MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli O111:H- str. 11128 plasmid pO111_1

Total Repeats: 111

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013365	ACTAC	2	10	1129	1138	40 %	20 %	0 %	40 %	260752014
2	NC_013365	ATAAC	2	10	1293	1302	60 %	20 %	0 %	20 %	260752014
3	NC_013365	AACCT	2	10	2480	2489	40 %	20 %	0 %	40 %	260752015
4	NC_013365	ATTCT	2	10	2704	2713	20 %	60 %	0 %	20 %	260752016
5	NC_013365	TCCCC	2	10	7825	7834	0 %	20 %	0 %	80 %	260752022
6	NC_013365	AATGA	2	10	8157	8166	60 %	20 %	20 %	0 %	260752023
7	NC_013365	GCAGT	2	10	8421	8430	20 %	20 %	40 %	20 %	260752023
8	NC_013365	GCTTT	2	10	11674	11683	0 %	60 %	20 %	20 %	260752024
9	NC_013365	GCTCT	2	10	14960	14969	0 %	40 %	20 %	40 %	260752025
10	NC_013365	TTACA	2	10	15192	15201	40 %	40 %	0 %	20 %	260752026
11	NC_013365	TCAGA	2	10	16944	16953	40 %	20 %	20 %	20 %	260752028
12	NC_013365	GTAAG	2	10	17136	17145	40 %	20 %	40 %	0 %	260752028
13	NC_013365	GCAAG	2	10	29699	29708	40 %	0 %	40 %	20 %	260752039
14	NC_013365	GAAGA	2	10	30521	30530	60 %	0 %	40 %	0 %	260752039
15	NC_013365	GTTCA	2	10	32868	32877	20 %	40 %	20 %	20 %	260752041
16	NC_013365	ACTGG	2	10	34489	34498	20 %	20 %	40 %	20 %	260752041
17	NC_013365	CATGA	2	10	38793	38802	40 %	20 %	20 %	20 %	260752044
18	NC_013365	TGAAC	2	10	44511	44520	40 %	20 %	20 %	20 %	260752049
19	NC_013365	CAGAT	2	10	44885	44894	40 %	20 %	20 %	20 %	260752049
20	NC_013365	GAGCA	2	10	44966	44975	40 %	0 %	40 %	20 %	260752049
21	NC_013365	CTGAT	2	10	45531	45540	20 %	40 %	20 %	20 %	260752050
22	NC_013365	TCAAA	2	10	46580	46589	60 %	20 %	0 %	20 %	260752051
23	NC_013365	GATGG	2	10	47525	47534	20 %	20 %	60 %	0 %	260752052
24	NC_013365	GAAGA	2	10	50947	50956	60 %	0 %	40 %	0 %	260752056
25	NC_013365	CTTTT	2	10	55403	55412	0 %	80 %	0 %	20 %	260752060
26	NC_013365	AGTTC	2	10	57549	57558	20 %	40 %	20 %	20 %	260752062
27	NC_013365	ATCAA	2	10	57592	57601	60 %	20 %	0 %	20 %	260752062
28	NC_013365	ACGTT	2	10	60704	60713	20 %	40 %	20 %	20 %	260752065
29	NC_013365	AAGGG	2	10	62998	63007	40 %	0 %	60 %	0 %	260752070
30	NC_013365	CACGA	2	10	63467	63476	40 %	0 %	20 %	40 %	260752071
31	NC_013365	CTGAC	2	10	63941	63950	20 %	20 %	20 %	40 %	260752071
32	NC_013365	GTGTT	2	10	64410	64419	0 %	60 %	40 %	0 %	260752072
33	NC_013365	AAAAC	2	10	65097	65106	80 %	0 %	0 %	20 %	260752072
34	NC_013365	CAGGC	2	10	66497	66506	20 %	0 %	40 %	40 %	260752074
35	NC_013365	GTGTC	2	10	69258	69267	0 %	40 %	40 %	20 %	260752078
36	NC_013365	GAAGC	2	10	72584	72593	40 %	0 %	40 %	20 %	260752082
37	NC_013365	GCAGT	2	10	72643	72652	20 %	20 %	40 %	20 %	260752082
38	NC_013365	TCTGT	2	10	79156	79165	0 %	60 %	20 %	20 %	260752092
39	NC_013365	TCAGC	2	10	80022	80031	20 %	20 %	20 %	40 %	260752093
40	NC_013365	GTGTG	2	10	85377	85386	0 %	40 %	60 %	0 %	260752099
41	NC_013365	TAGCC	2	10	85536	85545	20 %	20 %	20 %	40 %	260752100
42	NC_013365	ACTTC	2	10	89481	89490	20 %	40 %	0 %	40 %	260752104
43	NC_013365	AAGCC	2	10	89694	89703	40 %	0 %	20 %	40 %	260752104
44	NC_013365	ATGGC	2	10	90190	90199	20 %	20 %	40 %	20 %	260752106
45	NC_013365	AACAT	2	10	91562	91571	60 %	20 %	0 %	20 %	260752107
46	NC_013365	ACACC	2	10	91856	91865	40 %	0 %	0 %	60 %	260752107
47	NC_013365	CAATC	2	10	92064	92073	40 %	20 %	0 %	40 %	260752107
48	NC_013365	ATTGG	2	10	95013	95022	20 %	40 %	40 %	0 %	260752110
49	NC_013365	AAGGA	2	10	95080	95089	60 %	0 %	40 %	0 %	260752110
50	NC_013365	ACTTT	2	10	96591	96600	20 %	60 %	0 %	20 %	260752112
51	NC_013365	ATCTA	2	10	96602	96611	40 %	40 %	0 %	20 %	260752112
52	NC_013365	CTTGG	2	10	96873	96882	0 %	40 %	40 %	20 %	260752113
53	NC_013365	CGGCG	2	10	99857	99866	0 %	0 %	60 %	40 %	260752117
54	NC_013365	GGGCT	2	10	100479	100488	0 %	20 %	60 %	20 %	260752119
55	NC_013365	CGGCC	2	10	100616	100625	0 %	0 %	40 %	60 %	260752119
56	NC_013365	GGCCT	2	10	100689	100698	0 %	20 %	40 %	40 %	260752119
57	NC_013365	CGGAC	2	10	100751	100760	20 %	0 %	40 %	40 %	260752119
58	NC_013365	CGCAG	2	10	102796	102805	20 %	0 %	40 %	40 %	260752121
59	NC_013365	TGCTC	2	10	105683	105692	0 %	40 %	20 %	40 %	260752124
60	NC_013365	AGGCC	2	10	105872	105881	20 %	0 %	40 %	40 %	260752124
61	NC_013365	CATCT	2	10	106746	106755	20 %	40 %	0 %	40 %	260752125
62	NC_013365	TGCTC	2	10	107543	107552	0 %	40 %	20 %	40 %	260752126
63	NC_013365	AGGCC	2	10	107732	107741	20 %	0 %	40 %	40 %	260752126
64	NC_013365	CTCCC	2	10	108506	108515	0 %	20 %	0 %	80 %	260752127
65	NC_013365	AAGGC	2	10	108738	108747	40 %	0 %	40 %	20 %	260752128
66	NC_013365	CCAGC	2	10	110751	110760	20 %	0 %	20 %	60 %	260752130
67	NC_013365	ACGTC	2	10	111416	111425	20 %	20 %	20 %	40 %	260752130
68	NC_013365	GGCCT	2	10	112364	112373	0 %	20 %	40 %	40 %	260752131
69	NC_013365	GAGCA	2	10	112553	112562	40 %	0 %	40 %	20 %	260752131
70	NC_013365	TGCTC	2	10	115485	115494	0 %	40 %	20 %	40 %	260752134
71	NC_013365	AGGCC	2	10	115674	115683	20 %	0 %	40 %	40 %	260752134
72	NC_013365	CTGGC	2	10	118619	118628	0 %	20 %	40 %	40 %	260752135
73	NC_013365	CGCCC	2	10	119118	119127	0 %	0 %	20 %	80 %	260752136
74	NC_013365	GTTTC	2	10	127372	127381	0 %	60 %	20 %	20 %	260752146
75	NC_013365	CTGCC	2	10	129601	129610	0 %	20 %	20 %	60 %	260752146
76	NC_013365	TAATT	2	10	133760	133769	40 %	60 %	0 %	0 %	260752151
77	NC_013365	ATGGA	2	10	136749	136758	40 %	20 %	40 %	0 %	260752156
78	NC_013365	ATCCC	2	10	139244	139253	20 %	20 %	0 %	60 %	260752160
79	NC_013365	GCGTC	2	10	142098	142107	0 %	20 %	40 %	40 %	260752160
80	NC_013365	AACGA	2	10	142588	142597	60 %	0 %	20 %	20 %	260752160
81	NC_013365	TACCT	2	10	151186	151195	20 %	40 %	0 %	40 %	260752167
82	NC_013365	TGCAT	2	10	152334	152343	20 %	40 %	20 %	20 %	260752167
83	NC_013365	CCCAG	2	10	153211	153220	20 %	0 %	20 %	60 %	260752168
84	NC_013365	ACCTC	2	10	153273	153282	20 %	20 %	0 %	60 %	260752168
85	NC_013365	GCAAC	2	10	155055	155064	40 %	0 %	20 %	40 %	260752169
86	NC_013365	ACGTT	2	10	156064	156073	20 %	40 %	20 %	20 %	260752170
87	NC_013365	CATTT	2	10	156824	156833	20 %	60 %	0 %	20 %	260752171
88	NC_013365	ATGCA	2	10	157116	157125	40 %	20 %	20 %	20 %	260752171
89	NC_013365	TCGCT	2	10	157346	157355	0 %	40 %	20 %	40 %	260752171
90	NC_013365	AGATC	2	10	161119	161128	40 %	20 %	20 %	20 %	260752178
91	NC_013365	GGTGG	2	10	162599	162608	0 %	20 %	80 %	0 %	260752181
92	NC_013365	ACTAA	2	10	170359	170368	60 %	20 %	0 %	20 %	260752196
93	NC_013365	GTCAT	2	10	170777	170786	20 %	40 %	20 %	20 %	260752197
94	NC_013365	ATTTT	2	10	171896	171905	20 %	80 %	0 %	0 %	260752199
95	NC_013365	CAGAT	2	10	172180	172189	40 %	20 %	20 %	20 %	260752200
96	NC_013365	CTCAT	2	10	172331	172340	20 %	40 %	0 %	40 %	260752200
97	NC_013365	TGCGG	2	10	178695	178704	0 %	20 %	60 %	20 %	260752207
98	NC_013365	CATGC	2	10	182780	182789	20 %	20 %	20 %	40 %	260752212
99	NC_013365	TGCTC	2	10	184647	184656	0 %	40 %	20 %	40 %	260752216
100	NC_013365	AAGGC	2	10	185551	185560	40 %	0 %	40 %	20 %	260752218
101	NC_013365	GAAGA	2	10	185763	185772	60 %	0 %	40 %	0 %	260752218
102	NC_013365	GTCAT	2	10	186864	186873	20 %	40 %	20 %	20 %	260752220
103	NC_013365	TTCAG	2	10	186993	187002	20 %	40 %	20 %	20 %	260752220
104	NC_013365	GATGT	2	10	187945	187954	20 %	40 %	40 %	0 %	260752220
105	NC_013365	ATTTC	2	10	188695	188704	20 %	60 %	0 %	20 %	260752220
106	NC_013365	ACACC	2	10	189358	189367	40 %	0 %	0 %	60 %	260752221
107	NC_013365	CATTT	2	10	191401	191410	20 %	60 %	0 %	20 %	260752223
108	NC_013365	GGTTT	2	10	194192	194201	0 %	60 %	40 %	0 %	260752226
109	NC_013365	TAAGC	2	10	198175	198184	40 %	20 %	20 %	20 %	260752228
110	NC_013365	TCGCG	2	10	199640	199649	0 %	20 %	40 %	40 %	260752229
111	NC_013365	TTGAA	2	10	200613	200622	40 %	40 %	20 %	0 %	260752230

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.