MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rothia mucilaginosa DY-18 chromosome

Total Repeats: 329

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013715	TAAAA	2	10	5915	5924	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013715	GCCCC	2	10	21243	21252	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
3	NC_013715	GTAGA	2	10	25870	25879	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013715	CGGGG	2	10	38696	38705	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013715	GCCCC	2	10	53905	53914	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_013715	AGTGA	2	10	56442	56451	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013715	TTCAA	2	10	77425	77434	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_013715	TGTGT	2	10	80931	80940	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013715	TGCTT	2	10	81187	81196	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013715	GCACA	2	10	85410	85419	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_013715	CCCCG	2	10	97967	97976	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
12	NC_013715	CCCCG	2	10	103101	103110	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
13	NC_013715	TGCGT	2	10	113879	113888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013715	TGGTG	2	10	113944	113953	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013715	GAGGT	2	10	122894	122903	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013715	CAGGG	2	10	139349	139358	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_013715	GGGTA	2	10	159165	159174	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013715	CCGCA	2	10	163579	163588	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_013715	TGGGG	2	10	173151	173160	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013715	TCACA	2	10	192892	192901	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_013715	GCGGG	2	10	195384	195393	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013715	GAAGA	2	10	195398	195407	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013715	TGGTG	2	10	207909	207918	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013715	GAGTA	2	10	227302	227311	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013715	GAGAA	2	10	227312	227321	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013715	CTAAA	2	10	228749	228758	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013715	TTTAA	2	10	228795	228804	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013715	AGGGG	2	10	240020	240029	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013715	GAGCA	2	10	245717	245726	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013715	TGCGG	2	10	277869	277878	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013715	TAGAG	2	10	281411	281420	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013715	TTATT	2	10	283744	283753	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013715	GGGTA	2	10	298983	298992	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013715	TTATT	2	10	306461	306470	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013715	CTCGG	2	10	318181	318190	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
36	NC_013715	ATACG	2	10	319469	319478	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_013715	GGGGT	2	10	327738	327747	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013715	CAACA	2	10	335197	335206	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013715	GCTAG	2	10	344188	344197	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013715	GGGGT	2	10	353376	353385	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013715	CAAAA	2	10	363045	363054	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013715	CCGAC	2	10	364494	364503	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_013715	CTCGC	2	10	368877	368886	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_013715	TCACC	2	10	368965	368974	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_013715	ACACC	2	10	368980	368989	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_013715	GGGGA	2	10	372126	372135	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013715	TCCTA	2	10	393281	393290	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_013715	GGGGA	2	10	400830	400839	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013715	GCCCC	2	10	418165	418174	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
50	NC_013715	TGTCG	2	10	484132	484141	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013715	TACGA	2	10	503622	503631	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013715	AGGGG	2	10	522500	522509	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013715	TCCGG	2	10	522555	522564	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
54	NC_013715	TAAAA	2	10	531431	531440	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013715	ACACC	2	10	538496	538505	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_013715	CGAAT	2	10	559913	559922	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013715	CCCAA	2	10	559943	559952	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_013715	AGGGT	2	10	560612	560621	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013715	CCCGC	2	10	570211	570220	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
60	NC_013715	GGGGC	2	10	574611	574620	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
61	NC_013715	GCCCC	2	10	574631	574640	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
62	NC_013715	GCGTG	2	10	577143	577152	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
63	NC_013715	GGTGC	2	10	588457	588466	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013715	GCCGC	2	10	589975	589984	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
65	NC_013715	GCGCC	2	10	593530	593539	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_013715	ATTTT	2	10	599042	599051	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013715	ATGAG	2	10	600214	600223	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013715	CAAGC	2	10	600693	600702	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_013715	CGCCC	2	10	602825	602834	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
70	NC_013715	GGGCG	2	10	602851	602860	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
71	NC_013715	CGGTG	2	10	604401	604410	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_013715	CCGTT	2	10	617050	617059	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
73	NC_013715	AGCCT	2	10	618975	618984	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013715	TAGAA	2	10	634319	634328	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013715	CGCAG	2	10	635330	635339	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_013715	CGTAT	2	10	639049	639058	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013715	GTATC	2	10	639069	639078	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013715	AGACA	2	10	640919	640928	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013715	AGGGG	2	10	644852	644861	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013715	CTCAG	2	10	649270	649279	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_013715	GGCGG	2	10	662560	662569	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013715	GCAGT	2	10	672354	672363	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_013715	CTGAA	2	10	672373	672382	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013715	CTGAA	2	10	672390	672399	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_013715	ACCAA	2	10	673523	673532	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_013715	GTTTT	2	10	683352	683361	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013715	AAAGC	2	10	687436	687445	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013715	TAGCT	2	10	688903	688912	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_013715	ACTCA	2	10	698733	698742	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_013715	CAACA	2	10	703620	703629	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013715	CGGGT	2	10	712119	712128	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013715	CAGGG	2	10	716890	716899	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_013715	TCATC	2	10	722187	722196	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013715	AGATG	2	10	724593	724602	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013715	CCCTA	2	10	735387	735396	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
96	NC_013715	ATACT	2	10	735664	735673	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_013715	AGGGT	2	10	735724	735733	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013715	GCCGC	2	10	738879	738888	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_013715	TGGGC	2	10	738891	738900	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013715	CGGTG	2	10	744140	744149	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
101	NC_013715	GGGGA	2	10	746114	746123	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013715	GCAAT	2	10	756427	756436	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_013715	TACCC	2	10	768543	768552	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
104	NC_013715	AGGGG	2	10	770603	770612	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013715	CTATG	2	10	776265	776274	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013715	CAGAA	2	10	778023	778032	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013715	GCGCG	2	10	778225	778234	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013715	AGGGG	2	10	781314	781323	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013715	AGTTC	2	10	783351	783360	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013715	AGCTG	2	10	794358	794367	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013715	CGCTC	2	10	801260	801269	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_013715	CGAAG	2	10	801608	801617	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013715	CCCCG	2	10	802502	802511	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
114	NC_013715	GAGGG	2	10	806408	806417	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013715	GCAGG	2	10	818028	818037	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_013715	ACGTA	2	10	821770	821779	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_013715	GCGGG	2	10	824229	824238	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
118	NC_013715	AACGG	2	10	824629	824638	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_013715	GCTGG	2	10	839704	839713	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013715	CCGCG	2	10	841462	841471	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_013715	TGGAA	2	10	851541	851550	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013715	GGGTA	2	10	853440	853449	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013715	CACGC	2	10	870826	870835	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
124	NC_013715	TAGAA	2	10	880003	880012	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013715	TTGTA	2	10	905594	905603	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013715	TAGGC	2	10	909389	909398	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013715	ATCTA	2	10	911655	911664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_013715	GAAGG	2	10	913625	913634	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013715	TGCTT	2	10	920648	920657	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013715	CCGCT	2	10	920696	920705	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_013715	GGCGT	2	10	933124	933133	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013715	GCGGT	2	10	936353	936362	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013715	GGGTG	2	10	936405	936414	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013715	GCGGG	2	10	946426	946435	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013715	TAGGC	2	10	948667	948676	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_013715	TAAAT	2	10	948999	949008	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013715	AGTAA	2	10	953782	953791	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013715	AATGC	2	10	953843	953852	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_013715	GTTTA	2	10	969082	969091	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013715	CGTGC	2	10	978138	978147	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_013715	GCGCG	2	10	982340	982349	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
142	NC_013715	GCATG	2	10	988015	988024	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_013715	GCTGA	2	10	992576	992585	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013715	CACGC	2	10	992687	992696	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
145	NC_013715	CAGCC	2	10	997832	997841	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
146	NC_013715	TTATT	2	10	1013801	1013810	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013715	TGTTT	2	10	1022403	1022412	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013715	TTATT	2	10	1023088	1023097	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013715	AACCG	2	10	1027797	1027806	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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162	NC_013715	TCGGG	2	10	1114727	1114736	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
163	NC_013715	AGCTA	2	10	1145540	1145549	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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173	NC_013715	ATGAC	2	10	1201534	1201543	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_013715	TCGCT	2	10	1279419	1279428	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
185	NC_013715	GTTGG	2	10	1294701	1294710	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
186	NC_013715	AGTTT	2	10	1295494	1295503	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_013715	CTGCC	2	10	1978760	1978769	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
287	NC_013715	GTAGA	2	10	1978790	1978799	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
288	NC_013715	CCCCG	2	10	2045180	2045189	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
289	NC_013715	CCCCT	2	10	2049380	2049389	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
290	NC_013715	AAAAC	2	10	2053099	2053108	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_013715	ACCCA	2	10	2055185	2055194	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
292	NC_013715	CCCCG	2	10	2066716	2066725	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
293	NC_013715	GCGGG	2	10	2066744	2066753	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
294	NC_013715	GCTAA	2	10	2069158	2069167	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
295	NC_013715	AGCCC	2	10	2076263	2076272	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
296	NC_013715	TACCC	2	10	2086874	2086883	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
297	NC_013715	TATCA	2	10	2092637	2092646	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_013715	CGGCG	2	10	2102816	2102825	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
299	NC_013715	CAAGG	2	10	2103613	2103622	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
300	NC_013715	AAAAG	2	10	2107769	2107778	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
301	NC_013715	GCCGT	2	10	2116258	2116267	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
302	NC_013715	GCCTC	2	10	2123951	2123960	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
303	NC_013715	CTACC	2	10	2150310	2150319	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
304	NC_013715	ATGTC	2	10	2150484	2150493	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
305	NC_013715	GCATC	2	10	2161393	2161402	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
306	NC_013715	ATTAC	2	10	2164788	2164797	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
307	NC_013715	TTGAA	2	10	2166293	2166302	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
308	NC_013715	CCGCG	2	10	2185923	2185932	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
309	NC_013715	GCAAA	2	10	2186151	2186160	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
310	NC_013715	GTACC	2	10	2186602	2186611	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
311	NC_013715	CGTGT	2	10	2186615	2186624	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
312	NC_013715	GGAAA	2	10	2199534	2199543	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
313	NC_013715	AGCGT	2	10	2212108	2212117	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
314	NC_013715	TTACT	2	10	2212118	2212127	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
315	NC_013715	AAAAG	2	10	2212833	2212842	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
316	NC_013715	GATAC	2	10	2212898	2212907	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
317	NC_013715	CGCAC	2	10	2212941	2212950	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
318	NC_013715	TCGTT	2	10	2213138	2213147	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
319	NC_013715	CCTGC	2	10	2214074	2214083	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
320	NC_013715	TAGTC	2	10	2235291	2235300	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
321	NC_013715	TGGCT	2	10	2239594	2239603	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
322	NC_013715	CTCCC	2	10	2240647	2240656	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
323	NC_013715	CACAA	2	10	2241344	2241353	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
324	NC_013715	CACGA	2	10	2242001	2242010	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
325	NC_013715	CCCCT	2	10	2243885	2243894	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
326	NC_013715	ACACC	2	10	2248477	2248486	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
327	NC_013715	ACCGC	2	10	2250745	2250754	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
328	NC_013715	ATGCG	2	10	2250767	2250776	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
329	NC_013715	CCCAC	2	10	2252256	2252265	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.