	2	12	250893	250904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289191745
121	NC_013887	ATTTTT	2	12	252719	252730	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	289191745
122	NC_013887	ATTTTC	2	12	253204	253215	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	289191745
123	NC_013887	TTTTCT	2	12	253460	253471	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	289191745
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125	NC_013887	ACCATC	2	12	258206	258217	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	289191748
126	NC_013887	ATCTAT	2	12	261274	261285	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191749
127	NC_013887	GCATAT	2	12	263483	263494	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289191751
128	NC_013887	CTCTGC	2	12	265793	265804	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	289191754
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130	NC_013887	TCAGCT	2	12	266660	266671	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	289191754
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147	NC_013887	CCTAAT	2	12	301808	301819	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191803
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150	NC_013887	GACCAC	2	12	308055	308066	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	289191810
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233	NC_013887	ATTTAA	2	12	491320	491331	50 %	50 %	0 %	0 %	289191996
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236	NC_013887	AGGCAT	2	12	496493	496504	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	289192001
237	NC_013887	ATAGCT	2	12	496804	496815	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289192001
238	NC_013887	AGTTTT	2	12	497751	497762	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	289192002
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468	NC_013887	AGACTT	2	12	955212	955223	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	289192437
469	NC_013887	AAAGAA	2	12	955380	955391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	289192437
470	NC_013887	TTATAG	2	12	958319	958330	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	289192439
471	NC_013887	TTAAAA	2	12	959503	959514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289192440
472	NC_013887	CATTTC	2	12	960043	960054	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	289192441
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499	NC_013887	TTAAAT	2	12	999550	999561	50 %	50 %	0 %	0 %	289192475
500	NC_013887	ATTTAA	2	12	1000417	1000428	50 %	50 %	0 %	0 %	289192476

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