MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Allochromatium vinosum DSM 180 chromosome

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013851	TCCAGT	2	12	159	170	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013851	GGTCGA	2	12	40505	40516	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_013851	TCCGGC	2	12	46290	46301	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
4	NC_013851	TCCTGG	2	12	60361	60372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_013851	CGGTCT	2	12	103176	103187	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013851	CAGAGA	2	12	192252	192263	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013851	GACAGG	2	12	192440	192451	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013851	CTGGAC	2	12	212318	212329	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013851	CTTACA	2	12	243120	243131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013851	AAAGCT	2	12	246417	246428	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_013851	TCGCCA	2	12	323859	323870	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_013851	CAGGAT	2	12	325387	325398	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_013851	GGATGA	2	12	325410	325421	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013851	AAACCC	2	12	384792	384803	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_013851	GCGGGT	3	18	415451	415468	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_013851	TCGATC	2	12	432245	432256	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013851	GCTCAT	2	12	437903	437914	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013851	CCGAAA	2	12	439613	439624	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013851	CCTGCC	2	12	469824	469835	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_013851	GACACC	2	12	500718	500729	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_013851	CGGCGT	2	12	512262	512273	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_013851	ATCCAG	2	12	525975	525986	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013851	GGGGTG	2	12	554102	554113	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013851	ATTTTA	2	12	558853	558864	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013851	CAAGCC	2	12	588865	588876	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_013851	GATTCT	2	12	594727	594738	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013851	CAGCGG	2	12	609228	609239	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013851	GTCGGC	2	12	609439	609450	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013851	CTCAGC	2	12	610294	610305	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_013851	CTACAC	2	12	610617	610628	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_013851	CACCTA	2	12	611346	611357	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
32	NC_013851	CTCCGC	2	12	638783	638794	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_013851	TGAGCG	2	12	751402	751413	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_013851	GGGATC	2	12	870133	870144	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_013851	AAATAA	2	12	872230	872241	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013851	GGTCAA	2	12	872586	872597	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_013851	GGAGCG	2	12	891263	891274	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013851	AGATGC	2	12	958747	958758	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013851	ACCCGA	2	12	1043362	1043373	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_013851	GCGGGT	2	12	1119438	1119449	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013851	TGGTCG	2	12	1142854	1142865	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013851	GATCGA	2	12	1150033	1150044	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_013851	CTGTTG	2	12	1320896	1320907	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_013851	GCGGTC	2	12	1356377	1356388	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_013851	CGCGCC	2	12	1369745	1369756	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_013851	GCTCGC	2	12	1369777	1369788	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_013851	AGTCGA	2	12	1382907	1382918	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013851	CGGGGC	2	12	1428591	1428602	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_013851	CCCGCG	2	12	1556011	1556022	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_013851	AGGGGC	2	12	1563901	1563912	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_013851	TCCTTG	2	12	1567201	1567212	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_013851	AAGGCA	2	12	1600257	1600268	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_013851	GCGCCC	2	12	1665356	1665367	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
54	NC_013851	GGAGCA	2	12	1670875	1670886	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013851	CCAGCC	2	12	1763166	1763177	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_013851	GAATAA	2	12	1771585	1771596	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013851	CTTGGA	2	12	1836230	1836241	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013851	CGGTGG	2	12	1859839	1859850	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_013851	ACCGGA	2	12	1898161	1898172	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013851	GCCTAC	2	12	1901441	1901452	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_013851	CACGGC	2	12	1946605	1946616	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
62	NC_013851	CTTGAC	2	12	1964580	1964591	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013851	CGGACG	2	12	1964936	1964947	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_013851	TCCCCC	2	12	1995523	1995534	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
65	NC_013851	TGGTCC	2	12	1998912	1998923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_013851	CCGTGC	2	12	1999452	1999463	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_013851	GAATGC	2	12	2306810	2306821	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013851	GGTCCG	2	12	2320260	2320271	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013851	ATTCAG	2	12	2343709	2343720	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_013851	GGCTCC	2	12	2391822	2391833	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013851	GAAAAA	2	12	2465539	2465550	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013851	CCACTC	2	12	2507287	2507298	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_013851	TTGGGC	2	12	2514566	2514577	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013851	GCCTGA	2	12	2514909	2514920	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_013851	CTCGCG	2	12	2517789	2517800	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
76	NC_013851	GGTCTC	2	12	2556579	2556590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_013851	CCCCTC	2	12	2559017	2559028	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
78	NC_013851	TTCCGG	2	12	2563290	2563301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013851	CAACGA	2	12	2636060	2636071	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013851	CGAGCA	2	12	2646168	2646179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_013851	GCCGTG	2	12	2650008	2650019	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_013851	CGAGCG	2	12	2668788	2668799	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_013851	CGGATG	2	12	2693496	2693507	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_013851	TGTGAA	2	12	2753830	2753841	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013851	GCTGTC	2	12	2814776	2814787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013851	ACATCA	2	12	2838009	2838020	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013851	CGACCC	2	12	2863622	2863633	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_013851	AGTCTC	2	12	2870815	2870826	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013851	CTCCCG	2	12	2933857	2933868	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_013851	GCCATC	2	12	2943018	2943029	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_013851	GCATGG	2	12	2957816	2957827	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_013851	ACGGAT	2	12	2959954	2959965	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_013851	ATCGAT	2	12	3032207	3032218	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013851	TGTTCG	2	12	3105823	3105834	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_013851	CCCTCG	2	12	3110356	3110367	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_013851	CTCGCT	2	12	3130659	3130670	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_013851	CGTTAG	2	12	3173663	3173674	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_013851	ACCGAC	2	12	3173867	3173878	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_013851	TCGGAA	2	12	3191385	3191396	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_013851	TGCCGT	2	12	3193743	3193754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_013851	GTCAGC	2	12	3253255	3253266	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_013851	CGAACA	2	12	3255116	3255127	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_013851	TGCGGA	2	12	3276243	3276254	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_013851	AACCAA	2	12	3309050	3309061	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013851	AGGATC	2	12	3309483	3309494	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_013851	TCAAAA	2	12	3309730	3309741	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_013851	GCCGAC	2	12	3347537	3347548	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
108	NC_013851	GACAGG	2	12	3369738	3369749	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_013851	CGTCGG	2	12	3436595	3436606	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_013851	GCATGA	2	12	3454781	3454792	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_013851	AGTCAG	2	12	3504142	3504153	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_013851	CGTCCC	2	12	3512788	3512799	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.