MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rothia mucilaginosa DY-18 chromosome

Total Repeats: 1569

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013715	TTCGG	2	10	1120	1129	0 %	40 %	40 %	20 %	283457090
2	NC_013715	GCGTG	2	10	4544	4553	0 %	20 %	60 %	20 %	283457092
3	NC_013715	TAAAA	2	10	5915	5924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013715	CGTAC	2	10	8967	8976	20 %	20 %	20 %	40 %	283457095
5	NC_013715	TACGA	2	10	10157	10166	40 %	20 %	20 %	20 %	283457095
6	NC_013715	AGCTG	2	10	15656	15665	20 %	20 %	40 %	20 %	283457100
7	NC_013715	AGAGA	2	10	16916	16925	60 %	0 %	40 %	0 %	283457101
8	NC_013715	TGGTG	2	10	19381	19390	0 %	40 %	60 %	0 %	283457105
9	NC_013715	GCCCC	2	10	21243	21252	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
10	NC_013715	CACGC	2	10	22666	22675	20 %	0 %	20 %	60 %	283457110
11	NC_013715	GACGC	2	10	25295	25304	20 %	0 %	40 %	40 %	283457112
12	NC_013715	GTAGA	2	10	25870	25879	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013715	GCTCG	2	10	26481	26490	0 %	20 %	40 %	40 %	283457113
14	NC_013715	GACCC	2	10	28043	28052	20 %	0 %	20 %	60 %	283457114
15	NC_013715	CGGTG	2	10	28464	28473	0 %	20 %	60 %	20 %	283457115
16	NC_013715	CACGG	2	10	30319	30328	20 %	0 %	40 %	40 %	283457117
17	NC_013715	AGGCC	2	10	30670	30679	20 %	0 %	40 %	40 %	283457118
18	NC_013715	ACCTG	2	10	31964	31973	20 %	20 %	20 %	40 %	283457119
19	NC_013715	CGGGG	2	10	38696	38705	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013715	TTTGG	2	10	41409	41418	0 %	60 %	40 %	0 %	283457126
21	NC_013715	TGGTT	2	10	42081	42090	0 %	60 %	40 %	0 %	283457127
22	NC_013715	TCGCC	2	10	42246	42255	0 %	20 %	20 %	60 %	283457128
23	NC_013715	TTGAG	2	10	43297	43306	20 %	40 %	40 %	0 %	283457129
24	NC_013715	CTGAC	2	10	44567	44576	20 %	20 %	20 %	40 %	283457130
25	NC_013715	TGGGC	2	10	48195	48204	0 %	20 %	60 %	20 %	283457133
26	NC_013715	GATGA	2	10	49742	49751	40 %	20 %	40 %	0 %	283457133
27	NC_013715	GCTGT	2	10	51521	51530	0 %	40 %	40 %	20 %	283457136
28	NC_013715	CTTCT	2	10	52537	52546	0 %	60 %	0 %	40 %	283457138
29	NC_013715	GCCCC	2	10	53905	53914	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
30	NC_013715	CGGTG	2	10	54864	54873	0 %	20 %	60 %	20 %	283457139
31	NC_013715	AGTGA	2	10	56442	56451	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013715	GCCCC	2	10	58845	58854	0 %	0 %	20 %	80 %	283457141
33	NC_013715	GCTCC	2	10	59490	59499	0 %	20 %	20 %	60 %	283457141
34	NC_013715	ACCCG	2	10	61241	61250	20 %	0 %	20 %	60 %	283457141
35	NC_013715	TGGCT	2	10	62337	62346	0 %	40 %	40 %	20 %	283457142
36	NC_013715	GCCCG	2	10	65073	65082	0 %	0 %	40 %	60 %	283457145
37	NC_013715	TCAGC	2	10	67394	67403	20 %	20 %	20 %	40 %	283457146
38	NC_013715	CCACC	2	10	68033	68042	20 %	0 %	0 %	80 %	283457148
39	NC_013715	GCACC	2	10	68949	68958	20 %	0 %	20 %	60 %	283457149
40	NC_013715	TTCAA	2	10	77425	77434	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013715	TGCGG	2	10	78716	78725	0 %	20 %	60 %	20 %	283457158
42	NC_013715	TGTGT	2	10	80931	80940	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013715	TGCTT	2	10	81187	81196	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013715	CGGTG	2	10	84214	84223	0 %	20 %	60 %	20 %	283457163
45	NC_013715	GCACA	2	10	85410	85419	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_013715	TGCAC	2	10	86385	86394	20 %	20 %	20 %	40 %	283457165
47	NC_013715	TCACC	2	10	87610	87619	20 %	20 %	0 %	60 %	283457167
48	NC_013715	CGAAG	2	10	89649	89658	40 %	0 %	40 %	20 %	283457169
49	NC_013715	AAACC	2	10	93233	93242	60 %	0 %	0 %	40 %	283457171
50	NC_013715	CGCCC	2	10	93775	93784	0 %	0 %	20 %	80 %	283457171
51	NC_013715	GGAGC	2	10	94289	94298	20 %	0 %	60 %	20 %	283457172
52	NC_013715	TGCGC	2	10	94378	94387	0 %	20 %	40 %	40 %	283457172
53	NC_013715	TTCTT	2	10	96585	96594	0 %	80 %	0 %	20 %	283457174
54	NC_013715	ATTCG	2	10	96848	96857	20 %	40 %	20 %	20 %	283457174
55	NC_013715	CCCCG	2	10	97967	97976	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
56	NC_013715	GCGCC	2	10	98345	98354	0 %	0 %	40 %	60 %	283457176
57	NC_013715	GCGGG	2	10	101100	101109	0 %	0 %	80 %	20 %	283457179
58	NC_013715	GCGCA	2	10	102229	102238	20 %	0 %	40 %	40 %	283457179
59	NC_013715	GGTGC	2	10	102256	102265	0 %	20 %	60 %	20 %	283457179
60	NC_013715	GCGCG	2	10	102495	102504	0 %	0 %	60 %	40 %	283457179
61	NC_013715	CGGCG	2	10	102511	102520	0 %	0 %	60 %	40 %	283457179
62	NC_013715	CCCCG	2	10	103101	103110	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
63	NC_013715	TCGCG	2	10	103533	103542	0 %	20 %	40 %	40 %	283457180
64	NC_013715	GGTCG	2	10	103989	103998	0 %	20 %	60 %	20 %	283457182
65	NC_013715	TGATC	2	10	107499	107508	20 %	40 %	20 %	20 %	283457185
66	NC_013715	TCTGC	2	10	109152	109161	0 %	40 %	20 %	40 %	283457186
67	NC_013715	TGCGT	2	10	113879	113888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013715	TGGTG	2	10	113944	113953	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013715	ACGGT	2	10	118706	118715	20 %	20 %	40 %	20 %	283457195
70	NC_013715	GGTTG	2	10	119008	119017	0 %	40 %	60 %	0 %	283457195
71	NC_013715	TGCTC	2	10	120691	120700	0 %	40 %	20 %	40 %	283457198
72	NC_013715	GACCC	2	10	121208	121217	20 %	0 %	20 %	60 %	283457198
73	NC_013715	GAGGT	2	10	122894	122903	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013715	CATCC	2	10	127654	127663	20 %	20 %	0 %	60 %	283457207
75	NC_013715	GCGGT	2	10	129142	129151	0 %	20 %	60 %	20 %	283457207
76	NC_013715	AGAAA	2	10	130460	130469	80 %	0 %	20 %	0 %	283457208
77	NC_013715	GCAGA	2	10	130562	130571	40 %	0 %	40 %	20 %	283457208
78	NC_013715	TCCAC	2	10	130878	130887	20 %	20 %	0 %	60 %	283457208
79	NC_013715	GGTTC	2	10	132280	132289	0 %	40 %	40 %	20 %	283457210
80	NC_013715	GCGCT	2	10	132631	132640	0 %	20 %	40 %	40 %	283457210
81	NC_013715	CCGTG	2	10	132879	132888	0 %	20 %	40 %	40 %	283457210
82	NC_013715	TCCTG	2	10	133041	133050	0 %	40 %	20 %	40 %	283457210
83	NC_013715	CCCGA	2	10	133081	133090	20 %	0 %	20 %	60 %	283457210
84	NC_013715	CAGGG	2	10	139349	139358	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013715	GCTGG	2	10	140599	140608	0 %	20 %	60 %	20 %	283457214
86	NC_013715	GTGCT	2	10	142380	142389	0 %	40 %	40 %	20 %	283457216
87	NC_013715	GATAG	2	10	144640	144649	40 %	20 %	40 %	0 %	283457218
88	NC_013715	GCTCC	2	10	144670	144679	0 %	20 %	20 %	60 %	283457218
89	NC_013715	GGAAG	2	10	145584	145593	40 %	0 %	60 %	0 %	283457219
90	NC_013715	CGGGT	2	10	146928	146937	0 %	20 %	60 %	20 %	283457221
91	NC_013715	CAGTG	2	10	148090	148099	20 %	20 %	40 %	20 %	283457222
92	NC_013715	AAGAA	2	10	150347	150356	80 %	0 %	20 %	0 %	283457224
93	NC_013715	ACACC	2	10	151623	151632	40 %	0 %	0 %	60 %	283457226
94	NC_013715	CGCAC	2	10	152111	152120	20 %	0 %	20 %	60 %	283457226
95	NC_013715	GCGAG	2	10	152238	152247	20 %	0 %	60 %	20 %	283457226
96	NC_013715	AAGGT	2	10	154274	154283	40 %	20 %	40 %	0 %	283457226
97	NC_013715	GTCGG	2	10	154712	154721	0 %	20 %	60 %	20 %	283457227
98	NC_013715	CGACC	2	10	157725	157734	20 %	0 %	20 %	60 %	283457230
99	NC_013715	GGGTA	2	10	159165	159174	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013715	CCGAC	2	10	160232	160241	20 %	0 %	20 %	60 %	283457233
101	NC_013715	CCGAC	2	10	161347	161356	20 %	0 %	20 %	60 %	283457233
102	NC_013715	CCGCA	2	10	163579	163588	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_013715	AATGA	2	10	164426	164435	60 %	20 %	20 %	0 %	283457237
104	NC_013715	GTACC	2	10	165638	165647	20 %	20 %	20 %	40 %	283457240
105	NC_013715	GTTCC	2	10	167247	167256	0 %	40 %	20 %	40 %	283457243
106	NC_013715	GCGCC	2	10	167430	167439	0 %	0 %	40 %	60 %	283457243
107	NC_013715	GCCCG	2	10	169217	169226	0 %	0 %	40 %	60 %	283457244
108	NC_013715	CGCAG	2	10	170534	170543	20 %	0 %	40 %	40 %	283457246
109	NC_013715	ACTCC	2	10	171259	171268	20 %	20 %	0 %	60 %	283457247
110	NC_013715	TGGGG	2	10	173151	173160	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013715	CGTGA	2	10	177169	177178	20 %	20 %	40 %	20 %	283457250
112	NC_013715	CCGCG	2	10	178146	178155	0 %	0 %	40 %	60 %	283457251
113	NC_013715	CCGTG	2	10	178167	178176	0 %	20 %	40 %	40 %	283457251
114	NC_013715	GCCCA	2	10	181775	181784	20 %	0 %	20 %	60 %	283457255
115	NC_013715	GCGCC	2	10	182689	182698	0 %	0 %	40 %	60 %	283457255
116	NC_013715	AGCTG	2	10	184081	184090	20 %	20 %	40 %	20 %	283457256
117	NC_013715	GCTCG	2	10	185000	185009	0 %	20 %	40 %	40 %	283457257
118	NC_013715	TCTGC	2	10	186322	186331	0 %	40 %	20 %	40 %	283457258
119	NC_013715	AACGC	2	10	186409	186418	40 %	0 %	20 %	40 %	283457258
120	NC_013715	ATCGA	2	10	186657	186666	40 %	20 %	20 %	20 %	283457258
121	NC_013715	CGGCA	2	10	186878	186887	20 %	0 %	40 %	40 %	283457258
122	NC_013715	GGTGC	2	10	191475	191484	0 %	20 %	60 %	20 %	283457263
123	NC_013715	GTTCT	2	10	191715	191724	0 %	60 %	20 %	20 %	283457263
124	NC_013715	CTGGG	2	10	192647	192656	0 %	20 %	60 %	20 %	283457264
125	NC_013715	TCACA	2	10	192892	192901	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
126	NC_013715	GGGTT	2	10	193042	193051	0 %	40 %	60 %	0 %	283457265
127	NC_013715	CGCAT	2	10	194126	194135	20 %	20 %	20 %	40 %	283457266
128	NC_013715	GCGGG	2	10	195384	195393	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013715	GAAGA	2	10	195398	195407	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013715	TTCTC	2	10	195807	195816	0 %	60 %	0 %	40 %	283457267
131	NC_013715	GAGAC	2	10	196139	196148	40 %	0 %	40 %	20 %	283457267
132	NC_013715	GCGGG	2	10	196742	196751	0 %	0 %	80 %	20 %	283457268
133	NC_013715	GAAGA	2	10	202042	202051	60 %	0 %	40 %	0 %	283457271
134	NC_013715	GCTGA	2	10	204722	204731	20 %	20 %	40 %	20 %	283457273
135	NC_013715	ACGGC	2	10	205230	205239	20 %	0 %	40 %	40 %	283457273
136	NC_013715	TGGTG	2	10	207909	207918	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013715	GCCGC	2	10	208426	208435	0 %	0 %	40 %	60 %	283457277
138	NC_013715	ACCGC	2	10	215920	215929	20 %	0 %	20 %	60 %	283457283
139	NC_013715	GGCAG	2	10	220521	220530	20 %	0 %	60 %	20 %	283457289
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148	NC_013715	CTAAA	2	10	228749	228758	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
149	NC_013715	TTTAA	2	10	228795	228804	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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163	NC_013715	CTGGC	2	10	249105	249114	0 %	20 %	40 %	40 %	283457314
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246	NC_013715	CGCGG	2	10	354847	354856	0 %	0 %	60 %	40 %	283457406
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249	NC_013715	CCGCC	2	10	360926	360935	0 %	0 %	20 %	80 %	283457412
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253	NC_013715	TGGAC	2	10	363352	363361	20 %	20 %	40 %	20 %	283457415
254	NC_013715	CCGAC	2	10	364494	364503	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
255	NC_013715	CCTCG	2	10	364914	364923	0 %	20 %	20 %	60 %	283457416
256	NC_013715	GTGCG	2	10	368741	368750	0 %	20 %	60 %	20 %	283457420
257	NC_013715	CTCGC	2	10	368877	368886	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
258	NC_013715	TCACC	2	10	368965	368974	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
259	NC_013715	ACACC	2	10	368980	368989	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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261	NC_013715	ACCGA	2	10	371009	371018	40 %	0 %	20 %	40 %	283457422
262	NC_013715	GGGGA	2	10	372126	372135	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
263	NC_013715	CGTTC	2	10	372777	372786	0 %	40 %	20 %	40 %	283457424
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266	NC_013715	GGGAT	2	10	374747	374756	20 %	20 %	60 %	0 %	283457426
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400	NC_013715	TGACC	2	10	590423	590432	20 %	20 %	20 %	40 %	283457636
401	NC_013715	CCCAG	2	10	590515	590524	20 %	0 %	20 %	60 %	283457636
402	NC_013715	AGCTG	2	10	592974	592983	20 %	20 %	40 %	20 %	283457638
403	NC_013715	GGTGG	2	10	593446	593455	0 %	20 %	80 %	0 %	283457638
404	NC_013715	GCGCC	2	10	593530	593539	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
405	NC_013715	ACCCT	2	10	596716	596725	20 %	20 %	0 %	60 %	283457642
406	NC_013715	ACGAG	2	10	597140	597149	40 %	0 %	40 %	20 %	283457642
407	NC_013715	AGGTT	2	10	597655	597664	20 %	40 %	40 %	0 %	283457642
408	NC_013715	ATTTT	2	10	599042	599051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
409	NC_013715	ATGAG	2	10	600214	600223	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
410	NC_013715	CAGCT	2	10	600468	600477	20 %	20 %	20 %	40 %	283457646
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412	NC_013715	TAAGC	2	10	602680	602689	40 %	20 %	20 %	20 %	283457648
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415	NC_013715	GGGCG	2	10	602851	602860	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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425	NC_013715	CCGTT	2	10	617050	617059	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
426	NC_013715	GTACC	2	10	617660	617669	20 %	20 %	20 %	40 %	283457663
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428	NC_013715	AGCCT	2	10	618975	618984	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
429	NC_013715	CGACC	2	10	619813	619822	20 %	0 %	20 %	60 %	283457665
430	NC_013715	CGTGG	2	10	619993	620002	0 %	20 %	60 %	20 %	283457665
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432	NC_013715	CGTGC	2	10	628412	628421	0 %	20 %	40 %	40 %	283457675
433	NC_013715	GCGTC	2	10	628612	628621	0 %	20 %	40 %	40 %	283457675
434	NC_013715	TGCCC	2	10	628914	628923	0 %	20 %	20 %	60 %	283457676
435	NC_013715	CGCCA	2	10	631281	631290	20 %	0 %	20 %	60 %	283457678
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438	NC_013715	GGCGG	2	10	634042	634051	0 %	0 %	80 %	20 %	283457681
439	NC_013715	TAGAA	2	10	634319	634328	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
440	NC_013715	CGCAG	2	10	635330	635339	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
441	NC_013715	GGCGC	2	10	636806	636815	0 %	0 %	60 %	40 %	283457683
442	NC_013715	GGGGA	2	10	637679	637688	20 %	0 %	80 %	0 %	283457685
443	NC_013715	CTGGC	2	10	637938	637947	0 %	20 %	40 %	40 %	283457685
444	NC_013715	CGTAT	2	10	639049	639058	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
445	NC_013715	GTATC	2	10	639069	639078	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
446	NC_013715	AGACA	2	10	640919	640928	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
447	NC_013715	AGCTG	2	10	641379	641388	20 %	20 %	40 %	20 %	283457686
448	NC_013715	CCGGG	2	10	643305	643314	0 %	0 %	60 %	40 %	283457687
449	NC_013715	AGGGG	2	10	644852	644861	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
450	NC_013715	CCGCA	2	10	647069	647078	20 %	0 %	20 %	60 %	283457691
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452	NC_013715	GCGCC	2	10	648144	648153	0 %	0 %	40 %	60 %	283457692
453	NC_013715	CTCAG	2	10	649270	649279	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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463	NC_013715	GGGTC	2	10	660758	660767	0 %	20 %	60 %	20 %	283457704
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497	NC_013715	CGCGC	2	10	709619	709628	0 %	0 %	40 %	60 %	283457733
498	NC_013715	CAGCA	2	10	709703	709712	40 %	0 %	20 %	40 %	283457733
499	NC_013715	GCGTG	2	10	710611	710620	0 %	20 %	60 %	20 %	283457733
500	NC_013715	CGGGT	2	10	712119	712128	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding

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