MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Rhodothermus marinus DSM 4252 chromosome

Total Repeats: 54430

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013501	ATC	2	6	207	212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315579
2	NC_013501	GAC	2	6	285	290	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315579
3	NC_013501	GGA	2	6	341	346	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315579
4	NC_013501	ACT	2	6	349	354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315579
5	NC_013501	TCC	2	6	482	487	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268315579
6	NC_013501	ACG	2	6	492	497	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315579
7	NC_013501	CCG	2	6	507	512	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315579
8	NC_013501	CCA	2	6	598	603	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315579
9	NC_013501	ATC	2	6	624	629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315579
10	NC_013501	GCA	2	6	734	739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315579
11	NC_013501	CGG	2	6	776	781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315579
12	NC_013501	CAC	2	6	837	842	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315579
13	NC_013501	CTG	2	6	954	959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315579
14	NC_013501	TCG	2	6	961	966	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315579
15	NC_013501	CGG	2	6	983	988	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315579
16	NC_013501	GCC	2	6	1073	1078	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315579
17	NC_013501	GCC	2	6	1148	1153	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315579
18	NC_013501	CGA	2	6	1217	1222	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315579
19	NC_013501	GCT	2	6	1280	1285	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315579
20	NC_013501	TGG	2	6	1291	1296	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315579
21	NC_013501	CAG	2	6	1401	1406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315579
22	NC_013501	CGG	2	6	1550	1555	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315579
23	NC_013501	AAT	2	6	1631	1636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	268315579
24	NC_013501	CTG	2	6	1761	1766	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315580
25	NC_013501	CGG	2	6	1777	1782	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315580
26	NC_013501	CCA	2	6	1807	1812	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315580
27	NC_013501	GCT	2	6	1970	1975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315580
28	NC_013501	CGA	2	6	2021	2026	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315580
29	NC_013501	ACC	2	6	2046	2051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315580
30	NC_013501	TGG	2	6	2071	2076	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315580
31	NC_013501	AGA	2	6	2167	2172	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315580
32	NC_013501	ATG	2	6	2211	2216	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268315580
33	NC_013501	TCT	2	6	2221	2226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268315580
34	NC_013501	GTG	2	6	2253	2258	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315580
35	NC_013501	TGG	2	6	2353	2358	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315580
36	NC_013501	GCC	2	6	2367	2372	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315580
37	NC_013501	CAT	2	6	2441	2446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315580
38	NC_013501	GCC	2	6	2449	2454	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315580
39	NC_013501	CGG	2	6	2508	2513	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315580
40	NC_013501	TGG	3	9	2515	2523	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315580
41	NC_013501	ACG	2	6	2680	2685	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315580
42	NC_013501	CGA	2	6	2750	2755	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315580
43	NC_013501	CGT	2	6	2991	2996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315581
44	NC_013501	GCA	2	6	3000	3005	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315581
45	NC_013501	CCT	2	6	3033	3038	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268315581
46	NC_013501	GAC	2	6	3050	3055	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315581
47	NC_013501	CAC	2	6	3070	3075	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315581
48	NC_013501	CCA	2	6	3078	3083	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315581
49	NC_013501	CGT	2	6	3114	3119	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315581
50	NC_013501	CCT	2	6	3174	3179	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268315581
51	NC_013501	CCA	2	6	3298	3303	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315581
52	NC_013501	TCC	2	6	3310	3315	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268315581
53	NC_013501	ACC	2	6	3332	3337	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315581
54	NC_013501	CTC	2	6	3496	3501	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268315581
55	NC_013501	CGG	2	6	3688	3693	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315581
56	NC_013501	TTC	2	6	3742	3747	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	268315581
57	NC_013501	GCA	2	6	3783	3788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315581
58	NC_013501	CGA	2	6	4066	4071	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315582
59	NC_013501	CGG	2	6	4104	4109	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315582
60	NC_013501	GCC	2	6	4118	4123	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315582
61	NC_013501	CAG	2	6	4152	4157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315582
62	NC_013501	CGG	3	9	4202	4210	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315582
63	NC_013501	AGC	2	6	4222	4227	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315582
64	NC_013501	GTC	2	6	4284	4289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315582
65	NC_013501	GGC	2	6	4403	4408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315582
66	NC_013501	GCT	2	6	4436	4441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315582
67	NC_013501	CAG	2	6	4524	4529	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315582
68	NC_013501	CCA	2	6	4577	4582	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315582
69	NC_013501	TCG	2	6	4645	4650	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315582
70	NC_013501	TGC	2	6	5229	5234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315583
71	NC_013501	GCG	2	6	5251	5256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315583
72	NC_013501	TGC	2	6	5259	5264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315583
73	NC_013501	CCG	2	6	5457	5462	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315584
74	NC_013501	GAA	2	6	5470	5475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315584
75	NC_013501	GGC	2	6	5492	5497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315584
76	NC_013501	ACG	2	6	5533	5538	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315584
77	NC_013501	GCG	2	6	5570	5575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315584
78	NC_013501	AAG	2	6	5704	5709	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315584
79	NC_013501	GAG	2	6	5990	5995	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315585
80	NC_013501	CAT	2	6	6088	6093	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315585
81	NC_013501	GCA	2	6	6109	6114	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315585
82	NC_013501	CTC	2	6	6116	6121	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	268315585
83	NC_013501	GCC	2	6	6140	6145	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315585
84	NC_013501	AAG	2	6	6164	6169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315585
85	NC_013501	TCG	2	6	6177	6182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315585
86	NC_013501	AAG	2	6	6188	6193	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315585
87	NC_013501	CGT	2	6	6244	6249	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315585
88	NC_013501	GGC	2	6	6263	6268	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315585
89	NC_013501	CCG	2	6	6304	6309	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315585
90	NC_013501	GAA	2	6	6332	6337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315585
91	NC_013501	TGA	2	6	6375	6380	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268315585
92	NC_013501	CGG	2	6	6415	6420	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315585
93	NC_013501	TCG	2	6	6459	6464	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315585
94	NC_013501	GTG	2	6	6467	6472	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315585
95	NC_013501	CAT	2	6	6517	6522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315585
96	NC_013501	TCG	2	6	6528	6533	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315585
97	NC_013501	ACG	3	9	6579	6587	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315585
98	NC_013501	AGC	2	6	6648	6653	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315585
99	NC_013501	GAA	2	6	6662	6667	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315585
100	NC_013501	GCC	2	6	6713	6718	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315585
101	NC_013501	ATG	2	6	6844	6849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	268315586
102	NC_013501	GAA	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315586
103	NC_013501	GCC	2	6	6892	6897	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315586
104	NC_013501	TCG	2	6	7010	7015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315586
105	NC_013501	GAG	2	6	7051	7056	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315586
106	NC_013501	GCA	2	6	7071	7076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315586
107	NC_013501	AGC	2	6	7097	7102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315586
108	NC_013501	CTG	2	6	7123	7128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315586
109	NC_013501	ACC	2	6	7228	7233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315586
110	NC_013501	ATC	2	6	7246	7251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315586
111	NC_013501	GTC	2	6	7294	7299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315586
112	NC_013501	GCC	2	6	7348	7353	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315586
113	NC_013501	GGA	2	6	7389	7394	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315586
114	NC_013501	TGC	2	6	7511	7516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315586
115	NC_013501	TCA	2	6	7529	7534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315586
116	NC_013501	CGC	2	6	7539	7544	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315586
117	NC_013501	CAG	2	6	7567	7572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315586
118	NC_013501	AAC	2	6	7776	7781	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268315587
119	NC_013501	CCG	2	6	7799	7804	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315587
120	NC_013501	GCG	2	6	7822	7827	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315587
121	NC_013501	GGT	2	6	7901	7906	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315587
122	NC_013501	CGG	3	9	7937	7945	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315587
123	NC_013501	CCA	2	6	8020	8025	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315587
124	NC_013501	GTG	2	6	8163	8168	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315587
125	NC_013501	CAC	2	6	8201	8206	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315587
126	NC_013501	GCC	3	9	8214	8222	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315587
127	NC_013501	TGC	2	6	8251	8256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315587
128	NC_013501	CAC	2	6	8324	8329	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315587
129	NC_013501	CAT	2	6	8414	8419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315587
130	NC_013501	GCG	2	6	8464	8469	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315587
131	NC_013501	CGC	2	6	8503	8508	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315587
132	NC_013501	TGG	2	6	8564	8569	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315588
133	NC_013501	GAC	2	6	8602	8607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315588
134	NC_013501	CGC	2	6	8729	8734	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315588
135	NC_013501	CAT	2	6	8826	8831	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315588
136	NC_013501	ACG	2	6	8861	8866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315588
137	NC_013501	CAT	2	6	8871	8876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315588
138	NC_013501	GCC	2	6	8929	8934	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315588
139	NC_013501	AGG	2	6	9011	9016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315588
140	NC_013501	CGC	2	6	9045	9050	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315588
141	NC_013501	AGG	2	6	9116	9121	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315588
142	NC_013501	CAA	2	6	9430	9435	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	268315589
143	NC_013501	GGC	2	6	9499	9504	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315589
144	NC_013501	CTG	2	6	9677	9682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315589
145	NC_013501	GAC	2	6	9725	9730	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315589
146	NC_013501	CGC	2	6	9791	9796	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315589
147	NC_013501	CTG	2	6	9809	9814	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315589
148	NC_013501	CTG	2	6	9932	9937	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315589
149	NC_013501	TGC	2	6	9981	9986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315589
150	NC_013501	GCC	3	9	10080	10088	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315589
151	NC_013501	ACG	2	6	10146	10151	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315589
152	NC_013501	CTG	2	6	10163	10168	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315589
153	NC_013501	AGA	2	6	10183	10188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	268315589
154	NC_013501	AGG	2	6	10305	10310	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315590
155	NC_013501	CCA	2	6	10341	10346	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315590
156	NC_013501	TAC	2	6	10385	10390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315590
157	NC_013501	CGG	2	6	10412	10417	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315590
158	NC_013501	GAG	2	6	10448	10453	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315590
159	NC_013501	ACC	2	6	10512	10517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	268315590
160	NC_013501	TGC	2	6	10521	10526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315590
161	NC_013501	GCC	2	6	10600	10605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315590
162	NC_013501	GAC	2	6	10652	10657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315590
163	NC_013501	GTG	2	6	10724	10729	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315590
164	NC_013501	ACG	2	6	10734	10739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315590
165	NC_013501	GGC	2	6	10890	10895	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	268315591
166	NC_013501	GTC	2	6	10939	10944	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315591
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169	NC_013501	TCG	2	6	11012	11017	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315591
170	NC_013501	CGT	2	6	11088	11093	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315591
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250	NC_013501	ATT	2	6	15172	15177	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	268315593
251	NC_013501	GCT	2	6	15331	15336	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315593
252	NC_013501	GAG	2	6	15415	15420	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	268315593
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254	NC_013501	AGC	2	6	15599	15604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315593
255	NC_013501	TCA	2	6	15638	15643	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315593
256	NC_013501	CGA	2	6	15744	15749	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315593
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258	NC_013501	CGC	2	6	16058	16063	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	268315594
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378	NC_013501	GTC	2	6	23452	23457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315602
379	NC_013501	GGT	2	6	23505	23510	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	268315602
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381	NC_013501	CGT	2	6	23532	23537	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315602
382	NC_013501	ATC	2	6	23648	23653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	268315602
383	NC_013501	CAG	2	6	23704	23709	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315602
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499	NC_013501	GCA	2	6	30042	30047	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	268315609
500	NC_013501	GCT	2	6	30102	30107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	268315609

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