MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Aggregatibacter actinomycetemcomitans D11S-1 chromosome

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013416	CGCTTT	2	12	89555	89566	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_013416	TCTTTC	4	24	89713	89736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_013416	CGTCTT	2	12	89891	89902	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_013416	ATTTCA	2	12	90691	90702	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013416	CTCTGT	2	12	92542	92553	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013416	CTTTCG	2	12	92572	92583	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013416	GCCTTC	2	12	94208	94219	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_013416	AAGTAC	2	12	94849	94860	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_013416	TTTATT	2	12	99253	99264	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013416	GACAGT	2	12	139891	139902	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_013416	CGGCAT	2	12	177311	177322	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013416	ATTGTC	2	12	202908	202919	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_013416	TTTGAA	2	12	203395	203406	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013416	TTTATC	2	12	237537	237548	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_013416	CGCTTT	2	12	238590	238601	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_013416	TCTTTC	4	24	238748	238771	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013416	CGTCTT	2	12	238926	238937	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_013416	ATTTCA	2	12	239731	239742	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_013416	CTCTGT	2	12	241582	241593	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_013416	CTTTCG	2	12	241612	241623	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013416	GCCTTC	2	12	243248	243259	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_013416	AAGTAC	2	12	243889	243900	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_013416	GTAAGA	2	12	257413	257424	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013416	TGCAAT	2	12	259156	259167	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_013416	AAATTC	2	12	265143	265154	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_013416	AATAAA	2	12	281374	281385	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013416	TAAATT	2	12	290666	290677	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013416	ATAGTG	2	12	319381	319392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013416	TTTTTA	2	12	327910	327921	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013416	TTAGTT	2	12	362108	362119	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013416	ATGTTA	2	12	369558	369569	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013416	GACTGT	2	12	381858	381869	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_013416	CAAAAG	2	12	408464	408475	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_013416	TAAAAT	2	12	455366	455377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013416	TTTAGG	2	12	473172	473183	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013416	TGGTCT	2	12	511737	511748	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_013416	GTACTT	2	12	524667	524678	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_013416	CGAAGG	2	12	525307	525318	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013416	CAAAAG	2	12	526187	526198	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_013416	AGCGAA	2	12	526756	526767	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_013416	GACAGA	2	12	526787	526798	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_013416	TGAAAT	2	12	528639	528650	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013416	AAGACG	2	12	529444	529455	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_013416	AGAGAA	4	24	529607	529630	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013416	GAAAGC	2	12	529779	529790	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_013416	TCGCAA	2	12	538168	538179	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_013416	AGCAAG	2	12	660887	660898	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_013416	AAGCAA	2	12	666678	666689	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_013416	TGGTTT	2	12	675434	675445	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013416	AATTTT	2	12	716887	716898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013416	GGTAAA	2	12	724947	724958	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013416	TGTATC	2	12	833887	833898	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_013416	GTACTT	2	12	862170	862181	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_013416	CGAAGG	2	12	862810	862821	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013416	CAAAAG	2	12	863690	863701	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_013416	AGCGAA	2	12	864259	864270	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_013416	GACAGA	2	12	864290	864301	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_013416	TGAAAT	2	12	866142	866153	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013416	AAGACG	2	12	866947	866958	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_013416	AGAGAA	4	24	867110	867133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013416	GAAAGC	2	12	867282	867293	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_013416	AGAGAA	2	12	980995	981006	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013416	TTTTTA	2	12	1019815	1019826	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013416	CAAAAG	2	12	1049809	1049820	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_013416	ATTTTT	2	12	1085598	1085609	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013416	CACTTT	2	12	1141670	1141681	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_013416	TGATCA	2	12	1187041	1187052	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_013416	AAACGT	2	12	1200200	1200211	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_013416	TTAGTA	2	12	1200248	1200259	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013416	GAAAAA	2	12	1201670	1201681	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013416	CTCAAG	2	12	1301818	1301829	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_013416	TTTATT	2	12	1312968	1312979	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013416	TATTTA	2	12	1338919	1338930	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013416	AATAAA	2	12	1354236	1354247	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013416	CGCTTT	2	12	1377491	1377502	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_013416	TCTTTC	3	18	1377649	1377666	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_013416	CGTCTT	2	12	1377821	1377832	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_013416	ATTTCA	2	12	1378626	1378637	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_013416	CTCTGT	2	12	1380477	1380488	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_013416	CTTTCG	2	12	1380507	1380518	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_013416	GCCTTC	2	12	1382143	1382154	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
82	NC_013416	AAGTAC	2	12	1382784	1382795	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_013416	GATCAC	2	12	1408792	1408803	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_013416	ATTCAC	2	12	1459661	1459672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_013416	CGCTTT	2	12	1463757	1463768	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_013416	TCTTTC	3	18	1463915	1463932	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_013416	CGTCTT	2	12	1464087	1464098	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013416	ATTTCA	2	12	1464889	1464900	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_013416	CTCTGT	2	12	1466740	1466751	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_013416	CTTTCG	2	12	1466770	1466781	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_013416	CTTTTG	2	12	1467341	1467352	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_013416	GCCTTC	2	12	1468220	1468231	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_013416	AAGTAC	2	12	1468861	1468872	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_013416	AGAATT	2	12	1469130	1469141	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013416	TCGAAA	2	12	1524213	1524224	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_013416	AATTGT	2	12	1529610	1529621	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013416	TTATCA	2	12	1548625	1548636	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_013416	TAGAAA	2	12	1574031	1574042	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013416	ATCACA	2	12	1654139	1654150	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013416	ACAATA	2	12	1676899	1676910	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_013416	ATTATA	2	12	1742048	1742059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013416	AAAAAG	2	12	1762345	1762356	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013416	GAAAAA	2	12	1777903	1777914	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013416	TAAATT	2	12	1852386	1852397	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013416	GAATAA	2	12	1861489	1861500	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013416	TCTTAC	2	12	1900797	1900808	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_013416	TATAAA	2	12	1916676	1916687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013416	CGGATT	2	12	2102494	2102505	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.