MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Gardnerella vaginalis 409-05 chromosome

Total Repeats: 242

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013721	ACAAG	2	10	8203	8212	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_013721	AAAAG	2	10	19015	19024	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013721	AAATT	2	10	25485	25494	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013721	TGGCG	2	10	59559	59568	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013721	AGTTT	2	10	59687	59696	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013721	AGGCA	2	10	68755	68764	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_013721	ATTTT	2	10	73376	73385	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013721	CAAAA	2	10	75824	75833	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013721	CTCTG	2	10	83673	83682	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_013721	GCATG	2	10	94387	94396	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013721	CAGAA	2	10	94527	94536	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013721	AAAGG	2	10	106807	106816	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013721	AATGA	2	10	112012	112021	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013721	TCACA	2	10	123445	123454	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013721	GGAAC	2	10	148932	148941	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013721	TTTCG	2	10	163939	163948	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013721	ATTGA	2	10	164011	164020	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013721	AAAAT	2	10	165899	165908	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013721	AAACG	2	10	171307	171316	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013721	GTAAA	2	10	175507	175516	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013721	TCAGT	2	10	194820	194829	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013721	AATTA	2	10	195030	195039	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013721	TGTTT	2	10	198543	198552	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013721	CGTGT	2	10	199506	199515	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013721	AACAA	2	10	199736	199745	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013721	AACGT	2	10	209787	209796	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013721	TCATA	2	10	212397	212406	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_013721	CAAAA	2	10	216786	216795	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013721	GTAAT	2	10	234699	234708	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013721	AATAA	2	10	239178	239187	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013721	AAAGC	2	10	250425	250434	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013721	GTGTC	2	10	270452	270461	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013721	GGGTT	2	10	272029	272038	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013721	TTTGT	2	10	278922	278931	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013721	GGAAC	2	10	295316	295325	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013721	GTTTT	2	10	301543	301552	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013721	GTAAA	2	10	329117	329126	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013721	TTGCT	2	10	333750	333759	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_013721	AAAGA	2	10	339599	339608	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013721	ATATA	2	10	346168	346177	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013721	ATTTA	2	10	347460	347469	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013721	AAAAT	2	10	348768	348777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013721	TAGCA	2	10	351741	351750	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013721	AAACT	2	10	360590	360599	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_013721	TTTAA	2	10	381199	381208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013721	AGTTG	2	10	381228	381237	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013721	CAAAA	2	10	383765	383774	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013721	CTAGG	2	10	385396	385405	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013721	ACCAC	2	10	391952	391961	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
50	NC_013721	GGACG	2	10	392261	392270	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013721	GAGCG	2	10	392313	392322	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013721	CGTTC	2	10	399262	399271	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_013721	AGAGT	2	10	406866	406875	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013721	TCTTT	2	10	412084	412093	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013721	TGTTT	2	10	418651	418660	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013721	ACGAA	2	10	424396	424405	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013721	TAAAA	2	10	425204	425213	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013721	ATTGC	2	10	439823	439832	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013721	CCTGC	2	10	443373	443382	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
60	NC_013721	CTGCC	2	10	443732	443741	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_013721	TTGGG	2	10	445472	445481	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013721	ACGCT	2	10	469177	469186	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_013721	TATTT	2	10	485916	485925	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013721	TGGTT	2	10	503367	503376	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013721	ATTTT	2	10	504683	504692	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013721	TTTAT	2	10	511334	511343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013721	GTTTT	2	10	528886	528895	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013721	TGTGT	2	10	536239	536248	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013721	TGCTT	2	10	537218	537227	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_013721	GTGTT	2	10	542450	542459	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013721	AAAGC	2	10	543181	543190	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_013721	GAGTT	2	10	545055	545064	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013721	TTTAA	2	10	547418	547427	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013721	GTTTT	2	10	553295	553304	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013721	GAGCA	2	10	555111	555120	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013721	GTTGT	2	10	555147	555156	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013721	GAAAT	2	10	556189	556198	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013721	TTTGC	2	10	559572	559581	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013721	AATGC	2	10	559595	559604	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013721	CAATG	2	10	559605	559614	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013721	AGTGG	2	10	570013	570022	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013721	ATATA	2	10	570209	570218	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013721	ATATT	2	10	570292	570301	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013721	TTCAT	2	10	570572	570581	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013721	TTTAT	2	10	576397	576406	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013721	TGTAT	2	10	581139	581148	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013721	CTGGT	2	10	590291	590300	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013721	AAATA	2	10	592089	592098	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013721	TTGAG	2	10	592930	592939	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013721	TTTAA	2	10	594070	594079	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013721	ATATA	2	10	600301	600310	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013721	TTATT	2	10	601795	601804	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013721	AATTT	2	10	611407	611416	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013721	ACGTA	2	10	659137	659146	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_013721	TTATG	2	10	666964	666973	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013721	TGCAA	2	10	692580	692589	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013721	CGAAG	2	10	699301	699310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_013721	CTAAG	2	10	699461	699470	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_013721	AAAAC	2	10	703035	703044	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013721	AATTA	2	10	703106	703115	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013721	ATATT	2	10	704004	704013	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013721	AAAGC	2	10	714693	714702	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_013721	AAGTT	2	10	718538	718547	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013721	TGCTA	2	10	725838	725847	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013721	ATTTA	2	10	732187	732196	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013721	TAGTA	2	10	732281	732290	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013721	TTATT	2	10	742991	743000	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013721	ATTTT	2	10	743006	743015	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013721	ATATA	2	10	758359	758368	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013721	AAATA	2	10	758474	758483	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013721	GTGCA	2	10	759238	759247	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_013721	ATTTT	2	10	759362	759371	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013721	GTTGA	2	10	771044	771053	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013721	TAAAA	2	10	795963	795972	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013721	TATGC	2	10	796002	796011	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013721	GCATG	2	10	825650	825659	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_013721	CGGTG	2	10	826869	826878	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_013721	TCACC	2	10	826891	826900	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
119	NC_013721	AAAGC	2	10	827048	827057	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013721	GAGTT	2	10	831043	831052	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013721	GTATA	2	10	835591	835600	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013721	ATGTG	2	10	838111	838120	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013721	AACAG	2	10	839826	839835	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_013721	TAGCG	2	10	842024	842033	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013721	AGTGA	2	10	845958	845967	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013721	TATTC	2	10	853858	853867	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013721	AACTC	2	10	853991	854000	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
128	NC_013721	CAATT	2	10	854654	854663	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013721	GAGAA	2	10	856288	856297	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013721	CAAAG	2	10	878367	878376	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_013721	AAAGT	2	10	924056	924065	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013721	GGAAC	2	10	924170	924179	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013721	TACTT	2	10	938910	938919	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_013721	TTCTT	2	10	947370	947379	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013721	AAACG	2	10	951150	951159	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013721	TAGTG	2	10	967898	967907	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013721	ATTAG	2	10	969376	969385	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013721	TAGTT	2	10	971471	971480	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013721	TTAAC	2	10	973834	973843	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_013721	AAGTG	2	10	986566	986575	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013721	AAATG	2	10	986725	986734	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013721	CTACA	2	10	998275	998284	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013721	TGATT	2	10	998320	998329	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013721	ACCAG	2	10	1016366	1016375	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
145	NC_013721	GTCTT	2	10	1021050	1021059	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_013721	GTCAT	2	10	1021383	1021392	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_013721	CCCTA	2	10	1023477	1023486	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
148	NC_013721	TAAAT	2	10	1025386	1025395	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013721	AAAAT	2	10	1030076	1030085	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_013721	ACCAC	2	10	1037320	1037329	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
151	NC_013721	TACTT	2	10	1039136	1039145	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
152	NC_013721	TAATT	2	10	1052413	1052422	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_013721	GTTTA	2	10	1064277	1064286	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013721	CGTCC	2	10	1075545	1075554	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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159	NC_013721	ACCCG	2	10	1106228	1106237	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
160	NC_013721	CACAA	2	10	1107364	1107373	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
161	NC_013721	ACAAG	2	10	1110853	1110862	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_013721	CCAAA	2	10	1110977	1110986	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
163	NC_013721	CCGCG	2	10	1111588	1111597	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
164	NC_013721	TATAC	2	10	1113537	1113546	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_013721	TATAC	2	10	1114122	1114131	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_013721	AAGCA	3	15	1114377	1114391	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_013721	AAGGA	2	10	1119950	1119959	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
168	NC_013721	TTCCT	2	10	1123923	1123932	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_013721	GCGCC	2	10	1130255	1130264	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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171	NC_013721	CCATG	2	10	1137259	1137268	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
172	NC_013721	AGGAA	2	10	1140071	1140080	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
173	NC_013721	TTTTG	2	10	1141916	1141925	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_013721	CAAAA	2	10	1144792	1144801	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
175	NC_013721	CTTAC	2	10	1147444	1147453	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
176	NC_013721	ACAAT	2	10	1154137	1154146	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
177	NC_013721	CATTA	2	10	1177064	1177073	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
178	NC_013721	TAACA	2	10	1189721	1189730	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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180	NC_013721	TAACA	2	10	1190441	1190450	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
181	NC_013721	AAAAC	2	10	1194582	1194591	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
182	NC_013721	CTAAC	2	10	1230813	1230822	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
183	NC_013721	AAATT	2	10	1232372	1232381	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_013721	TATAA	2	10	1233737	1233746	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_013721	TTCCT	2	10	1238345	1238354	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_013721	GCCAC	2	10	1240239	1240248	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
187	NC_013721	TTATT	2	10	1242245	1242254	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_013721	TTGAG	2	10	1247368	1247377	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
189	NC_013721	GCTTT	2	10	1248605	1248614	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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192	NC_013721	TCTTT	2	10	1250818	1250827	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_013721	ATAAA	2	10	1253772	1253781	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_013721	ACCGG	2	10	1254372	1254381	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
195	NC_013721	CTGCC	2	10	1257799	1257808	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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197	NC_013721	GGCAG	2	10	1278782	1278791	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
198	NC_013721	AAAAC	2	10	1289480	1289489	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
199	NC_013721	AAAAT	2	10	1295342	1295351	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
200	NC_013721	AAAAC	2	10	1301100	1301109	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
201	NC_013721	TAAGC	2	10	1318659	1318668	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
202	NC_013721	ATTAG	2	10	1323721	1323730	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
203	NC_013721	ACTCA	2	10	1332223	1332232	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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207	NC_013721	TCATC	2	10	1374849	1374858	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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217	NC_013721	ATAAA	2	10	1460781	1460790	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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221	NC_013721	GACTC	2	10	1481716	1481725	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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234	NC_013721	CGTAA	2	10	1578315	1578324	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
235	NC_013721	AAAAC	2	10	1579344	1579353	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
236	NC_013721	CAATA	2	10	1581313	1581322	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
237	NC_013721	GACTC	2	10	1587775	1587784	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
238	NC_013721	CTCCC	2	10	1588629	1588638	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
239	NC_013721	CACGA	2	10	1590033	1590042	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
240	NC_013721	CCCAT	2	10	1590863	1590872	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
241	NC_013721	CACTG	2	10	1600026	1600035	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
242	NC_013721	TTCTT	2	10	1615519	1615528	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.