MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR02

Total Repeats: 197

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013745	CACATC	2	12	3198	3209	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	284172527
2	NC_013745	CGACAC	2	12	6009	6020	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284172528
3	NC_013745	GCGACG	2	12	6303	6314	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172529
4	NC_013745	CCGCAC	2	12	6692	6703	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	284172529
5	NC_013745	ACGTCC	2	12	7011	7022	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172529
6	NC_013745	TCCTCG	2	12	7590	7601	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172530
7	NC_013745	GTCTCC	2	12	8364	8375	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172530
8	NC_013745	GTTCGA	2	12	10939	10950	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013745	ATGTCG	2	12	11550	11561	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172534
10	NC_013745	CGTCGG	2	12	11659	11670	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172534
11	NC_013745	TCGTCC	2	12	12316	12327	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_013745	TCGACG	2	12	13939	13950	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172536
13	NC_013745	GATCTT	2	12	14954	14965	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	284172537
14	NC_013745	GTCGAC	2	12	16678	16689	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172539
15	NC_013745	GCGGCC	2	12	23292	23303	0 %	0 %	50 %	50 %	284172543
16	NC_013745	TCGAAT	2	12	24531	24542	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_013745	GCCGTC	2	12	26922	26933	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013745	CGAACG	2	12	29837	29848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172549
19	NC_013745	GCGGTC	2	12	31410	31421	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172550
20	NC_013745	CGAACG	2	12	31900	31911	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172550
21	NC_013745	GAACGG	2	12	33652	33663	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284172551
22	NC_013745	TCGGGA	2	12	36672	36683	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172554
23	NC_013745	AGCGGC	2	12	37503	37514	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172555
24	NC_013745	GAGAAG	2	12	38490	38501	50 %	0 %	50 %	0 %	284172555
25	NC_013745	GACGCC	2	12	40690	40701	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172556
26	NC_013745	TCGACG	2	12	42794	42805	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172559
27	NC_013745	ACCGGA	2	12	45028	45039	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172560
28	NC_013745	CCCGGC	2	12	45432	45443	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	284172561
29	NC_013745	CGCCGA	2	12	45797	45808	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172561
30	NC_013745	TCGGCG	2	12	45826	45837	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172561
31	NC_013745	CAAGGG	2	12	45911	45922	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284172561
32	NC_013745	AGGCGC	2	12	47561	47572	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172562
33	NC_013745	TGGCGA	2	12	49672	49683	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172563
34	NC_013745	GTCCTT	2	12	50735	50746	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	284172564
35	NC_013745	CCGCGT	2	12	52084	52095	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172566
36	NC_013745	ATATCT	2	12	55985	55996	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_013745	TCGCGC	2	12	56959	56970	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172570
38	NC_013745	CGACCG	2	12	56984	56995	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172570
39	NC_013745	GACGCG	2	12	59523	59534	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172572
40	NC_013745	CCTCGT	2	12	59668	59679	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172572
41	NC_013745	TCGTCA	2	12	59725	59736	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172572
42	NC_013745	GCCAGC	2	12	62576	62587	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172573
43	NC_013745	TCGCGC	2	12	62591	62602	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172573
44	NC_013745	TCCTCG	2	12	62768	62779	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172573
45	NC_013745	TCGGTT	2	12	63873	63884	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	284172575
46	NC_013745	ACCGTC	2	12	64452	64463	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172576
47	NC_013745	CGTCGA	2	12	64519	64530	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172576
48	NC_013745	CCTCGG	2	12	66831	66842	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172577
49	NC_013745	CAATCG	2	12	69230	69241	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013745	CTCGAC	2	12	72072	72083	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172582
51	NC_013745	CGCCGG	2	12	72956	72967	0 %	0 %	50 %	50 %	284172583
52	NC_013745	CCGTGG	2	12	74892	74903	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172584
53	NC_013745	TGACGA	2	12	76562	76573	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172585
54	NC_013745	CGTTCC	2	12	79174	79185	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172587
55	NC_013745	GCGCCG	2	12	79647	79658	0 %	0 %	50 %	50 %	284172588
56	NC_013745	GTTGAA	2	12	80786	80797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	284172588
57	NC_013745	GAACTC	2	12	81286	81297	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172589
58	NC_013745	GAGGTA	2	12	81323	81334	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	284172589
59	NC_013745	ACGTCG	2	12	85914	85925	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172593
60	NC_013745	AGTCGC	2	12	86550	86561	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172593
61	NC_013745	CCGACG	2	12	91603	91614	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172596
62	NC_013745	GCCGTC	2	12	92702	92713	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172597
63	NC_013745	TCTCCG	2	12	93490	93501	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172597
64	NC_013745	GACGTC	2	12	94013	94024	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172597
65	NC_013745	ACGGGA	2	12	94267	94278	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	284172597
66	NC_013745	CGGCGC	2	12	95251	95262	0 %	0 %	50 %	50 %	284172598
67	NC_013745	TCGCCG	2	12	96924	96935	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172599
68	NC_013745	TCGACG	2	12	98727	98738	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172600
69	NC_013745	GCATCG	2	12	102931	102942	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172604
70	NC_013745	CCAGTC	2	12	103272	103283	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172604
71	NC_013745	TCGTAC	2	12	106318	106329	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172606
72	NC_013745	TCCGGA	2	12	106897	106908	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172606
73	NC_013745	GGTCGG	2	12	110887	110898	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013745	CTTTCT	2	12	112092	112103	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	284172611
75	NC_013745	TTCGAT	2	12	117582	117593	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_013745	AGCTAT	2	12	119737	119748	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_013745	CATCGA	2	12	123545	123556	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013745	CGATAG	2	12	125614	125625	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172621
79	NC_013745	CTCGAT	2	12	132599	132610	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013745	TAGAAA	2	12	136221	136232	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013745	CTGTGA	2	12	136510	136521	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172635
82	NC_013745	ACCGGA	2	12	139038	139049	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_013745	ATCGAA	2	12	140263	140274	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284172638
84	NC_013745	AGTCGT	2	12	147301	147312	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_013745	ACAAGA	2	12	149161	149172	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	284172646
86	NC_013745	GCTCAT	2	12	153779	153790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172651
87	NC_013745	TCGGTG	2	12	155262	155273	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_013745	CACTCG	2	12	158889	158900	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172655
89	NC_013745	TCTTCG	2	12	158943	158954	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	284172655
90	NC_013745	TTCGGA	2	12	159497	159508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172655
91	NC_013745	TGACCG	2	12	161404	161415	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_013745	CTATCG	2	12	163543	163554	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013745	GATCGT	2	12	171418	171429	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013745	TCGGTA	2	12	173207	173218	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_013745	TCGCCG	2	12	174451	174462	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172670
96	NC_013745	TCGAAC	2	12	176240	176251	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172672
97	NC_013745	TTCGAA	2	12	176365	176376	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	284172672
98	NC_013745	ATCGAC	2	12	176957	176968	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172673
99	NC_013745	GCGACG	2	12	177240	177251	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172673
100	NC_013745	TCGCCG	2	12	177932	177943	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172674
101	NC_013745	CGGACG	2	12	178625	178636	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172674
102	NC_013745	TCAACG	2	12	178693	178704	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172675
103	NC_013745	ACGAGT	2	12	178918	178929	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172675
104	NC_013745	TCCCGG	2	12	192505	192516	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172692
105	NC_013745	GAGCTG	2	12	194873	194884	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172695
106	NC_013745	CGAAGT	2	12	198784	198795	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_013745	TCCGTC	2	12	199366	199377	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172697
108	NC_013745	CGTCGA	2	12	200304	200315	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172698
109	NC_013745	CGGAGT	2	12	201665	201676	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172700
110	NC_013745	GACAGG	2	12	206268	206279	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_013745	TCGGAT	2	12	214895	214906	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172710
112	NC_013745	CCCCGA	2	12	218766	218777	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_013745	GCTTTC	2	12	223312	223323	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	284172719
114	NC_013745	GACCGA	2	12	225019	225030	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172720
115	NC_013745	CCCGTG	2	12	227593	227604	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172723
116	NC_013745	AGATAT	2	12	230065	230076	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	284172725
117	NC_013745	ATCGTG	2	12	232777	232788	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	284172727
118	NC_013745	ACTTCG	2	12	233108	233119	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	284172727
119	NC_013745	CGAGAC	2	12	240741	240752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_013745	GAGATG	2	12	241638	241649	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	284172733
121	NC_013745	GTGTCG	2	12	246275	246286	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	284172737
122	NC_013745	CGTCGC	2	12	246288	246299	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172737
123	NC_013745	GGTCGA	2	12	247490	247501	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172738
124	NC_013745	AACATG	2	12	256098	256109	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284172745
125	NC_013745	GCAGGC	2	12	258166	258177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172746
126	NC_013745	GCGACG	2	12	259456	259467	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172747
127	NC_013745	ACGGCG	2	12	260888	260899	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172748
128	NC_013745	CCGGTC	2	12	262765	262776	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172749
129	NC_013745	CTTCGA	2	12	263916	263927	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_013745	TACGCC	2	12	272337	272348	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172754
131	NC_013745	CGTCGG	2	12	273006	273017	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172755
132	NC_013745	CCGACC	2	12	276351	276362	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	284172758
133	NC_013745	ACGTCG	2	12	280525	280536	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172760
134	NC_013745	CGTTCG	2	12	280577	280588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172760
135	NC_013745	GCCGAC	2	12	280848	280859	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172760
136	NC_013745	CGCCGA	2	12	280871	280882	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172760
137	NC_013745	GTAGTT	2	12	282034	282045	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	284172761
138	NC_013745	CGCCGA	2	12	284542	284553	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172762
139	NC_013745	GTCGAG	2	12	287709	287720	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172764
140	NC_013745	GTTCTG	2	12	289545	289556	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_013745	CGGTCG	2	12	296197	296208	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172773
142	NC_013745	CGCGTA	2	12	297069	297080	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_013745	CGAACG	2	12	297180	297191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_013745	CGCCGT	2	12	297437	297448	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
145	NC_013745	TGAGGA	2	12	297494	297505	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013745	GACGGT	2	12	298480	298491	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172774
147	NC_013745	TCACGA	2	12	298740	298751	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172774
148	NC_013745	CGACGT	2	12	298792	298803	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172774
149	NC_013745	ACGCCG	2	12	301434	301445	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172775
150	NC_013745	CTCGTG	2	12	304376	304387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172777
151	NC_013745	CGCTGG	2	12	304422	304433	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172777
152	NC_013745	CCCGAG	2	12	304682	304693	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172777
153	NC_013745	GACAGC	2	12	305909	305920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_013745	CGTTCG	2	12	306200	306211	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_013745	CCGTCG	2	12	307414	307425	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
156	NC_013745	CTCGTC	2	12	308049	308060	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172779
157	NC_013745	CGGTCG	2	12	308533	308544	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_013745	GACGTC	2	12	310496	310507	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172781
159	NC_013745	CGATCG	2	12	311710	311721	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172781
160	NC_013745	CGATGA	2	12	312738	312749	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172782
161	NC_013745	ATCGAA	2	12	315633	315644	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	284172784
162	NC_013745	CCGACG	2	12	320262	320273	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
163	NC_013745	CGGACG	2	12	321166	321177	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	284172788
164	NC_013745	TCGCCG	2	12	322546	322557	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172788
165	NC_013745	CGTCGA	2	12	322670	322681	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172788
166	NC_013745	AGCCCG	2	12	324244	324255	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	284172789
167	NC_013745	CGTCGC	2	12	331829	331840	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	284172794
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169	NC_013745	GCGTCG	2	12	337284	337295	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	284172798
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171	NC_013745	GTTCAT	2	12	338845	338856	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	284172799
172	NC_013745	GATCCC	2	12	350968	350979	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172809
173	NC_013745	GCAACG	2	12	352670	352681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172810
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175	NC_013745	CGCTCA	2	12	355088	355099	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	284172810
176	NC_013745	TCGCTG	2	12	357039	357050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172813
177	NC_013745	GTCGAA	2	12	372857	372868	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	284172822
178	NC_013745	CAGCCG	2	12	377406	377417	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
179	NC_013745	ACACCA	2	12	383174	383185	50 %	0 %	0 %	50 %	284172834
180	NC_013745	GCCGCG	2	12	386166	386177	0 %	0 %	50 %	50 %	284172836
181	NC_013745	GGGGTG	2	12	388014	388025	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_013745	TCGACG	2	12	389521	389532	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172837
183	NC_013745	CCACTC	2	12	392076	392087	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
184	NC_013745	GTAGAG	2	12	393301	393312	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	284172842
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186	NC_013745	GTCTCG	2	12	397457	397468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	284172844
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188	NC_013745	GCGTGA	2	12	399242	399253	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172846
189	NC_013745	CGACGT	2	12	399851	399862	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172846
190	NC_013745	GACGGT	2	12	404460	404471	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	284172849
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192	NC_013745	AGACCG	2	12	407976	407987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	284172851
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194	NC_013745	CGTCCT	2	12	409576	409587	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	284172851
195	NC_013745	CACCGA	2	12	412960	412971	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	284172853
196	NC_013745	CTACGA	2	12	413299	413310	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	284172853
197	NC_013745	TCCGGA	2	12	413364	413375	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	284172853

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.