MICAS: Microsatellite Analysis Server

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 1399

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	GGTAA	2	10	11052	11061	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013315	AGGAG	2	10	11432	11441	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013315	TCGTG	2	10	11843	11852	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_013315	CTTGC	2	10	12396	12405	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_013315	GGGAG	2	10	13219	13228	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013315	TAAGT	2	10	13744	13753	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013315	TAAGC	2	10	14165	14174	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_013315	AAGAT	2	10	15473	15482	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_013315	TTAAA	2	10	17727	17736	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_013315	AAAAT	2	10	19331	19340	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013315	GATAA	2	10	19366	19375	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_013315	GGTAA	2	10	25372	25381	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_013315	AGGAG	2	10	25752	25761	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_013315	TCGTG	2	10	26163	26172	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013315	GGGAG	2	10	27441	27450	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013315	TAAGT	2	10	27966	27975	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013315	TAAGC	2	10	28387	28396	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_013315	AAGAT	2	10	29695	29704	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013315	TAATA	2	10	29965	29974	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013315	AAAAT	2	10	30705	30714	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013315	ATTAA	2	10	31598	31607	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_013315	AAAAT	2	10	32536	32545	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_013315	ATTTA	2	10	32818	32827	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013315	ATTAA	2	10	33523	33532	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_013315	TATAG	2	10	45388	45397	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013315	AATAT	2	10	47905	47914	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013315	TTATT	2	10	52547	52556	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_013315	ATAAG	2	10	52582	52591	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013315	ATTAT	2	10	61419	61428	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_013315	TAAAA	2	10	67179	67188	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_013315	TTGAA	2	10	69444	69453	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013315	ATAAA	2	10	70402	70411	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_013315	TAAAA	2	10	71573	71582	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013315	ATAAG	2	10	76576	76585	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_013315	AGCAA	2	10	78510	78519	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013315	TATAA	2	10	78862	78871	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013315	AGCTA	2	10	80879	80888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_013315	AATTT	2	10	82578	82587	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_013315	ATATT	2	10	88955	88964	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013315	TAAAA	2	10	92446	92455	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_013315	ACTAA	2	10	105960	105969	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_013315	AAAAT	2	10	106109	106118	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013315	GTTAA	2	10	126580	126589	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013315	AATAA	2	10	126602	126611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013315	ATTTT	2	10	126701	126710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_013315	TATAA	2	10	126801	126810	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013315	TAAAA	2	10	127813	127822	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013315	GGTAA	2	10	128239	128248	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013315	AGGAG	2	10	128619	128628	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013315	TCGTG	2	10	129031	129040	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_013315	GGGAG	2	10	130311	130320	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013315	TAAGT	2	10	130836	130845	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_013315	TAAGC	2	10	131256	131265	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_013315	AAGAT	2	10	132564	132573	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_013315	AAGTT	2	10	132866	132875	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013315	GGTAA	2	10	134967	134976	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013315	AGGAG	2	10	135347	135356	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_013315	TCGTG	2	10	135758	135767	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_013315	CTTGC	2	10	136210	136219	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_013315	GGGAG	2	10	137055	137064	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
61	NC_013315	TAAGT	2	10	137580	137589	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013315	TAAGC	2	10	138001	138010	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_013315	AAGAT	2	10	139309	139318	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013315	GGTAA	2	10	145375	145384	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013315	AGGAG	2	10	145755	145764	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
66	NC_013315	TCGTG	2	10	146166	146175	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_013315	CTTGC	2	10	146719	146728	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013315	GGGAG	2	10	147666	147675	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013315	TAAGT	2	10	148191	148200	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_013315	TAAGC	2	10	148612	148621	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_013315	AAGAT	2	10	149920	149929	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013315	CAATT	2	10	150629	150638	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_013315	ATCTA	2	10	151591	151600	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013315	TAATT	2	10	154287	154296	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013315	TTTGT	2	10	163402	163411	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_013315	GATAA	2	10	163615	163624	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_013315	AATTA	2	10	169811	169820	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013315	TATAA	2	10	169943	169952	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_013315	AGTAA	2	10	172224	172233	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013315	AATTT	2	10	175121	175130	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_013315	TAAAA	2	10	175152	175161	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013315	ATTAA	2	10	206677	206686	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_013315	TATAA	2	10	206877	206886	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_013315	TATAT	2	10	207410	207419	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013315	TTAAC	2	10	207427	207436	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_013315	AATAT	2	10	208122	208131	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_013315	AAATA	2	10	208380	208389	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_013315	TAAAA	2	10	209158	209167	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_013315	TATTC	2	10	209920	209929	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013315	ATTTT	2	10	210030	210039	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013315	ATTTT	2	10	210055	210064	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_013315	ATTTA	2	10	210069	210078	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013315	TTATA	2	10	210114	210123	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013315	GAAAG	2	10	213400	213409	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_013315	AAAGT	2	10	215285	215294	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013315	TAATA	2	10	218558	218567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013315	GTATA	2	10	218649	218658	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013315	GTATA	2	10	222152	222161	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_013315	ATATA	2	10	225514	225523	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_013315	AAAAT	2	10	227058	227067	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013315	AATTA	2	10	227331	227340	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013315	AAAAT	2	10	227441	227450	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013315	TATTT	2	10	227508	227517	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013315	TATAT	2	10	240482	240491	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_013315	TTAAT	2	10	240492	240501	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_013315	TATAA	2	10	247304	247313	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013315	AAGTT	2	10	247477	247486	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_013315	AATTA	2	10	253686	253695	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_013315	TTTTG	2	10	256400	256409	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_013315	TTTTC	2	10	260889	260898	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013315	ATATA	2	10	264728	264737	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013315	AGAAA	2	10	287619	287628	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_013315	TTTTA	2	10	291789	291798	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_013315	AATTA	2	10	291807	291816	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013315	TAATT	2	10	308701	308710	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_013315	ATTTA	2	10	308926	308935	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013315	AAATT	2	10	337276	337285	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_013315	TTTTA	2	10	338802	338811	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013315	TATTT	2	10	339956	339965	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013315	ATTTA	2	10	342540	342549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_013315	AGATA	2	10	342846	342855	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013315	ATATA	2	10	343339	343348	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013315	AATTT	2	10	350605	350614	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_013315	CTTTT	2	10	352999	353008	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_013315	TAAAA	2	10	362571	362580	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_013315	TAACT	2	10	368953	368962	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013315	ATTTT	2	10	369199	369208	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_013315	TTATT	2	10	371334	371343	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_013315	CTATA	2	10	371522	371531	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_013315	ATATT	2	10	371664	371673	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013315	TAAAT	2	10	371898	371907	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_013315	ATAAA	2	10	372095	372104	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_013315	ATATA	2	10	374493	374502	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013315	TTATA	3	15	375281	375295	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013315	AAATT	2	10	376718	376727	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_013315	ATTAA	2	10	377855	377864	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_013315	GGTAA	2	10	381554	381563	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_013315	AGGAG	2	10	381934	381943	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
139	NC_013315	TCGTG	2	10	382345	382354	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
140	NC_013315	GGGAG	2	10	383655	383664	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
141	NC_013315	TAAGT	2	10	384180	384189	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_013315	TAAGC	2	10	384601	384610	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_013315	AAGAT	2	10	385909	385918	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_013315	TAATA	2	10	398170	398179	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_013315	TATAA	2	10	402621	402630	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013315	TTATT	2	10	403484	403493	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013315	GTTTA	2	10	403661	403670	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_013315	ATTGT	2	10	403813	403822	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013315	AAAAG	2	10	403999	404008	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_013315	ATTAT	2	10	1471174	1471183	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding

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