MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanocella paludicola SANAE chromosome

Total Repeats: 288

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013665	TCATT	2	10	507	516	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_013665	AATTC	2	10	42212	42221	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013665	ACATT	2	10	42318	42327	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013665	AAGTA	2	10	45734	45743	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013665	TTACA	2	10	45901	45910	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013665	ATATA	2	10	68945	68954	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013665	ATAAA	2	10	85819	85828	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013665	GCCGT	2	10	95287	95296	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_013665	GACAA	2	10	99572	99581	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013665	TTTAT	2	10	103874	103883	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013665	AGTGA	2	10	106540	106549	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013665	TGGCT	2	10	108808	108817	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_013665	CTAAC	2	10	111006	111015	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
14	NC_013665	TCAAC	2	10	111088	111097	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013665	ACAAA	2	10	111993	112002	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013665	CATGC	2	10	130191	130200	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_013665	TTTTA	2	10	159428	159437	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013665	CCGGG	2	10	168913	168922	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
19	NC_013665	TTATT	2	10	182690	182699	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013665	AGCGA	2	10	189990	189999	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_013665	ATTAT	2	10	193279	193288	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013665	CCTTT	2	10	206515	206524	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_013665	ATAAA	2	10	273163	273172	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013665	AAAAT	2	10	281519	281528	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013665	TAATC	2	10	289185	289194	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013665	ATTAT	2	10	325324	325333	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013665	TTTTA	2	10	350825	350834	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013665	ATACG	2	10	354491	354500	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_013665	ATTTT	2	10	376271	376280	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013665	GGGGC	2	10	388563	388572	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013665	CCGGG	2	10	422566	422575	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_013665	CTATT	2	10	425144	425153	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013665	CTATT	2	10	427270	427279	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013665	TATAA	2	10	429698	429707	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013665	GATGA	2	10	439487	439496	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013665	CCTAT	2	10	449565	449574	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_013665	ATATA	2	10	458844	458853	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013665	GGGGT	2	10	459618	459627	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013665	ACTAT	2	10	470463	470472	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_013665	ATCCT	2	10	488188	488197	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_013665	CCTGC	2	10	524180	524189	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_013665	CGCTC	2	10	550020	550029	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_013665	TTCAT	2	10	550323	550332	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_013665	GGAAA	2	10	550606	550615	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013665	GTATG	2	10	557943	557952	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013665	GACTG	2	10	563904	563913	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_013665	TAAAA	2	10	569395	569404	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013665	CTTTT	2	10	572013	572022	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013665	TTAAA	2	10	589657	589666	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013665	CATAA	2	10	596648	596657	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013665	AATGA	2	10	607864	607873	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013665	TTATA	2	10	617888	617897	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013665	ATTTT	2	10	622184	622193	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013665	TTTAA	2	10	656064	656073	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013665	TAAAA	2	10	686198	686207	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013665	CTTTA	2	10	723579	723588	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013665	TATAA	2	10	736766	736775	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013665	TAGTG	2	10	738745	738754	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013665	TATAC	2	10	768440	768449	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013665	AAGCC	2	10	776671	776680	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_013665	ATTTT	2	10	777706	777715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013665	TATAA	2	10	817277	817286	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013665	CATAA	2	10	825507	825516	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013665	AAAAT	2	10	825574	825583	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013665	AATTA	2	10	826684	826693	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013665	GGGGC	2	10	862401	862410	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013665	AGTAT	2	10	876412	876421	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013665	TACTT	2	10	881737	881746	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013665	AAATA	2	10	898548	898557	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013665	CGAAA	2	10	906867	906876	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_013665	TATTG	2	10	916088	916097	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013665	CCCTG	2	10	920152	920161	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_013665	CAACA	2	10	927491	927500	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013665	TATTT	2	10	929604	929613	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013665	GTTTT	2	10	944016	944025	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013665	GAATT	2	10	949307	949316	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013665	CATAA	2	10	961304	961313	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013665	ATTTA	2	10	966830	966839	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013665	AAATA	2	10	975377	975386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013665	ATTAT	2	10	976378	976387	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013665	TCTTT	2	10	982614	982623	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013665	TGGAT	2	10	1015228	1015237	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013665	CATAA	2	10	1034480	1034489	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_013665	TATAA	2	10	1050184	1050193	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013665	GGGGC	2	10	1076908	1076917	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013665	TCATT	2	10	1077058	1077067	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013665	GTATC	2	10	1085320	1085329	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_013665	TGGCC	2	10	1085415	1085424	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_013665	ACTTT	2	10	1091511	1091520	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013665	AAATA	2	10	1095486	1095495	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013665	ATAGT	2	10	1104724	1104733	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013665	TTTTA	2	10	1117743	1117752	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013665	ATAAA	2	10	1128136	1128145	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013665	TTTGA	2	10	1129895	1129904	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013665	AAGCC	2	10	1131492	1131501	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_013665	ATATT	2	10	1147225	1147234	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013665	TCAAC	2	10	1154173	1154182	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_013665	GATTG	2	10	1159279	1159288	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013665	AACAA	2	10	1169673	1169682	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013665	TTCAT	2	10	1173637	1173646	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_013665	ATAAA	2	10	1179558	1179567	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013665	TGAGG	2	10	1220283	1220292	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013665	TAAAT	2	10	1247063	1247072	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013665	AAAAT	2	10	1258785	1258794	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013665	TTTAT	2	10	1259210	1259219	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013665	TAAAA	2	10	1264053	1264062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013665	TCTAT	2	10	1266284	1266293	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_013665	CTTTT	2	10	1296559	1296568	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013665	AAAAG	2	10	1305467	1305476	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013665	ATTTT	2	10	1314383	1314392	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013665	CATAA	2	10	1316224	1316233	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_013665	TTCAT	2	10	1317450	1317459	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_013665	ATGCT	2	10	1330339	1330348	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013665	ATATC	2	10	1330349	1330358	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_013665	GCACG	2	10	1339501	1339510	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_013665	AAACA	2	10	1339597	1339606	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_013665	TTCTT	2	10	1366442	1366451	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_013665	ACACC	2	10	1373455	1373464	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
119	NC_013665	CATAA	2	10	1378250	1378259	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013665	ATGTG	2	10	1384613	1384622	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013665	TTGGA	2	10	1397220	1397229	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013665	ATCTC	2	10	1397245	1397254	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_013665	CTTTT	2	10	1398676	1398685	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_013665	AACCT	2	10	1400435	1400444	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
125	NC_013665	ATTAT	2	10	1407612	1407621	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013665	AATAA	3	15	1415772	1415786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013665	ATTAG	2	10	1475273	1475282	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013665	CAAAA	2	10	1475338	1475347	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013665	TGCCA	2	10	1487673	1487682	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_013665	ATACA	2	10	1488756	1488765	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_013665	ATCAA	2	10	1490508	1490517	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013665	GTTTT	2	10	1490826	1490835	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013665	ACTGA	2	10	1496984	1496993	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_013665	TTCCA	2	10	1510887	1510896	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_013665	ATTTT	2	10	1515051	1515060	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013665	GTTGA	2	10	1522001	1522010	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013665	GTTAG	2	10	1522083	1522092	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013665	TCCCC	2	10	1522125	1522134	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
139	NC_013665	AGCCA	2	10	1524281	1524290	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_013665	TTAAT	2	10	1547289	1547298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013665	GCACC	2	10	1554223	1554232	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_013665	GAAAA	2	10	1576858	1576867	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013665	TTATA	2	10	1605670	1605679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013665	AATTA	2	10	1636969	1636978	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013665	AACCT	2	10	1660231	1660240	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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149	NC_013665	TCTAT	2	10	1694421	1694430	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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267	NC_013665	AGCGA	2	10	2598718	2598727	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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284	NC_013665	TTTTA	2	10	2885581	2885590	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_013665	CATAA	2	10	2885833	2885842	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
286	NC_013665	AAGCT	2	10	2890019	2890028	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
287	NC_013665	TGGTT	2	10	2924999	2925008	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
288	NC_013665	TAAAA	2	10	2931078	2931087	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.