MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Hydrogenobacter thermophilus TK-6

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013799	ATATA	2	10	35831	35840	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013799	GGCAG	2	10	50286	50295	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013799	AGGTT	2	10	60731	60740	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013799	TATAT	2	10	79373	79382	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013799	TTTAA	2	10	79467	79476	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013799	TACAT	2	10	135580	135589	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013799	ATATT	2	10	201809	201818	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013799	CGTGC	2	10	242582	242591	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_013799	CTCGG	2	10	244233	244242	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_013799	TTTCC	2	10	246277	246286	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013799	CTGAC	2	10	247109	247118	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_013799	CACGA	2	10	247230	247239	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_013799	GCAGA	2	10	248102	248111	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013799	TCTAC	2	10	269228	269237	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013799	TATAC	2	10	276927	276936	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013799	CTTTT	2	10	321433	321442	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013799	CTCAG	2	10	322044	322053	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_013799	AAACT	2	10	322644	322653	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_013799	ATTAT	2	10	333463	333472	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013799	ACAGC	2	10	338352	338361	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_013799	GCTGT	2	10	352885	352894	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013799	AGTAA	2	10	353253	353262	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013799	GCTGT	2	10	384017	384026	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013799	GTTTT	2	10	400551	400560	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013799	ATATT	2	10	437277	437286	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013799	CATTC	2	10	488093	488102	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_013799	GTCAA	2	10	506478	506487	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013799	TTGAC	2	10	507696	507705	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013799	CCGAG	2	10	513444	513453	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_013799	TATAT	2	10	570321	570330	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013799	TGAAG	2	10	594278	594287	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013799	AAGAT	2	10	595075	595084	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013799	CTTCT	2	10	627052	627061	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013799	AACCT	2	10	639889	639898	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_013799	CTTTT	2	10	640237	640246	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013799	TATAA	2	10	659092	659101	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013799	TATAA	2	10	681784	681793	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013799	CACTG	2	10	803498	803507	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013799	GTAAA	2	10	809814	809823	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013799	ACCAC	2	10	809919	809928	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_013799	GAAGG	2	10	810133	810142	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013799	TTATA	2	10	818366	818375	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013799	ACCCC	2	10	818527	818536	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
44	NC_013799	ATATA	2	10	843396	843405	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013799	GGGGT	2	10	849160	849169	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013799	TACTT	2	10	893916	893925	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_013799	CTTTT	2	10	893927	893936	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013799	TAAAA	2	10	904108	904117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013799	TTATA	2	10	930493	930502	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013799	GCAAG	2	10	944451	944460	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013799	TATGA	2	10	956127	956136	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013799	TCTTT	2	10	959172	959181	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_013799	ATATT	2	10	959817	959826	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013799	ATATC	2	10	999420	999429	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013799	AAAAG	2	10	1026448	1026457	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013799	GATAA	2	10	1026989	1026998	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013799	AAGAC	2	10	1036490	1036499	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013799	AGGTA	2	10	1036861	1036870	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013799	AACAG	2	10	1038527	1038536	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013799	AGGAT	2	10	1039274	1039283	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013799	AAAGT	2	10	1039597	1039606	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013799	ATCCT	2	10	1039758	1039767	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
63	NC_013799	TCTTT	2	10	1039779	1039788	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013799	GAAGA	2	10	1039895	1039904	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013799	AAAAT	2	10	1045582	1045591	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013799	TTAAT	2	10	1045624	1045633	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013799	AAACT	2	10	1099580	1099589	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013799	CAGCC	2	10	1142763	1142772	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
69	NC_013799	GTTAT	2	10	1143059	1143068	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013799	CTTTT	2	10	1206083	1206092	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_013799	TATAA	2	10	1209247	1209256	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013799	AATAT	2	10	1213832	1213841	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013799	CAGTA	2	10	1213951	1213960	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013799	TTCAA	2	10	1221620	1221629	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_013799	TATAA	2	10	1254491	1254500	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013799	GCTGT	2	10	1261077	1261086	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013799	GAAAA	2	10	1284840	1284849	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013799	TTTTA	2	10	1295608	1295617	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013799	GCCCA	2	10	1337023	1337032	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_013799	TTAAA	2	10	1342848	1342857	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013799	TTTAA	2	10	1369246	1369255	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013799	ATAAC	2	10	1381024	1381033	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_013799	AAAGC	2	10	1381037	1381046	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013799	AAACA	2	10	1436192	1436201	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013799	TCCGA	2	10	1436583	1436592	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_013799	CCGCC	2	10	1449826	1449835	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
87	NC_013799	GCATA	2	10	1526856	1526865	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013799	AAGAA	2	10	1568969	1568978	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013799	AAAGC	2	10	1611368	1611377	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013799	TATCA	2	10	1616012	1616021	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_013799	ATGGG	2	10	1644467	1644476	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013799	ATATA	2	10	1653358	1653367	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013799	TATAA	2	10	1666261	1666270	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013799	ATATA	2	10	1714213	1714222	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.