MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR02

Total Repeats: 213

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013745	CGACG	2	10	2180	2189	20 %	0 %	40 %	40 %	284172526
2	NC_013745	GCCGA	2	10	2898	2907	20 %	0 %	40 %	40 %	284172527
3	NC_013745	ATCGA	2	10	6462	6471	40 %	20 %	20 %	20 %	284172529
4	NC_013745	GACCC	2	10	6666	6675	20 %	0 %	20 %	60 %	284172529
5	NC_013745	GCCCG	2	10	6712	6721	0 %	0 %	40 %	60 %	284172529
6	NC_013745	GTCCC	2	10	7549	7558	0 %	20 %	20 %	60 %	284172530
7	NC_013745	GCCCG	3	15	9643	9657	0 %	0 %	40 %	60 %	284172533
8	NC_013745	CGGGC	2	10	10396	10405	0 %	0 %	60 %	40 %	284172533
9	NC_013745	GGACT	2	10	10862	10871	20 %	20 %	40 %	20 %	284172533
10	NC_013745	CGTCG	2	10	14013	14022	0 %	20 %	40 %	40 %	284172536
11	NC_013745	GCGAC	2	10	15972	15981	20 %	0 %	40 %	40 %	284172538
12	NC_013745	AACCG	2	10	18985	18994	40 %	0 %	20 %	40 %	284172540
13	NC_013745	CGGAC	2	10	19116	19125	20 %	0 %	40 %	40 %	284172540
14	NC_013745	CCGGG	2	10	19622	19631	0 %	0 %	60 %	40 %	284172540
15	NC_013745	GACCG	2	10	20289	20298	20 %	0 %	40 %	40 %	284172541
16	NC_013745	CCGGC	2	10	20381	20390	0 %	0 %	40 %	60 %	284172541
17	NC_013745	ACCGA	2	10	20960	20969	40 %	0 %	20 %	40 %	284172542
18	NC_013745	CACGC	2	10	22172	22181	20 %	0 %	20 %	60 %	284172542
19	NC_013745	TCCTC	2	10	26291	26300	0 %	40 %	0 %	60 %	284172546
20	NC_013745	CGATC	2	10	29331	29340	20 %	20 %	20 %	40 %	284172549
21	NC_013745	CCAAC	2	10	31725	31734	40 %	0 %	0 %	60 %	284172550
22	NC_013745	GACCT	2	10	36171	36180	20 %	20 %	20 %	40 %	284172553
23	NC_013745	ACGCG	2	10	36368	36377	20 %	0 %	40 %	40 %	284172554
24	NC_013745	GCGTC	2	10	36852	36861	0 %	20 %	40 %	40 %	284172554
25	NC_013745	CGAAA	2	10	37473	37482	60 %	0 %	20 %	20 %	284172555
26	NC_013745	CCCGA	2	10	39321	39330	20 %	0 %	20 %	60 %	284172555
27	NC_013745	TCGCG	2	10	40060	40069	0 %	20 %	40 %	40 %	284172556
28	NC_013745	CGATC	2	10	42157	42166	20 %	20 %	20 %	40 %	284172558
29	NC_013745	TCTCG	2	10	42873	42882	0 %	40 %	20 %	40 %	284172559
30	NC_013745	TCTCG	2	10	44791	44800	0 %	40 %	20 %	40 %	284172560
31	NC_013745	CTCGA	2	10	46098	46107	20 %	20 %	20 %	40 %	284172561
32	NC_013745	ACGTC	2	10	46432	46441	20 %	20 %	20 %	40 %	284172561
33	NC_013745	GACGG	2	10	47737	47746	20 %	0 %	60 %	20 %	284172562
34	NC_013745	GGTCG	2	10	47826	47835	0 %	20 %	60 %	20 %	284172562
35	NC_013745	CGAAC	2	10	48023	48032	40 %	0 %	20 %	40 %	284172562
36	NC_013745	CGAGC	2	10	48705	48714	20 %	0 %	40 %	40 %	284172562
37	NC_013745	GACGT	2	10	49204	49213	20 %	20 %	40 %	20 %	284172562
38	NC_013745	TACGA	2	10	49459	49468	40 %	20 %	20 %	20 %	284172562
39	NC_013745	CGAGA	2	10	50984	50993	40 %	0 %	40 %	20 %	284172564
40	NC_013745	CGATC	2	10	51344	51353	20 %	20 %	20 %	40 %	284172565
41	NC_013745	ACCGA	2	10	52305	52314	40 %	0 %	20 %	40 %	284172566
42	NC_013745	CGGGG	2	10	52826	52835	0 %	0 %	80 %	20 %	284172566
43	NC_013745	GGGTA	2	10	53792	53801	20 %	20 %	60 %	0 %	284172567
44	NC_013745	CGTAA	2	10	53838	53847	40 %	20 %	20 %	20 %	284172567
45	NC_013745	CGGCG	2	10	57539	57548	0 %	0 %	60 %	40 %	284172570
46	NC_013745	CGCGC	2	10	63458	63467	0 %	0 %	40 %	60 %	284172574
47	NC_013745	CGTCC	2	10	63602	63611	0 %	20 %	20 %	60 %	284172574
48	NC_013745	GCGAC	2	10	64305	64314	20 %	0 %	40 %	40 %	284172576
49	NC_013745	TCGCC	2	10	64846	64855	0 %	20 %	20 %	60 %	284172576
50	NC_013745	TCCGG	2	10	66642	66651	0 %	20 %	40 %	40 %	284172577
51	NC_013745	ACTGC	2	10	67026	67035	20 %	20 %	20 %	40 %	284172577
52	NC_013745	GTCCA	2	10	67286	67295	20 %	20 %	20 %	40 %	284172577
53	NC_013745	ACACG	2	10	67517	67526	40 %	0 %	20 %	40 %	284172578
54	NC_013745	CGTTC	2	10	68329	68338	0 %	40 %	20 %	40 %	284172578
55	NC_013745	GCGAC	2	10	68858	68867	20 %	0 %	40 %	40 %	284172579
56	NC_013745	GTCGT	2	10	69979	69988	0 %	40 %	40 %	20 %	284172581
57	NC_013745	CGGCG	2	10	71936	71945	0 %	0 %	60 %	40 %	284172582
58	NC_013745	AGTCC	2	10	74437	74446	20 %	20 %	20 %	40 %	284172584
59	NC_013745	GCGTC	2	10	76523	76532	0 %	20 %	40 %	40 %	284172585
60	NC_013745	TCCGG	2	10	77598	77607	0 %	20 %	40 %	40 %	284172586
61	NC_013745	GACGG	2	10	77757	77766	20 %	0 %	60 %	20 %	284172586
62	NC_013745	CATCG	2	10	78734	78743	20 %	20 %	20 %	40 %	284172587
63	NC_013745	ACGAT	2	10	82884	82893	40 %	20 %	20 %	20 %	284172590
64	NC_013745	CGACT	2	10	85104	85113	20 %	20 %	20 %	40 %	284172592
65	NC_013745	CCTCG	2	10	85391	85400	0 %	20 %	20 %	60 %	284172592
66	NC_013745	CGCGA	2	10	86195	86204	20 %	0 %	40 %	40 %	284172593
67	NC_013745	GACCG	2	10	87237	87246	20 %	0 %	40 %	40 %	284172594
68	NC_013745	CTCGG	2	10	88446	88455	0 %	20 %	40 %	40 %	284172594
69	NC_013745	CGTCC	2	10	89217	89226	0 %	20 %	20 %	60 %	284172594
70	NC_013745	GGGAG	2	10	90007	90016	20 %	0 %	80 %	0 %	284172595
71	NC_013745	CGGTT	2	10	91048	91057	0 %	40 %	40 %	20 %	284172595
72	NC_013745	CGACG	2	10	91373	91382	20 %	0 %	40 %	40 %	284172596
73	NC_013745	CCGGG	2	10	92944	92953	0 %	0 %	60 %	40 %	284172597
74	NC_013745	CTCCG	2	10	99721	99730	0 %	20 %	20 %	60 %	284172600
75	NC_013745	ACCGA	2	10	100620	100629	40 %	0 %	20 %	40 %	284172601
76	NC_013745	ACGTC	2	10	100847	100856	20 %	20 %	20 %	40 %	284172601
77	NC_013745	GTCGT	2	10	102801	102810	0 %	40 %	40 %	20 %	284172603
78	NC_013745	GGTGG	2	10	110946	110955	0 %	20 %	80 %	0 %	284172609
79	NC_013745	GAAGT	2	10	125047	125056	40 %	20 %	40 %	0 %	284172620
80	NC_013745	TCGCC	2	10	128003	128012	0 %	20 %	20 %	60 %	284172625
81	NC_013745	TCGAT	2	10	128106	128115	20 %	40 %	20 %	20 %	284172625
82	NC_013745	GAAGG	2	10	133174	133183	40 %	0 %	60 %	0 %	284172631
83	NC_013745	CCACT	2	10	133197	133206	20 %	20 %	0 %	60 %	284172631
84	NC_013745	TCTCG	2	10	137498	137507	0 %	40 %	20 %	40 %	284172636
85	NC_013745	GAAAC	2	10	139492	139501	60 %	0 %	20 %	20 %	284172637
86	NC_013745	GAAAC	2	10	140420	140429	60 %	0 %	20 %	20 %	284172638
87	NC_013745	AACAG	2	10	142862	142871	60 %	0 %	20 %	20 %	284172640
88	NC_013745	GGATT	2	10	147766	147775	20 %	40 %	40 %	0 %	284172644
89	NC_013745	GTGCG	2	10	150711	150720	0 %	20 %	60 %	20 %	284172648
90	NC_013745	TTCGG	2	10	154419	154428	0 %	40 %	40 %	20 %	284172651
91	NC_013745	CCTGG	2	10	157628	157637	0 %	20 %	40 %	40 %	284172654
92	NC_013745	CTCAC	2	10	157650	157659	20 %	20 %	0 %	60 %	284172654
93	NC_013745	GTGAC	2	10	166303	166312	20 %	20 %	40 %	20 %	284172662
94	NC_013745	TCGTG	2	10	167810	167819	0 %	40 %	40 %	20 %	284172663
95	NC_013745	GGACG	2	10	171276	171285	20 %	0 %	60 %	20 %	284172667
96	NC_013745	GACCG	2	10	173922	173931	20 %	0 %	40 %	40 %	284172670
97	NC_013745	TCCGT	2	10	175475	175484	0 %	40 %	20 %	40 %	284172671
98	NC_013745	CGGCG	2	10	176412	176421	0 %	0 %	60 %	40 %	284172672
99	NC_013745	CTGCA	2	10	177258	177267	20 %	20 %	20 %	40 %	284172673
100	NC_013745	CGGTG	2	10	179487	179496	0 %	20 %	60 %	20 %	284172676
101	NC_013745	CGGGG	2	10	180164	180173	0 %	0 %	80 %	20 %	284172677
102	NC_013745	AGCCG	2	10	180784	180793	20 %	0 %	40 %	40 %	284172679
103	NC_013745	CGTGT	2	10	181718	181727	0 %	40 %	40 %	20 %	284172679
104	NC_013745	GGGGA	2	10	185919	185928	20 %	0 %	80 %	0 %	284172683
105	NC_013745	GAGCG	2	10	186228	186237	20 %	0 %	60 %	20 %	284172683
106	NC_013745	CCAGT	2	10	193039	193048	20 %	20 %	20 %	40 %	284172693
107	NC_013745	GTTCA	2	10	199597	199606	20 %	40 %	20 %	20 %	284172697
108	NC_013745	CGACC	2	10	205786	205795	20 %	0 %	20 %	60 %	284172703
109	NC_013745	ATTGA	2	10	209062	209071	40 %	40 %	20 %	0 %	284172707
110	NC_013745	GAAGA	2	10	209316	209325	60 %	0 %	40 %	0 %	284172707
111	NC_013745	TGTAT	2	10	210607	210616	20 %	60 %	20 %	0 %	284172707
112	NC_013745	CGGTC	2	10	211947	211956	0 %	20 %	40 %	40 %	284172707
113	NC_013745	GAATC	2	10	212451	212460	40 %	20 %	20 %	20 %	284172707
114	NC_013745	ACGAA	2	10	215671	215680	60 %	0 %	20 %	20 %	284172711
115	NC_013745	CGAAG	2	10	219782	219791	40 %	0 %	40 %	20 %	284172716
116	NC_013745	CTGCG	2	10	226898	226907	0 %	20 %	40 %	40 %	284172722
117	NC_013745	CGCTG	2	10	228465	228474	0 %	20 %	40 %	40 %	284172724
118	NC_013745	GATCG	2	10	228938	228947	20 %	20 %	40 %	20 %	284172724
119	NC_013745	TCAAG	2	10	229342	229351	40 %	20 %	20 %	20 %	284172724
120	NC_013745	ACCGA	2	10	231344	231353	40 %	0 %	20 %	40 %	284172726
121	NC_013745	TGGCT	2	10	232450	232459	0 %	40 %	40 %	20 %	284172727
122	NC_013745	AGAGC	2	10	235240	235249	40 %	0 %	40 %	20 %	284172729
123	NC_013745	ATCGA	2	10	236111	236120	40 %	20 %	20 %	20 %	284172730
124	NC_013745	CCACG	2	10	236642	236651	20 %	0 %	20 %	60 %	284172731
125	NC_013745	TCGTC	2	10	237136	237145	0 %	40 %	20 %	40 %	284172731
126	NC_013745	CGGCG	2	10	244859	244868	0 %	0 %	60 %	40 %	284172735
127	NC_013745	GTGAA	2	10	246503	246512	40 %	20 %	40 %	0 %	284172737
128	NC_013745	AGCCC	2	10	248082	248091	20 %	0 %	20 %	60 %	284172739
129	NC_013745	CTCCG	2	10	248403	248412	0 %	20 %	20 %	60 %	284172739
130	NC_013745	CCGTT	2	10	250163	250172	0 %	40 %	20 %	40 %	284172741
131	NC_013745	GACGG	2	10	250273	250282	20 %	0 %	60 %	20 %	284172741
132	NC_013745	GAATT	2	10	250969	250978	40 %	40 %	20 %	0 %	284172741
133	NC_013745	ACGAC	2	10	252212	252221	40 %	0 %	20 %	40 %	284172742
134	NC_013745	ACCGG	2	10	252406	252415	20 %	0 %	40 %	40 %	284172742
135	NC_013745	GGCGT	2	10	252535	252544	0 %	20 %	60 %	20 %	284172742
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137	NC_013745	AGACA	2	10	262121	262130	60 %	0 %	20 %	20 %	284172749
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139	NC_013745	ACGCG	2	10	262292	262301	20 %	0 %	40 %	40 %	284172749
140	NC_013745	GCCGC	2	10	262881	262890	0 %	0 %	40 %	60 %	284172749
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151	NC_013745	GCTCG	2	10	281135	281144	0 %	20 %	40 %	40 %	284172760
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155	NC_013745	GCTCG	2	10	290822	290831	0 %	20 %	40 %	40 %	284172768
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210	NC_013745	GACGC	2	10	405163	405172	20 %	0 %	40 %	40 %	284172849
211	NC_013745	GTCGA	2	10	407447	407456	20 %	20 %	40 %	20 %	284172851
212	NC_013745	CCGGT	2	10	408045	408054	0 %	20 %	40 %	40 %	284172851
213	NC_013745	CGACG	2	10	413269	413278	20 %	0 %	40 %	40 %	284172853

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.