MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589 chromosome

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013522	CGGGG	2	10	8395	8404	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
2	NC_013522	CCCCG	2	10	8411	8420	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
3	NC_013522	AGGGG	2	10	12139	12148	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013522	CCGGG	2	10	35351	35360	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
5	NC_013522	GGGCT	2	10	35377	35386	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_013522	ATAAA	2	10	35405	35414	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013522	AATCC	2	10	57313	57322	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
8	NC_013522	CTTCC	2	10	63798	63807	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
9	NC_013522	CATGA	2	10	64805	64814	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013522	CCTTC	2	10	65542	65551	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
11	NC_013522	AATAG	2	10	76854	76863	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013522	ATTTT	2	10	81171	81180	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013522	GAGGT	2	10	89386	89395	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013522	TCACG	2	10	123246	123255	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_013522	AAACA	2	10	124571	124580	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013522	GGTGA	2	10	137547	137556	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013522	TAAAA	2	10	166910	166919	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013522	CTCTC	2	10	173062	173071	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
19	NC_013522	GGTGG	2	10	176397	176406	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013522	AGGCC	2	10	180432	180441	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_013522	GGCCT	2	10	180455	180464	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_013522	TTGGA	2	10	193228	193237	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013522	CTTGG	2	10	199730	199739	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013522	CCGTC	2	10	214481	214490	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_013522	TCACC	2	10	214630	214639	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_013522	TTGAT	2	10	221937	221946	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013522	AAGGG	2	10	226396	226405	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013522	CCCCT	2	10	232593	232602	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
29	NC_013522	TAGGC	2	10	263570	263579	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_013522	AGGGG	2	10	279368	279377	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013522	ATATG	2	10	291390	291399	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013522	CCTTC	2	10	297067	297076	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
33	NC_013522	CCACC	2	10	322066	322075	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
34	NC_013522	GAATA	2	10	341326	341335	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013522	TTTAG	2	10	395212	395221	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013522	ACACC	2	10	398682	398691	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
37	NC_013522	ATGGG	2	10	403902	403911	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013522	ATATT	2	10	420144	420153	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013522	TTAAA	2	10	423731	423740	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013522	CGGGG	2	10	441557	441566	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
41	NC_013522	GGGGC	2	10	443109	443118	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013522	TGGGA	2	10	444633	444642	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013522	GAAAA	2	10	444704	444713	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013522	AAGGT	2	10	453657	453666	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013522	GTTTG	2	10	457422	457431	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013522	GCCCC	2	10	458826	458835	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
47	NC_013522	TCCTG	2	10	471719	471728	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_013522	CCGGT	2	10	494468	494477	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_013522	CCAAG	2	10	502604	502613	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_013522	CTAAA	2	10	509215	509224	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013522	AAAGT	2	10	524523	524532	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013522	AATAT	2	10	530481	530490	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013522	GATCC	2	10	532176	532185	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_013522	TGTGG	2	10	579557	579566	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013522	CCTCC	2	10	581960	581969	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
56	NC_013522	AAAAT	2	10	582642	582651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013522	GGATG	2	10	592661	592670	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013522	CGGTA	2	10	595269	595278	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013522	TCTTG	2	10	596901	596910	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013522	CAGCC	2	10	607493	607502	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_013522	AATTA	2	10	623246	623255	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013522	GGATC	2	10	646478	646487	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_013522	TAAAT	2	10	646705	646714	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013522	CGGTT	2	10	651587	651596	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_013522	CGGGG	2	10	652483	652492	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013522	CCCCG	2	10	652499	652508	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
67	NC_013522	CTTCG	2	10	662070	662079	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013522	GGGGA	2	10	676073	676082	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013522	GAACA	2	10	735827	735836	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_013522	ATTTA	2	10	743010	743019	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013522	AATAT	2	10	746169	746178	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013522	ACAAA	2	10	746285	746294	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_013522	CTTAG	2	10	769843	769852	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013522	CGGAG	2	10	771228	771237	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
75	NC_013522	GATTA	2	10	774793	774802	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013522	TTAGG	2	10	804953	804962	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013522	ATTTC	2	10	821016	821025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013522	GAGCT	2	10	827343	827352	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013522	GAAAA	2	10	836937	836946	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013522	CTCTC	2	10	950161	950170	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
81	NC_013522	GAGCC	2	10	950422	950431	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
82	NC_013522	CGGGA	2	10	952405	952414	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
83	NC_013522	CTATC	2	10	988475	988484	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_013522	CGATC	2	10	998720	998729	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_013522	AAATA	2	10	1001563	1001572	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013522	CAATT	2	10	1002372	1002381	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013522	AATAA	2	10	1003673	1003682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013522	TTTAT	2	10	1004529	1004538	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013522	TTTCG	2	10	1008068	1008077	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013522	ATAAA	2	10	1009941	1009950	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013522	ACTCC	2	10	1101357	1101366	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_013522	ATCTC	2	10	1101774	1101783	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_013522	ATCCG	2	10	1101819	1101828	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013522	CCCCT	2	10	1102699	1102708	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
95	NC_013522	CACGA	2	10	1105356	1105365	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_013522	AGGTG	2	10	1105458	1105467	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013522	CACCC	2	10	1110017	1110026	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
98	NC_013522	TCCCT	2	10	1120554	1120563	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_013522	ATGCG	2	10	1123930	1123939	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_013522	TGGGG	2	10	1167162	1167171	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013522	CCCCA	2	10	1167179	1167188	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
102	NC_013522	CTCCC	2	10	1180175	1180184	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
103	NC_013522	CCCTC	2	10	1191611	1191620	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
104	NC_013522	AACCT	2	10	1198958	1198967	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
105	NC_013522	GGATG	2	10	1279861	1279870	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013522	CGGGG	2	10	1279975	1279984	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013522	CCCCG	2	10	1279992	1280001	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
108	NC_013522	GCAAA	2	10	1283407	1283416	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013522	TTTTC	2	10	1304541	1304550	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013522	TGTCA	2	10	1311698	1311707	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013522	CCTTC	2	10	1321535	1321544	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_013522	GAAGG	2	10	1321589	1321598	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013522	CCGCC	2	10	1373381	1373390	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
114	NC_013522	CACGT	2	10	1389016	1389025	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
115	NC_013522	ATCCC	2	10	1389040	1389049	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_013522	AAAAT	2	10	1389071	1389080	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013522	GGCCG	2	10	1405196	1405205	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_013522	GCCCC	2	10	1405251	1405260	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
119	NC_013522	CCCCT	2	10	1409528	1409537	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
120	NC_013522	TCCCC	2	10	1418695	1418704	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
121	NC_013522	ATGGG	2	10	1425805	1425814	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013522	GAACC	2	10	1439955	1439964	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_013522	TATAA	2	10	1445666	1445675	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013522	GCTTA	2	10	1446323	1446332	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013522	CTTAT	2	10	1478868	1478877	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_013522	GGCCT	2	10	1479715	1479724	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_013522	AAAAT	2	10	1488483	1488492	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013522	GCCCC	2	10	1498140	1498149	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
129	NC_013522	CTCCA	2	10	1504206	1504215	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_013522	GGAGG	2	10	1515365	1515374	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013522	CATAT	2	10	1526380	1526389	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_013522	GGGGC	2	10	1539728	1539737	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_013522	CCGGT	2	10	1541058	1541067	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_013522	CGGAT	2	10	1541559	1541568	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_013522	ATGCC	2	10	1545687	1545696	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_013522	AGTCG	2	10	1546953	1546962	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013522	GCTTC	2	10	1567725	1567734	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_013522	CCGCA	2	10	1572120	1572129	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
139	NC_013522	TTTAT	2	10	1576738	1576747	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013522	TCAAG	2	10	1576748	1576757	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_013522	ATGGC	2	10	1579615	1579624	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_013522	ACCGG	2	10	1608130	1608139	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_013522	AACAT	2	10	1617586	1617595	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013522	ATCTC	2	10	1621133	1621142	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_013522	ATCCG	2	10	1621178	1621187	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
146	NC_013522	CCCCT	2	10	1622058	1622067	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
147	NC_013522	CACGA	2	10	1624561	1624570	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_013522	AGGTG	2	10	1624663	1624672	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013522	CTGGC	2	10	1633882	1633891	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
150	NC_013522	CCTTC	2	10	1657725	1657734	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
151	NC_013522	AACGA	2	10	1660559	1660568	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_013522	CCCCG	2	10	1670105	1670114	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
153	NC_013522	ATATA	2	10	1671804	1671813	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_013522	GAAAG	2	10	1697038	1697047	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_013522	GGAAG	2	10	1698628	1698637	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013522	GCACT	2	10	1698838	1698847	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
157	NC_013522	GTCTT	2	10	1699069	1699078	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
158	NC_013522	GAAAG	2	10	1699422	1699431	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_013522	GGAAG	2	10	1701043	1701052	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013522	CGGCA	2	10	1701806	1701815	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
161	NC_013522	GCTTG	2	10	1713115	1713124	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_013522	ATCTC	2	10	1725361	1725370	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
163	NC_013522	ATCCG	2	10	1725406	1725415	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_013522	CCCCT	2	10	1726286	1726295	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
165	NC_013522	CACGA	2	10	1728787	1728796	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
166	NC_013522	AGGTG	2	10	1728889	1728898	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
167	NC_013522	CCTTC	2	10	1790878	1790887	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
168	NC_013522	TCAAG	2	10	1815685	1815694	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_013522	GCCGT	2	10	1816869	1816878	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
170	NC_013522	CCGAA	2	10	1816921	1816930	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
171	NC_013522	TCCCC	2	10	1824200	1824209	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.