MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Escherichia coli O26:H11 str. 11368 plasmid pO26_2

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013362	AGATG	2	10	3903	3912	40 %	20 %	40 %	0 %	260751934
2	NC_013362	TCACT	2	10	5978	5987	20 %	40 %	0 %	40 %	260751937
3	NC_013362	AATAA	2	10	6084	6093	80 %	20 %	0 %	0 %	260751937
4	NC_013362	CATTA	2	10	6315	6324	40 %	40 %	0 %	20 %	260751937
5	NC_013362	GCCAG	2	10	6704	6713	20 %	0 %	40 %	40 %	260751937
6	NC_013362	ACGGG	2	10	8233	8242	20 %	0 %	60 %	20 %	260751939
7	NC_013362	GCTGG	2	10	8877	8886	0 %	20 %	60 %	20 %	260751940
8	NC_013362	CCGCC	2	10	10543	10552	0 %	0 %	20 %	80 %	260751943
9	NC_013362	GGCAC	2	10	11012	11021	20 %	0 %	40 %	40 %	260751944
10	NC_013362	ACCGT	2	10	11302	11311	20 %	20 %	20 %	40 %	260751945
11	NC_013362	TGTAC	2	10	11537	11546	20 %	40 %	20 %	20 %	260751946
12	NC_013362	GGAAG	2	10	12212	12221	40 %	0 %	60 %	0 %	260751948
13	NC_013362	CCGGG	2	10	13655	13664	0 %	0 %	60 %	40 %	260751951
14	NC_013362	AAGTG	2	10	17893	17902	40 %	20 %	40 %	0 %	260751955
15	NC_013362	ACTGA	2	10	19205	19214	40 %	20 %	20 %	20 %	260751956
16	NC_013362	GCAGA	2	10	20035	20044	40 %	0 %	40 %	20 %	260751957
17	NC_013362	CATTC	2	10	20093	20102	20 %	40 %	0 %	40 %	260751957
18	NC_013362	CCGTG	2	10	28087	28096	0 %	20 %	40 %	40 %	260751972
19	NC_013362	GCCCG	2	10	28602	28611	0 %	0 %	40 %	60 %	260751973
20	NC_013362	AGAGC	2	10	29438	29447	40 %	0 %	40 %	20 %	260751973
21	NC_013362	ATGCC	2	10	29623	29632	20 %	20 %	20 %	40 %	260751974
22	NC_013362	AAATG	2	10	30027	30036	60 %	20 %	20 %	0 %	260751974
23	NC_013362	TCAGT	2	10	31078	31087	20 %	40 %	20 %	20 %	260751977
24	NC_013362	ACAGA	2	10	31412	31421	60 %	0 %	20 %	20 %	260751978
25	NC_013362	ATGCA	2	10	31990	31999	40 %	20 %	20 %	20 %	260751979
26	NC_013362	ATGAA	2	10	32388	32397	60 %	20 %	20 %	0 %	260751980
27	NC_013362	GAAAT	2	10	32634	32643	60 %	20 %	20 %	0 %	260751981
28	NC_013362	TCTGA	2	10	33558	33567	20 %	40 %	20 %	20 %	260751982
29	NC_013362	GAAGC	2	10	36506	36515	40 %	0 %	40 %	20 %	260751984
30	NC_013362	TGTTC	2	10	37133	37142	0 %	60 %	20 %	20 %	260751985
31	NC_013362	AGTCC	2	10	37198	37207	20 %	20 %	20 %	40 %	260751985
32	NC_013362	GGCGA	2	10	40339	40348	20 %	0 %	60 %	20 %	260751989
33	NC_013362	GCTGG	2	10	45511	45520	0 %	20 %	60 %	20 %	260751998
34	NC_013362	GCAGT	2	10	47112	47121	20 %	20 %	40 %	20 %	260751998
35	NC_013362	TGGTC	2	10	50553	50562	0 %	40 %	40 %	20 %	260752002
36	NC_013362	GTGCT	2	10	51452	51461	0 %	40 %	40 %	20 %	260752002
37	NC_013362	GACCT	2	10	52869	52878	20 %	20 %	20 %	40 %	260752003
38	NC_013362	ACCTG	2	10	57656	57665	20 %	20 %	20 %	40 %	260752003
39	NC_013362	TCTGG	2	10	57993	58002	0 %	40 %	40 %	20 %	260752004
40	NC_013362	GTGTT	2	10	62419	62428	0 %	60 %	40 %	0 %	260752010

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.