MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Escherichia coli O26:H11 str. 11368 plasmid pO26_1

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013369	TGTTA	2	10	4470	4479	20 %	60 %	20 %	0 %	260763805
2	NC_013369	CAGGT	2	10	4813	4822	20 %	20 %	40 %	20 %	260763805
3	NC_013369	AGAAC	2	10	5521	5530	60 %	0 %	20 %	20 %	260763805
4	NC_013369	TCTCT	2	10	5898	5907	0 %	60 %	0 %	40 %	260763806
5	NC_013369	CAGAA	2	10	6285	6294	60 %	0 %	20 %	20 %	260763806
6	NC_013369	AATGG	2	10	7242	7251	40 %	20 %	40 %	0 %	260763807
7	NC_013369	TAAAA	2	10	7858	7867	80 %	20 %	0 %	0 %	260763808
8	NC_013369	GACCA	2	10	15124	15133	40 %	0 %	20 %	40 %	260763816
9	NC_013369	GGGAA	2	10	15545	15554	40 %	0 %	60 %	0 %	260763817
10	NC_013369	CGGTG	2	10	17268	17277	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013369	GCCGC	2	10	21413	21422	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
12	NC_013369	CAAAT	2	10	22468	22477	60 %	20 %	0 %	20 %	260763821
13	NC_013369	ACTTA	2	10	23353	23362	40 %	40 %	0 %	20 %	260763821
14	NC_013369	TTTCT	2	10	23683	23692	0 %	80 %	0 %	20 %	260763821
15	NC_013369	ATTTA	2	10	23695	23704	40 %	60 %	0 %	0 %	260763821
16	NC_013369	ATAAA	2	10	24136	24145	80 %	20 %	0 %	0 %	260763821
17	NC_013369	TGTAG	2	10	24515	24524	20 %	40 %	40 %	0 %	260763821
18	NC_013369	ATTTT	2	10	26528	26537	20 %	80 %	0 %	0 %	260763821
19	NC_013369	CTTTC	2	10	27220	27229	0 %	60 %	0 %	40 %	260763821
20	NC_013369	ATGCA	2	10	27376	27385	40 %	20 %	20 %	20 %	260763821
21	NC_013369	CGTTT	2	10	28302	28311	0 %	60 %	20 %	20 %	260763821
22	NC_013369	CTGAT	2	10	30046	30055	20 %	40 %	20 %	20 %	260763821
23	NC_013369	AATGG	2	10	30941	30950	40 %	20 %	40 %	0 %	260763821
24	NC_013369	GCCCA	2	10	34256	34265	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_013369	ATTCC	2	10	38382	38391	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_013369	GTGAT	2	10	38526	38535	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013369	TATGT	2	10	41355	41364	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013369	TTCCC	2	10	43497	43506	0 %	40 %	0 %	60 %	260763825
29	NC_013369	CTGGT	2	10	43917	43926	0 %	40 %	40 %	20 %	260763826
30	NC_013369	GAAGA	2	10	48575	48584	60 %	0 %	40 %	0 %	260763830
31	NC_013369	AATAA	2	10	52321	52330	80 %	20 %	0 %	0 %	260763833
32	NC_013369	CATTA	2	10	52552	52561	40 %	40 %	0 %	20 %	260763833
33	NC_013369	GCCAG	2	10	52941	52950	20 %	0 %	40 %	40 %	260763833
34	NC_013369	GGCGT	2	10	53449	53458	0 %	20 %	60 %	20 %	260763834
35	NC_013369	CGCGG	2	10	54253	54262	0 %	0 %	60 %	40 %	260763835
36	NC_013369	ACGGG	2	10	54304	54313	20 %	0 %	60 %	20 %	260763835
37	NC_013369	CCGGC	2	10	54917	54926	0 %	0 %	40 %	60 %	260763836
38	NC_013369	GCTGG	2	10	54949	54958	0 %	20 %	60 %	20 %	260763836
39	NC_013369	CTGGT	2	10	56925	56934	0 %	40 %	40 %	20 %	260763840
40	NC_013369	GGCAC	2	10	58146	58155	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_013369	TGACC	2	10	58274	58283	20 %	20 %	20 %	40 %	260763841
42	NC_013369	CCGTG	2	10	59281	59290	0 %	20 %	40 %	40 %	260763842
43	NC_013369	GTTAC	2	10	60579	60588	20 %	40 %	20 %	20 %	260763845
44	NC_013369	CTGAA	2	10	61148	61157	40 %	20 %	20 %	20 %	260763845
45	NC_013369	GAGCA	2	10	61220	61229	40 %	0 %	40 %	20 %	260763846
46	NC_013369	TTTAT	2	10	61733	61742	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013369	TTACG	2	10	66020	66029	20 %	40 %	20 %	20 %	260763852
48	NC_013369	GACCA	2	10	71307	71316	40 %	0 %	20 %	40 %	260763855
49	NC_013369	GGGAA	2	10	71728	71737	40 %	0 %	60 %	0 %	260763856
50	NC_013369	TACCA	2	10	80867	80876	40 %	20 %	0 %	40 %	260763863
51	NC_013369	ATACA	2	10	81074	81083	60 %	20 %	0 %	20 %	260763863
52	NC_013369	TATAA	2	10	84971	84980	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.