MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus johnsonii FI9785 chromosome

Total Repeats: 234

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013504	TATAA	2	10	11045	11054	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013504	CTATA	2	10	15004	15013	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013504	TTTTA	2	10	17194	17203	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013504	AAAAT	2	10	19411	19420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013504	GTAGT	2	10	23040	23049	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013504	AAAAG	2	10	28402	28411	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013504	TATTT	2	10	29985	29994	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013504	GCTAA	2	10	30032	30041	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013504	TTATC	2	10	31506	31515	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013504	TATAC	2	10	41191	41200	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013504	AGGAA	2	10	41350	41359	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013504	GATAT	2	10	41937	41946	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013504	TATAA	2	10	57236	57245	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013504	ATAAA	2	10	62420	62429	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013504	AATAC	2	10	65823	65832	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_013504	AGTAA	2	10	67467	67476	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013504	ATAAA	2	10	74881	74890	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013504	AGAAT	2	10	78160	78169	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013504	TAATA	2	10	82709	82718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013504	AGAGT	2	10	86294	86303	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013504	CAATA	2	10	90918	90927	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013504	ATATT	2	10	103965	103974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013504	GAATA	2	10	106871	106880	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013504	TGGAT	2	10	108489	108498	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013504	TAGAC	2	10	108745	108754	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_013504	ATTTT	2	10	110071	110080	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013504	AATTA	2	10	111458	111467	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013504	TTAAA	2	10	125343	125352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013504	ATTTT	2	10	137057	137066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013504	TGATA	2	10	137795	137804	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013504	TATAA	2	10	153321	153330	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013504	AATAA	2	10	154452	154461	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013504	ACCTT	2	10	158245	158254	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_013504	TTTTA	2	10	161212	161221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013504	TGTTA	2	10	165232	165241	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013504	TTATT	2	10	183557	183566	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013504	AAAAG	2	10	188234	188243	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013504	CTTTC	2	10	188932	188941	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_013504	ATTTT	2	10	208264	208273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013504	TTTTA	2	10	210305	210314	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013504	TAAAA	2	10	214192	214201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013504	TAAAT	2	10	214890	214899	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013504	AATTT	2	10	220441	220450	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013504	TAAAA	2	10	233212	233221	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013504	AAAAG	2	10	248736	248745	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013504	AAATT	2	10	250390	250399	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013504	AAATT	2	10	254830	254839	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013504	ATATA	2	10	258493	258502	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013504	AGTAA	2	10	269305	269314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013504	AGTGA	2	10	270929	270938	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013504	GCAAA	2	10	274877	274886	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013504	AGAAA	2	10	314126	314135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013504	AAAGA	2	10	317217	317226	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013504	TAAAA	2	10	317263	317272	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013504	AAAAG	2	10	336623	336632	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013504	TAAAA	2	10	346817	346826	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013504	AGTGC	2	10	346882	346891	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013504	TTTAA	2	10	346931	346940	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013504	TTTTA	2	10	347659	347668	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013504	TTTTA	2	10	349952	349961	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013504	AAAAG	2	10	403662	403671	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013504	CTTTT	2	10	411668	411677	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_013504	ATAAA	2	10	424765	424774	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013504	AATTA	2	10	455235	455244	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013504	ATATA	2	10	455470	455479	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013504	GGTAA	2	10	455931	455940	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013504	TCGTG	2	10	456748	456757	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_013504	TAAGG	2	10	458818	458827	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013504	TTGAA	2	10	459328	459337	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013504	GGATA	2	10	470980	470989	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013504	TGATT	2	10	484605	484614	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013504	TGATT	2	10	494479	494488	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013504	TGAAA	2	10	500835	500844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013504	TTTTA	2	10	516146	516155	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013504	AAGCT	2	10	517179	517188	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013504	CTTAA	2	10	524540	524549	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_013504	CTTTT	2	10	524943	524952	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013504	TCTTT	2	10	528500	528509	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013504	TTGTT	2	10	529165	529174	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013504	CAAAA	2	10	534664	534673	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_013504	TTCAA	2	10	540855	540864	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_013504	GAAAA	2	10	551403	551412	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013504	TAAAT	2	10	555340	555349	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013504	ATAAA	2	10	557642	557651	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013504	TTTGA	2	10	572334	572343	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013504	AGAAA	2	10	572399	572408	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013504	AGATT	2	10	578701	578710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013504	AAAAT	2	10	579856	579865	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013504	ATTGT	2	10	582799	582808	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013504	CTTTC	2	10	587879	587888	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_013504	TAAGG	2	10	591733	591742	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013504	TTTTA	2	10	606264	606273	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013504	TTTAA	2	10	606341	606350	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013504	TTGGT	2	10	609972	609981	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013504	AAAAC	2	10	619255	619264	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_013504	ATTTA	2	10	619364	619373	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013504	AATTA	2	10	619960	619969	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013504	TTAAA	2	10	622852	622861	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013504	AAAAG	2	10	624762	624771	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013504	AAGTA	2	10	625518	625527	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013504	TTTTA	2	10	627714	627723	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013504	TGAAT	2	10	628168	628177	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013504	GATAA	2	10	643109	643118	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013504	ATTTA	2	10	653029	653038	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013504	TAAAC	2	10	658300	658309	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013504	TTACT	2	10	681070	681079	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_013504	AAGAA	2	10	713425	713434	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013504	TTCTT	2	10	713449	713458	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_013504	TCGAT	2	10	735839	735848	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013504	TAAAA	2	10	771541	771550	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013504	AAAAT	2	10	772126	772135	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013504	TTATT	2	10	772149	772158	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013504	GAAAA	2	10	800477	800486	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013504	TTAAT	2	10	835928	835937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013504	TTAAT	2	10	847818	847827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013504	AAAAT	2	10	861651	861660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013504	AAGAG	2	10	866302	866311	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013504	TTCTT	2	10	867791	867800	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_013504	TTTTA	2	10	899060	899069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013504	AGATT	2	10	921703	921712	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013504	GTAAC	2	10	929210	929219	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
122	NC_013504	TTTAA	2	10	954786	954795	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013504	TTATA	2	10	962101	962110	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013504	ACGTA	2	10	965069	965078	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013504	AGTGC	2	10	965582	965591	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_013504	AACTA	2	10	984964	984973	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013504	CAATT	2	10	987501	987510	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_013504	AAAGC	2	10	988234	988243	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013504	AGTAA	2	10	1000715	1000724	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013504	CAATT	2	10	1001046	1001055	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_013504	TTTTA	2	10	1007235	1007244	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013504	AAGTA	2	10	1008779	1008788	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013504	AATAT	2	10	1015817	1015826	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013504	ATCCA	2	10	1018634	1018643	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_013504	CTTTC	2	10	1025916	1025925	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_013504	ATTTA	2	10	1036330	1036339	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013504	CAATT	2	10	1039991	1040000	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_013504	TCAAT	2	10	1045161	1045170	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_013504	TAAAT	2	10	1047009	1047018	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_013504	GCCCT	2	10	1057575	1057584	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
141	NC_013504	ATTTT	2	10	1058462	1058471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013504	AAAAT	2	10	1062731	1062740	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_013504	TATGC	2	10	1082306	1082315	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_013504	ATTAT	2	10	1086996	1087005	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013504	TTTTA	2	10	1087030	1087039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013504	TTTAT	2	10	1088984	1088993	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013504	AAGTA	2	10	1089764	1089773	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013504	AAATT	2	10	1099111	1099120	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013504	ATCTA	2	10	1100190	1100199	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_013504	TCTTT	2	10	1138480	1138489	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_013504	TTTTA	2	10	1148771	1148780	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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154	NC_013504	CTTTA	2	10	1191760	1191769	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_013504	TAAAA	2	10	1205533	1205542	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_013504	AAATT	2	10	1355502	1355511	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_013504	AAGAA	2	10	1356436	1356445	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_013504	TGAAG	2	10	1361421	1361430	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_013504	ATAGA	2	10	1408683	1408692	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
173	NC_013504	TTCAT	2	10	1415174	1415183	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
174	NC_013504	ATATT	2	10	1420944	1420953	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_013504	ATAAA	2	10	1421053	1421062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_013504	TTACT	2	10	1476211	1476220	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_013504	CCTTA	2	10	1478000	1478009	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
185	NC_013504	ATATA	2	10	1478178	1478187	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_013504	TTTAT	2	10	1488842	1488851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_013504	ATATA	2	10	1492628	1492637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_013504	CACGA	2	10	1494520	1494529	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
195	NC_013504	TTACC	2	10	1495337	1495346	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
196	NC_013504	TATAT	2	10	1495798	1495807	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_013504	CTTTC	2	10	1508524	1508533	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
198	NC_013504	TCTTT	2	10	1510265	1510274	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
199	NC_013504	AAAAT	2	10	1514679	1514688	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.