MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 471

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	GATTTA	2	12	23045	23056	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013315	TATTTT	2	12	31199	31210	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013315	TATGTT	2	12	32916	32927	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_013315	ATATGA	2	12	34443	34454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_013315	TTATTT	2	12	57084	57095	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013315	AATATA	2	12	72913	72924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013315	TATAGA	2	12	80992	81003	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_013315	AATATA	2	12	104686	104697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013315	TATTTT	2	12	127787	127798	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013315	AAAATA	2	12	152888	152899	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013315	AAGAAT	2	12	156356	156367	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013315	TAAATA	2	12	186275	186286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013315	AAATTT	2	12	195832	195843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013315	TAAATA	2	12	207012	207023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013315	AAAATT	2	12	207042	207053	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013315	ATATTA	2	12	207240	207251	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013315	GTTTTT	2	12	208099	208110	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_013315	TAGTTT	2	12	208348	208359	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013315	TGTATT	2	12	208934	208945	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013315	GAAATT	2	12	215457	215468	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013315	ATTTTG	2	12	215803	215814	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013315	TCCTAT	2	12	218762	218773	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013315	AATTTA	2	12	220971	220982	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013315	TTAAAT	2	12	232460	232471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013315	TAACAT	2	12	243331	243342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_013315	TAAAAA	2	12	244020	244031	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013315	AAATAT	2	12	247509	247520	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013315	GAAGCA	2	12	253456	253467	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_013315	TATACC	2	12	253638	253649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013315	AAGTAA	2	12	275348	275359	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013315	ATATGA	2	12	308632	308643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013315	TTGAAT	2	12	337167	337178	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013315	AAATAA	2	12	343136	343147	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013315	TATTTA	2	12	371297	371308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013315	TTTAAT	2	12	374341	374352	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013315	ATTTTT	2	12	395382	395393	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013315	ATAATT	2	12	398181	398192	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_013315	AGTAAA	2	12	407478	407489	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013315	ATTTTA	2	12	422094	422105	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013315	TAAATT	2	12	439259	439270	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013315	TTTAAT	2	12	462950	462961	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013315	TTTATA	2	12	474916	474927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013315	ATATAG	2	12	488299	488310	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013315	AGTAAT	2	12	493929	493940	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013315	TTATTT	2	12	494120	494131	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013315	TTAGAA	2	12	528079	528090	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013315	TTAAAA	2	12	538375	538386	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013315	TTTTTA	2	12	548360	548371	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013315	AGTATC	2	12	557677	557688	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_013315	AAAGTA	2	12	574343	574354	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_013315	TAAATT	2	12	577725	577736	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013315	ATTAAA	2	12	586212	586223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013315	AAAATT	2	12	586388	586399	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013315	CATATT	2	12	589349	589360	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_013315	GAAGAG	2	12	602190	602201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013315	GTATTT	2	12	602298	602309	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013315	TGAAGA	2	12	607580	607591	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013315	AAAAGA	2	12	608105	608116	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_013315	CATAAC	2	12	610416	610427	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_013315	AAATAA	2	12	623013	623024	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013315	TAAAAA	2	12	623287	623298	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013315	TAATTC	2	12	623479	623490	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_013315	GTTACA	2	12	626631	626642	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_013315	ATTAAT	2	12	626760	626771	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013315	AGTTTT	2	12	636463	636474	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013315	ATTATA	2	12	637831	637842	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_013315	AAAAGA	2	12	639843	639854	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013315	GAAAAT	2	12	649659	649670	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013315	GAAAAA	2	12	651502	651513	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013315	AAAATT	2	12	653850	653861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_013315	GTAAAA	2	12	658668	658679	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013315	TTAGTA	2	12	664057	664068	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013315	TTAGTA	2	12	664183	664194	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_013315	TTAGTA	2	12	664225	664236	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013315	ATAGTA	2	12	675708	675719	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013315	AAGAGC	14	84	677964	678047	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_013315	AATATT	2	12	682328	682339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013315	TAATAT	2	12	682583	682594	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013315	TAAATT	2	12	685000	685011	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013315	AGATAA	2	12	687586	687597	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013315	AAATTT	2	12	699970	699981	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013315	ATTTTT	2	12	704929	704940	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013315	AATAAA	2	12	707645	707656	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013315	TTATTT	2	12	708307	708318	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013315	TTAAAA	2	12	735255	735266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_013315	AGAGAT	2	12	736927	736938	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013315	AGAGAT	2	12	737069	737080	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013315	AAAAAT	2	12	737104	737115	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013315	AATAAA	2	12	738924	738935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_013315	TAAAGT	2	12	741639	741650	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013315	AATATA	2	12	757590	757601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013315	TTAATT	2	12	757818	757829	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013315	ATATAA	2	12	764853	764864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013315	TTAATA	2	12	768454	768465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013315	TATAAA	2	12	779763	779774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013315	TAAATA	2	12	779887	779898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013315	TATAAA	2	12	779929	779940	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013315	TAAATA	2	12	779965	779976	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013315	TGATTT	2	12	780011	780022	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013315	TTAAAA	2	12	789285	789296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013315	TATTAA	2	12	815232	815243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013315	AAAAGA	2	12	828608	828619	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013315	TTAAAT	2	12	829895	829906	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013315	TTAATT	2	12	833083	833094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013315	TAAAAA	2	12	843886	843897	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013315	TATTAA	2	12	846470	846481	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013315	TTTATA	2	12	851858	851869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013315	TAAGAG	2	12	852521	852532	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013315	TTTTAT	2	12	855290	855301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013315	TGTATA	2	12	884109	884120	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013315	TATTTT	2	12	884144	884155	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013315	TTATAT	2	12	894594	894605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013315	TTTATA	2	12	896434	896445	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013315	TTAAAA	2	12	935791	935802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013315	ATTTTA	2	12	940137	940148	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013315	GTAATA	2	12	949665	949676	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013315	CTTAAC	2	12	962356	962367	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_013315	TATTTC	2	12	963057	963068	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_013315	AGAAGG	2	12	967433	967444	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013315	AGTGGA	2	12	986084	986095	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013315	ATTAAA	2	12	999368	999379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013315	TAAAAA	2	12	999713	999724	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013315	TAAAAT	2	12	1004133	1004144	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013315	TAAAAA	2	12	1004180	1004191	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_013315	AATATA	2	12	1017837	1017848	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013315	TTGTAT	2	12	1038208	1038219	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013315	ATAGAA	2	12	1038756	1038767	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013315	ATTATA	2	12	1051382	1051393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013315	TTTATA	2	12	1057511	1057522	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013315	TATTAG	2	12	1057567	1057578	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013315	AGTTTA	2	12	1065770	1065781	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013315	TAAAAA	2	12	1066115	1066126	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013315	TTTAAA	2	12	1097735	1097746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013315	ATTAAT	2	12	1117650	1117661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013315	TATAAA	2	12	1118976	1118987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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261	NC_013315	TTATAT	2	12	2105963	2105974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
262	NC_013315	ATTTTA	2	12	2115554	2115565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
263	NC_013315	TTATCT	2	12	2143650	2143661	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
264	NC_013315	TCTTGT	2	12	2151068	2151079	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
265	NC_013315	TCTATT	2	12	2153095	2153106	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
266	NC_013315	ACTTTT	2	12	2155550	2155561	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
267	NC_013315	ATTTAT	2	12	2160758	2160769	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
268	NC_013315	CATATT	2	12	2163002	2163013	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
269	NC_013315	TTTTTA	2	12	2169453	2169464	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_013315	TATACA	2	12	2173692	2173703	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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273	NC_013315	ATATTA	2	12	2197598	2197609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
274	NC_013315	TATACA	2	12	2200899	2200910	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
275	NC_013315	CTTTTT	2	12	2201151	2201162	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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277	NC_013315	TATTAA	2	12	2220325	2220336	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_013315	AATTTA	2	12	2229102	2229113	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_013315	TATTTA	2	12	2232286	2232297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_013315	TCTTCA	2	12	2234107	2234118	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_013315	TTTTAT	2	12	2234865	2234876	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_013315	TTATTT	2	12	2236328	2236339	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
283	NC_013315	ATTATA	2	12	2276556	2276567	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_013315	TATAAA	2	12	2281369	2281380	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_013315	AAAATA	2	12	2282006	2282017	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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288	NC_013315	TTATAT	2	12	2296147	2296158	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_013315	TAAATA	2	12	2308697	2308708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_013315	TATATT	2	12	2318484	2318495	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_013315	TTTTAA	2	12	2344450	2344461	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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388	NC_013315	TAATTT	2	12	3228357	3228368	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.