MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 316

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	GCCA	2	8	161	168	25 %	0 %	25 %	50 %	268318346
2	NC_013502	CACG	2	8	553	560	25 %	0 %	25 %	50 %	268318346
3	NC_013502	GCAA	2	8	785	792	50 %	0 %	25 %	25 %	268318346
4	NC_013502	CTGC	2	8	819	826	0 %	25 %	25 %	50 %	268318346
5	NC_013502	GTGC	2	8	876	883	0 %	25 %	50 %	25 %	268318346
6	NC_013502	GAAA	2	8	1454	1461	75 %	0 %	25 %	0 %	268318346
7	NC_013502	TCCG	2	8	1866	1873	0 %	25 %	25 %	50 %	268318346
8	NC_013502	GCCA	2	8	2720	2727	25 %	0 %	25 %	50 %	268318346
9	NC_013502	TCAG	2	8	2741	2748	25 %	25 %	25 %	25 %	268318346
10	NC_013502	GCCA	2	8	2772	2779	25 %	0 %	25 %	50 %	268318346
11	NC_013502	TTTC	2	8	2825	2832	0 %	75 %	0 %	25 %	268318346
12	NC_013502	CCGG	2	8	3649	3656	0 %	0 %	50 %	50 %	268318347
13	NC_013502	TGAT	2	8	4752	4759	25 %	50 %	25 %	0 %	268318348
14	NC_013502	ACCT	2	8	4940	4947	25 %	25 %	0 %	50 %	268318348
15	NC_013502	GGCG	2	8	4981	4988	0 %	0 %	75 %	25 %	268318348
16	NC_013502	GAAA	2	8	5255	5262	75 %	0 %	25 %	0 %	268318348
17	NC_013502	CCGC	2	8	5799	5806	0 %	0 %	25 %	75 %	268318349
18	NC_013502	TGCG	2	8	6083	6090	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_013502	CTGG	2	8	7059	7066	0 %	25 %	50 %	25 %	268318350
20	NC_013502	AGAT	2	8	7265	7272	50 %	25 %	25 %	0 %	268318350
21	NC_013502	ATGA	2	8	8628	8635	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013502	GAAC	2	8	9859	9866	50 %	0 %	25 %	25 %	268318353
23	NC_013502	CCGC	2	8	9979	9986	0 %	0 %	25 %	75 %	268318353
24	NC_013502	CGGC	2	8	10096	10103	0 %	0 %	50 %	50 %	268318353
25	NC_013502	CGAG	2	8	10273	10280	25 %	0 %	50 %	25 %	268318353
26	NC_013502	TTCC	2	8	10552	10559	0 %	50 %	0 %	50 %	268318353
27	NC_013502	TGCA	2	8	10829	10836	25 %	25 %	25 %	25 %	268318353
28	NC_013502	GCCC	2	8	10856	10863	0 %	0 %	25 %	75 %	268318353
29	NC_013502	ATCC	2	8	10932	10939	25 %	25 %	0 %	50 %	268318353
30	NC_013502	CCTT	2	8	11037	11044	0 %	50 %	0 %	50 %	268318353
31	NC_013502	GCCG	2	8	11884	11891	0 %	0 %	50 %	50 %	268318354
32	NC_013502	CGAA	2	8	12996	13003	50 %	0 %	25 %	25 %	268318355
33	NC_013502	GATC	2	8	13372	13379	25 %	25 %	25 %	25 %	268318355
34	NC_013502	CGGG	2	8	13767	13774	0 %	0 %	75 %	25 %	268318355
35	NC_013502	CGTC	2	8	14976	14983	0 %	25 %	25 %	50 %	268318355
36	NC_013502	AGGT	2	8	15459	15466	25 %	25 %	50 %	0 %	268318355
37	NC_013502	GCCC	2	8	15773	15780	0 %	0 %	25 %	75 %	268318356
38	NC_013502	CCCG	2	8	16188	16195	0 %	0 %	25 %	75 %	268318356
39	NC_013502	GGGC	2	8	16755	16762	0 %	0 %	75 %	25 %	268318356
40	NC_013502	GGAA	2	8	17046	17053	50 %	0 %	50 %	0 %	268318356
41	NC_013502	GCGG	2	8	17248	17255	0 %	0 %	75 %	25 %	268318356
42	NC_013502	CGCC	2	8	17804	17811	0 %	0 %	25 %	75 %	268318356
43	NC_013502	CCAC	2	8	18863	18870	25 %	0 %	0 %	75 %	268318357
44	NC_013502	CGCC	2	8	19035	19042	0 %	0 %	25 %	75 %	268318357
45	NC_013502	GCAG	2	8	19184	19191	25 %	0 %	50 %	25 %	268318357
46	NC_013502	GGAA	2	8	19686	19693	50 %	0 %	50 %	0 %	268318357
47	NC_013502	GTCC	2	8	19710	19717	0 %	25 %	25 %	50 %	268318357
48	NC_013502	GTAC	2	8	20229	20236	25 %	25 %	25 %	25 %	268318357
49	NC_013502	ATCC	2	8	20827	20834	25 %	25 %	0 %	50 %	268318357
50	NC_013502	CCAT	2	8	20942	20949	25 %	25 %	0 %	50 %	268318357
51	NC_013502	GCAG	2	8	21294	21301	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
52	NC_013502	GTCC	2	8	21425	21432	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
53	NC_013502	ATGA	2	8	21853	21860	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013502	CCCT	2	8	22098	22105	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
55	NC_013502	CCAG	2	8	22142	22149	25 %	0 %	25 %	50 %	268318358
56	NC_013502	AGCC	2	8	22255	22262	25 %	0 %	25 %	50 %	268318358
57	NC_013502	TCCC	2	8	22479	22486	0 %	25 %	0 %	75 %	268318358
58	NC_013502	GCGA	2	8	22663	22670	25 %	0 %	50 %	25 %	268318358
59	NC_013502	CACC	2	8	22725	22732	25 %	0 %	0 %	75 %	268318358
60	NC_013502	GGCC	2	8	22992	22999	0 %	0 %	50 %	50 %	268318358
61	NC_013502	CCGT	2	8	23122	23129	0 %	25 %	25 %	50 %	268318358
62	NC_013502	GCCC	2	8	23468	23475	0 %	0 %	25 %	75 %	268318358
63	NC_013502	TGCG	2	8	23667	23674	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_013502	CCTT	2	8	23852	23859	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_013502	CCGC	2	8	24077	24084	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
66	NC_013502	CCGA	2	8	24223	24230	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
67	NC_013502	TGGC	2	8	25049	25056	0 %	25 %	50 %	25 %	268318359
68	NC_013502	CCAC	2	8	25176	25183	25 %	0 %	0 %	75 %	268318359
69	NC_013502	TGCG	2	8	25590	25597	0 %	25 %	50 %	25 %	268318359
70	NC_013502	GCAG	2	8	26142	26149	25 %	0 %	50 %	25 %	268318359
71	NC_013502	CTGT	2	8	26602	26609	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
72	NC_013502	AGAA	2	8	27056	27063	75 %	0 %	25 %	0 %	268318360
73	NC_013502	GGCC	2	8	27111	27118	0 %	0 %	50 %	50 %	268318360
74	NC_013502	TCGA	2	8	27152	27159	25 %	25 %	25 %	25 %	268318360
75	NC_013502	CGGC	2	8	27751	27758	0 %	0 %	50 %	50 %	268318361
76	NC_013502	CCAG	2	8	27863	27870	25 %	0 %	25 %	50 %	268318361
77	NC_013502	GCCT	2	8	28556	28563	0 %	25 %	25 %	50 %	268318362
78	NC_013502	GCGG	2	8	28973	28980	0 %	0 %	75 %	25 %	268318363
79	NC_013502	CGTC	2	8	29077	29084	0 %	25 %	25 %	50 %	268318363
80	NC_013502	GCCG	2	8	29295	29302	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
81	NC_013502	GGAT	2	8	30126	30133	25 %	25 %	50 %	0 %	268318363
82	NC_013502	GCAC	2	8	30305	30312	25 %	0 %	25 %	50 %	268318363
83	NC_013502	AACG	2	8	30379	30386	50 %	0 %	25 %	25 %	268318363
84	NC_013502	CCAG	2	8	30842	30849	25 %	0 %	25 %	50 %	268318363
85	NC_013502	CGCC	2	8	31104	31111	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
86	NC_013502	CGGC	2	8	31404	31411	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
87	NC_013502	TGGT	2	8	32484	32491	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013502	ATCA	2	8	32796	32803	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
89	NC_013502	GGCT	2	8	32804	32811	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
90	NC_013502	TGCG	2	8	33174	33181	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_013502	CGGT	2	8	33349	33356	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_013502	CCGC	2	8	33838	33845	0 %	0 %	25 %	75 %	268318366
93	NC_013502	CGTT	2	8	34207	34214	0 %	50 %	25 %	25 %	268318366
94	NC_013502	CGCC	2	8	34230	34237	0 %	0 %	25 %	75 %	268318366
95	NC_013502	GCTG	2	8	34299	34306	0 %	25 %	50 %	25 %	268318366
96	NC_013502	CGGC	2	8	34404	34411	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
97	NC_013502	GAAC	2	8	34727	34734	50 %	0 %	25 %	25 %	268318366
98	NC_013502	CGGT	2	8	34817	34824	0 %	25 %	50 %	25 %	268318367
99	NC_013502	AGCG	2	8	34997	35004	25 %	0 %	50 %	25 %	268318367
100	NC_013502	CACG	2	8	35631	35638	25 %	0 %	25 %	50 %	268318367
101	NC_013502	ATCC	2	8	36781	36788	25 %	25 %	0 %	50 %	268318368
102	NC_013502	CGCA	2	8	37784	37791	25 %	0 %	25 %	50 %	268318369
103	NC_013502	CGCT	2	8	38246	38253	0 %	25 %	25 %	50 %	268318369
104	NC_013502	CTCG	2	8	38272	38279	0 %	25 %	25 %	50 %	268318369
105	NC_013502	GGCC	2	8	38777	38784	0 %	0 %	50 %	50 %	268318370
106	NC_013502	CGAC	2	8	39478	39485	25 %	0 %	25 %	50 %	268318371
107	NC_013502	TGCC	2	8	39802	39809	0 %	25 %	25 %	50 %	268318372
108	NC_013502	GAGC	2	8	39878	39885	25 %	0 %	50 %	25 %	268318372
109	NC_013502	ACGC	2	8	40110	40117	25 %	0 %	25 %	50 %	268318373
110	NC_013502	GCCC	2	8	40429	40436	0 %	0 %	25 %	75 %	268318373
111	NC_013502	ACCT	2	8	41143	41150	25 %	25 %	0 %	50 %	268318373
112	NC_013502	CGCA	2	8	41566	41573	25 %	0 %	25 %	50 %	268318374
113	NC_013502	TCGA	2	8	41635	41642	25 %	25 %	25 %	25 %	268318374
114	NC_013502	CACG	2	8	41646	41653	25 %	0 %	25 %	50 %	268318374
115	NC_013502	GCGG	2	8	44077	44084	0 %	0 %	75 %	25 %	268318376
116	NC_013502	CCAG	2	8	44714	44721	25 %	0 %	25 %	50 %	268318377
117	NC_013502	GGCC	2	8	45392	45399	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
118	NC_013502	GATA	2	8	45544	45551	50 %	25 %	25 %	0 %	268318378
119	NC_013502	GGGC	2	8	45641	45648	0 %	0 %	75 %	25 %	268318378
120	NC_013502	TGCC	2	8	45753	45760	0 %	25 %	25 %	50 %	268318378
121	NC_013502	CTTC	2	8	45874	45881	0 %	50 %	0 %	50 %	268318378
122	NC_013502	ATGA	2	8	45882	45889	50 %	25 %	25 %	0 %	268318378
123	NC_013502	GCCA	2	8	46165	46172	25 %	0 %	25 %	50 %	268318378
124	NC_013502	CATG	2	8	46365	46372	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_013502	CAGC	2	8	46475	46482	25 %	0 %	25 %	50 %	268318379
126	NC_013502	CGGC	2	8	47274	47281	0 %	0 %	50 %	50 %	268318380
127	NC_013502	ACGT	2	8	48114	48121	25 %	25 %	25 %	25 %	268318381
128	NC_013502	GGTT	2	8	49144	49151	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013502	TTCG	2	8	49599	49606	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_013502	AAAG	2	8	49739	49746	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013502	GCCG	2	8	50012	50019	0 %	0 %	50 %	50 %	268318384
132	NC_013502	CGCC	2	8	50262	50269	0 %	0 %	25 %	75 %	268318385
133	NC_013502	TCAT	2	8	50425	50432	25 %	50 %	0 %	25 %	268318385
134	NC_013502	CAGA	2	8	50599	50606	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_013502	CGAA	2	8	50633	50640	50 %	0 %	25 %	25 %	268318386
136	NC_013502	CTGG	2	8	50670	50677	0 %	25 %	50 %	25 %	268318386
137	NC_013502	GACG	2	8	50916	50923	25 %	0 %	50 %	25 %	268318386
138	NC_013502	CGGT	2	8	51241	51248	0 %	25 %	50 %	25 %	268318386
139	NC_013502	CCGT	2	8	51421	51428	0 %	25 %	25 %	50 %	268318386
140	NC_013502	CGAG	2	8	52434	52441	25 %	0 %	50 %	25 %	268318386
141	NC_013502	GAAA	2	8	52485	52492	75 %	0 %	25 %	0 %	268318386
142	NC_013502	ACGC	2	8	52576	52583	25 %	0 %	25 %	50 %	268318386
143	NC_013502	ACCG	2	8	52688	52695	25 %	0 %	25 %	50 %	268318387
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285	NC_013502	GGAT	2	8	109829	109836	25 %	25 %	50 %	0 %	268318434
286	NC_013502	GAAA	2	8	110130	110137	75 %	0 %	25 %	0 %	268318434
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294	NC_013502	ATGT	2	8	113308	113315	25 %	50 %	25 %	0 %	268318434
295	NC_013502	GGGT	2	8	113609	113616	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
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298	NC_013502	ATCT	2	8	117194	117201	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
299	NC_013502	TGCC	2	8	117458	117465	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
300	NC_013502	CTTC	2	8	117519	117526	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
301	NC_013502	GGAG	2	8	117714	117721	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
302	NC_013502	GCGG	2	8	118846	118853	0 %	0 %	75 %	25 %	268318438
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306	NC_013502	ATCG	2	8	120202	120209	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
307	NC_013502	GGTC	2	8	121210	121217	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
308	NC_013502	TCCA	2	8	122113	122120	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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310	NC_013502	AGCC	2	8	122485	122492	25 %	0 %	25 %	50 %	268318440
311	NC_013502	CGGC	2	8	123338	123345	0 %	0 %	50 %	50 %	268318441
312	NC_013502	ATCA	2	8	123442	123449	50 %	25 %	0 %	25 %	268318441
313	NC_013502	CCTC	2	8	123806	123813	0 %	25 %	0 %	75 %	268318441
314	NC_013502	GTCC	2	8	124060	124067	0 %	25 %	25 %	50 %	268318441
315	NC_013502	TCTT	2	8	125030	125037	0 %	75 %	0 %	25 %	268318442
316	NC_013502	CGGT	2	8	125069	125076	0 %	25 %	50 %	25 %	268318442

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.