MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	CATCA	2	10	1720	1729	40 %	20 %	0 %	40 %	268318346
2	NC_013502	TGCCC	2	10	1902	1911	0 %	20 %	20 %	60 %	268318346
3	NC_013502	CGAAC	2	10	2368	2377	40 %	0 %	20 %	40 %	268318346
4	NC_013502	GATCT	2	10	7078	7087	20 %	40 %	20 %	20 %	268318350
5	NC_013502	CAATG	2	10	10306	10315	40 %	20 %	20 %	20 %	268318353
6	NC_013502	CCGCG	2	10	12438	12447	0 %	0 %	40 %	60 %	268318355
7	NC_013502	CCGTG	2	10	13399	13408	0 %	20 %	40 %	40 %	268318355
8	NC_013502	GCCAC	2	10	13704	13713	20 %	0 %	20 %	60 %	268318355
9	NC_013502	TGCGT	2	10	17054	17063	0 %	40 %	40 %	20 %	268318356
10	NC_013502	GGCCA	2	10	17734	17743	20 %	0 %	40 %	40 %	268318356
11	NC_013502	GGAGG	2	10	18664	18673	20 %	0 %	80 %	0 %	268318357
12	NC_013502	CCGAC	2	10	23432	23441	20 %	0 %	20 %	60 %	268318358
13	NC_013502	CCCAT	2	10	25263	25272	20 %	20 %	0 %	60 %	268318359
14	NC_013502	CCTTT	2	10	25971	25980	0 %	60 %	0 %	40 %	268318359
15	NC_013502	ACCGA	2	10	29568	29577	40 %	0 %	20 %	40 %	268318363
16	NC_013502	TTCGA	2	10	31198	31207	20 %	40 %	20 %	20 %	268318364
17	NC_013502	GAACG	2	10	31552	31561	40 %	0 %	40 %	20 %	268318364
18	NC_013502	GCCTG	2	10	35294	35303	0 %	20 %	40 %	40 %	268318367
19	NC_013502	AGCGC	2	10	36616	36625	20 %	0 %	40 %	40 %	268318368
20	NC_013502	CGCGC	2	10	36741	36750	0 %	0 %	40 %	60 %	268318368
21	NC_013502	TGCCT	2	10	38919	38928	0 %	40 %	20 %	40 %	268318370
22	NC_013502	TTTCG	2	10	38985	38994	0 %	60 %	20 %	20 %	268318370
23	NC_013502	GGTAC	2	10	39452	39461	20 %	20 %	40 %	20 %	268318371
24	NC_013502	GAACC	2	10	41060	41069	40 %	0 %	20 %	40 %	268318373
25	NC_013502	GGCTC	2	10	41723	41732	0 %	20 %	40 %	40 %	268318374
26	NC_013502	CCCTG	2	10	44483	44492	0 %	20 %	20 %	60 %	268318377
27	NC_013502	CACCG	2	10	46135	46144	20 %	0 %	20 %	60 %	268318378
28	NC_013502	AGGGG	2	10	48722	48731	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013502	TCCGC	2	10	48965	48974	0 %	20 %	20 %	60 %	268318382
30	NC_013502	CGGTT	2	10	51040	51049	0 %	40 %	40 %	20 %	268318386
31	NC_013502	GCTCC	2	10	51547	51556	0 %	20 %	20 %	60 %	268318386
32	NC_013502	ACGCG	2	10	52115	52124	20 %	0 %	40 %	40 %	268318386
33	NC_013502	CTTTA	2	10	52510	52519	20 %	60 %	0 %	20 %	268318386
34	NC_013502	GGCAG	2	10	52869	52878	20 %	0 %	60 %	20 %	268318387
35	NC_013502	ACAGG	2	10	53570	53579	40 %	0 %	40 %	20 %	268318387
36	NC_013502	CGAGC	2	10	53637	53646	20 %	0 %	40 %	40 %	268318387
37	NC_013502	AGCGA	2	10	54320	54329	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_013502	CATCA	2	10	56816	56825	40 %	20 %	0 %	40 %	268318389
39	NC_013502	CTGGC	2	10	58109	58118	0 %	20 %	40 %	40 %	268318390
40	NC_013502	GCCCG	2	10	58890	58899	0 %	0 %	40 %	60 %	268318390
41	NC_013502	GCTTC	2	10	59836	59845	0 %	40 %	20 %	40 %	268318390
42	NC_013502	GATCG	2	10	61011	61020	20 %	20 %	40 %	20 %	268318391
43	NC_013502	AACCG	2	10	64659	64668	40 %	0 %	20 %	40 %	268318393
44	NC_013502	GCGCG	2	10	64731	64740	0 %	0 %	60 %	40 %	268318393
45	NC_013502	CCCCT	2	10	64850	64859	0 %	20 %	0 %	80 %	268318393
46	NC_013502	AGGTC	2	10	65760	65769	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_013502	GGACA	2	10	66266	66275	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_013502	CCAGC	2	10	67336	67345	20 %	0 %	20 %	60 %	268318394
49	NC_013502	GCGTC	2	10	68689	68698	0 %	20 %	40 %	40 %	268318395
50	NC_013502	CCACC	2	10	69556	69565	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_013502	AATCA	2	10	71149	71158	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_013502	GCTTG	2	10	72262	72271	0 %	40 %	40 %	20 %	268318400
53	NC_013502	CCCAT	2	10	73088	73097	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_013502	TGCTT	2	10	73443	73452	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013502	GACCA	2	10	73593	73602	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_013502	GGCCA	2	10	74219	74228	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013502	CGTTG	2	10	74271	74280	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013502	CCTTC	2	10	74800	74809	0 %	40 %	0 %	60 %	268318402
59	NC_013502	TCCAT	2	10	75712	75721	20 %	40 %	0 %	40 %	268318404
60	NC_013502	CCCAT	2	10	76061	76070	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
61	NC_013502	CTGAT	2	10	76619	76628	20 %	40 %	20 %	20 %	268318405
62	NC_013502	GGTCT	2	10	76726	76735	0 %	40 %	40 %	20 %	268318405
63	NC_013502	TGCGT	2	10	79407	79416	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_013502	GCTTT	2	10	80995	81004	0 %	60 %	20 %	20 %	268318408
65	NC_013502	GGACG	2	10	82261	82270	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013502	GGGTG	2	10	84449	84458	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013502	AACCA	2	10	84946	84955	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013502	AGGCA	2	10	85734	85743	40 %	0 %	40 %	20 %	268318412
69	NC_013502	GAGGG	2	10	86538	86547	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013502	CAGTA	2	10	88886	88895	40 %	20 %	20 %	20 %	268318413
71	NC_013502	ACGGC	2	10	89182	89191	20 %	0 %	40 %	40 %	268318413
72	NC_013502	CGCAG	2	10	89437	89446	20 %	0 %	40 %	40 %	268318413
73	NC_013502	CGGCG	2	10	89891	89900	0 %	0 %	60 %	40 %	268318414
74	NC_013502	CCGGC	2	10	90226	90235	0 %	0 %	40 %	60 %	268318414
75	NC_013502	GCGGG	2	10	91175	91184	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
76	NC_013502	CGTCC	2	10	91485	91494	0 %	20 %	20 %	60 %	268318417
77	NC_013502	CCTGG	2	10	91514	91523	0 %	20 %	40 %	40 %	268318417
78	NC_013502	CGGAG	2	10	91964	91973	20 %	0 %	60 %	20 %	268318417
79	NC_013502	GCGGG	2	10	93551	93560	0 %	0 %	80 %	20 %	268318419
80	NC_013502	GCAGG	2	10	93638	93647	20 %	0 %	60 %	20 %	268318419
81	NC_013502	CCCCG	2	10	98491	98500	0 %	0 %	20 %	80 %	268318424
82	NC_013502	CTCCC	2	10	98954	98963	0 %	20 %	0 %	80 %	268318424
83	NC_013502	GGAGG	2	10	103117	103126	20 %	0 %	80 %	0 %	268318427
84	NC_013502	TGTGG	2	10	103147	103156	0 %	40 %	60 %	0 %	268318427
85	NC_013502	GTCCG	2	10	103268	103277	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_013502	GCCGG	2	10	103293	103302	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
87	NC_013502	CGGGC	2	10	104174	104183	0 %	0 %	60 %	40 %	268318428
88	NC_013502	CGAAA	2	10	105024	105033	60 %	0 %	20 %	20 %	268318428
89	NC_013502	GTGGG	2	10	110099	110108	0 %	20 %	80 %	0 %	268318434
90	NC_013502	TTCTT	2	10	113736	113745	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_013502	TGCTA	2	10	114576	114585	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_013502	TGGCC	2	10	116093	116102	0 %	20 %	40 %	40 %	268318437
93	NC_013502	CTTCG	2	10	116850	116859	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_013502	CACGA	2	10	118086	118095	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_013502	GGCGC	2	10	119044	119053	0 %	0 %	60 %	40 %	268318438
96	NC_013502	GCATT	2	10	119423	119432	20 %	40 %	20 %	20 %	268318439
97	NC_013502	TCGCA	2	10	122022	122031	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_013502	GCCTG	2	10	122619	122628	0 %	20 %	40 %	40 %	268318441
99	NC_013502	AGAAA	2	10	122963	122972	80 %	0 %	20 %	0 %	268318441
100	NC_013502	GCGAT	2	10	123029	123038	20 %	20 %	40 %	20 %	268318441
101	NC_013502	CTCAG	2	10	125049	125058	20 %	20 %	20 %	40 %	268318442

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.