MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Listeria monocytogenes 08-5578 plasmid pLM5578

Total Repeats: 62

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013767	GATTG	2	10	179	188	20 %	40 %	40 %	0 %	284803267
2	NC_013767	GTACA	2	10	720	729	40 %	20 %	20 %	20 %	284803267
3	NC_013767	ATGAT	2	10	2156	2165	40 %	40 %	20 %	0 %	284803268
4	NC_013767	GAAAG	2	10	2295	2304	60 %	0 %	40 %	0 %	284803268
5	NC_013767	GAAAA	2	10	2504	2513	80 %	0 %	20 %	0 %	284803268
6	NC_013767	AAGAA	2	10	2961	2970	80 %	0 %	20 %	0 %	284803268
7	NC_013767	CAAAT	2	10	3245	3254	60 %	20 %	0 %	20 %	284803269
8	NC_013767	TTTTC	2	10	4327	4336	0 %	80 %	0 %	20 %	284803269
9	NC_013767	GACTG	2	10	7012	7021	20 %	20 %	40 %	20 %	284803271
10	NC_013767	AGTCA	2	10	11626	11635	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013767	TCTCT	2	10	11879	11888	0 %	60 %	0 %	40 %	284803276
12	NC_013767	TTAAA	2	10	12445	12454	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013767	AGCTT	2	10	14818	14827	20 %	40 %	20 %	20 %	284803278
14	NC_013767	TCTAT	2	10	18229	18238	20 %	60 %	0 %	20 %	284803283
15	NC_013767	GGTTT	2	10	19823	19832	0 %	60 %	40 %	0 %	284803284
16	NC_013767	AAAAT	2	10	21029	21038	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013767	GTAAA	2	10	21046	21055	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013767	GGGAA	2	10	22719	22728	40 %	0 %	60 %	0 %	284803286
19	NC_013767	TGTGT	2	10	23726	23735	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013767	CGAAA	2	10	24048	24057	60 %	0 %	20 %	20 %	284803287
21	NC_013767	CCTCC	2	10	24515	24524	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
22	NC_013767	ATTTT	2	10	24930	24939	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013767	AAATG	2	10	27144	27153	60 %	20 %	20 %	0 %	284803291
24	NC_013767	ATGAT	2	10	30961	30970	40 %	40 %	20 %	0 %	284803297
25	NC_013767	ATCAA	2	10	34435	34444	60 %	20 %	0 %	20 %	284803298
26	NC_013767	AAAAG	2	10	36491	36500	80 %	0 %	20 %	0 %	284803301
27	NC_013767	AAAAG	2	10	36921	36930	80 %	0 %	20 %	0 %	284803302
28	NC_013767	TGGAT	2	10	37189	37198	20 %	40 %	40 %	0 %	284803302
29	NC_013767	TGACA	2	10	37739	37748	40 %	20 %	20 %	20 %	284803303
30	NC_013767	GTGTT	2	10	38491	38500	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013767	TTCTT	2	10	38691	38700	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013767	AAAAG	2	10	39159	39168	80 %	0 %	20 %	0 %	284803306
33	NC_013767	ATCTT	2	10	39922	39931	20 %	60 %	0 %	20 %	284803307
34	NC_013767	TAAGG	2	10	46196	46205	40 %	20 %	40 %	0 %	284803316
35	NC_013767	ACCAA	2	10	47249	47258	60 %	0 %	0 %	40 %	284803316
36	NC_013767	GGTTG	2	10	49646	49655	0 %	40 %	60 %	0 %	284803317
37	NC_013767	ATGGA	2	10	49722	49731	40 %	20 %	40 %	0 %	284803317
38	NC_013767	TCGTT	2	10	49873	49882	0 %	60 %	20 %	20 %	284803317
39	NC_013767	CGATT	2	10	50238	50247	20 %	40 %	20 %	20 %	284803317
40	NC_013767	TAGAC	2	10	51598	51607	40 %	20 %	20 %	20 %	284803319
41	NC_013767	CAAAT	2	10	51766	51775	60 %	20 %	0 %	20 %	284803319
42	NC_013767	CTATT	2	10	51972	51981	20 %	60 %	0 %	20 %	284803319
43	NC_013767	AACTA	2	10	52051	52060	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013767	CCACT	2	10	55540	55549	20 %	20 %	0 %	60 %	284803322
45	NC_013767	TTATC	2	10	55801	55810	20 %	60 %	0 %	20 %	284803323
46	NC_013767	GTATT	2	10	57722	57731	20 %	60 %	20 %	0 %	284803326
47	NC_013767	GAAAA	2	10	57982	57991	80 %	0 %	20 %	0 %	284803326
48	NC_013767	AAAAG	2	10	61273	61282	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013767	GATCG	2	10	61432	61441	20 %	20 %	40 %	20 %	284803331
50	NC_013767	CAAGA	2	10	62717	62726	60 %	0 %	20 %	20 %	284803332
51	NC_013767	AAACA	2	10	62942	62951	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013767	GGGTG	2	10	63157	63166	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013767	TGTTC	2	10	64083	64092	0 %	60 %	20 %	20 %	284803334
54	NC_013767	TTTCT	2	10	68056	68065	0 %	80 %	0 %	20 %	284803338
55	NC_013767	TTTAA	2	10	68183	68192	40 %	60 %	0 %	0 %	284803338
56	NC_013767	ACAAG	2	10	69448	69457	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013767	AGACA	2	10	70703	70712	60 %	0 %	20 %	20 %	284803340
58	NC_013767	TAAAA	2	10	72526	72535	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013767	GAAAA	2	10	73912	73921	80 %	0 %	20 %	0 %	284803342
60	NC_013767	ATTTT	2	10	74861	74870	20 %	80 %	0 %	0 %	284803343
61	NC_013767	ATTCA	2	10	75394	75403	40 %	40 %	0 %	20 %	284803343
62	NC_013767	TAGAA	2	10	76023	76032	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.