MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli O111:H- str. 11128 plasmid pO111_1

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013365	GAAATG	2	12	6461	6472	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260752020
2	NC_013365	GCAACA	2	12	9053	9064	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	260752023
3	NC_013365	AGGAAA	2	12	11502	11513	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260752024
4	NC_013365	TGGCTG	2	12	19347	19358	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	260752031
5	NC_013365	AATATC	2	12	22848	22859	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	260752035
6	NC_013365	CTTGTT	2	12	22979	22990	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	260752035
7	NC_013365	GCAGAA	2	12	42218	42229	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	260752048
8	NC_013365	CAAACA	2	12	48540	48551	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260752053
9	NC_013365	GTTCCG	2	12	53153	53164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260752058
10	NC_013365	TCAATA	2	12	58607	58618	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	260752063
11	NC_013365	GGATGC	2	12	59341	59352	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	260752064
12	NC_013365	GTATCC	2	12	61561	61572	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	260752067
13	NC_013365	GTGTCT	2	12	64365	64376	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	260752072
14	NC_013365	CAGCGG	2	12	71277	71288	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	260752081
15	NC_013365	ATGCGG	2	12	74988	74999	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	260752087
16	NC_013365	AATGAA	2	12	79068	79079	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260752092
17	NC_013365	GTCAGT	2	12	83524	83535	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260752098
18	NC_013365	GGTCTT	2	12	97451	97462	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	260752113
19	NC_013365	TGGATT	2	12	97796	97807	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	260752113
20	NC_013365	CTGGTC	2	12	99993	100004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260752117
21	NC_013365	AGGTAA	2	12	104176	104187	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260752123
22	NC_013365	ATACTC	2	12	114453	114464	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260752133
23	NC_013365	GCCTTA	2	12	118772	118783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	260752135
24	NC_013365	CCGCGC	2	12	126913	126924	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	260752146
25	NC_013365	TTTTCT	2	12	133574	133585	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	260752151
26	NC_013365	GACTAT	2	12	134240	134251	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260752152
27	NC_013365	GCAGAA	2	12	139045	139056	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	260752159
28	NC_013365	GAAAAA	2	12	144967	144978	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260752162
29	NC_013365	ATTAAT	2	12	150387	150398	50 %	50 %	0 %	0 %	260752167
30	NC_013365	ACAAAC	2	12	160819	160830	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260752178
31	NC_013365	CATTTT	2	12	161442	161453	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	260752179
32	NC_013365	CTCTTC	2	12	163330	163341	0 %	50 %	0 %	50 %	260752181
33	NC_013365	GTGTAT	2	12	177425	177436	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	260752206
34	NC_013365	TGGCTA	2	12	188974	188985	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260752221
35	NC_013365	CCTGTA	2	12	191608	191619	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	260752223
36	NC_013365	ACCCAG	2	12	193666	193677	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	260752226
37	NC_013365	GTTAGC	2	12	201671	201682	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260752231
38	NC_013365	GTAAAA	2	12	202229	202240	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260752232
39	NC_013365	TATTCC	2	12	203722	203733	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	260752234
40	NC_013365	GCAAGA	2	12	203817	203828	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	260752234

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.