MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 1978

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	GTTGCA	2	12	376	387	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260681770
2	NC_013315	GAATTG	2	12	1599	1610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
3	NC_013315	TTATAT	2	12	3586	3597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
4	NC_013315	AATTAT	2	12	5617	5628	50 %	50 %	0 %	0 %	260681774
5	NC_013315	AAAGTT	2	12	6777	6788	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681775
6	NC_013315	ATGCTA	2	12	6988	6999	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260681775
7	NC_013315	AACTAC	2	12	7703	7714	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	260681775
8	NC_013315	AAAAAT	2	12	9818	9829	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	260681779
9	NC_013315	ATAAAA	2	12	9924	9935	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	260681780
10	NC_013315	TGGCGG	2	12	35244	35255	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	260681790
11	NC_013315	TTAGAG	2	12	36011	36022	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681790
12	NC_013315	ACTAAA	2	12	36793	36804	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681790
13	NC_013315	AAAGCT	2	12	39374	39385	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681791
14	NC_013315	AATTAA	2	12	41141	41152	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681792
15	NC_013315	ACAGGA	2	12	42238	42249	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	260681794
16	NC_013315	TAGAAA	2	12	44067	44078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681795
17	NC_013315	AAAGAA	2	12	44087	44098	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260681795
18	NC_013315	ATTTTT	2	12	44431	44442	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	260681795
19	NC_013315	TAATTG	2	12	46912	46923	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	260681797
20	NC_013315	TGATTT	2	12	55390	55401	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	260681802
21	NC_013315	TGAAAA	2	12	60656	60667	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681807
22	NC_013315	AGAAGG	2	12	61695	61706	50 %	0 %	50 %	0 %	260681808
23	NC_013315	AGATGT	2	12	62220	62231	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681808
24	NC_013315	AGTAAA	2	12	66469	66480	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681809
25	NC_013315	TATTAA	2	12	68336	68347	50 %	50 %	0 %	0 %	260681812
26	NC_013315	ATAAGA	2	12	69233	69244	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681813
27	NC_013315	AAAATC	2	12	70562	70573	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681815
28	NC_013315	AAATAT	2	12	71757	71768	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681816
29	NC_013315	TAGGAT	2	12	72352	72363	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681817
30	NC_013315	CTGATG	2	12	72448	72459	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260681817
31	NC_013315	TAAGAT	2	12	77400	77411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681820
32	NC_013315	ATATGC	2	12	79313	79324	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260681821
33	NC_013315	AAAGCT	2	12	80471	80482	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681822
34	NC_013315	TGAAAT	2	12	80500	80511	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681822
35	NC_013315	GATAGT	2	12	83266	83277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681825
36	NC_013315	AGTTGT	2	12	83706	83717	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	260681825
37	NC_013315	AGTTAG	2	12	86649	86660	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681828
38	NC_013315	GCTAAA	2	12	87577	87588	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681830
39	NC_013315	CAAGCA	2	12	88384	88395	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	260681830
40	NC_013315	AGTTTT	2	12	90727	90738	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	260681835
41	NC_013315	TCAGCT	2	12	92084	92095	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	260681837
42	NC_013315	AGGATT	2	12	92221	92232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681837
43	NC_013315	TAGGAA	2	12	94599	94610	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260681839
44	NC_013315	AGATGA	2	12	97519	97530	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260681839
45	NC_013315	GCTAAA	2	12	104763	104774	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681844
46	NC_013315	CAAGCA	2	12	105570	105581	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	260681844
47	NC_013315	AGCTAA	2	12	109667	109678	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681851
48	NC_013315	ATAGAA	2	12	110032	110043	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681852
49	NC_013315	AGTTTC	2	12	112696	112707	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	260681858
50	NC_013315	AATGAC	2	12	113162	113173	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681860
51	NC_013315	AAAGGT	2	12	114066	114077	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260681861
52	NC_013315	GAAAAG	2	12	119108	119119	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681871
53	NC_013315	AAGCAA	2	12	119149	119160	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	260681871
54	NC_013315	CTAGAA	2	12	119638	119649	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681872
55	NC_013315	ATAGAA	2	12	120860	120871	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681875
56	NC_013315	AAAAAG	2	12	121587	121598	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260681875
57	NC_013315	GATTTA	2	12	126382	126393	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	260681882
58	NC_013315	TATACA	2	12	126989	127000	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	260681883
59	NC_013315	TCTAAT	2	12	127374	127385	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	260681883
60	NC_013315	AAATTT	2	12	144167	144178	50 %	50 %	0 %	0 %	260681886
61	NC_013315	TCAAAA	2	12	155120	155131	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681890
62	NC_013315	CCATTC	2	12	158158	158169	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	260681894
63	NC_013315	AGGATT	2	12	158981	158992	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681895
64	NC_013315	AGATGT	2	12	159455	159466	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681896
65	NC_013315	GTTGGT	2	12	162018	162029	0 %	50 %	50 %	0 %	260681898
66	NC_013315	CTATAA	2	12	170698	170709	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	260681905
67	NC_013315	TTTAGT	2	12	172641	172652	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	260681908
68	NC_013315	GCAGGA	2	12	174319	174330	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	260681909
69	NC_013315	AATTTT	2	12	175020	175031	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681909
70	NC_013315	AAATGA	2	12	175442	175453	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681910
71	NC_013315	ATAGAT	2	12	176268	176279	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681910
72	NC_013315	AGATAA	2	12	177239	177250	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681910
73	NC_013315	ATAATT	2	12	179110	179121	50 %	50 %	0 %	0 %	260681912
74	NC_013315	AAAAGA	2	12	180161	180172	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260681912
75	NC_013315	AGCTGG	2	12	182833	182844	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	260681916
76	NC_013315	AGCTAC	2	12	184002	184013	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	260681917
77	NC_013315	AGAAAA	2	12	184898	184909	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260681918
78	NC_013315	ATAGTA	2	12	188317	188328	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681921
79	NC_013315	CTGGAG	2	12	190814	190825	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	260681922
80	NC_013315	GATATA	2	12	192420	192431	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681923
81	NC_013315	AGAATA	2	12	193054	193065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681923
82	NC_013315	TAGGTT	2	12	195536	195547	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	260681925
83	NC_013315	GAAAAT	2	12	197213	197224	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681927
84	NC_013315	TTTTAG	2	12	199467	199478	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	260681930
85	NC_013315	GAGTAT	2	12	203947	203958	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681933
86	NC_013315	AACAAT	2	12	204781	204792	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681934
87	NC_013315	ATAGAA	2	12	212121	212132	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681939
88	NC_013315	AATGAA	2	12	213285	213296	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681939
89	NC_013315	CATCTT	2	12	214900	214911	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	260681942
90	NC_013315	TATGAT	2	12	215501	215512	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	260681943
91	NC_013315	ATGCAG	2	12	217627	217638	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	260681945
92	NC_013315	TACATT	2	12	218093	218104	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	260681945
93	NC_013315	TACCAA	2	12	219075	219086	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	260681946
94	NC_013315	ATCATT	2	12	220771	220782	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	260681946
95	NC_013315	TAAAAT	2	12	222514	222525	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681948
96	NC_013315	TTTCAA	2	12	223689	223700	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	260681949
97	NC_013315	CTAAAA	2	12	223914	223925	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681949
98	NC_013315	AATCCT	2	12	225008	225019	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681949
99	NC_013315	TATCCA	2	12	225047	225058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681949
100	NC_013315	TTTAGA	2	12	226143	226154	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	260681950
101	NC_013315	AAGATG	2	12	229587	229598	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260681954
102	NC_013315	CAACCA	2	12	233153	233164	50 %	0 %	0 %	50 %	260681957
103	NC_013315	TATCAT	2	12	233247	233258	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	260681957
104	NC_013315	GAAATA	2	12	234309	234320	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681958
105	NC_013315	AGATTC	2	12	236956	236967	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260681960
106	NC_013315	ATTAAT	2	12	237557	237568	50 %	50 %	0 %	0 %	260681961
107	NC_013315	TAGATT	2	12	238002	238013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	260681961
108	NC_013315	GGTTAA	2	12	239677	239688	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681962
109	NC_013315	TGGTTC	2	12	240283	240294	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	260681962
110	NC_013315	TTTGGA	2	12	242439	242450	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	260681965
111	NC_013315	AATGGG	2	12	243083	243094	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	260681965
112	NC_013315	TTGGAA	2	12	244511	244522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681967
113	NC_013315	ACAATA	2	12	246530	246541	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681969
114	NC_013315	AGAAAA	2	12	248613	248624	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260681971
115	NC_013315	AACTAA	2	12	250660	250671	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	260681973
116	NC_013315	TATAAG	2	12	265528	265539	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260681982
117	NC_013315	AATGAA	2	12	268507	268518	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681983
118	NC_013315	TATAAA	2	12	270926	270937	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681985
119	NC_013315	TGCCAA	2	12	272055	272066	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	260681987
120	NC_013315	AATGAA	2	12	276221	276232	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681993
121	NC_013315	AGTTCC	2	12	277722	277733	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	260681994
122	NC_013315	CTTTAG	2	12	281170	281181	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	260681997
123	NC_013315	AAAGAT	2	12	281235	281246	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	260681997
124	NC_013315	ACTTAG	2	12	284327	284338	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260681999
125	NC_013315	CTAGAA	2	12	286166	286177	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260681999
126	NC_013315	TATGGA	2	12	288047	288058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260682001
127	NC_013315	TAACAG	2	12	293444	293455	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	260682009
128	NC_013315	GATGCT	2	12	294529	294540	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	260682010
129	NC_013315	ATATTT	2	12	299889	299900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260682018
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132	NC_013315	TAGTAT	2	12	302783	302794	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	260682019
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134	NC_013315	AAAAGA	2	12	304605	304616	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260682020
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142	NC_013315	TACTGC	2	12	316236	316247	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	260682031
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221	NC_013315	TAATGC	2	12	469119	469130	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	260682164
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230	NC_013315	ATCTAT	2	12	495620	495631	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	260682183
231	NC_013315	ATGAAG	2	12	499748	499759	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	260682186
232	NC_013315	TGTAAG	2	12	501496	501507	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260682187
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234	NC_013315	TTAATA	2	12	504401	504412	50 %	50 %	0 %	0 %	260682191
235	NC_013315	TTTCTT	2	12	509091	509102	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	260682197
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338	NC_013315	GATATG	2	12	803944	803955	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260682413
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340	NC_013315	TATGGA	2	12	804984	804995	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260682414
341	NC_013315	TATAAA	2	12	807874	807885	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260682416
342	NC_013315	TGAAGG	2	12	809153	809164	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	260682418
343	NC_013315	AAAGAA	2	12	809648	809659	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	260682418
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345	NC_013315	TGGTGC	2	12	814045	814056	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	260682423
346	NC_013315	TAATAG	2	12	814725	814736	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	260682423
347	NC_013315	GCAATG	2	12	815919	815930	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	260682424
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