MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Haloterrigena turkmenica DSM 5511 plasmid pHTUR01

Total Repeats: 430

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013744	AACCG	2	10	1132	1141	40 %	0 %	20 %	40 %	284167037
2	NC_013744	CCGAA	2	10	2523	2532	40 %	0 %	20 %	40 %	284167038
3	NC_013744	GTCCG	2	10	2541	2550	0 %	20 %	40 %	40 %	284167038
4	NC_013744	CGGAT	2	10	2992	3001	20 %	20 %	40 %	20 %	284167039
5	NC_013744	GTGCG	2	10	5008	5017	0 %	20 %	60 %	20 %	284167041
6	NC_013744	GCACG	2	10	5445	5454	20 %	0 %	40 %	40 %	284167042
7	NC_013744	CGACG	2	10	6710	6719	20 %	0 %	40 %	40 %	284167043
8	NC_013744	CATCG	2	10	6866	6875	20 %	20 %	20 %	40 %	284167043
9	NC_013744	ATCCG	2	10	9223	9232	20 %	20 %	20 %	40 %	284167045
10	NC_013744	TCCGG	2	10	9674	9683	0 %	20 %	40 %	40 %	284167045
11	NC_013744	GATCG	2	10	9859	9868	20 %	20 %	40 %	20 %	284167045
12	NC_013744	TCGCG	2	10	12171	12180	0 %	20 %	40 %	40 %	284167048
13	NC_013744	GACCG	2	10	16126	16135	20 %	0 %	40 %	40 %	284167051
14	NC_013744	GTCCG	2	10	16624	16633	0 %	20 %	40 %	40 %	284167052
15	NC_013744	CCGGT	2	10	22746	22755	0 %	20 %	40 %	40 %	284167057
16	NC_013744	TCGCC	2	10	24797	24806	0 %	20 %	20 %	60 %	284167059
17	NC_013744	TCCCG	2	10	24894	24903	0 %	20 %	20 %	60 %	284167059
18	NC_013744	TCGGT	2	10	27283	27292	0 %	40 %	40 %	20 %	284167062
19	NC_013744	CGCGC	2	10	29310	29319	0 %	0 %	40 %	60 %	284167064
20	NC_013744	GACGT	2	10	36958	36967	20 %	20 %	40 %	20 %	284167070
21	NC_013744	CATCG	2	10	38209	38218	20 %	20 %	20 %	40 %	284167072
22	NC_013744	GGCGT	2	10	39676	39685	0 %	20 %	60 %	20 %	284167073
23	NC_013744	ACCGG	2	10	39859	39868	20 %	0 %	40 %	40 %	284167073
24	NC_013744	CCGAT	2	10	40529	40538	20 %	20 %	20 %	40 %	284167073
25	NC_013744	CGACG	2	10	41395	41404	20 %	0 %	40 %	40 %	284167074
26	NC_013744	CGAGA	2	10	42389	42398	40 %	0 %	40 %	20 %	284167075
27	NC_013744	TGTGG	2	10	43302	43311	0 %	40 %	60 %	0 %	284167075
28	NC_013744	AGACG	2	10	44128	44137	40 %	0 %	40 %	20 %	284167076
29	NC_013744	CGGCG	2	10	44701	44710	0 %	0 %	60 %	40 %	284167076
30	NC_013744	GTCGA	2	10	44825	44834	20 %	20 %	40 %	20 %	284167076
31	NC_013744	GACGG	2	10	46830	46839	20 %	0 %	60 %	20 %	284167077
32	NC_013744	CACTC	2	10	47170	47179	20 %	20 %	0 %	60 %	284167077
33	NC_013744	AGATC	2	10	54786	54795	40 %	20 %	20 %	20 %	284167083
34	NC_013744	GCGTC	2	10	57000	57009	0 %	20 %	40 %	40 %	284167086
35	NC_013744	GACGC	3	15	57631	57645	20 %	0 %	40 %	40 %	284167086
36	NC_013744	CTGAT	2	10	57974	57983	20 %	40 %	20 %	20 %	284167086
37	NC_013744	CGAAG	2	10	61824	61833	40 %	0 %	40 %	20 %	284167090
38	NC_013744	GGAAA	2	10	66024	66033	60 %	0 %	40 %	0 %	284167093
39	NC_013744	CGTCG	2	10	67263	67272	0 %	20 %	40 %	40 %	284167095
40	NC_013744	GATCG	2	10	67762	67771	20 %	20 %	40 %	20 %	284167095
41	NC_013744	CCGAT	2	10	69253	69262	20 %	20 %	20 %	40 %	284167096
42	NC_013744	ACTGG	2	10	70316	70325	20 %	20 %	40 %	20 %	284167097
43	NC_013744	ACGGA	2	10	70639	70648	40 %	0 %	40 %	20 %	284167098
44	NC_013744	GAGCG	2	10	72308	72317	20 %	0 %	60 %	20 %	284167099
45	NC_013744	GATTC	2	10	72935	72944	20 %	40 %	20 %	20 %	284167100
46	NC_013744	ACACT	2	10	73306	73315	40 %	20 %	0 %	40 %	284167100
47	NC_013744	CGACG	2	10	74157	74166	20 %	0 %	40 %	40 %	284167101
48	NC_013744	GCGAC	2	10	75418	75427	20 %	0 %	40 %	40 %	284167102
49	NC_013744	GACGG	2	10	76506	76515	20 %	0 %	60 %	20 %	284167102
50	NC_013744	TCGGA	2	10	78758	78767	20 %	20 %	40 %	20 %	284167105
51	NC_013744	CGATT	2	10	79162	79171	20 %	40 %	20 %	20 %	284167106
52	NC_013744	GCGAC	2	10	79297	79306	20 %	0 %	40 %	40 %	284167106
53	NC_013744	TCGTC	2	10	80740	80749	0 %	40 %	20 %	40 %	284167108
54	NC_013744	TCGCG	2	10	83311	83320	0 %	20 %	40 %	40 %	284167110
55	NC_013744	CGCGA	2	10	83940	83949	20 %	0 %	40 %	40 %	284167111
56	NC_013744	GCGTC	2	10	84176	84185	0 %	20 %	40 %	40 %	284167111
57	NC_013744	GTTCG	2	10	91340	91349	0 %	40 %	40 %	20 %	284167117
58	NC_013744	GAGCG	2	10	92591	92600	20 %	0 %	60 %	20 %	284167117
59	NC_013744	GCCCC	2	10	94233	94242	0 %	0 %	20 %	80 %	284167118
60	NC_013744	CGATC	2	10	94449	94458	20 %	20 %	20 %	40 %	284167118
61	NC_013744	CGAGA	2	10	95048	95057	40 %	0 %	40 %	20 %	284167120
62	NC_013744	TCGGT	2	10	97402	97411	0 %	40 %	40 %	20 %	284167122
63	NC_013744	ACGGA	2	10	97568	97577	40 %	0 %	40 %	20 %	284167122
64	NC_013744	GCGAC	2	10	97895	97904	20 %	0 %	40 %	40 %	284167122
65	NC_013744	GAACG	2	10	98040	98049	40 %	0 %	40 %	20 %	284167122
66	NC_013744	GCTCG	2	10	100341	100350	0 %	20 %	40 %	40 %	284167124
67	NC_013744	CGCGG	2	10	100629	100638	0 %	0 %	60 %	40 %	284167124
68	NC_013744	GGTCG	2	10	100760	100769	0 %	20 %	60 %	20 %	284167124
69	NC_013744	ACCGG	2	10	103881	103890	20 %	0 %	40 %	40 %	284167126
70	NC_013744	GCGAG	2	10	107437	107446	20 %	0 %	60 %	20 %	284167129
71	NC_013744	GTCGA	2	10	107804	107813	20 %	20 %	40 %	20 %	284167129
72	NC_013744	GTCGC	2	10	107871	107880	0 %	20 %	40 %	40 %	284167129
73	NC_013744	GACGA	2	10	108560	108569	40 %	0 %	40 %	20 %	284167129
74	NC_013744	CGCGA	2	10	109315	109324	20 %	0 %	40 %	40 %	284167130
75	NC_013744	AGTCG	2	10	111759	111768	20 %	20 %	40 %	20 %	284167132
76	NC_013744	TGTCC	2	10	112197	112206	0 %	40 %	20 %	40 %	284167132
77	NC_013744	GCGTT	2	10	112907	112916	0 %	40 %	40 %	20 %	284167132
78	NC_013744	GTGAG	2	10	115701	115710	20 %	20 %	60 %	0 %	284167136
79	NC_013744	GATCC	2	10	116685	116694	20 %	20 %	20 %	40 %	284167137
80	NC_013744	GAACC	2	10	126155	126164	40 %	0 %	20 %	40 %	284167144
81	NC_013744	CTCGA	2	10	127438	127447	20 %	20 %	20 %	40 %	284167144
82	NC_013744	CGACG	2	10	130025	130034	20 %	0 %	40 %	40 %	284167145
83	NC_013744	GTGCG	2	10	130785	130794	0 %	20 %	60 %	20 %	284167146
84	NC_013744	CGGCG	2	10	133561	133570	0 %	0 %	60 %	40 %	284167148
85	NC_013744	CCGGA	2	10	138179	138188	20 %	0 %	40 %	40 %	284167150
86	NC_013744	AGCGG	2	10	138526	138535	20 %	0 %	60 %	20 %	284167150
87	NC_013744	CCGAT	2	10	139338	139347	20 %	20 %	20 %	40 %	284167151
88	NC_013744	CGGTC	2	10	140687	140696	0 %	20 %	40 %	40 %	284167152
89	NC_013744	CACTC	2	10	142278	142287	20 %	20 %	0 %	60 %	284167152
90	NC_013744	CGACG	2	10	142444	142453	20 %	0 %	40 %	40 %	284167152
91	NC_013744	GACGG	2	10	143061	143070	20 %	0 %	60 %	20 %	284167153
92	NC_013744	CGGTC	2	10	143186	143195	0 %	20 %	40 %	40 %	284167153
93	NC_013744	GCGAG	2	10	144595	144604	20 %	0 %	60 %	20 %	284167153
94	NC_013744	CCGTC	2	10	146520	146529	0 %	20 %	20 %	60 %	284167155
95	NC_013744	CGCGG	2	10	146824	146833	0 %	0 %	60 %	40 %	284167155
96	NC_013744	TCCGT	2	10	148115	148124	0 %	40 %	20 %	40 %	284167155
97	NC_013744	GGCGA	2	10	149339	149348	20 %	0 %	60 %	20 %	284167156
98	NC_013744	TCGGT	2	10	152517	152526	0 %	40 %	40 %	20 %	284167157
99	NC_013744	GCGCC	2	10	154654	154663	0 %	0 %	40 %	60 %	284167157
100	NC_013744	GACGA	2	10	155955	155964	40 %	0 %	40 %	20 %	284167158
101	NC_013744	CGACG	2	10	159922	159931	20 %	0 %	40 %	40 %	284167160
102	NC_013744	CGGAC	2	10	162023	162032	20 %	0 %	40 %	40 %	284167160
103	NC_013744	GATCG	2	10	162233	162242	20 %	20 %	40 %	20 %	284167160
104	NC_013744	CTGGT	2	10	162678	162687	0 %	40 %	40 %	20 %	284167160
105	NC_013744	TCGGC	2	10	165416	165425	0 %	20 %	40 %	40 %	284167161
106	NC_013744	ACGCG	2	10	165857	165866	20 %	0 %	40 %	40 %	284167161
107	NC_013744	TGACT	2	10	167317	167326	20 %	40 %	20 %	20 %	284167162
108	NC_013744	GAACT	2	10	176678	176687	40 %	20 %	20 %	20 %	284167169
109	NC_013744	GGAAC	2	10	178581	178590	40 %	0 %	40 %	20 %	284167171
110	NC_013744	TACTC	2	10	180100	180109	20 %	40 %	0 %	40 %	284167173
111	NC_013744	CGTGA	2	10	180111	180120	20 %	20 %	40 %	20 %	284167173
112	NC_013744	GGTTC	2	10	180213	180222	0 %	40 %	40 %	20 %	284167173
113	NC_013744	TGATA	2	10	180877	180886	40 %	40 %	20 %	0 %	284167173
114	NC_013744	CGTTC	2	10	181493	181502	0 %	40 %	20 %	40 %	284167174
115	NC_013744	TCCCG	2	10	185951	185960	0 %	20 %	20 %	60 %	284167178
116	NC_013744	GTCGA	2	10	187086	187095	20 %	20 %	40 %	20 %	284167180
117	NC_013744	CGGAG	2	10	187187	187196	20 %	0 %	60 %	20 %	284167180
118	NC_013744	CGTCC	2	10	189866	189875	0 %	20 %	20 %	60 %	284167182
119	NC_013744	CCCGT	2	10	195320	195329	0 %	20 %	20 %	60 %	284167190
120	NC_013744	CGGTC	2	10	195467	195476	0 %	20 %	40 %	40 %	284167190
121	NC_013744	TTCCC	2	10	195787	195796	0 %	40 %	0 %	60 %	284167190
122	NC_013744	CGGGA	2	10	197816	197825	20 %	0 %	60 %	20 %	284167191
123	NC_013744	GATCG	2	10	200693	200702	20 %	20 %	40 %	20 %	284167192
124	NC_013744	GTTCG	2	10	201134	201143	0 %	40 %	40 %	20 %	284167192
125	NC_013744	CGCTG	2	10	202040	202049	0 %	20 %	40 %	40 %	284167194
126	NC_013744	GGCGA	2	10	202489	202498	20 %	0 %	60 %	20 %	284167194
127	NC_013744	TTTCG	2	10	204233	204242	0 %	60 %	20 %	20 %	284167196
128	NC_013744	GATCG	2	10	205375	205384	20 %	20 %	40 %	20 %	284167197
129	NC_013744	CGGAG	2	10	207710	207719	20 %	0 %	60 %	20 %	284167198
130	NC_013744	GGCGA	2	10	207894	207903	20 %	0 %	60 %	20 %	284167198
131	NC_013744	CGATC	2	10	211608	211617	20 %	20 %	20 %	40 %	284167200
132	NC_013744	GTCCC	2	10	212259	212268	0 %	20 %	20 %	60 %	284167201
133	NC_013744	CGGGG	2	10	213674	213683	0 %	0 %	80 %	20 %	284167202
134	NC_013744	CTCGA	2	10	214055	214064	20 %	20 %	20 %	40 %	284167202
135	NC_013744	TCCAC	2	10	214104	214113	20 %	20 %	0 %	60 %	284167202
136	NC_013744	GATCG	2	10	214394	214403	20 %	20 %	40 %	20 %	284167202
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138	NC_013744	GGATC	2	10	216913	216922	20 %	20 %	40 %	20 %	284167204
139	NC_013744	ACGTA	2	10	222379	222388	40 %	20 %	20 %	20 %	284167210
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141	NC_013744	CGTGA	2	10	222677	222686	20 %	20 %	40 %	20 %	284167210
142	NC_013744	TCGCC	2	10	224972	224981	0 %	20 %	20 %	60 %	284167212
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245	NC_013744	TCGGG	2	10	425592	425601	0 %	20 %	60 %	20 %	284167374
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251	NC_013744	CGCCC	2	10	432994	433003	0 %	0 %	20 %	80 %	284167379
252	NC_013744	ACGAA	2	10	436863	436872	60 %	0 %	20 %	20 %	284167384
253	NC_013744	CCGAT	2	10	437090	437099	20 %	20 %	20 %	40 %	284167384
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256	NC_013744	CGAAC	2	10	438884	438893	40 %	0 %	20 %	40 %	284167385
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259	NC_013744	GCGTC	2	10	442699	442708	0 %	20 %	40 %	40 %	284167390
260	NC_013744	AGCGA	2	10	448152	448161	40 %	0 %	40 %	20 %	284167396
261	NC_013744	CGCGG	2	10	449278	449287	0 %	0 %	60 %	40 %	284167397
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393	NC_013744	TCACC	2	10	648897	648906	20 %	20 %	0 %	60 %	284167590
394	NC_013744	GCTCG	2	10	649030	649039	0 %	20 %	40 %	40 %	284167590
395	NC_013744	CGTTC	2	10	653278	653287	0 %	40 %	20 %	40 %	284167592
396	NC_013744	CGATC	2	10	654608	654617	20 %	20 %	20 %	40 %	284167594
397	NC_013744	CGCTG	2	10	656252	656261	0 %	20 %	40 %	40 %	284167595
398	NC_013744	GGACG	2	10	656499	656508	20 %	0 %	60 %	20 %	284167595
399	NC_013744	TCGCC	2	10	656624	656633	0 %	20 %	20 %	60 %	284167595
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402	NC_013744	GCCGG	2	10	658029	658038	0 %	0 %	60 %	40 %	284167596
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428	NC_013744	TTCGC	2	10	694634	694643	0 %	40 %	20 %	40 %	284167626
429	NC_013744	GCCGC	2	10	694815	694824	0 %	0 %	40 %	60 %	284167626
430	NC_013744	CGGCG	2	10	696605	696614	0 %	0 %	60 %	40 %	284167627

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.