MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Methanobrevibacter ruminantium M1 chromosome

Total Repeats: 1891

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013790	TTTTTC	2	12	1391	1402	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_013790	GTATTT	2	12	2589	2600	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559261
3	NC_013790	AAGCCT	2	12	3645	3656	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	288559261
4	NC_013790	TTTCAA	2	12	4087	4098	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559261
5	NC_013790	ACTTTA	2	12	5336	5347	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559262
6	NC_013790	TTTCAG	2	12	7215	7226	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288559262
7	NC_013790	TCAAGG	2	12	8064	8075	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559263
8	NC_013790	TTCTAT	2	12	10234	10245	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	288559265
9	NC_013790	CATAGG	2	12	10945	10956	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559266
10	NC_013790	GCATTG	2	12	11879	11890	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559266
11	NC_013790	TTGATT	2	12	12056	12067	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559266
12	NC_013790	AAGCTG	2	12	14874	14885	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559269
13	NC_013790	GAAAAG	2	12	15692	15703	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	288559270
14	NC_013790	TTTATT	2	12	18420	18431	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	288559272
15	NC_013790	TAATTT	2	12	19846	19857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559273
16	NC_013790	ATGGAA	2	12	20347	20358	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	288559273
17	NC_013790	CAGATT	2	12	21913	21924	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559273
18	NC_013790	TTTTAA	2	12	25724	25735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559276
19	NC_013790	GAAAAT	2	12	26297	26308	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013790	GTTCTA	2	12	31963	31974	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288559278
21	NC_013790	AATTAT	2	12	32358	32369	50 %	50 %	0 %	0 %	288559278
22	NC_013790	GCAAGC	2	12	33420	33431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288559278
23	NC_013790	TTTGAT	2	12	35178	35189	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559281
24	NC_013790	CTAAAT	2	12	36197	36208	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	288559282
25	NC_013790	GGAATA	2	12	36350	36361	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	288559282
26	NC_013790	TTTCAA	2	12	37888	37899	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559284
27	NC_013790	TTTTGG	2	12	38753	38764	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	288559285
28	NC_013790	CTTTTT	2	12	38805	38816	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	288559285
29	NC_013790	AAATAA	2	12	40648	40659	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013790	ATTTTT	2	12	41053	41064	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013790	TTACAG	2	12	43523	43534	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559289
32	NC_013790	CTTGCA	2	12	46285	46296	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013790	TAAATA	2	12	46445	46456	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013790	TGACGT	2	12	61093	61104	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559299
35	NC_013790	TTCCAT	2	12	63169	63180	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	288559300
36	NC_013790	CTTTAT	2	12	64423	64434	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	288559302
37	NC_013790	TTTTTC	2	12	66042	66053	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013790	TTTTAA	2	12	66444	66455	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013790	TAAAAA	2	12	66457	66468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013790	AGACTG	2	12	67168	67179	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559304
41	NC_013790	TAATTT	2	12	68214	68225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013790	ACCTTT	2	12	74900	74911	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	288559307
43	NC_013790	TCATCC	2	12	76723	76734	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	288559309
44	NC_013790	AGCATG	2	12	77602	77613	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_013790	TCCATC	2	12	78861	78872	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	288559310
46	NC_013790	TATTTT	2	12	84207	84218	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013790	TTTATT	2	12	85641	85652	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	288559318
48	NC_013790	AAATTT	2	12	87436	87447	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013790	TTAAAA	2	12	89434	89445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559320
50	NC_013790	TTGTCT	2	12	92666	92677	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	288559322
51	NC_013790	TAATGT	2	12	94757	94768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	288559322
52	NC_013790	AGTCAA	2	12	94946	94957	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	288559322
53	NC_013790	CTTTTT	2	12	97587	97598	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013790	TTTGAT	2	12	103608	103619	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013790	TTGATG	2	12	105946	105957	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	288559326
56	NC_013790	GATGCT	2	12	106443	106454	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559326
57	NC_013790	GAGATT	2	12	108453	108464	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559326
58	NC_013790	CTGTTG	2	12	110020	110031	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	288559326
59	NC_013790	CATTAA	2	12	113330	113341	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	288559328
60	NC_013790	ATTTTT	2	12	113568	113579	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013790	TGTTTT	2	12	119157	119168	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	288559331
62	NC_013790	GAATAT	2	12	119299	119310	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	288559331
63	NC_013790	ATCAAC	2	12	126383	126394	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	288559334
64	NC_013790	CAGAAT	2	12	126891	126902	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	288559334
65	NC_013790	TGAAAC	2	12	127558	127569	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	288559334
66	NC_013790	TTGAGA	2	12	128115	128126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559334
67	NC_013790	TTACTG	2	12	128787	128798	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288559334
68	NC_013790	AGTTGA	2	12	128980	128991	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559334
69	NC_013790	ATTTTT	2	12	130057	130068	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013790	CTTGAC	2	12	131882	131893	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	288559335
71	NC_013790	CCACTT	2	12	134875	134886	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	288559335
72	NC_013790	CTGATG	2	12	137211	137222	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559335
73	NC_013790	CTGATG	2	12	137487	137498	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559335
74	NC_013790	AACCAT	2	12	138985	138996	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	288559335
75	NC_013790	ATATTA	2	12	140000	140011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013790	AAATAT	2	12	141745	141756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013790	TGATGG	2	12	144080	144091	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	288559337
78	NC_013790	GACGGC	2	12	144210	144221	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	288559337
79	NC_013790	AGTTGT	2	12	148750	148761	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	288559339
80	NC_013790	TAATAT	2	12	149507	149518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013790	CTGTAG	2	12	151718	151729	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559340
82	NC_013790	TAATGA	2	12	152500	152511	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013790	AAATAT	2	12	152990	153001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013790	TATAAT	2	12	154440	154451	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013790	GCCACT	2	12	158420	158431	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	288559342
86	NC_013790	ATGGTA	2	12	160566	160577	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559342
87	NC_013790	AAATGC	2	12	163696	163707	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	288559342
88	NC_013790	TAAGCA	2	12	163914	163925	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	288559342
89	NC_013790	AACGGA	2	12	164609	164620	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	288559342
90	NC_013790	GCTAAT	2	12	165701	165712	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559342
91	NC_013790	AGGCTA	2	12	167142	167153	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559342
92	NC_013790	TTGACA	2	12	167583	167594	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559342
93	NC_013790	TCCTGT	2	12	167686	167697	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	288559342
94	NC_013790	GGAAAT	2	12	168907	168918	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	288559342
95	NC_013790	TAATTC	3	18	170540	170557	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559343
96	NC_013790	ATTTAG	2	12	170590	170601	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	288559343
97	NC_013790	AATACA	2	12	170646	170657	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	288559343
98	NC_013790	ATCAAT	2	12	171780	171791	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	288559343
99	NC_013790	AATCTT	2	12	173937	173948	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	288559343
100	NC_013790	GGTGAT	2	12	175503	175514	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	288559343
101	NC_013790	AATTTG	2	12	175566	175577	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	288559343
102	NC_013790	TATTTG	2	12	176074	176085	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559343
103	NC_013790	TAATAT	2	12	177323	177334	50 %	50 %	0 %	0 %	288559343
104	NC_013790	CAAAGA	2	12	178099	178110	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	288559343
105	NC_013790	AAAATT	2	12	179965	179976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	288559344
106	NC_013790	TTAATT	2	12	183164	183175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	288559344
107	NC_013790	GATTTG	2	12	184114	184125	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	288559344
108	NC_013790	CCTGTT	3	18	188248	188265	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	288559344
109	NC_013790	AATTTT	2	12	189496	189507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013790	CATTCA	2	12	190298	190309	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	288559345
111	NC_013790	AAATAT	2	12	193729	193740	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013790	TTTTTA	2	12	194550	194561	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	288559348
113	NC_013790	GTTTAT	2	12	195131	195142	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559348
114	NC_013790	AAATTT	2	12	196495	196506	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013790	TGAAGA	2	12	196960	196971	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	288559349
116	NC_013790	GATTAT	2	12	199522	199533	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	288559353
117	NC_013790	GTTTAT	2	12	201343	201354	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013790	TTATTT	2	12	201636	201647	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	288559355
119	NC_013790	TTTTCT	2	12	201920	201931	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	288559355
120	NC_013790	TGACTT	2	12	202269	202280	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288559355
121	NC_013790	TTGGTA	2	12	202426	202437	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	288559355
122	NC_013790	GGATAA	2	12	204365	204376	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	288559357
123	NC_013790	ACATTG	2	12	205506	205517	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559358
124	NC_013790	TTATGA	2	12	205724	205735	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	288559358
125	NC_013790	CCTCTT	2	12	207610	207621	0 %	50 %	0 %	50 %	288559360
126	NC_013790	GTCTTA	2	12	209841	209852	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288559361
127	NC_013790	TAAAGT	2	12	209985	209996	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	288559361
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129	NC_013790	ATGTCA	2	12	211932	211943	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559363
130	NC_013790	CTTGTC	2	12	211969	211980	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	288559363
131	NC_013790	TTTATT	2	12	213541	213552	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013790	TGGCAA	2	12	214509	214520	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288559365
133	NC_013790	ATTGGA	2	12	219553	219564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	288559370
134	NC_013790	TGCAAT	2	12	220965	220976	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	288559371
135	NC_013790	GGATGA	2	12	224629	224640	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	288559372
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155	NC_013790	GCTATG	2	12	262238	262249	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559398
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158	NC_013790	TTTTTA	2	12	269703	269714	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_013790	ATTTTT	2	12	269734	269745	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013790	AAGGTG	2	12	273257	273268	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	288559407
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171	NC_013790	CCTAAA	2	12	300330	300341	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	288559432
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182	NC_013790	TATTTT	2	12	319267	319278	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_013790	ATTTTA	2	12	319412	319423	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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209	NC_013790	TTCTAT	2	12	371448	371459	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	288559494
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226	NC_013790	AAAAAG	2	12	399885	399896	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
227	NC_013790	TGTACC	2	12	400135	400146	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	288559513
228	NC_013790	CATCTG	2	12	401466	401477	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	288559513
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230	NC_013790	ATTGTT	2	12	403042	403053	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559513
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233	NC_013790	TCAAAT	2	12	408924	408935	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	288559518
234	NC_013790	AGGAGA	2	12	410506	410517	50 %	0 %	50 %	0 %	288559522
235	NC_013790	TCAAGC	2	12	414353	414364	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	288559529
236	NC_013790	TTCCTT	2	12	414814	414825	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	288559531
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358	NC_013790	TCCGCC	2	12	599367	599378	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	288559676
359	NC_013790	TAAGAT	2	12	601066	601077	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	288559677
360	NC_013790	AGTTTT	2	12	601284	601295	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559677
361	NC_013790	TGGCTA	2	12	603331	603342	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288559680
362	NC_013790	ATTTAA	2	12	606201	606212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
363	NC_013790	ACAATT	2	12	610303	610314	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	288559686
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366	NC_013790	AATTAA	2	12	611592	611603	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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368	NC_013790	AATTTA	2	12	611857	611868	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
369	NC_013790	TTAAAT	2	12	614718	614729	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
370	NC_013790	CTTTTT	2	12	615931	615942	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
371	NC_013790	TTTAAT	2	12	616399	616410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
372	NC_013790	TGAAAT	2	12	617889	617900	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	288559692
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374	NC_013790	AATTAA	2	12	625474	625485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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379	NC_013790	TTTTAT	2	12	629883	629894	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
380	NC_013790	ATGAAT	2	12	638522	638533	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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479	NC_013790	TTTGAT	2	12	784342	784353	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	288559842
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