MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocella paludicola SANAE chromosome

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013665	TCGGCC	2	12	7265	7276	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_013665	ATTAAT	2	12	25041	25052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013665	CATACG	2	12	45594	45605	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013665	TATACA	2	12	112004	112015	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013665	GCCTTC	2	12	180567	180578	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_013665	AAGCAT	2	12	211340	211351	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_013665	ATTTTT	2	12	212180	212191	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013665	GGTTGA	2	12	228331	228342	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013665	CAGGAT	2	12	236860	236871	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_013665	TCCCGG	2	12	264289	264300	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_013665	ATGAAA	2	12	296818	296829	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013665	ATATTA	2	12	303808	303819	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013665	AATTAT	2	12	431402	431413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013665	AATTAG	2	12	432017	432028	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013665	GGCGTT	2	12	464559	464570	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_013665	GAAAAA	2	12	488837	488848	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013665	ATGTTC	2	12	503735	503746	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_013665	CTGAAC	2	12	509986	509997	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_013665	TTCCAT	2	12	555848	555859	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013665	AGGAAA	2	12	570339	570350	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013665	CCTCGC	2	12	586389	586400	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_013665	TAAGGC	2	12	648207	648218	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013665	ATATGA	2	12	727946	727957	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013665	TTTGCG	2	12	748687	748698	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_013665	TTTGTT	2	12	774238	774249	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013665	GTTTCT	2	12	778112	778123	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_013665	TATAAA	2	12	780812	780823	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013665	GTATTT	2	12	793434	793445	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013665	ACTGTA	2	12	807700	807711	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_013665	AATAAA	2	12	850903	850914	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013665	CTGGAC	2	12	862289	862300	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013665	AATTGT	2	12	899605	899616	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013665	AATAAA	2	12	908891	908902	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013665	TTTTGT	2	12	912618	912629	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013665	TGGCGT	2	12	914213	914224	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_013665	AAATAT	2	12	916035	916046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013665	CCATTT	2	12	929466	929477	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013665	TTCAAA	2	12	929621	929632	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013665	TTTTCC	2	12	933902	933913	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_013665	ACTGTT	2	12	1000341	1000352	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013665	TTATCT	2	12	1006355	1006366	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013665	TCTTAC	2	12	1007688	1007699	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_013665	ACGAGC	2	12	1022902	1022913	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_013665	AACGCC	2	12	1039191	1039202	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_013665	GAAAAT	2	12	1070637	1070648	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013665	AAACTA	2	12	1085949	1085960	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_013665	TAAATT	2	12	1093798	1093809	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013665	ATAAAA	2	12	1127731	1127742	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013665	AATCCA	2	12	1132592	1132603	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_013665	TTAATT	2	12	1160746	1160757	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013665	TTATAT	2	12	1198432	1198443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013665	GGATGC	2	12	1259930	1259941	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_013665	CAAAAA	2	12	1272820	1272831	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013665	AAATAT	2	12	1273413	1273424	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013665	ATGCCA	2	12	1305036	1305047	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_013665	TGCCCG	2	12	1305287	1305298	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_013665	GTGCCC	2	12	1305373	1305384	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
58	NC_013665	ACGTAT	2	12	1397201	1397212	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_013665	TTAAAA	2	12	1399430	1399441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013665	AAACCA	2	12	1400368	1400379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_013665	TAAACC	2	12	1400445	1400456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_013665	GCCCCC	2	12	1405077	1405088	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
63	NC_013665	TAATTT	2	12	1475041	1475052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013665	TTATTT	2	12	1488687	1488698	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013665	AAAAAT	2	12	1505353	1505364	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013665	GCCGCA	2	12	1536476	1536487	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_013665	TATAAA	2	12	1554300	1554311	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013665	ACTTAT	2	12	1600139	1600150	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013665	TAACAA	2	12	1731985	1731996	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_013665	CGTTAG	2	12	1744603	1744614	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_013665	CATTCG	2	12	1775418	1775429	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013665	TCGCTA	2	12	1775556	1775567	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_013665	CATAAA	2	12	1779347	1779358	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013665	TAAAAT	2	12	1787171	1787182	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013665	TTTTTA	2	12	1790828	1790839	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013665	AATATA	2	12	1815934	1815945	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013665	CTCGAC	2	12	1821850	1821861	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
78	NC_013665	CCGATG	2	12	1831730	1831741	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013665	GTTAAT	2	12	1847342	1847353	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013665	ACAGCA	2	12	1851829	1851840	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_013665	TAAATA	2	12	1857741	1857752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013665	ACCTAA	2	12	1864374	1864385	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_013665	TCGCTA	2	12	1878370	1878381	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013665	GATGTT	2	12	1894288	1894299	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013665	TAATAT	2	12	1897846	1897857	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013665	ATAAGT	2	12	1898001	1898012	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013665	TTATAA	2	12	1903526	1903537	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013665	CATGCT	2	12	1920596	1920607	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_013665	ATAAAA	2	12	1931288	1931299	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013665	GTTTGA	2	12	1965003	1965014	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013665	TTAGAA	2	12	1965981	1965992	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013665	CCTTTT	2	12	1966180	1966191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013665	TTATAC	2	12	1983618	1983629	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013665	TTTTAA	2	12	2008453	2008464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013665	TACAAA	2	12	2031890	2031901	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_013665	TCTAAA	2	12	2032532	2032543	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_013665	TTTATA	2	12	2050830	2050841	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013665	ATAAAA	2	12	2071032	2071043	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013665	TTAAAA	2	12	2087606	2087617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013665	GCCCGA	2	12	2092681	2092692	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
101	NC_013665	GAAGGT	2	12	2126086	2126097	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013665	CAGGCT	2	12	2141534	2141545	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_013665	GATAAT	2	12	2174442	2174453	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013665	GGCCTG	2	12	2181911	2181922	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_013665	CTCTAT	2	12	2221976	2221987	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_013665	TCCTTG	2	12	2226436	2226447	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013665	TGACGC	2	12	2306379	2306390	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_013665	TCGTAG	2	12	2307237	2307248	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_013665	GTTTAT	2	12	2310886	2310897	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013665	TATAAA	2	12	2359440	2359451	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013665	GAAAAA	2	12	2360307	2360318	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013665	ATGCGC	2	12	2365010	2365021	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_013665	AATGTT	2	12	2422815	2422826	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013665	ATTATA	2	12	2514499	2514510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013665	GGATGT	3	18	2521008	2521025	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013665	TCTTTT	2	12	2548141	2548152	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_013665	GATTCT	2	12	2596191	2596202	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_013665	CGATGG	2	12	2596445	2596456	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_013665	GAATAG	2	12	2761131	2761142	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013665	AAAAAG	2	12	2771766	2771777	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013665	AAATAA	2	12	2799199	2799210	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013665	GGGCGC	2	12	2821799	2821810	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_013665	TAATGA	2	12	2839781	2839792	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013665	CGGTCA	2	12	2846362	2846373	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_013665	TAACAA	2	12	2951197	2951208	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.