MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rothia mucilaginosa DY-18 chromosome

Total Repeats: 90

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013715	TGTGGG	2	12	12003	12014	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013715	CAGGGG	2	12	21139	21150	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_013715	GAGTAA	2	12	21357	21368	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013715	GGGGAG	2	12	29529	29540	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013715	GTGTTA	2	12	81004	81015	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013715	GATGGT	2	12	106888	106899	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013715	TAGTAT	2	12	108802	108813	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013715	CATTCA	2	12	131857	131868	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013715	TTCGTT	2	12	136967	136978	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_013715	CACCCG	2	12	189454	189465	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_013715	CCCGCC	2	12	237004	237015	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
12	NC_013715	TAGCGC	2	12	294118	294129	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_013715	AGAAAA	2	12	306186	306197	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013715	GATATC	2	12	306274	306285	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_013715	GCCGGA	2	12	389199	389210	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013715	GTAGGG	2	12	426183	426194	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013715	ACCCTG	2	12	534422	534433	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013715	TCAACC	2	12	560591	560602	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
19	NC_013715	TTCACG	2	12	590104	590115	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013715	TAGAAA	2	12	604538	604549	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013715	GTTAGC	2	12	616941	616952	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_013715	GAGGAA	2	12	666612	666623	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013715	GACCTC	2	12	686253	686264	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_013715	CCTTTG	2	12	699046	699057	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_013715	GGTGCG	2	12	711922	711933	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_013715	TTACGG	2	12	743912	743923	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013715	GTCACC	2	12	746102	746113	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
28	NC_013715	GCGGGC	2	12	765904	765915	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_013715	GGGTGC	2	12	797498	797509	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_013715	CACCCC	2	12	799984	799995	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
31	NC_013715	AATGTG	2	12	800049	800060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013715	GTTGCA	2	12	817031	817042	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_013715	CTCCTA	2	12	817459	817470	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013715	CTTCAA	2	12	817555	817566	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013715	CGGTGG	2	12	817609	817620	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013715	CTAGCC	2	12	860141	860152	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
37	NC_013715	CTTAGA	2	12	890758	890769	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013715	CGTGCA	2	12	917889	917900	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_013715	GCTGTA	2	12	991077	991088	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_013715	CGTGCT	2	12	992526	992537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013715	TTTAGC	2	12	1013018	1013029	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013715	TGCAAT	2	12	1022547	1022558	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_013715	ACTCCC	2	12	1083034	1083045	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_013715	CACCCA	2	12	1088389	1088400	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_013715	GAGCAG	2	12	1134358	1134369	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_013715	GGGGTT	2	12	1152210	1152221	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013715	TTTTGT	2	12	1179993	1180004	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013715	GGTTCT	2	12	1200521	1200532	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_013715	GTGGGC	2	12	1212213	1212224	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_013715	CCGCAC	2	12	1270761	1270772	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_013715	CCAAGC	2	12	1354881	1354892	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_013715	GACACC	2	12	1356723	1356734	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013715	AGTTAT	2	12	1367002	1367013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013715	GTGGCG	2	12	1367800	1367811	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013715	ATTCCG	2	12	1396539	1396550	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013715	GGTAGG	2	12	1398936	1398947	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013715	GAGAAA	2	12	1456512	1456523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013715	ACCGGT	2	12	1561654	1561665	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013715	TTTAAG	2	12	1577625	1577636	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013715	CCCCCG	2	12	1579058	1579069	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
61	NC_013715	CCCACA	2	12	1588608	1588619	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_013715	AGTTTC	2	12	1593814	1593825	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013715	CCCCTC	2	12	1594612	1594623	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
64	NC_013715	GGGCTG	2	12	1687972	1687983	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_013715	CCGCAC	2	12	1694770	1694781	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_013715	TCAGAT	2	12	1712908	1712919	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_013715	GTACGG	2	12	1746376	1746387	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013715	CCGTTA	2	12	1796895	1796906	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_013715	CCCGGA	2	12	1822256	1822267	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013715	GGCCCC	2	12	1822285	1822296	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
71	NC_013715	ATCAAC	2	12	1882818	1882829	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013715	AAGACT	2	12	1910541	1910552	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_013715	TGCCGC	2	12	1926763	1926774	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_013715	CGGTGA	2	12	1927186	1927197	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_013715	GCGGTT	2	12	1927311	1927322	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_013715	TAGGGT	2	12	1927818	1927829	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013715	CCCACA	2	12	1936932	1936943	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_013715	AGTTTC	2	12	1944678	1944689	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_013715	GTTTTC	2	12	1978583	1978594	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_013715	TTCCCT	2	12	2017363	2017374	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_013715	GCTACG	2	12	2078831	2078842	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_013715	CTTCTC	2	12	2081086	2081097	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_013715	AGGAGC	2	12	2081130	2081141	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_013715	GCCCCT	2	12	2103686	2103697	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_013715	CAAATG	2	12	2107747	2107758	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_013715	AAACTA	2	12	2187433	2187444	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_013715	CTCAAC	2	12	2197781	2197792	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_013715	TCATGT	2	12	2197900	2197911	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_013715	TTTAGT	2	12	2230698	2230709	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013715	AGTTTC	2	12	2243185	2243196	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.