MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD2

Total Repeats: 107

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013718	TGAT	2	8	494	501	25 %	50 %	25 %	0 %	283488385
2	NC_013718	ATCC	2	8	648	655	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
3	NC_013718	AGTC	2	8	949	956	25 %	25 %	25 %	25 %	283488386
4	NC_013718	TAAT	2	8	1121	1128	50 %	50 %	0 %	0 %	283488386
5	NC_013718	CGAA	2	8	1855	1862	50 %	0 %	25 %	25 %	283488388
6	NC_013718	TTCT	2	8	2305	2312	0 %	75 %	0 %	25 %	283488389
7	NC_013718	TTAA	2	8	2388	2395	50 %	50 %	0 %	0 %	283488390
8	NC_013718	ATTC	2	8	2458	2465	25 %	50 %	0 %	25 %	283488390
9	NC_013718	GGCT	2	8	3215	3222	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_013718	TTTC	2	8	3422	3429	0 %	75 %	0 %	25 %	283488392
11	NC_013718	AGAA	2	8	3510	3517	75 %	0 %	25 %	0 %	283488392
12	NC_013718	ATTT	2	8	3585	3592	25 %	75 %	0 %	0 %	283488392
13	NC_013718	CGAA	2	8	3935	3942	50 %	0 %	25 %	25 %	283488393
14	NC_013718	CGGG	2	8	4347	4354	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
15	NC_013718	CGAA	2	8	5482	5489	50 %	0 %	25 %	25 %	283488397
16	NC_013718	AGTT	2	8	5713	5720	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013718	AGAT	2	8	6138	6145	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013718	AATT	2	8	6204	6211	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013718	CTGA	2	8	6512	6519	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_013718	GTCA	2	8	7067	7074	25 %	25 %	25 %	25 %	283488398
21	NC_013718	ACAG	2	8	8160	8167	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_013718	TAAT	2	8	8897	8904	50 %	50 %	0 %	0 %	283488401
23	NC_013718	CCAG	2	8	9236	9243	25 %	0 %	25 %	50 %	283488402
24	NC_013718	ACAA	2	8	9465	9472	75 %	0 %	0 %	25 %	283488403
25	NC_013718	TATT	2	8	9672	9679	25 %	75 %	0 %	0 %	283488404
26	NC_013718	AATG	2	8	10469	10476	50 %	25 %	25 %	0 %	283488405
27	NC_013718	AACG	2	8	10508	10515	50 %	0 %	25 %	25 %	283488405
28	NC_013718	GCGG	2	8	10559	10566	0 %	0 %	75 %	25 %	283488405
29	NC_013718	CTTT	2	8	10708	10715	0 %	75 %	0 %	25 %	283488405
30	NC_013718	GTCT	2	8	11198	11205	0 %	50 %	25 %	25 %	283488406
31	NC_013718	TTCA	2	8	11497	11504	25 %	50 %	0 %	25 %	283488406
32	NC_013718	GTGG	2	8	12084	12091	0 %	25 %	75 %	0 %	283488408
33	NC_013718	CATA	2	8	12336	12343	50 %	25 %	0 %	25 %	283488408
34	NC_013718	CAGC	2	8	12877	12884	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013718	CGAT	2	8	13904	13911	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_013718	CCAT	2	8	14101	14108	25 %	25 %	0 %	50 %	283488410
37	NC_013718	TGTT	2	8	14137	14144	0 %	75 %	25 %	0 %	283488410
38	NC_013718	ATTT	2	8	14497	14504	25 %	75 %	0 %	0 %	283488410
39	NC_013718	GCTG	2	8	14783	14790	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_013718	AAGC	2	8	14923	14930	50 %	0 %	25 %	25 %	283488411
41	NC_013718	AATC	2	8	15217	15224	50 %	25 %	0 %	25 %	283488411
42	NC_013718	TAAT	2	8	15310	15317	50 %	50 %	0 %	0 %	283488411
43	NC_013718	GGAA	2	8	15350	15357	50 %	0 %	50 %	0 %	283488412
44	NC_013718	CTGC	2	8	15666	15673	0 %	25 %	25 %	50 %	283488413
45	NC_013718	ACTC	2	8	15699	15706	25 %	25 %	0 %	50 %	283488413
46	NC_013718	CAGG	2	8	15978	15985	25 %	0 %	50 %	25 %	283488413
47	NC_013718	GACA	2	8	17107	17114	50 %	0 %	25 %	25 %	283488413
48	NC_013718	GCCA	2	8	18039	18046	25 %	0 %	25 %	50 %	283488414
49	NC_013718	TTTC	2	8	18178	18185	0 %	75 %	0 %	25 %	283488414
50	NC_013718	CTTT	2	8	18345	18352	0 %	75 %	0 %	25 %	283488415
51	NC_013718	CAAC	2	8	18659	18666	50 %	0 %	0 %	50 %	283488416
52	NC_013718	TCAA	2	8	18669	18676	50 %	25 %	0 %	25 %	283488416
53	NC_013718	AAAC	2	8	19550	19557	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_013718	GTCT	2	8	19864	19871	0 %	50 %	25 %	25 %	283488417
55	NC_013718	ATTT	2	8	20333	20340	25 %	75 %	0 %	0 %	283488418
56	NC_013718	AGAC	2	8	20404	20411	50 %	0 %	25 %	25 %	283488418
57	NC_013718	TTTC	2	8	20770	20777	0 %	75 %	0 %	25 %	283488419
58	NC_013718	TTAC	2	8	21016	21023	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_013718	ACTG	2	8	21559	21566	25 %	25 %	25 %	25 %	283488420
60	NC_013718	TTAA	2	8	22784	22791	50 %	50 %	0 %	0 %	283488421
61	NC_013718	CACT	2	8	22954	22961	25 %	25 %	0 %	50 %	283488421
62	NC_013718	CTGC	2	8	23959	23966	0 %	25 %	25 %	50 %	283488423
63	NC_013718	GAAA	2	8	24170	24177	75 %	0 %	25 %	0 %	283488423
64	NC_013718	AAAT	2	8	24226	24233	75 %	25 %	0 %	0 %	283488423
65	NC_013718	AATG	2	8	24372	24379	50 %	25 %	25 %	0 %	283488423
66	NC_013718	TCAT	2	8	24445	24452	25 %	50 %	0 %	25 %	283488423
67	NC_013718	TCTT	2	8	25069	25076	0 %	75 %	0 %	25 %	283488423
68	NC_013718	CTGT	2	8	25192	25199	0 %	50 %	25 %	25 %	283488423
69	NC_013718	ATCC	2	8	25206	25213	25 %	25 %	0 %	50 %	283488423
70	NC_013718	AAAT	2	8	25289	25296	75 %	25 %	0 %	0 %	283488423
71	NC_013718	ATCC	2	8	26661	26668	25 %	25 %	0 %	50 %	283488425
72	NC_013718	CTCC	2	8	27090	27097	0 %	25 %	0 %	75 %	283488425
73	NC_013718	AATA	2	8	28386	28393	75 %	25 %	0 %	0 %	283488426
74	NC_013718	TCTG	2	8	28425	28432	0 %	50 %	25 %	25 %	283488427
75	NC_013718	GAAG	2	8	29140	29147	50 %	0 %	50 %	0 %	283488428
76	NC_013718	CTGA	2	8	29440	29447	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_013718	CTCG	2	8	29617	29624	0 %	25 %	25 %	50 %	283488429
78	NC_013718	CAGA	2	8	30159	30166	50 %	0 %	25 %	25 %	283488429
79	NC_013718	AAAT	2	8	30167	30174	75 %	25 %	0 %	0 %	283488429
80	NC_013718	AGCC	2	8	30257	30264	25 %	0 %	25 %	50 %	283488429
81	NC_013718	GCCA	2	8	30288	30295	25 %	0 %	25 %	50 %	283488429
82	NC_013718	TTAT	2	8	30926	30933	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013718	CTGG	2	8	31211	31218	0 %	25 %	50 %	25 %	283488430
84	NC_013718	TGAT	2	8	31489	31496	25 %	50 %	25 %	0 %	283488430
85	NC_013718	GCGT	2	8	32041	32048	0 %	25 %	50 %	25 %	283488430
86	NC_013718	AAGA	2	8	33478	33485	75 %	0 %	25 %	0 %	283488431
87	NC_013718	TTAC	2	8	33914	33921	25 %	50 %	0 %	25 %	283488431
88	NC_013718	ATTT	2	8	34227	34234	25 %	75 %	0 %	0 %	283488431
89	NC_013718	CATA	2	8	34398	34405	50 %	25 %	0 %	25 %	283488431
90	NC_013718	ATTT	2	8	34590	34597	25 %	75 %	0 %	0 %	283488431
91	NC_013718	GAAC	2	8	34727	34734	50 %	0 %	25 %	25 %	283488431
92	NC_013718	AGCC	2	8	35092	35099	25 %	0 %	25 %	50 %	283488431
93	NC_013718	CATA	2	8	35178	35185	50 %	25 %	0 %	25 %	283488431
94	NC_013718	ATCC	2	8	35439	35446	25 %	25 %	0 %	50 %	283488432
95	NC_013718	TTAA	2	8	35579	35586	50 %	50 %	0 %	0 %	283488433
96	NC_013718	AATC	2	8	36381	36388	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_013718	TAAT	2	8	36638	36645	50 %	50 %	0 %	0 %	283488434
98	NC_013718	CTAC	2	8	36948	36955	25 %	25 %	0 %	50 %	283488435
99	NC_013718	TACA	2	8	37043	37050	50 %	25 %	0 %	25 %	283488435
100	NC_013718	CTGG	2	8	37547	37554	0 %	25 %	50 %	25 %	283488436
101	NC_013718	TCCT	2	8	37868	37875	0 %	50 %	0 %	50 %	283488436
102	NC_013718	TACA	2	8	38433	38440	50 %	25 %	0 %	25 %	283488436
103	NC_013718	AATG	2	8	38591	38598	50 %	25 %	25 %	0 %	283488437
104	NC_013718	AGAC	2	8	38662	38669	50 %	0 %	25 %	25 %	283488437
105	NC_013718	GGCA	2	8	38977	38984	25 %	0 %	50 %	25 %	283488438
106	NC_013718	ATTG	2	8	39056	39063	25 %	50 %	25 %	0 %	283488438
107	NC_013718	GAAA	2	8	39180	39187	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.