MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR04

Total Repeats: 114

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013747	CGACAC	2	12	1618	1629	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284176135
2	NC_013747	AGGCCG	2	12	2331	2342	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176135
3	NC_013747	GTCACG	2	12	2357	2368	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176135
4	NC_013747	CGCTGG	2	12	2763	2774	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176135
5	NC_013747	GACGTT	2	12	3702	3713	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284176136
6	NC_013747	TCTCGA	2	12	3782	3793	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284176136
7	NC_013747	TTCGGT	2	12	8723	8734	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	284176140
8	NC_013747	ACGCGC	2	12	9378	9389	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176141
9	NC_013747	TCGGGC	2	12	10618	10629	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176142
10	NC_013747	CCCGGC	2	12	13602	13613	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284176143
11	NC_013747	AGGCGT	2	12	14802	14813	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284176145
12	NC_013747	GGCGTT	2	12	18534	18545	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	284176147
13	NC_013747	GCGAGC	2	12	20520	20531	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176148
14	NC_013747	GCTCGG	2	12	22694	22705	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176150
15	NC_013747	CTCGGC	2	12	23118	23129	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176150
16	NC_013747	AATGAC	2	12	27604	27615	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284176157
17	NC_013747	GACCGG	2	12	29309	29320	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176160
18	NC_013747	CGTCAC	2	12	29717	29728	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284176160
19	NC_013747	GCCGAT	2	12	29814	29825	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176160
20	NC_013747	TCGACG	2	12	30369	30380	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176161
21	NC_013747	ACGAGC	2	12	32648	32659	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176163
22	NC_013747	TCGACA	2	12	33387	33398	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284176164
23	NC_013747	CGGCCG	2	12	36278	36289	0 %	0 %	50 %	50 %	284176166
24	NC_013747	GCGACG	2	12	37577	37588	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176167
25	NC_013747	TCGCCG	2	12	38430	38441	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176169
26	NC_013747	ACGAGA	2	12	40223	40234	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	284176172
27	NC_013747	GCGACG	2	12	40250	40261	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176172
28	NC_013747	CGACGC	2	12	40493	40504	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176173
29	NC_013747	CGGCGT	2	12	41197	41208	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176174
30	NC_013747	GGCGTC	2	12	41241	41252	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176174
31	NC_013747	GTCGAA	2	12	41489	41500	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284176174
32	NC_013747	CGGAGA	2	12	42732	42743	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284176175
33	NC_013747	ACGTCG	2	12	43265	43276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176175
34	NC_013747	CACCGA	2	12	44124	44135	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284176176
35	NC_013747	CGAGGC	2	12	44514	44525	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176176
36	NC_013747	GTCGAC	2	12	45851	45862	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176177
37	NC_013747	CGGCGA	2	12	45898	45909	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176177
38	NC_013747	ACGAGC	2	12	47606	47617	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176178
39	NC_013747	ACGAGC	2	12	47903	47914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176178
40	NC_013747	CGAGAC	2	12	54085	54096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176186
41	NC_013747	GCGCGA	2	12	56057	56068	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176189
42	NC_013747	TCGGAT	2	12	60260	60271	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284176194
43	NC_013747	GGGAGT	2	12	61190	61201	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	284176195
44	NC_013747	GCATCG	2	12	64469	64480	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176198
45	NC_013747	CGAACG	2	12	65603	65614	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176199
46	NC_013747	GAGTCG	2	12	67604	67615	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284176200
47	NC_013747	GCCGAG	2	12	73392	73403	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176207
48	NC_013747	CCGAGC	2	12	77226	77237	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176210
49	NC_013747	CGGTCG	2	12	78542	78553	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176212
50	NC_013747	TCCGGT	2	12	78788	78799	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176212
51	NC_013747	CGCCGG	2	12	84558	84569	0 %	0 %	50 %	50 %	284176221
52	NC_013747	GGTCGG	2	12	84786	84797	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	284176221
53	NC_013747	GCCGTC	2	12	85181	85192	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176222
54	NC_013747	TCGGAG	2	12	85770	85781	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284176222
55	NC_013747	CTCCGT	2	12	85916	85927	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284176222
56	NC_013747	GTCGAC	2	12	85976	85987	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176222
57	NC_013747	GGCGTC	2	12	86171	86182	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284176222
58	NC_013747	GCCGTT	2	12	86876	86887	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284176222
59	NC_013747	TTCGCC	2	12	88482	88493	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284176224
60	NC_013747	GCGATC	2	12	89190	89201	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176225
61	NC_013747	CGGCCG	2	12	89314	89325	0 %	0 %	50 %	50 %	284176225
62	NC_013747	GCCACG	2	12	89434	89445	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176225
63	NC_013747	CGCCGG	2	12	91837	91848	0 %	0 %	50 %	50 %	284176228
64	NC_013747	ACGAGG	2	12	94639	94650	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284176231
65	NC_013747	GCCGTC	2	12	96640	96651	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176232
66	NC_013747	GGGAAG	2	12	97647	97658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	284176234
67	NC_013747	GGCCCA	2	12	97868	97879	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176234
68	NC_013747	GCACCG	2	12	100051	100062	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176236
69	NC_013747	ACTATA	2	12	102320	102331	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	284176237
70	NC_013747	CGCCGA	2	12	105927	105938	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176239
71	NC_013747	CGACGC	2	12	106395	106406	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176239
72	NC_013747	CACATC	2	12	107782	107793	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	284176241
73	NC_013747	CGACGG	2	12	109140	109151	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176242
74	NC_013747	CCGGCG	2	12	109886	109897	0 %	0 %	50 %	50 %	284176242
75	NC_013747	ATCCCG	2	12	113401	113412	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284176246
76	NC_013747	TTCCCC	2	12	113515	113526	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	284176246
77	NC_013747	TCCGGA	2	12	116528	116539	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176248
78	NC_013747	AGTTCG	2	12	119961	119972	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284176250
79	NC_013747	GTCGCC	2	12	120555	120566	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176251
80	NC_013747	TCGCCG	2	12	120691	120702	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176251
81	NC_013747	CTCGAA	2	12	120819	120830	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284176251
82	NC_013747	ACTTCC	2	12	122106	122117	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	284176252
83	NC_013747	ACGGCG	2	12	122301	122312	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176252
84	NC_013747	GATCGA	2	12	122607	122618	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284176253
85	NC_013747	GCCGTC	2	12	124431	124442	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284176256
86	NC_013747	CCGATC	2	12	125858	125869	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284176257
87	NC_013747	ACGTCG	2	12	127059	127070	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176258
88	NC_013747	TCGAGG	2	12	127302	127313	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284176258
89	NC_013747	TCCCCG	2	12	128049	128060	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	284176258
90	NC_013747	GAGGAC	2	12	129158	129169	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284176258
91	NC_013747	CACGTC	2	12	131865	131876	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284176260
92	NC_013747	GGACGC	2	12	132038	132049	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176260
93	NC_013747	CGGCGA	2	12	132484	132495	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176261
94	NC_013747	GAGCAG	2	12	133387	133398	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284176262
95	NC_013747	CCGAGT	2	12	134365	134376	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284176263
96	NC_013747	GCCAAC	2	12	139617	139628	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284176270
97	NC_013747	GACGGT	2	12	149557	149568	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284176277
98	NC_013747	GTAGGG	2	12	149659	149670	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	284176277
99	NC_013747	CCAGAC	2	12	149716	149727	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284176277
100	NC_013747	GCCCAG	2	12	151263	151274	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176278
101	NC_013747	AGCGAG	2	12	153246	153257	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284176279
102	NC_013747	GACGGC	2	12	154232	154243	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176279
103	NC_013747	CGTTCC	2	12	156363	156374	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284176281
104	NC_013747	GCCGAC	2	12	160577	160588	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176284
105	NC_013747	CGGAGA	2	12	162069	162080	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284176285
106	NC_013747	CCGACG	2	12	162707	162718	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176286
107	NC_013747	GGTGTC	2	12	162873	162884	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	284176286
108	NC_013747	CGCCGA	2	12	162999	163010	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176286
109	NC_013747	GTGAGG	2	12	165436	165447	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	284176288
110	NC_013747	GGCCGA	2	12	166633	166644	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176289
111	NC_013747	TCGATC	2	12	167881	167892	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284176291
112	NC_013747	GCCGAG	2	12	169444	169455	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284176291
113	NC_013747	ACGCGA	2	12	170736	170747	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284176291
114	NC_013747	CCGCGA	2	12	171696	171707	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284176292

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.