MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 1398

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	CCA	2	6	109	114	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
2	NC_013502	CTG	2	6	199	204	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318346
3	NC_013502	GGC	2	6	251	256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318346
4	NC_013502	CTC	2	6	270	275	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318346
5	NC_013502	GTG	2	6	277	282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318346
6	NC_013502	CCA	2	6	288	293	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
7	NC_013502	CGG	2	6	370	375	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318346
8	NC_013502	CTC	2	6	690	695	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318346
9	NC_013502	TGT	2	6	725	730	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318346
10	NC_013502	TGC	3	9	881	889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318346
11	NC_013502	ACC	2	6	890	895	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
12	NC_013502	GCA	2	6	936	941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318346
13	NC_013502	CTC	2	6	946	951	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318346
14	NC_013502	GCC	2	6	959	964	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318346
15	NC_013502	GCC	2	6	1024	1029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318346
16	NC_013502	ACC	2	6	1043	1048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
17	NC_013502	CGG	2	6	1149	1154	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318346
18	NC_013502	GGA	2	6	1250	1255	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318346
19	NC_013502	TAC	2	6	1315	1320	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318346
20	NC_013502	CTT	2	6	1529	1534	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318346
21	NC_013502	CTT	2	6	1600	1605	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318346
22	NC_013502	GCT	2	6	1611	1616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318346
23	NC_013502	ACA	2	6	1628	1633	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268318346
24	NC_013502	GGC	2	6	1671	1676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318346
25	NC_013502	GCA	2	6	1686	1691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318346
26	NC_013502	CTG	2	6	1831	1836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318346
27	NC_013502	CAG	2	6	1837	1842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318346
28	NC_013502	CTT	2	6	2022	2027	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318346
29	NC_013502	TCA	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318346
30	NC_013502	CAC	2	6	2133	2138	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
31	NC_013502	CAA	2	6	2181	2186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268318346
32	NC_013502	CCT	2	6	2196	2201	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318346
33	NC_013502	GCT	2	6	2217	2222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318346
34	NC_013502	TCG	2	6	2267	2272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318346
35	NC_013502	GCA	2	6	2290	2295	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318346
36	NC_013502	GCC	2	6	2303	2308	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318346
37	NC_013502	CCG	2	6	2447	2452	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318346
38	NC_013502	GCA	2	6	2499	2504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318346
39	NC_013502	CCA	2	6	2592	2597	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
40	NC_013502	CCA	2	6	2610	2615	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318346
41	NC_013502	GCA	2	6	2685	2690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318346
42	NC_013502	ATG	2	6	2837	2842	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318346
43	NC_013502	AGC	2	6	2899	2904	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318347
44	NC_013502	CAC	2	6	3132	3137	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318347
45	NC_013502	CAG	2	6	3515	3520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318347
46	NC_013502	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318347
47	NC_013502	CTC	2	6	3662	3667	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318347
48	NC_013502	TTG	2	6	3678	3683	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318347
49	NC_013502	TTC	2	6	3789	3794	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318347
50	NC_013502	GCT	2	6	3800	3805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318347
51	NC_013502	GCT	2	6	3901	3906	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318347
52	NC_013502	AAG	2	6	3939	3944	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318347
53	NC_013502	GTC	2	6	4016	4021	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318347
54	NC_013502	CGT	2	6	4031	4036	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318347
55	NC_013502	TTG	2	6	4037	4042	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318347
56	NC_013502	ACC	2	6	4077	4082	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318347
57	NC_013502	GGT	2	6	4102	4107	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318347
58	NC_013502	CAG	2	6	4125	4130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318347
59	NC_013502	AGG	2	6	4169	4174	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318347
60	NC_013502	GGC	2	6	4204	4209	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318347
61	NC_013502	CTT	2	6	4294	4299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318348
62	NC_013502	GCA	2	6	4498	4503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318348
63	NC_013502	TGC	2	6	4595	4600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318348
64	NC_013502	GCG	2	6	4671	4676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318348
65	NC_013502	CGC	2	6	4717	4722	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318348
66	NC_013502	GCC	2	6	4768	4773	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318348
67	NC_013502	CTT	2	6	4777	4782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268318348
68	NC_013502	ATA	2	6	4952	4957	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	268318348
69	NC_013502	ACC	2	6	5238	5243	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318348
70	NC_013502	AAG	2	6	5330	5335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318348
71	NC_013502	GCT	2	6	5368	5373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318348
72	NC_013502	GGA	2	6	5403	5408	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318348
73	NC_013502	CGG	2	6	5431	5436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318348
74	NC_013502	GCT	2	6	5769	5774	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318349
75	NC_013502	GCT	2	6	5792	5797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318349
76	NC_013502	AGC	2	6	5831	5836	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318349
77	NC_013502	TCG	2	6	7040	7045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318350
78	NC_013502	GTT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318350
79	NC_013502	GCC	2	6	7171	7176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318350
80	NC_013502	ATC	2	6	7244	7249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318350
81	NC_013502	TAG	2	6	7256	7261	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318350
82	NC_013502	GCT	2	6	7292	7297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318350
83	NC_013502	CGG	2	6	7342	7347	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318350
84	NC_013502	CGT	3	9	7504	7512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318350
85	NC_013502	ATT	2	6	7600	7605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	268318350
86	NC_013502	TGA	2	6	7628	7633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318350
87	NC_013502	GGA	2	6	7662	7667	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318350
88	NC_013502	AGG	2	6	7685	7690	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268318350
89	NC_013502	CCA	2	6	7727	7732	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318350
90	NC_013502	CGC	2	6	7748	7753	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318350
91	NC_013502	ACC	2	6	8056	8061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318351
92	NC_013502	AGA	2	6	8145	8150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318351
93	NC_013502	TCA	2	6	8739	8744	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318352
94	NC_013502	CTG	2	6	8881	8886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318352
95	NC_013502	ATC	2	6	8903	8908	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318352
96	NC_013502	CCG	2	6	8922	8927	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318352
97	NC_013502	ATC	2	6	8954	8959	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318352
98	NC_013502	CAT	2	6	9114	9119	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318352
99	NC_013502	GAT	2	6	9172	9177	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318352
100	NC_013502	TGC	2	6	9227	9232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318352
101	NC_013502	CGC	2	6	9237	9242	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318352
102	NC_013502	CAC	2	6	9271	9276	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318352
103	NC_013502	TGA	2	6	9342	9347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318352
104	NC_013502	CGT	2	6	9397	9402	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318352
105	NC_013502	GCA	2	6	9489	9494	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318352
106	NC_013502	TCC	2	6	9548	9553	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318353
107	NC_013502	ACG	2	6	9561	9566	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318353
108	NC_013502	GTG	2	6	9750	9755	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318353
109	NC_013502	GTA	2	6	9761	9766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318353
110	NC_013502	TCC	2	6	9849	9854	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318353
111	NC_013502	AGA	2	6	9883	9888	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268318353
112	NC_013502	TGT	2	6	9959	9964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318353
113	NC_013502	CAC	2	6	10055	10060	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318353
114	NC_013502	GTG	2	6	10107	10112	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318353
115	NC_013502	CCT	2	6	10135	10140	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318353
116	NC_013502	AGC	2	6	10155	10160	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318353
117	NC_013502	CAG	2	6	10262	10267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318353
118	NC_013502	ATG	2	6	10344	10349	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318353
119	NC_013502	GCG	2	6	10402	10407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318353
120	NC_013502	TGA	2	6	10518	10523	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318353
121	NC_013502	CTG	2	6	10526	10531	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318353
122	NC_013502	CCT	2	6	10543	10548	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318353
123	NC_013502	ATG	2	6	10589	10594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268318353
124	NC_013502	CGA	2	6	10665	10670	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318353
125	NC_013502	GTC	2	6	10745	10750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318353
126	NC_013502	TGC	2	6	10881	10886	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318353
127	NC_013502	GTC	2	6	10910	10915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318353
128	NC_013502	GCT	2	6	11095	11100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318353
129	NC_013502	GTC	2	6	11146	11151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318353
130	NC_013502	CAG	2	6	11419	11424	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318354
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132	NC_013502	CAG	2	6	11503	11508	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318354
133	NC_013502	ACC	2	6	11522	11527	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318354
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252	NC_013502	GTT	2	6	20308	20313	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	268318357
253	NC_013502	GCC	3	9	20383	20391	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318357
254	NC_013502	GCT	2	6	20425	20430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318357
255	NC_013502	TGC	2	6	20517	20522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318357
256	NC_013502	TCG	2	6	20609	20614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318357
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261	NC_013502	CCA	2	6	20928	20933	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268318357
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376	NC_013502	GCC	2	6	30634	30639	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
377	NC_013502	CAT	2	6	30644	30649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268318363
378	NC_013502	GAC	2	6	30750	30755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
379	NC_013502	GCA	2	6	30830	30835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318363
380	NC_013502	GCC	2	6	30880	30885	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268318363
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396	NC_013502	TCG	2	6	31835	31840	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268318364
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497	NC_013502	TGG	2	6	39648	39653	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268318372
498	NC_013502	CCT	2	6	39787	39792	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268318372
499	NC_013502	GGC	2	6	39825	39830	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268318372
500	NC_013502	AGC	2	6	39891	39896	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268318372

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