MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 plasmid pRMAR01

Total Repeats: 153

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013502	GC	3	6	586	591	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
2	NC_013502	CT	3	6	754	759	0 %	50 %	0 %	50 %	268318346
3	NC_013502	GA	3	6	1298	1303	50 %	0 %	50 %	0 %	268318346
4	NC_013502	GC	3	6	1500	1505	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
5	NC_013502	CG	4	8	1934	1941	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
6	NC_013502	CT	3	6	2534	2539	0 %	50 %	0 %	50 %	268318346
7	NC_013502	GC	3	6	2652	2657	0 %	0 %	50 %	50 %	268318346
8	NC_013502	GC	3	6	3488	3493	0 %	0 %	50 %	50 %	268318347
9	NC_013502	TC	3	6	3761	3766	0 %	50 %	0 %	50 %	268318347
10	NC_013502	TG	3	6	4141	4146	0 %	50 %	50 %	0 %	268318347
11	NC_013502	CT	3	6	4464	4469	0 %	50 %	0 %	50 %	268318348
12	NC_013502	AG	3	6	4567	4572	50 %	0 %	50 %	0 %	268318348
13	NC_013502	CT	3	6	4897	4902	0 %	50 %	0 %	50 %	268318348
14	NC_013502	GC	3	6	5084	5089	0 %	0 %	50 %	50 %	268318348
15	NC_013502	CA	3	6	5336	5341	50 %	0 %	0 %	50 %	268318348
16	NC_013502	GC	3	6	5484	5489	0 %	0 %	50 %	50 %	268318348
17	NC_013502	CG	3	6	8910	8915	0 %	0 %	50 %	50 %	268318352
18	NC_013502	GT	3	6	9015	9020	0 %	50 %	50 %	0 %	268318352
19	NC_013502	GC	3	6	9773	9778	0 %	0 %	50 %	50 %	268318353
20	NC_013502	TC	3	6	11844	11849	0 %	50 %	0 %	50 %	268318354
21	NC_013502	CG	4	8	12557	12564	0 %	0 %	50 %	50 %	268318355
22	NC_013502	GT	3	6	12963	12968	0 %	50 %	50 %	0 %	268318355
23	NC_013502	TC	3	6	13897	13902	0 %	50 %	0 %	50 %	268318355
24	NC_013502	GC	3	6	15913	15918	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
25	NC_013502	GC	3	6	16356	16361	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
26	NC_013502	CG	3	6	16827	16832	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
27	NC_013502	CG	3	6	18021	18026	0 %	0 %	50 %	50 %	268318356
28	NC_013502	GT	3	6	18435	18440	0 %	50 %	50 %	0 %	268318357
29	NC_013502	GC	3	6	20434	20439	0 %	0 %	50 %	50 %	268318357
30	NC_013502	CG	4	8	20970	20977	0 %	0 %	50 %	50 %	268318357
31	NC_013502	GC	5	10	22638	22647	0 %	0 %	50 %	50 %	268318358
32	NC_013502	AT	3	6	25710	25715	50 %	50 %	0 %	0 %	268318359
33	NC_013502	CT	3	6	26038	26043	0 %	50 %	0 %	50 %	268318359
34	NC_013502	CG	3	6	27845	27850	0 %	0 %	50 %	50 %	268318361
35	NC_013502	AC	3	6	28166	28171	50 %	0 %	0 %	50 %	268318361
36	NC_013502	GC	4	8	28247	28254	0 %	0 %	50 %	50 %	268318361
37	NC_013502	GC	3	6	29019	29024	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
38	NC_013502	GC	3	6	29615	29620	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
39	NC_013502	GC	3	6	30564	30569	0 %	0 %	50 %	50 %	268318363
40	NC_013502	GC	3	6	31241	31246	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
41	NC_013502	GC	3	6	31436	31441	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
42	NC_013502	GC	3	6	31805	31810	0 %	0 %	50 %	50 %	268318364
43	NC_013502	GC	4	8	34551	34558	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
44	NC_013502	CG	3	6	34587	34592	0 %	0 %	50 %	50 %	268318366
45	NC_013502	GC	3	6	34773	34778	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
46	NC_013502	TC	3	6	34938	34943	0 %	50 %	0 %	50 %	268318367
47	NC_013502	GC	3	6	35058	35063	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
48	NC_013502	GC	3	6	35435	35440	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
49	NC_013502	CG	3	6	35637	35642	0 %	0 %	50 %	50 %	268318367
50	NC_013502	CT	4	8	36385	36392	0 %	50 %	0 %	50 %	268318367
51	NC_013502	GC	3	6	36854	36859	0 %	0 %	50 %	50 %	268318368
52	NC_013502	GC	3	6	37196	37201	0 %	0 %	50 %	50 %	268318368
53	NC_013502	CG	3	6	38096	38101	0 %	0 %	50 %	50 %	268318369
54	NC_013502	GC	3	6	38239	38244	0 %	0 %	50 %	50 %	268318369
55	NC_013502	CT	3	6	39025	39030	0 %	50 %	0 %	50 %	268318370
56	NC_013502	TG	3	6	40334	40339	0 %	50 %	50 %	0 %	268318373
57	NC_013502	AG	3	6	41281	41286	50 %	0 %	50 %	0 %	268318374
58	NC_013502	CG	3	6	43596	43601	0 %	0 %	50 %	50 %	268318376
59	NC_013502	CA	3	6	44344	44349	50 %	0 %	0 %	50 %	268318376
60	NC_013502	GC	3	6	44996	45001	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
61	NC_013502	GC	3	6	45089	45094	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
62	NC_013502	GC	3	6	45346	45351	0 %	0 %	50 %	50 %	268318378
63	NC_013502	TA	3	6	46709	46714	50 %	50 %	0 %	0 %	268318379
64	NC_013502	CA	3	6	47221	47226	50 %	0 %	0 %	50 %	268318380
65	NC_013502	GC	3	6	48782	48787	0 %	0 %	50 %	50 %	268318382
66	NC_013502	GC	3	6	49305	49310	0 %	0 %	50 %	50 %	268318383
67	NC_013502	GC	3	6	50808	50813	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
68	NC_013502	TC	3	6	51173	51178	0 %	50 %	0 %	50 %	268318386
69	NC_013502	CG	4	8	51478	51485	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
70	NC_013502	GC	3	6	52034	52039	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
71	NC_013502	GC	3	6	52610	52615	0 %	0 %	50 %	50 %	268318386
72	NC_013502	GC	3	6	53045	53050	0 %	0 %	50 %	50 %	268318387
73	NC_013502	GC	3	6	53963	53968	0 %	0 %	50 %	50 %	268318387
74	NC_013502	AT	4	8	54757	54764	50 %	50 %	0 %	0 %	268318388
75	NC_013502	CG	3	6	56578	56583	0 %	0 %	50 %	50 %	268318389
76	NC_013502	CG	3	6	56727	56732	0 %	0 %	50 %	50 %	268318389
77	NC_013502	GC	3	6	57973	57978	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
78	NC_013502	GC	3	6	58051	58056	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
79	NC_013502	GC	3	6	58327	58332	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
80	NC_013502	TG	3	6	58992	58997	0 %	50 %	50 %	0 %	268318390
81	NC_013502	CT	4	8	59348	59355	0 %	50 %	0 %	50 %	268318390
82	NC_013502	GC	3	6	59437	59442	0 %	0 %	50 %	50 %	268318390
83	NC_013502	CA	3	6	60048	60053	50 %	0 %	0 %	50 %	268318390
84	NC_013502	TC	3	6	61381	61386	0 %	50 %	0 %	50 %	268318392
85	NC_013502	GC	3	6	61792	61797	0 %	0 %	50 %	50 %	268318392
86	NC_013502	TC	3	6	62135	62140	0 %	50 %	0 %	50 %	268318393
87	NC_013502	AG	3	6	62326	62331	50 %	0 %	50 %	0 %	268318393
88	NC_013502	CT	3	6	62443	62448	0 %	50 %	0 %	50 %	268318393
89	NC_013502	GA	3	6	67046	67051	50 %	0 %	50 %	0 %	268318394
90	NC_013502	GC	3	6	68151	68156	0 %	0 %	50 %	50 %	268318395
91	NC_013502	AG	3	6	70170	70175	50 %	0 %	50 %	0 %	268318397
92	NC_013502	CG	3	6	71438	71443	0 %	0 %	50 %	50 %	268318398
93	NC_013502	CG	3	6	71580	71585	0 %	0 %	50 %	50 %	268318398
94	NC_013502	GC	3	6	71642	71647	0 %	0 %	50 %	50 %	268318398
95	NC_013502	CG	3	6	75002	75007	0 %	0 %	50 %	50 %	268318402
96	NC_013502	CT	3	6	75315	75320	0 %	50 %	0 %	50 %	268318403
97	NC_013502	AT	3	6	75639	75644	50 %	50 %	0 %	0 %	268318404
98	NC_013502	CG	3	6	76549	76554	0 %	0 %	50 %	50 %	268318405
99	NC_013502	GC	3	6	78025	78030	0 %	0 %	50 %	50 %	268318405
100	NC_013502	CG	3	6	79986	79991	0 %	0 %	50 %	50 %	268318406
101	NC_013502	AG	3	6	80701	80706	50 %	0 %	50 %	0 %	268318407
102	NC_013502	GC	3	6	82687	82692	0 %	0 %	50 %	50 %	268318409
103	NC_013502	GC	3	6	83038	83043	0 %	0 %	50 %	50 %	268318410
104	NC_013502	GC	3	6	83119	83124	0 %	0 %	50 %	50 %	268318410
105	NC_013502	CT	4	8	84977	84984	0 %	50 %	0 %	50 %	268318412
106	NC_013502	AT	3	6	85051	85056	50 %	50 %	0 %	0 %	268318412
107	NC_013502	GC	3	6	85388	85393	0 %	0 %	50 %	50 %	268318412
108	NC_013502	CT	3	6	88662	88667	0 %	50 %	0 %	50 %	268318413
109	NC_013502	TG	3	6	89863	89868	0 %	50 %	50 %	0 %	268318414
110	NC_013502	GC	3	6	89873	89878	0 %	0 %	50 %	50 %	268318414
111	NC_013502	CA	3	6	90838	90843	50 %	0 %	0 %	50 %	268318415
112	NC_013502	CG	3	6	90847	90852	0 %	0 %	50 %	50 %	268318415
113	NC_013502	GC	3	6	91380	91385	0 %	0 %	50 %	50 %	268318417
114	NC_013502	GC	3	6	93340	93345	0 %	0 %	50 %	50 %	268318418
115	NC_013502	GC	3	6	94249	94254	0 %	0 %	50 %	50 %	268318420
116	NC_013502	GA	3	6	94507	94512	50 %	0 %	50 %	0 %	268318420
117	NC_013502	AT	3	6	95486	95491	50 %	50 %	0 %	0 %	268318422
118	NC_013502	CA	3	6	95655	95660	50 %	0 %	0 %	50 %	268318422
119	NC_013502	AG	3	6	95729	95734	50 %	0 %	50 %	0 %	268318422
120	NC_013502	AT	3	6	95920	95925	50 %	50 %	0 %	0 %	268318422
121	NC_013502	CG	3	6	97068	97073	0 %	0 %	50 %	50 %	268318423
122	NC_013502	CT	3	6	98966	98971	0 %	50 %	0 %	50 %	268318424
123	NC_013502	GC	3	6	99396	99401	0 %	0 %	50 %	50 %	268318425
124	NC_013502	CA	3	6	99530	99535	50 %	0 %	0 %	50 %	268318425
125	NC_013502	GT	3	6	99770	99775	0 %	50 %	50 %	0 %	268318425
126	NC_013502	TC	3	6	99884	99889	0 %	50 %	0 %	50 %	268318425
127	NC_013502	GC	3	6	102914	102919	0 %	0 %	50 %	50 %	268318427
128	NC_013502	GC	3	6	103549	103554	0 %	0 %	50 %	50 %	268318428
129	NC_013502	GC	3	6	103928	103933	0 %	0 %	50 %	50 %	268318428
130	NC_013502	GC	4	8	103995	104002	0 %	0 %	50 %	50 %	268318428
131	NC_013502	GC	3	6	104343	104348	0 %	0 %	50 %	50 %	268318428
132	NC_013502	GC	3	6	104669	104674	0 %	0 %	50 %	50 %	268318428
133	NC_013502	GC	3	6	104736	104741	0 %	0 %	50 %	50 %	268318428
134	NC_013502	GA	3	6	105014	105019	50 %	0 %	50 %	0 %	268318428
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137	NC_013502	TG	3	6	108800	108805	0 %	50 %	50 %	0 %	268318433
138	NC_013502	CT	3	6	108975	108980	0 %	50 %	0 %	50 %	268318434
139	NC_013502	AC	3	6	110056	110061	50 %	0 %	0 %	50 %	268318434
140	NC_013502	GC	3	6	110706	110711	0 %	0 %	50 %	50 %	268318434
141	NC_013502	TC	4	8	111727	111734	0 %	50 %	0 %	50 %	268318434
142	NC_013502	AG	3	6	112470	112475	50 %	0 %	50 %	0 %	268318434
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144	NC_013502	GC	3	6	115076	115081	0 %	0 %	50 %	50 %	268318435
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146	NC_013502	GC	3	6	116505	116510	0 %	0 %	50 %	50 %	268318437
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151	NC_013502	TC	3	6	123828	123833	0 %	50 %	0 %	50 %	268318441
152	NC_013502	CG	3	6	124576	124581	0 %	0 %	50 %	50 %	268318442
153	NC_013502	GC	3	6	124663	124668	0 %	0 %	50 %	50 %	268318442

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.