MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 plasmid pAACI02

Total Repeats: 40

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013207	GATGAA	2	12	316	327	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	257793043
2	NC_013207	CTTTGA	2	12	1568	1579	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_013207	GGAGAC	2	12	5151	5162	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257793049
4	NC_013207	GAAAAT	2	12	6491	6502	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	257793049
5	NC_013207	GGAATC	2	12	6748	6759	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_013207	CTACAT	2	12	8153	8164	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793050
7	NC_013207	GTTTAC	2	12	8760	8771	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_013207	CCAAGG	2	12	9143	9154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	257793051
9	NC_013207	TGAATC	2	12	18106	18117	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	257793059
10	NC_013207	TCGCGA	2	12	20483	20494	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793061
11	NC_013207	TCCCTT	2	12	22045	22056	0 %	50 %	0 %	50 %	257793064
12	NC_013207	CATCGC	2	12	33170	33181	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_013207	AAAGGG	2	12	35395	35406	50 %	0 %	50 %	0 %	257793072
14	NC_013207	TGGTCG	2	12	36362	36373	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	257793073
15	NC_013207	CGGGAC	2	12	37096	37107	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257793073
16	NC_013207	ATAGAT	2	12	39750	39761	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013207	GACGCC	2	12	44637	44648	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	257793083
18	NC_013207	TCTTGC	2	12	45328	45339	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	257793084
19	NC_013207	GATGAA	2	12	47016	47027	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	257793086
20	NC_013207	TCAATC	2	12	47537	47548	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	257793086
21	NC_013207	TTCCGG	2	12	50815	50826	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793087
22	NC_013207	GATGGC	2	12	52813	52824	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	257793090
23	NC_013207	GCACAA	2	12	54394	54405	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	257793092
24	NC_013207	GCAACT	2	12	56115	56126	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	257793094
25	NC_013207	TTTTGA	2	12	59909	59920	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	257793101
26	NC_013207	GTGCTC	2	12	61944	61955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793102
27	NC_013207	TGTGGG	2	12	62632	62643	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	257793103
28	NC_013207	GACGAG	2	12	67313	67324	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	257793105
29	NC_013207	CGAGTA	2	12	68282	68293	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	257793106
30	NC_013207	GATCCC	2	12	69890	69901	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257793107
31	NC_013207	TGGTCA	2	12	71891	71902	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	257793110
32	NC_013207	TTCGCG	2	12	72361	72372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	257793110
33	NC_013207	TGAGCC	2	12	76681	76692	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793120
34	NC_013207	ACCTGC	2	12	77505	77516	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	257793121
35	NC_013207	TGCCGA	2	12	78609	78620	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793122
36	NC_013207	GAACAC	2	12	81791	81802	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	257793127
37	NC_013207	TATCCG	2	12	82633	82644	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	257793128
38	NC_013207	TGTTCT	2	12	84403	84414	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	257793130
39	NC_013207	CGGTCA	2	12	86132	86143	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	257793132
40	NC_013207	GCGACG	2	12	87259	87270	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	257793134

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.