MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Citrobacter rodentium ICC168 plasmid pCROD1

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013717	CAGA	2	8	246	253	50 %	0 %	25 %	25 %	283777747
2	NC_013717	TACC	2	8	1186	1193	25 %	25 %	0 %	50 %	283777749
3	NC_013717	CCGA	2	8	1229	1236	25 %	0 %	25 %	50 %	283777749
4	NC_013717	ACAG	2	8	1326	1333	50 %	0 %	25 %	25 %	283777749
5	NC_013717	CAGA	2	8	1421	1428	50 %	0 %	25 %	25 %	283777749
6	NC_013717	CCCT	2	8	2128	2135	0 %	25 %	0 %	75 %	283777750
7	NC_013717	GCTG	2	8	2637	2644	0 %	25 %	50 %	25 %	283777751
8	NC_013717	CTGC	2	8	2896	2903	0 %	25 %	25 %	50 %	283777751
9	NC_013717	GCCT	2	8	3710	3717	0 %	25 %	25 %	50 %	283777753
10	NC_013717	TCCG	2	8	4336	4343	0 %	25 %	25 %	50 %	283777754
11	NC_013717	TATT	2	8	5167	5174	25 %	75 %	0 %	0 %	283777755
12	NC_013717	GACA	2	8	5592	5599	50 %	0 %	25 %	25 %	283777757
13	NC_013717	CTGT	2	8	5602	5609	0 %	50 %	25 %	25 %	283777757
14	NC_013717	TCCT	2	8	5829	5836	0 %	50 %	0 %	50 %	283777758
15	NC_013717	TGGC	2	8	6638	6645	0 %	25 %	50 %	25 %	283777758
16	NC_013717	GAAC	2	8	6930	6937	50 %	0 %	25 %	25 %	283777758
17	NC_013717	GAAT	2	8	6965	6972	50 %	25 %	25 %	0 %	283777759
18	NC_013717	ATGT	2	8	9303	9310	25 %	50 %	25 %	0 %	283777759
19	NC_013717	CTGT	2	8	9972	9979	0 %	50 %	25 %	25 %	283777759
20	NC_013717	TCCG	2	8	10414	10421	0 %	25 %	25 %	50 %	283777759
21	NC_013717	CCGG	2	8	10451	10458	0 %	0 %	50 %	50 %	283777759
22	NC_013717	ACTG	2	8	10722	10729	25 %	25 %	25 %	25 %	283777759
23	NC_013717	TGAA	2	8	11041	11048	50 %	25 %	25 %	0 %	283777759
24	NC_013717	GGCT	2	8	11053	11060	0 %	25 %	50 %	25 %	283777759
25	NC_013717	GAAC	2	8	11213	11220	50 %	0 %	25 %	25 %	283777759
26	NC_013717	GCAG	2	8	11295	11302	25 %	0 %	50 %	25 %	283777759
27	NC_013717	TGAA	2	8	11314	11321	50 %	25 %	25 %	0 %	283777759
28	NC_013717	AAGA	2	8	13903	13910	75 %	0 %	25 %	0 %	283777762
29	NC_013717	CAGA	2	8	15329	15336	50 %	0 %	25 %	25 %	283777764
30	NC_013717	CTGG	2	8	15721	15728	0 %	25 %	50 %	25 %	283777764
31	NC_013717	AAAG	2	8	15892	15899	75 %	0 %	25 %	0 %	283777764
32	NC_013717	ACAG	2	8	15935	15942	50 %	0 %	25 %	25 %	283777764
33	NC_013717	GTCT	2	8	16059	16066	0 %	50 %	25 %	25 %	283777764
34	NC_013717	CTGA	2	8	16940	16947	25 %	25 %	25 %	25 %	283777764
35	NC_013717	GGGA	2	8	17478	17485	25 %	0 %	75 %	0 %	283777765
36	NC_013717	GAAA	2	8	18349	18356	75 %	0 %	25 %	0 %	283777767
37	NC_013717	AACC	2	8	18360	18367	50 %	0 %	0 %	50 %	283777767
38	NC_013717	AAGA	2	8	18629	18636	75 %	0 %	25 %	0 %	283777767
39	NC_013717	CAAA	2	8	18687	18694	75 %	0 %	0 %	25 %	283777767
40	NC_013717	TTTA	2	8	19995	20002	25 %	75 %	0 %	0 %	283777769
41	NC_013717	TTCA	2	8	20619	20626	25 %	50 %	0 %	25 %	283777769
42	NC_013717	AAAT	2	8	20727	20734	75 %	25 %	0 %	0 %	283777769
43	NC_013717	GATC	2	8	21290	21297	25 %	25 %	25 %	25 %	283777770
44	NC_013717	AGCC	2	8	21457	21464	25 %	0 %	25 %	50 %	283777770
45	NC_013717	CCGG	2	8	23361	23368	0 %	0 %	50 %	50 %	283777771
46	NC_013717	ATGT	2	8	23874	23881	25 %	50 %	25 %	0 %	283777771
47	NC_013717	AATA	2	8	24263	24270	75 %	25 %	0 %	0 %	283777771
48	NC_013717	GATA	2	8	24715	24722	50 %	25 %	25 %	0 %	283777771
49	NC_013717	AAAT	2	8	24861	24868	75 %	25 %	0 %	0 %	283777771
50	NC_013717	ATAG	2	8	24941	24948	50 %	25 %	25 %	0 %	283777771
51	NC_013717	GCAT	2	8	25551	25558	25 %	25 %	25 %	25 %	283777771
52	NC_013717	TGCC	2	8	25610	25617	0 %	25 %	25 %	50 %	283777771
53	NC_013717	AGGA	2	8	26124	26131	50 %	0 %	50 %	0 %	283777771
54	NC_013717	CCTG	2	8	26159	26166	0 %	25 %	25 %	50 %	283777771
55	NC_013717	CCAG	2	8	27114	27121	25 %	0 %	25 %	50 %	283777772
56	NC_013717	ATCA	2	8	28134	28141	50 %	25 %	0 %	25 %	283777773
57	NC_013717	ATTT	2	8	28325	28332	25 %	75 %	0 %	0 %	283777773
58	NC_013717	AGAC	2	8	28765	28772	50 %	0 %	25 %	25 %	283777773
59	NC_013717	TGGC	2	8	29411	29418	0 %	25 %	50 %	25 %	283777773
60	NC_013717	TATC	2	8	29722	29729	25 %	50 %	0 %	25 %	283777773
61	NC_013717	ACAG	2	8	29974	29981	50 %	0 %	25 %	25 %	283777773
62	NC_013717	GACT	2	8	30119	30126	25 %	25 %	25 %	25 %	283777773
63	NC_013717	GACT	2	8	30795	30802	25 %	25 %	25 %	25 %	283777774
64	NC_013717	AACA	2	8	30948	30955	75 %	0 %	0 %	25 %	283777774
65	NC_013717	TGGC	2	8	31745	31752	0 %	25 %	50 %	25 %	283777775
66	NC_013717	CCTG	2	8	32231	32238	0 %	25 %	25 %	50 %	283777775
67	NC_013717	CGAA	2	8	34018	34025	50 %	0 %	25 %	25 %	283777778
68	NC_013717	CCGA	2	8	34183	34190	25 %	0 %	25 %	50 %	283777779
69	NC_013717	TCAG	2	8	34385	34392	25 %	25 %	25 %	25 %	283777779
70	NC_013717	GTCA	2	8	36082	36089	25 %	25 %	25 %	25 %	283777783
71	NC_013717	ACCG	2	8	36181	36188	25 %	0 %	25 %	50 %	283777783
72	NC_013717	CCGG	2	8	37660	37667	0 %	0 %	50 %	50 %	283777784
73	NC_013717	ATGT	2	8	38173	38180	25 %	50 %	25 %	0 %	283777784
74	NC_013717	CCAT	2	8	38797	38804	25 %	25 %	0 %	50 %	283777784
75	NC_013717	TGTC	2	8	39033	39040	0 %	50 %	25 %	25 %	283777784
76	NC_013717	TCGG	2	8	39841	39848	0 %	25 %	50 %	25 %	283777784
77	NC_013717	ACTC	2	8	41098	41105	25 %	25 %	0 %	50 %	283777785
78	NC_013717	TATT	2	8	41300	41307	25 %	75 %	0 %	0 %	283777786
79	NC_013717	TTGC	2	8	41480	41487	0 %	50 %	25 %	25 %	283777786
80	NC_013717	AAGG	2	8	41769	41776	50 %	0 %	50 %	0 %	283777786
81	NC_013717	TTTA	2	8	42228	42235	25 %	75 %	0 %	0 %	283777787
82	NC_013717	GGAC	2	8	42577	42584	25 %	0 %	50 %	25 %	283777787
83	NC_013717	GGAC	2	8	42838	42845	25 %	0 %	50 %	25 %	283777787
84	NC_013717	CCCT	2	8	42993	43000	0 %	25 %	0 %	75 %	283777787
85	NC_013717	ATCA	2	8	44759	44766	50 %	25 %	0 %	25 %	283777790
86	NC_013717	GAAA	2	8	44926	44933	75 %	0 %	25 %	0 %	283777790
87	NC_013717	TCAT	2	8	45054	45061	25 %	50 %	0 %	25 %	283777790
88	NC_013717	GTCG	2	8	45157	45164	0 %	25 %	50 %	25 %	283777790
89	NC_013717	GCCA	2	8	45932	45939	25 %	0 %	25 %	50 %	283777792
90	NC_013717	CTGA	2	8	46063	46070	25 %	25 %	25 %	25 %	283777792
91	NC_013717	CAGC	2	8	46263	46270	25 %	0 %	25 %	50 %	283777792
92	NC_013717	TCAA	2	8	46302	46309	50 %	25 %	0 %	25 %	283777792
93	NC_013717	CCAG	2	8	46394	46401	25 %	0 %	25 %	50 %	283777792
94	NC_013717	TCGC	2	8	47039	47046	0 %	25 %	25 %	50 %	283777793
95	NC_013717	CAGC	2	8	47099	47106	25 %	0 %	25 %	50 %	283777793
96	NC_013717	CAGT	2	8	47230	47237	25 %	25 %	25 %	25 %	283777793
97	NC_013717	ATTG	2	8	47785	47792	25 %	50 %	25 %	0 %	283777794
98	NC_013717	TCCA	2	8	47902	47909	25 %	25 %	0 %	50 %	283777794
99	NC_013717	ACAT	2	8	49208	49215	50 %	25 %	0 %	25 %	283777796
100	NC_013717	TGCA	2	8	50592	50599	25 %	25 %	25 %	25 %	283777797
101	NC_013717	CCGG	2	8	51275	51282	0 %	0 %	50 %	50 %	283777797
102	NC_013717	GGCG	2	8	51620	51627	0 %	0 %	75 %	25 %	283777797
103	NC_013717	CCAG	2	8	51984	51991	25 %	0 %	25 %	50 %	283777798
104	NC_013717	CCGG	2	8	52099	52106	0 %	0 %	50 %	50 %	283777799
105	NC_013717	AGGC	2	8	52477	52484	25 %	0 %	50 %	25 %	283777799
106	NC_013717	ATAA	2	8	53451	53458	75 %	25 %	0 %	0 %	283777800
107	NC_013717	GCCA	2	8	53875	53882	25 %	0 %	25 %	50 %	283777800
108	NC_013717	AGGC	2	8	53932	53939	25 %	0 %	50 %	25 %	283777800
109	NC_013717	GCCT	2	8	54410	54417	0 %	25 %	25 %	50 %	283777801

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.