MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Clostridium difficile CD196 chromosome

Total Repeats: 64530

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013315	TAA	2	6	38	43	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681770
2	NC_013315	TAA	2	6	144	149	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681770
3	NC_013315	TGC	2	6	366	371	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260681770
4	NC_013315	GGA	2	6	427	432	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681770
5	NC_013315	TCA	2	6	471	476	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681770
6	NC_013315	AGT	2	6	504	509	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681770
7	NC_013315	TTC	2	6	516	521	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681770
8	NC_013315	GAA	2	6	571	576	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
9	NC_013315	CGA	2	6	615	620	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681770
10	NC_013315	AAG	2	6	653	658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
11	NC_013315	AGA	2	6	747	752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
12	NC_013315	TTC	2	6	951	956	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681770
13	NC_013315	AAC	2	6	1014	1019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681770
14	NC_013315	GAA	2	6	1030	1035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
15	NC_013315	TCT	2	6	1066	1071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681770
16	NC_013315	ACA	2	6	1219	1224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681770
17	NC_013315	AGA	2	6	1260	1265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
18	NC_013315	GAA	2	6	1270	1275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681770
19	NC_013315	ATT	2	6	1383	1388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013315	TTA	2	6	1473	1478	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681771
21	NC_013315	CAA	2	6	1486	1491	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681771
22	NC_013315	CTA	3	9	1495	1503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
23	NC_013315	TAC	2	6	1505	1510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
24	NC_013315	AGG	2	6	1547	1552	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681771
25	NC_013315	AAT	2	6	1567	1572	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681771
26	NC_013315	ACA	2	6	1634	1639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681771
27	NC_013315	ATT	2	6	1645	1650	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681771
28	NC_013315	AGA	2	6	1672	1677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681771
29	NC_013315	ATG	2	6	1701	1706	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
30	NC_013315	TGT	3	9	1759	1767	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681771
31	NC_013315	TTG	2	6	1815	1820	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681771
32	NC_013315	ATA	2	6	1842	1847	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681771
33	NC_013315	GCA	2	6	1892	1897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681771
34	NC_013315	GAA	2	6	1928	1933	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681771
35	NC_013315	TAG	2	6	2064	2069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
36	NC_013315	GTT	2	6	2100	2105	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681771
37	NC_013315	ATT	2	6	2249	2254	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681771
38	NC_013315	CAG	2	6	2314	2319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681771
39	NC_013315	GAA	2	6	2465	2470	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681771
40	NC_013315	TAC	2	6	2575	2580	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
41	NC_013315	GAT	2	6	2612	2617	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681771
42	NC_013315	ATC	2	6	2653	2658	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681771
43	NC_013315	AGG	2	6	2792	2797	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_013315	TAT	2	6	2801	2806	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681772
45	NC_013315	AGG	2	6	2879	2884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681772
46	NC_013315	AAG	2	6	2905	2910	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681772
47	NC_013315	ATG	2	6	2926	2931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681772
48	NC_013315	AAG	2	6	2942	2947	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681772
49	NC_013315	TTG	2	6	3111	3116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681773
50	NC_013315	TAG	2	6	3144	3149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
51	NC_013315	GGA	2	6	3239	3244	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681773
52	NC_013315	ATA	2	6	3258	3263	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
53	NC_013315	ATT	2	6	3284	3289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
54	NC_013315	ACT	2	6	3346	3351	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681773
55	NC_013315	TGT	2	6	3364	3369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681773
56	NC_013315	TAA	2	6	3487	3492	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
57	NC_013315	TGA	2	6	3535	3540	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
58	NC_013315	TTA	2	6	3545	3550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
59	NC_013315	ATG	2	6	3558	3563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
60	NC_013315	TGA	2	6	3712	3717	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
61	NC_013315	CAA	2	6	3875	3880	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681773
62	NC_013315	TAA	2	6	3921	3926	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
63	NC_013315	GAA	2	6	3938	3943	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681773
64	NC_013315	GAT	2	6	3962	3967	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
65	NC_013315	AAT	2	6	4010	4015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681773
66	NC_013315	TGA	2	6	4072	4077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681773
67	NC_013315	TTA	2	6	4116	4121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681773
68	NC_013315	GGA	2	6	4133	4138	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681773
69	NC_013315	GTA	2	6	4227	4232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
70	NC_013315	ATA	2	6	4275	4280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681774
71	NC_013315	AGG	2	6	4441	4446	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681774
72	NC_013315	GGA	2	6	4460	4465	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	260681774
73	NC_013315	AGT	2	6	4606	4611	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
74	NC_013315	TGA	2	6	4669	4674	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
75	NC_013315	GGT	2	6	4802	4807	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260681774
76	NC_013315	ATG	2	6	4854	4859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
77	NC_013315	TGA	2	6	4885	4890	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
78	NC_013315	GGT	2	6	4976	4981	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	260681774
79	NC_013315	AGC	2	6	5002	5007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681774
80	NC_013315	ATG	2	6	5061	5066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
81	NC_013315	CAG	2	6	5103	5108	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681774
82	NC_013315	TGA	2	6	5206	5211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681774
83	NC_013315	AGA	2	6	5227	5232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681774
84	NC_013315	TAT	2	6	5667	5672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681774
85	NC_013315	TTC	2	6	5678	5683	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	260681774
86	NC_013315	GCA	2	6	5726	5731	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681774
87	NC_013315	AAG	2	6	5762	5767	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681774
88	NC_013315	TTA	2	6	5804	5809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681774
89	NC_013315	GAA	2	6	5820	5825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681774
90	NC_013315	AAC	2	6	5887	5892	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	260681774
91	NC_013315	TTA	2	6	5915	5920	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681774
92	NC_013315	AGA	2	6	5932	5937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681774
93	NC_013315	TGC	2	6	5938	5943	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260681774
94	NC_013315	AGA	2	6	6007	6012	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681774
95	NC_013315	GAA	2	6	6069	6074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
96	NC_013315	GAA	2	6	6105	6110	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
97	NC_013315	ATT	2	6	6130	6135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681775
98	NC_013315	AGA	2	6	6198	6203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
99	NC_013315	TTG	2	6	6268	6273	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681775
100	NC_013315	CTG	2	6	6310	6315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260681775
101	NC_013315	TAT	2	6	6318	6323	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681775
102	NC_013315	TAG	2	6	6367	6372	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
103	NC_013315	GCT	2	6	6414	6419	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	260681775
104	NC_013315	ACT	2	6	6461	6466	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	260681775
105	NC_013315	TGA	2	6	6509	6514	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
106	NC_013315	TTA	2	6	6558	6563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681775
107	NC_013315	GAT	2	6	6678	6683	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
108	NC_013315	TAA	2	6	6685	6690	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
109	NC_013315	AGA	2	6	6806	6811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
110	NC_013315	ATA	2	6	6834	6839	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
111	NC_013315	AAT	2	6	7011	7016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
112	NC_013315	TAA	2	6	7054	7059	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
113	NC_013315	AAG	2	6	7132	7137	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
114	NC_013315	TGT	2	6	7139	7144	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681775
115	NC_013315	AAG	2	6	7148	7153	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
116	NC_013315	ATA	2	6	7222	7227	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
117	NC_013315	AAG	2	6	7270	7275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
118	NC_013315	AAG	2	6	7404	7409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
119	NC_013315	TGA	2	6	7436	7441	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
120	NC_013315	TAA	2	6	7459	7464	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
121	NC_013315	AAT	2	6	7478	7483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	260681775
122	NC_013315	TGA	2	6	7499	7504	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
123	NC_013315	TGA	2	6	7562	7567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
124	NC_013315	AGA	3	9	7676	7684	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
125	NC_013315	TAG	2	6	7718	7723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
126	NC_013315	TAT	2	6	7726	7731	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681775
127	NC_013315	CAG	2	6	7834	7839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	260681775
128	NC_013315	ATG	2	6	7876	7881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
129	NC_013315	TTA	2	6	7893	7898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	260681775
130	NC_013315	GAT	3	9	7989	7997	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
131	NC_013315	AAG	2	6	8032	8037	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
132	NC_013315	AAG	2	6	8053	8058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	260681775
133	NC_013315	TGA	2	6	8075	8080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	260681775
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135	NC_013315	TGT	2	6	8150	8155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	260681775
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