MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR04

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013747	CGAGC	2	10	227	236	20 %	0 %	40 %	40 %	284176134
2	NC_013747	CGTCC	2	10	7029	7038	0 %	20 %	20 %	60 %	284176139
3	NC_013747	GATCG	2	10	7169	7178	20 %	20 %	40 %	20 %	284176140
4	NC_013747	GTCGC	2	10	9332	9341	0 %	20 %	40 %	40 %	284176141
5	NC_013747	CCGGT	2	10	9811	9820	0 %	20 %	40 %	40 %	284176141
6	NC_013747	CCGCG	2	10	10104	10113	0 %	0 %	40 %	60 %	284176141
7	NC_013747	TCGCG	2	10	14407	14416	0 %	20 %	40 %	40 %	284176145
8	NC_013747	GGAAC	2	10	14640	14649	40 %	0 %	40 %	20 %	284176145
9	NC_013747	GTCCG	2	10	18243	18252	0 %	20 %	40 %	40 %	284176147
10	NC_013747	ACGGG	2	10	20990	20999	20 %	0 %	60 %	20 %	284176149
11	NC_013747	ATTCC	2	10	22071	22080	20 %	40 %	0 %	40 %	284176150
12	NC_013747	GCGCC	2	10	23316	23325	0 %	0 %	40 %	60 %	284176150
13	NC_013747	ACGCC	2	10	23344	23353	20 %	0 %	20 %	60 %	284176150
14	NC_013747	GAAAA	2	10	27728	27737	80 %	0 %	20 %	0 %	284176157
15	NC_013747	GGGAC	2	10	30000	30009	20 %	0 %	60 %	20 %	284176160
16	NC_013747	TCTCC	2	10	32724	32733	0 %	40 %	0 %	60 %	284176163
17	NC_013747	ACGCG	2	10	34621	34630	20 %	0 %	40 %	40 %	284176165
18	NC_013747	GTCGA	2	10	36514	36523	20 %	20 %	40 %	20 %	284176166
19	NC_013747	CGTCG	2	10	37558	37567	0 %	20 %	40 %	40 %	284176167
20	NC_013747	TCGCT	2	10	39249	39258	0 %	40 %	20 %	40 %	284176170
21	NC_013747	TCTCG	2	10	41860	41869	0 %	40 %	20 %	40 %	284176174
22	NC_013747	CGGAG	2	10	41889	41898	20 %	0 %	60 %	20 %	284176174
23	NC_013747	CGATC	2	10	46021	46030	20 %	20 %	20 %	40 %	284176177
24	NC_013747	GCGAC	2	10	49856	49865	20 %	0 %	40 %	40 %	284176179
25	NC_013747	GACTC	2	10	50226	50235	20 %	20 %	20 %	40 %	284176180
26	NC_013747	CGCGT	2	10	51262	51271	0 %	20 %	40 %	40 %	284176180
27	NC_013747	GACGA	2	10	54220	54229	40 %	0 %	40 %	20 %	284176186
28	NC_013747	CGGTG	2	10	55586	55595	0 %	20 %	60 %	20 %	284176188
29	NC_013747	ACGGC	2	10	56128	56137	20 %	0 %	40 %	40 %	284176189
30	NC_013747	TCGAC	2	10	58988	58997	20 %	20 %	20 %	40 %	284176193
31	NC_013747	CGATC	2	10	62227	62236	20 %	20 %	20 %	40 %	284176196
32	NC_013747	ACCGA	2	10	62462	62471	40 %	0 %	20 %	40 %	284176196
33	NC_013747	TCGAG	2	10	62996	63005	20 %	20 %	40 %	20 %	284176196
34	NC_013747	CCGCG	2	10	64669	64678	0 %	0 %	40 %	60 %	284176198
35	NC_013747	AGACG	2	10	65568	65577	40 %	0 %	40 %	20 %	284176199
36	NC_013747	ACGAC	2	10	67199	67208	40 %	0 %	20 %	40 %	284176199
37	NC_013747	CTGAG	2	10	67278	67287	20 %	20 %	40 %	20 %	284176199
38	NC_013747	GGTCG	2	10	71801	71810	0 %	20 %	60 %	20 %	284176205
39	NC_013747	CGGCG	2	10	71874	71883	0 %	0 %	60 %	40 %	284176205
40	NC_013747	CGGCG	2	10	73934	73943	0 %	0 %	60 %	40 %	284176207
41	NC_013747	CGGCG	2	10	77311	77320	0 %	0 %	60 %	40 %	284176210
42	NC_013747	GTGTC	2	10	77692	77701	0 %	40 %	40 %	20 %	284176210
43	NC_013747	GGCAC	2	10	78662	78671	20 %	0 %	40 %	40 %	284176212
44	NC_013747	ACCGA	2	10	79017	79026	40 %	0 %	20 %	40 %	284176213
45	NC_013747	CGGCG	2	10	79531	79540	0 %	0 %	60 %	40 %	284176214
46	NC_013747	GGTCG	2	10	79793	79802	0 %	20 %	60 %	20 %	284176214
47	NC_013747	ACCCA	2	10	83714	83723	40 %	0 %	0 %	60 %	284176219
48	NC_013747	GAACG	2	10	85005	85014	40 %	0 %	40 %	20 %	284176221
49	NC_013747	CGGTC	2	10	85168	85177	0 %	20 %	40 %	40 %	284176222
50	NC_013747	CGGCG	2	10	88682	88691	0 %	0 %	60 %	40 %	284176225
51	NC_013747	GCGAA	2	10	88924	88933	40 %	0 %	40 %	20 %	284176225
52	NC_013747	AACGA	2	10	89765	89774	60 %	0 %	20 %	20 %	284176226
53	NC_013747	AACGA	2	10	89792	89801	60 %	0 %	20 %	20 %	284176226
54	NC_013747	AACGA	2	10	89819	89828	60 %	0 %	20 %	20 %	284176226
55	NC_013747	AACGA	2	10	89873	89882	60 %	0 %	20 %	20 %	284176226
56	NC_013747	CGACC	2	10	92368	92377	20 %	0 %	20 %	60 %	284176229
57	NC_013747	TCTCG	2	10	95625	95634	0 %	40 %	20 %	40 %	284176232
58	NC_013747	CGGTC	2	10	96580	96589	0 %	20 %	40 %	40 %	284176232
59	NC_013747	CGGCG	2	10	99143	99152	0 %	0 %	60 %	40 %	284176236
60	NC_013747	CGGCG	2	10	99693	99702	0 %	0 %	60 %	40 %	284176236
61	NC_013747	CGTCG	2	10	106872	106881	0 %	20 %	40 %	40 %	284176239
62	NC_013747	CGGGG	2	10	108015	108024	0 %	0 %	80 %	20 %	284176241
63	NC_013747	CGTCG	2	10	112034	112043	0 %	20 %	40 %	40 %	284176244
64	NC_013747	CGCTC	2	10	113285	113294	0 %	20 %	20 %	60 %	284176246
65	NC_013747	GCGAC	2	10	113918	113927	20 %	0 %	40 %	40 %	284176246
66	NC_013747	CGGCG	2	10	114583	114592	0 %	0 %	60 %	40 %	284176247
67	NC_013747	GGACG	2	10	116829	116838	20 %	0 %	60 %	20 %	284176248
68	NC_013747	GACCG	2	10	120894	120903	20 %	0 %	40 %	40 %	284176251
69	NC_013747	GCTGG	2	10	122497	122506	0 %	20 %	60 %	20 %	284176253
70	NC_013747	CTGTT	2	10	122773	122782	0 %	60 %	20 %	20 %	284176253
71	NC_013747	TCGCT	2	10	133805	133814	0 %	40 %	20 %	40 %	284176262
72	NC_013747	TAACA	2	10	134135	134144	60 %	20 %	0 %	20 %	284176262
73	NC_013747	GCGAC	2	10	134291	134300	20 %	0 %	40 %	40 %	284176263
74	NC_013747	ACGAA	2	10	141359	141368	60 %	0 %	20 %	20 %	284176271
75	NC_013747	GAACG	2	10	146888	146897	40 %	0 %	40 %	20 %	284176275
76	NC_013747	TTCGA	2	10	147813	147822	20 %	40 %	20 %	20 %	284176276
77	NC_013747	GCTCG	2	10	148846	148855	0 %	20 %	40 %	40 %	284176277
78	NC_013747	GCGGT	2	10	152594	152603	0 %	20 %	60 %	20 %	284176279
79	NC_013747	GCGAA	2	10	153019	153028	40 %	0 %	40 %	20 %	284176279
80	NC_013747	CGTGG	2	10	155041	155050	0 %	20 %	60 %	20 %	284176280
81	NC_013747	TCGAC	2	10	155235	155244	20 %	20 %	20 %	40 %	284176280
82	NC_013747	GTCTG	2	10	156133	156142	0 %	40 %	40 %	20 %	284176280
83	NC_013747	GCTCG	2	10	158066	158075	0 %	20 %	40 %	40 %	284176282
84	NC_013747	CGGTC	2	10	158981	158990	0 %	20 %	40 %	40 %	284176283
85	NC_013747	GCGCG	2	10	160510	160519	0 %	0 %	60 %	40 %	284176284
86	NC_013747	TCGAC	2	10	160824	160833	20 %	20 %	20 %	40 %	284176284
87	NC_013747	TCCGA	2	10	161004	161013	20 %	20 %	20 %	40 %	284176284
88	NC_013747	ACGCG	2	10	166301	166310	20 %	0 %	40 %	40 %	284176289
89	NC_013747	GACGA	2	10	170092	170101	40 %	0 %	40 %	20 %	284176291
90	NC_013747	TCTCG	2	10	171672	171681	0 %	40 %	20 %	40 %	284176292

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.